1941年12日，太平洋战争爆发后，日军按“变华北为大东亚作战兵站基地”的方针，积极推行华北的“治安强化运动”，以“铁壁合围”、“辗转扫荡”等手段，对抗日根据地大举进攻。人民的生命财产受到严重摧残，根据地一再缩小，再加上自然灾害的破坏，全区军民的吃饭、穿衣都成了严重问题，因此1942年是太行区形势最严峻最困难的时期。
为了克服严重困难，刘邓根据中共中央指示，在根据地实行了“精兵简政”政策。邓小平亲自抓一二九师师部的精简，并赴各旅各军分区动员，还直接指导了第六军分区的精简，一二九师和晋冀鲁豫边区共进行了三次大的精简，由于刘邓的重视，精简工作顺利完成，加强了部队战斗力，节约了人力和财力，同时精简了机关，提高了工作效率。毛泽东对晋冀鲁豫边区的精兵简政工作提出了表扬，认为他们做出了精兵简政的模范例子。
在精兵简政的同时，刘邓还带领根据地军民开展了生产运动，发展根据地经济。
精兵简政和生产运动这两项措施为刘邓指挥军民战胜日军的疯狂“扫荡”奠定了基础。从2月初到3月初，日本侵略者进行了春季大“扫荡”，1.2万余日军到太行，7000余日军到太岳，邓小平和刘伯承指挥主力部队和地方武装以及游击集团坚决反抗敌人的“扫荡”。刘邓利用根据地有利条件，采取灵活机动的战略战术，对进攻根据地的日军进行了沉重打击。日军这次“扫荡”由于兵少地宽，遇到抗日军民的英勇抗击，最终以伤亡3000多人的损失而宣告失败。5月，日本侵略军又发起了臭名昭着的“五月大扫荡”。这次历时38天的“扫荡”采用了“集中兵力，辗转扫荡”的战法，四处残杀中国军民，对根据地进行了野蛮的破坏。这时，邓小平已去中条山检查工作，刘伯承指挥一二九师分三路向敌人进行攻击，连续作战20天，歼敌200余人，阻滞了其“扫荡”步伐。
随后，太行根据地军民在刘邓的领导下，英勇不屈，团结奋战，又粉碎了日军发动的秋季大“扫荡”。
1942年年末来到了，最最艰苦的一年就要过去，刘邓领导的抗日根据地仍然屹立在太行山上。
进入1943年，邓小平与刘伯承一道领导抗日军民恢复和发展抗日根据地。任中共北方局代理书记，担负领导华北抗日大任，指挥抗日军民进行大反攻。抗战胜利时，晋冀鲁豫成了全国最大的解放区。
1943年是一个重要的年份，这一年的苏联斯大林格勒保卫战的伟大胜利标志着国际法西斯的侵略气焰已到了顶头，它的末日即将到来，这大大鼓舞了中国共产党进行敌后抗战的激情，增加了抗战必胜的信心。在晋冀鲁豫，经过1942年以来的斗争，根据地严重退缩的局面已经得到控制。但日军对根据地的“扫荡”却没有停止，再加之根据地边区的国民党顽军更加伪化，不断袭扰边区。因此对于晋冀鲁豫军民来说，总的形势是有利的，但眼前的困难仍然是巨大的。
为了适应斗争的需要，积累战略大反攻的力量，邓小平于1943年1月制定了一二九师《一九四三年营兵(包括正规军、游击队)训练工作纲领》。2月20日又制定了一二九师《一九四三年营兵(包括正规军、游击队)防务工作纲要》。在这两篇纲要中，邓小平明确提出了1943年的基本任务是“进一步坚持敌后游击战争，巩固抗日根据地，克服困难，积蓄力量，准备反攻”。
1943年1月25日至2月20日，邓小平以中共中央太行分局书记身份在太行山涉县温村召开了高级干部会议。在会上，邓小平作了《五年来对敌斗争的概略总结与今后对敌斗争的方针》的报告和会议总结。他在报告中，全面系统地总结了1937-1942年五年来晋冀鲁豫边区的工作，并提出今后的任务。温村会议的召开，为各根据地和各抗日民主政权今后的工作指明了方向，为进一步夺取对敌斗争的胜利，在政治上、思想上，组织上作出了极为重要的准备。
为了准备反“扫荡”斗争，1943年1月，邓小平和刘伯承发出了《准备粉碎敌寇“扫荡”的命令》，4月又发出《反“扫荡”的预先号令》，为反“扫荡”胜利做出了必要准备。
1943的上半年，日本侵华军对我各抗日根据地进行了春夏季的“扫荡”。5月初，日伪军两万余人重点向太行根据地“扫荡”。日军采取步步压缩的战法，企图将我八路军总部和一二九师主力围歼于辽县、涉县之间的狭窄地区。太行区军民根据刘邓首长的指示，奋起反击“扫荡”。由于指挥得当，准备充分，反“扫荡”作战取得较大战绩。至5月下旬，反“扫荡”结束，共歼敌2500余人。
在反击日寇“扫荡”的同时，国民党顽固派，在7月发动了第三次反共高潮。蒋介石一面制造反共舆论，一面密令国民党各部向我抗日根据地不断发动进攻，最为严重的是命令国民党三个集团军包围陕甘宁边区，并准备大规模进攻陕甘宁根据地。7月2日抗战六周年纪念日，国民党军队竟然炮击陕甘宁边区。8日朱德通电蒋介石，呼吁和平，反对内战。15日，邓小平和刘伯承在太行区抗日军民举行的反内战游行示威大会上发表了义愤填膺的讲话，强烈谴责国民党的反共阴谋，号召军民团结起来，反对内战，坚持抗日。随后，邓小平在7月20日出版的《战斗》杂志第81期上发表了《内战危机面前的紧急动员》一文，强调“不管局势如何变化，我们第一件工作是百倍加强舆论动员和党内外的思想准备”。
在强大的压力下，蒋介石被迫停止其挑衅行为，第三次反共高潮彻底破产。
10月6日，中共中央决定，中共北方局与太行分局分开，八路军总部与一二九师合并。北方局直接领导晋冀鲁豫区的太行、太岳、冀南、冀鲁豫四个区党委。八路军总部直接领导一二九师部队和太行、太岳、冀南、冀鲁豫四个军区。邓小平接替彭德怀，任中共北方局代理书记，此时彭德怀已离开太行赴延安参加整风。10月9日，一二九师师长刘伯承离开太行赴延安，参加延安整风运动。从这时起到1945年8月抗战胜利，刘伯承一直在延安。这样，39岁的邓小平就以华北地区最高领导人的身份集一二九师党政军领导于一身，独挡一面，开创抗战新局面。这是对邓小平本身军事指挥和领导才能的认可，也充分显示了党中央对他在政治上和能力上的双重信任。
1943年12月6日，中共北方局在代理书记邓小平的主持下召开委员会，确定了1944年全华北的工作方针，即团结全华北人民的力量，克服一切困难，坚持华北抗战，坚持抗日根据地，积蓄力量，准备反攻，迎接胜利!
1944年侵华日军为加强其在太平洋战场的防御和向国民党正面发动新围攻，从晋冀鲁豫根据地周围调走了一部兵力。敌军部署的变化，使日军战斗力下降，为八路军展开局部反攻，扩大和巩固根据地提供了机会。在邓小平的指挥和率领下，根据地军民在抓住时机展开了春季攻势。太行军区相继收复了蟠龙镇、榆社县城与林县县城，其他军区也收复了大量失地。
入夏以后，日军又在太行区的晋中、冀西、太南等地向根据地进行“扫荡”。从5月开始，晋冀鲁豫根据地军民也针锋相对，展开了夏季攻势作战，重创日寇。
与此同时，邓小平根据中央指示，亲自布置，两次派遣豫西抗日游击支队，从太行、太岳由向南渡过黄河，开辟了拥有20个县、300余万人口的豫西抗日根据地。
1945年，邓小平带领部队加紧对日军的攻势。2月11日邓小平指示太行军区发动道清战役，以此开辟豫北道清路南北地区，加强与黄河以南豫西支队的联系。道清战役历经三个阶段，共歼日伪军2500余人，收复国土2000多平方公里，解放人口75万。
随后，邓小平又领导一二九师与太行军区所属主力及地方武装，继续向日寇发起局部反攻，收复大片国土。
6月中旬，邓小平接到中央通知，命他赴延安参加党的七届一中全会。邓小平没有参加中共七大，但在选出的44名中共中央委员中，有邓小平的名字。邓小平当时只有40岁，正是风华正茂、年富力强之年。
8月8日，苏联对日宣战，9日苏联百万红军从三面向东北的侵华日军发动进攻。8月9日毛泽东发表《对日寇的最后一战》，号召中国人民的一切抗日力量举行全国规模的反攻。8月10日朱德总司令发布了反攻第一号命令。14日，日本接受无条件投降，邓小平和刘伯承从延安电令晋冀鲁豫各军区迅速扩大解放区，立即扩充野战军，并准备反击沿平汉线、同蒲线北犯的国民党军队。
8月20日，中共中央决定撤销北方局，成立晋冀鲁豫中央局，邓小平为书记。同时又成立了晋冀鲁豫军区，刘伯承为司令员，邓小平为政治委员，下辖冀鲁豫、冀南、太行、太岳四个军区。
9月9日，日本驻中国侵略军总司令冈村宁次代表日本大本营在投降书上签字，并交出他的随身佩刀，以表示侵华日军正式向中国缴械投降。至此，抗日战争胜利结束。
抗战之初的1938年，刘邓率部挺进太行山时，不到两个旅的部队，万余人马，然而经过8年浴血奋战，到日本签字投降时，邓小平和刘伯承率部开创的晋冀鲁豫根据地已发展成为控制105座城市、拥有2400万人口、30万军队、面积达18万多平方公里的全国最大的解放区。
经过抗日烽火洗礼的刘邓大军，已经成为一支坚无不摧的力量，它将为全民族的解放事业再立新的功勋!邓小平的杰出军事指挥才能也必将得到更加淋漓尽致的发挥。
