无敌舰队的威名除了西班牙倾尽全力打造出来，维系其殖民地权利的庞大舰队之外，一个优秀的指挥官的存在同样是关键所在。
而无敌舰队被认为最为出色的指挥官，就是在后世也有着多个地名作为其功勋证明的圣克鲁斯。
圣克鲁斯并非是是指一个人，而是一个爵位的名头。
但是无敌舰队的圣克鲁斯就是著名的西班牙海军将领阿尔瓦罗?德?巴赞。
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阿尔瓦罗?德?巴赞被西班牙军人称为“士兵之父”。
他可以说是是西班牙能力最强的海军宿将，他在勒班陀海战中率领预备队立下战功，并多次大败英法舰队。
而其第一次成名之战就是著名的勒班托海战。
作为一个传奇性的海军将领，他年轻时就加入海军。
1544年在反对法国的战斗中扬名。
1554年，他率领一支分舰队围剿阿尔及利亚海盗。
1562年被任命为直布罗陀终身市长，并负责指挥那里的海军舰队。
1563年，在北非奥兰成功的防御了本地埃米尔哈桑发动攻击。
1568年提升为那不勒斯海军司令。
1569年被封为圣克鲁斯侯爵。
1571年奉神圣同盟命令制定了著名的勒班陀海战行动方案，并负责指挥后卫分舰队30艘战船。在作战中，土军左翼乌尔齐抓住******舰队的空隙，发动迅猛的攻击，几乎全歼了教皇舰队，在这千钧一发之时，圣克鲁斯侯爵挺身而出，拦住了土耳其舰队的突破。
1572年夏天，他设计攻占了哈马特海湾。
1580年他按照国王菲利普二世的旨意，率领舰队援助阿尔瓦公爵征服了葡萄牙。
1582年，他指挥舰队打败了由法国舰队援助的，据守在亚速尔群岛自封为葡萄牙国王的安东尼奥的部队。他的军队的舰船几乎都是以其天赋建造出来的。
1583年，在圣米格尔海战中，他率军打败了又艾尔玛德沙托指挥的另一只法国舰队，并处死了所有战俘。此战后，他就成为西班牙舰队总司令。
1585年圣克鲁斯侯爵建议派一支海军远征舰队入侵英格兰。经菲利普二世批准，于1586年3月命令西班牙驻尼德兰军队总指挥帕尔马公爵亚历山大?法尔内塞作好准备，于次年让其部队由圣克鲁斯侯爵的舰队护送去英国。
此后，他精心准备远征，但因缺乏军费，未能成行。当英国海盗王弗朗西斯?德雷克得悉西班牙海军正在积极筹划这次远征时，于1587年春将一支拥有23艘战船的舰队派往西班牙加的斯。摧毁了几个港口设施，打破了他精心准备的计划，他竭尽全力消除损失。但毕竟将其原计划推迟了一年。
远征尚未准备就绪，圣克鲁斯侯爵于1588年2月9日去世。
他是一位出色的海军将领，精通战术，具有天才的制定计划的能力。另外，他还具有杰出的领导管理才能，是菲利普二世最得力的将领。他成功的将地中海海战引向大西洋海域，显示了其非凡的军事谋略。
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而在无敌舰队在格拉沃利讷海战之后元气大伤，英国认为这是他们再次重创西班牙的最好机会，最终也出现了一次著名的中世界登陆作战：科伦纳?里斯本远征。
1588年8月，伊丽莎白得到消息:无敌舰队残余的大约50艘船只回到了西班牙比斯开湾的桑坦德和圣塞瓦斯蒂安。这是一个绝妙的机会，倘若把这些船只摧毁，西班牙的海上力量将很难有恢复的希望，因为那时，英国船队将轻而易举地阻截西班牙的美洲运银船和来自波罗的海的造船物资，腓力二世即使制定了造船计划，也会由于缺乏供应而中止。
无可怀疑，伊丽莎白和她的大臣们认清了这一点。但是，要完成这样一次大规模远征，除了一支庞大的船队外，还需要一支陆军，而对于刚刚结束在英吉利海峡的战争的伊丽莎白女王来说，单凭自己的力量是不可能组织起这样一支队伍的。因此，这次冒险采取了股份制形式，女王负担经费的1/3，其余由这次远征的陆军司令约翰?诺里斯爵士、海军指挥弗朗西斯?德雷克及其朋友和支持者筹集。
这样一来，这次远征的目的复杂化了。在诺克斯和德雷克看来，摧毁无敌舰队的残余已不足挂齿，重要的是攻占里斯本，帮腓力二世的竞争者安东尼奥登上葡萄牙王位。德雷克在1587年的经历中，了解到里斯本对于西班牙海上力量的极端重要性，夺取里斯本对西班牙将是致命的打击。
至于远征投资者中的伦敦和南部商人，战争已使他们失去了许多贸易机会，他们希望在葡萄牙和亚速尔建立贸易商站，或者以此为基地进行私掠巡航。这种形势下，对于伊丽莎白来说，明令取消进攻里斯本的计划几乎是不可能的，所能做的只是向诺里斯和德雷克一再强调摧毁无敌舰队残余的重要性。
在1589年2月23日给诺里斯和德雷克的指示中，有三个目的：一是歼灭在西班牙北部2个港口的无敌舰队残余；二是占领里斯本，扶植葡萄牙安东尼奥反叛；三是占领亚速尔，中断西班牙和美洲的财路。
而其中伊丽莎白明确强调这次远征只有两个根本性目的:“其一是摧毁西班牙国王的船只，其二是占领亚速尔群岛中的一些岛屿，以便阻截途经这里每年去往或来自西、东印度的运送财宝船队。”在干任何其它事情之前，诺里斯和德雷克必须“首先摧毁在吉普斯夸、比斯开和其它任何地方的船只，不论它们属于西班牙国王还是他的臣民……这一点做到了，你们在他的领土上进行冒险活动的时候，他们就无以阻止你们了;并且，如果你们的船只完好无损，他们也许就不敢(鉴于你们率领的我们王国的如此庞大的船只和水兵队伍在他们海岸)乘你们不在之机企图进攻我们的王国和我们的爱尔兰土地了。”
从“你们在他的领土上进行冒险活动的时候”这句话看出，女王并没有禁止进攻里斯本，但是，她明确指示其前提条件是摧毁西班牙船只。这足以说明她的战略意识。
可以说，对于1589年的远征，伊丽莎白的战略意识是非常明确的。但是，一来到海上，指挥官们便自行其是了。
德雷克和诺里斯按照唐?安东尼奥关于恢复葡萄牙独立的主张，决定进攻无敌舰队基地里斯本。。攻占里斯本不仅可以获得巨额的奖金，而且葡萄牙独立后，封锁住通往大西洋的航路，就可以卡主腓力二世的喉咙。
德雷克舰队只有1500名将校和志愿参加远征的上流社会人士，以及大约4000名士兵，在攻占拉科鲁尼亚战役中伤亡和患病的士兵很多。如果葡萄牙人真能西区上次战役的经验，响应安东尼奥的号召，揭竿而起，志愿英格兰军队的话，就能轻而易举地把西班牙占领军赶出葡萄牙。
因此，德雷克和诺里斯决定避开守备坚固、警戒森严的特茹河口，在距离河口约90公里、濒临大西洋的港口佩妮谢登陆。
罗杰威廉斯和埃塞克斯率领登陆部队占领佩尼谢后，安东尼奥和诺里斯立即随主力部队登陆，开始向里斯本挺进。德列可则率领舰队南下开往里斯本海域，包围了里斯本不足26公里的卡斯凯什。这样一来，腹背受敌的里斯本市内立即陷入乱乱状态，惊慌失措的市民们无视总督阿伯特的监督，涌出城外落荒而逃。
从1577年远征的经验教训来看，德雷克非常清楚溯特茹河攻占里斯本并不是轻而易举的事情。可以预料，当西班牙人直到德雷克来袭时，必然会增加守军，加强防卫体系。实际上，里斯本的守军不足7000人，而且军心动摇，毫无斗志，不愿为西班牙占领者卖命。为此，阿伯特下了严令：凡同情、响应安东尼奥的嫌疑者格杀勿论。
1580年西班牙吞并葡萄牙时，阿尔瓦的部队就是在卡斯凯什登陆，沿特茹河口而上，同登陆军保持密切联系，以海陆两栖作战的战术攻占了里斯本。今天诺里斯登陆军必须冒酷暑向内陆纵深进军，因而病号层出不穷，并且同舰队的联络又非常困难。
安东尼奥过高的估计了葡萄牙民众对他的信赖，自以为对他的号召会一呼百应。然而朋友人，尤其是贵族们对他并无好感，因为他是国王的庶子，还是******人的血统。在西班牙总督的严密监视下，人们袖手旁观，注视着事态的发展。由于上述种种原因，支援和参加远征军行列的葡萄牙人寥寥无几，据称不足200人。
西班牙人避免同英格兰登陆军交战，节节退避，直到5月25日，里斯本近郊的仓库受到威胁的时候，才开始了激烈的反击。因反击失败，西班牙军队死伤惨重，只好退入城内，闭门死守。
为了同德雷克的舰队会师，诺里斯的登陆部队在里斯本城外驻扎了3天。在此期间，几千名士兵出现了三分之一伤病员，丧失了战斗力。加上弹药缺乏，又无攻城大炮，仅依靠这些兵力实在难以攻克里斯本。倘若没有舰队增员，诺里斯也只好把希望寄托在葡萄牙民众的起义上。其实，那时城内的葡萄牙人也在等待诺里斯攻城。
圣胡利安要塞的40门大炮雄踞特茹河狭窄的河口，使德雷克舰队望而生畏，不敢贸然溯河而上，他进退维谷，同样也在等待着葡萄牙人举义响应。
诺里斯给安东尼奥一天的缓期时间，但等到最后一分钟时，葡萄牙人终究没有任何反应。于是5月30****命令围城部队开始撤离里斯本，向卡斯凯什挺进。因为安东尼奥在军中，诺里斯严禁部下烧杀抢掠，从而引起了士兵们强烈不满。埃塞克斯白白失去了大显身手、建立功名的良机，恼恨至极。于是他身披铠甲，头戴铁盔，双腿叉开，挺立在里斯本门前，挥剑猛刺城门，破口大骂以泄胸中之愤。
诺里斯大军一到，卡斯凯什立即陷落了。再后来的作战会议上，诺里斯职责并追究了德雷克无视协调作战的责任。会议不欢而散，毫无结果。
不久又传来了一个意外的喜讯：汉萨同盟的一支船队，由于不知爆发战争和德雷克舰队的到来，正在浩浩荡荡的向里斯本开来。这支舰队由各种运输船编成，满载着各种贵重军需品和粮食，逃过了弗罗比舍和比斯顿两支舰队的监视，沿着无敌舰队第一次远征败退的航路，绕过英格兰北部，千里迢迢到达里斯本附近的海域。
船队刚同护航舰队分手，立刻就被德雷克舰队俘虏了。这使远征军一度消沉的士气又激昂起来。荷兰派来的大型平底船基本完成了作战任务，将遣返回国。不就英格兰的补给船队如期赶到，送来女王敦促埃塞克斯立即回国的命令，还带来了由罗伯特?克鲁斯率领的英格兰新编舰队在加的斯海域待机的情报。
德雷克舰队运载着进攻里斯本失败的军队继续南下，与克鲁斯舰队会师后，由于当时天气恶劣，无法开往亚速尔群岛搜索西班牙的财宝运输船，便当机立断，让部队在西班牙西北岸的维哥港登陆，占领该城进行劫掠。
当时远征军中可以参战的士兵已不足2000名，许多船只被暴风雨毁坏。于是德雷克决定从中挑选出20艘坚固的舰船继续远征，让正在患病的诺里斯及部队乘坐其余船只回国。
德雷克舰队向亚速尔群岛航行的途中被暴风雨吹得七零八落，旗舰“复仇号”也严重进水，经不起长途航行。罗伯特?克鲁斯和托马斯?芬纳率领几艘舰船被吹到南方遥远的马德拉群岛，他们在圣波多登陆，并恣意进行了烧杀抢掠。
而最重要的目标财宝船队却毫无踪影。德雷克旗舰“复仇”号也历经艰辛才回到普利茅斯。这样，寄托着伊丽莎白女王和国民深切期望的远征军，最重要的战果只有汉萨同盟的60艘运输船及其运载的货物，拍卖后共得3万镑。
一次绝妙的机会丧失了。而且，由于1589年7月法王亨利三世被刺杀导致的欧洲局势变化，英国近期内不可能再组织另外一支远征队了。
而无法重创西班牙残存舰队的情况下，在不到三年的时间，西班牙再次组织起一支实力相对而言更强的无敌舰队。
