由于朝廷的轻敌，起义军的规模越来越大，最后有十三家起义军在荥阳会师，一起商讨怎样才能抵抗官军的追剿。这时候朝廷已经开始重视了，调动了大批的兵马来围剿，李自成就在这时候大喊了一句：“就算只有一个人也要奋死作战，更何况我们有十万兵马，有什么可怕的？”随后建议起义军分散行动，按照各自的方向来进攻，获得了大家的认同。
高迎祥和张献忠的部队就负责在河南行动，这一带防御比较薄弱。起义军很容易就拿下了凤阳，因为这里是明太祖朱元璋的老家，他的祖坟就在那里，起义军对皇室都恨之入骨，所以将它们一把火都烧了。崇祯一气之下派大军围剿。这一次张献忠抓了一大批在皇陵里面的太监，李自成想要，但是张献忠不给，因此李自成唆使高迎祥和张自忠分裂，再次回到陕西，和在那里的罗汝才联盟。
这个罗汝才和李自成不一样，生活极度奢侈，而且非常好色，李自成难免有些轻视他，但是罗汝才打仗却有两把刷子，两人配合得很默契。直到李自成的部队逐渐壮大，才将罗汝才杀掉，并且兼并了他的部队。
在崇祯十一年，也就是1638年，起义军在梓潼遭遇洪承畴和孙传庭的夹击，惨败而逃，这一次李自成几乎全军覆没，只好带着不到二十个骑兵躲了起来，后来听说张献忠被朝廷招安，农民起义陷入了最低潮。
后来张献忠重新起兵，李自成也准备东山再起，正搜罗旧部。但是却被陕西总督郑崇俭的部队包围了，但是这个郑崇俭仗着自己熟读兵书，在包围的时候留下了一个缺口，结果李自成就从那里逃了出去。李自成逃出去之后就跑去投奔张献忠。但是他们的关系一向都不好，张献忠虽然留下了他，但是杀他的心不死。李自成知道后悄悄地逃走了，好几次都差点被明军抓住，他手底下的很多将领都投降了，大将刘宗敏也动了心思。李自成对他说自己将来是可以当皇帝的，可以占卜一下，如果是不吉利，刘宗敏随时都可以提着他的头去投降。结果刘宗敏试了好几次都是吉利的，所以铁了心跟着李自成了。之后李自成带着自己的部下来到了河南，因为当时河南正在闹饥荒，很多灾民都加入了他的队伍。
1644年，重振旗鼓的李自成在西安称王，建立大顺政权，之后就拿下了山西。三个月之后军队直逼北京城，这时候崇祯也无可奈何了，后来因为宦官曹化淳打开了城门，起义军就这样进入了北京城。崇祯皇帝看着漫天的烽火为百姓之苦叹息着，随后将所有的皇子都送到大臣的家里，皇后自尽，长平公主被他砍死。第二天他自己也自尽了，左袖上还有他的遗嘱，可是内容已经不得而知了。他最宠信的王承恩也跟随他一起自尽，这样大明的江山也走到了最后一步。
吴三桂降清
当清兵攻打大明的时候，由于良将投降的投降，离开的离开，被杀的被杀，吴三桂镇守山海关的军队可以说是大明的最后一支战斗力比较强的铁骑部队。而吴三桂为什么会向清军投降，就是著名的“冲冠一怒为红颜”了，哪怕被世人骂成汉奸卖国贼也不悔。
李自成在崇祯十七年的时候建立了大顺政权，北京被大顺攻破之后，崇祯皇帝自尽，明朝正式灭亡。李自成以为江山就是属于他的了，马上就变得骄傲了，他的属下四处抢夺财产他也不管。将士们也都想多带点钱回到老家，斗志早就减退了一大半。为了搜刮钱财，他们严刑拷打明朝的官员，让他们把家产全都交出来。其中就有吴三桂的父亲，吴襄，也被他们给抓起来了，而吴三桂是山海关的总兵，手里握着数万兵马，实力不容小觑，对于大顺来说是一个严重的威胁，为了招降吴三桂，李自成让吴襄给自己的儿子写了一封劝降信。
吴三桂驻守宁远，在起义军打到皇城脚下的时候，他接到崇祯的命令让他立刻回京救援。但是在他赶到山海关的时候北京沦陷的消息就传过来了，所以他一直停留在山海关。接到父亲的信之后吴三桂非常犹豫。这时候不仅是李自成，清朝也在极力争取吴三桂投诚。
从吴三桂的内心来讲，他是看不起这些起义军的，因为他们都是农民出身，所以他并不愿意投降，可是不投降的话，他一个总兵是抵挡不住大顺的百万兵马的，但是他也不愿意向清朝投降，因为他知道这样做自己就成了千夫所指的汉奸和卖国贼了。所以他还是暂时决定先回去看看再做决定。可是为什么他又会突然降清呢？这里起着关键作用的是一个叫做陈圆圆的女人。
陈圆圆本是江淮名妓，是国舅周奎想献给崇祯的礼物，但是无奈崇祯不好这一口，周奎只好自己留下了。有一次吴三桂在周奎府上做客，看见陈圆圆之后被她的美色所倾倒，就找周奎把陈圆圆要了过去。陈圆圆就成了吴三桂的小老婆，吴三桂非常宠她，此次回京也是想和她团聚。
正在吴三桂想着去北京的时候，一位在北京的家人出现了，对他说北京沦陷，皇帝惨死，但是吴三桂不为所动，家人继续说家里的财产全部被抢光了，他的父亲也被抓起来了，快被打死了。还说陈夫人在抄家的时候被李自成的部下刘宗敏抢走了。这一下吴三桂被激怒了，他决定一定要报这夺妻之恨，所以当下就决定死守山海关，部下的将士全部换成白衣，宣称要为死去的崇祯皇帝报仇。吴三桂自知自己的兵力是无法和大顺相抗衡的，所以向清朝借兵，并说自己愿意投降清朝。就这样原本已经打算投降大顺的吴三桂因为陈圆圆而降清，这就是“冲冠一怒为红颜”的由来。清朝因为一代名妓得到了吴三桂。
当时清政府执掌政权的多尔衮接到吴三桂的降书之后非常高兴，马上就接受了。于是率领军队前往山海关，吴三桂亲自迎接，并剃掉了自己的头发，改成了清朝的发型。李自成知道后非常生气，一怒之下将吴三桂在北京的亲人全都杀害了，率领二十万大军攻打山海关。这时候狡猾的多尔衮命令吴三桂的部队打先锋，想等到他们两败俱伤之后捡便宜。
正当吴三桂的骑兵和李自成的兵马激战的时候，突然刮起了狂风，多尔衮抓住时机出击，等到风停之后大顺发现自己已经被清兵包围了，在两面夹击之下死伤惨重。李自成知道北京不保，在逃跑前还举行了登基大典，然后逃出了北京城，起义宣告失败。
而另一方面，多尔衮则带着清兵进驻了北京城，还把顺治皇帝接到北京城，这时候老百姓才知道以后清朝的统治就要开始了，于是大家都骂吴三桂是卖国贼，可是已经找到陈圆圆的吴三桂已经不在乎这些了，随后他就被清朝封为平西王，封地在云南广西一带。至于之后吴三桂他们的三藩之乱已经是后话了。
史可法死守扬州
史可法是南明大臣，抗清名将，顺治二年被围困于扬州，因为南明朝廷的内斗，没有派兵增援，他拒绝投降，扬州城被攻破之后被俘，坚持不降英勇就义。死后其尸身下落不明，只好将其衣物葬于梅花岭之下。
崇祯十七年四月的时候，李自成进犯北京，史可法听说后立刻挥师准备北上，等他到达浦口的时候，北京沦陷，崇祯皇帝自尽，史可法听到这个消息之后忍不住号啕大哭，换上孝服为皇帝发丧。而这个时候南京的大臣还在讨论下一个皇帝的人选，有人认为按照血缘关系的亲疏应该由福王即位为皇帝，也有人主张立潞王，因为潞王比较贤明，而相比之下福王就是个只知道吃喝玩乐的窝囊废。史可法也更倾向于立潞王为皇帝，但是就在他们僵持不下的时候，凤阳总督马士英和阉党余孽一起勾结起来拥立福王，而就在史可法将不能拥立福王为皇帝的理由告诉了他们之后，这些人已经把福王送过来了，史可法他们在无奈之下，只好让福王登上了皇位。
福王即位之后，就立刻开始建立内阁，选举内阁大臣，史可法、高弘图、姜曰广三人为内阁大臣，但是刘孔昭也要进入内阁，因为他是勋臣，明朝还没有勋臣进入内阁的先例。这一下子刘孔昭不乐意了，说就算他不能进入内阁，但是马士英也应该进入内阁。他这么一闹，奸臣马士英也进入了内阁。随后史可法被任命为礼部尚书和东阁大学士，史可法主管兵部的事情，马士英仍然主管凤阳的军政事务。
说到这个马士英，他非常想成为宰相，可是现在史可法位于他之上，所以想扳倒史可法。他把当初史可法反对福王当皇帝的理由告诉了福王，史可法并不愿意和他这样的小人冲突，于是自愿请兵到江北监管军务。这样史可法这个兵部尚书相当于没有了实权，为他后来的悲剧埋下了伏笔。
史可法到江北之前，马士英将江北地区划分成了四块，分别由四个人管辖，但四个主管之间并不友好，冲突是常有的事情。四个人中高杰最先进入扬州，其他的三个人也开始在江淮大肆抢夺。史可法前去调解，只有高杰不服气。但是史可法并没有和他计较，反而对他真心相待，渐渐地高杰也开始听从史可法的命令。
清军一路达到宿迁之后，史可法向朝廷请求增援，但是马士英认为史可法只是想请功罢了，拒不增兵。之后高杰被杀，他管辖的部队全部逃跑了。史可法知道后悲痛地说：“以后中原地区再也没什么作为的地方了。”没过几天，清兵就来到了扬州城下，包围了扬州。就在这样的形势之下，总兵及其副将向清军投降，这样本来就不坚强的防守更加薄弱了。即便是这样，史可法也没有放弃，让所有的文武官员都在城墙上防守，自己守在地势最为险要的西门。这时候他已经知道自己必死无疑，给家人的信中都写着将他葬在孝陵附近。
随后清兵开始攻城，史可法拼死抵抗，但是清兵很快就发现了西门的防守最为坚强，于是全力攻打西北角，用大炮将城墙都轰塌了，史可法看到此情此景立刻拔剑自刎，被救下之后为了让清兵不再杀戮百姓，自报姓名让清兵抓住自己，最后因为至死不降惨遭清兵杀害。
值得一提的是史可法作为督师享有的权利是很大的，但是他从来不奢侈浪费，他自己没有儿子，尽管妻子多次劝他尽快娶妾生子，但是因为国家正处于危机时刻，史可法根本就没考虑到自己，日夜都在操劳，除夕夜也不休息。过年的时候用佐料下酒，想到先帝的恩德不禁黯然泪下，以至于很快就睡着了，这是他督战以来头一次睡得这么好，以至于士兵都不忍心吵醒他。
因为清军攻陷扬州之时天气非常炎热，十天之后，史可法的义子进城想收殓史可法的遗体，但是这时候尸体都已经腐烂了，根本无法辨认，一年后他的家人才将他的衣物葬在梅花岭下，后人也在这个地方建立祠堂来纪念他。
