中国古代医家，在很多方面而言，都算是比较全面，而且是基础相对扎实。
但是有一点，可以说是医家学派的弱点，那就是对于传染病体系的研究不足之处。
医家对于传染病的态度，在某个意义上可以说是躲避不及，这也许跟医家对传染病的认识不足有着很直接的关系。
当然，这种传染病的范畴太大了一些，就好比是在中国古代的伤寒，往往会跟重感冒混为一谈。
而在这方面而言，在张仲景写出《伤寒杂病论》之前，古代是没有系统应对这种病症的治疗手段，往往会让患者自生自灭……
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《伤寒杂病论》是公元3世纪初，张仲景博览群书，广采众方，凝聚毕生心血，写就《伤寒杂病论》一书。中医所说的伤寒实际上是一切外感病的总称，它包括瘟疫这种传染病。该书成书约在公元200年～210年左右。
公元219年，张仲景去世。失去了作者的庇护，《伤寒杂病论》开始了它在人世间的旅行。当时，书籍的传播只能靠一份份手抄，流传开来十分艰难。不久，原书亡失。
到了晋朝，《伤寒杂病论》命运中的第一个关键人物出现了。这位名叫王叔和的太医令在偶然的机会中见到了这本书。书已是断简残章，王叔和读着这本断断续续的奇书，兴奋难耐。利用太医令的身份，他全力搜集《伤寒杂病论》的各种抄本，并最终找全了关于伤寒的部分，并加以整理，命名为《伤寒论》。《伤寒论》著论22篇，记述了397条治法，载方113首，总计5万余字，但《伤寒杂病论》中杂病部分没了踪迹。王叔和的功劳，用清代名医徐大椿的话说，就是“苟无叔和，焉有此书”。
王叔和与张仲景的渊源颇深，不但为他整理了医书，还为我们留下了最早的关于张仲景的文字记载。王叔和在《脉经》序里说：“夫医药为用，性命所系。和鹊之妙，犹或加思；仲景明审，亦候形证，一毫有疑，则考校以求验。”
之后，该书逐渐在民间流传，并受到医家推崇。南北朝名医陶弘景曾说：“惟张仲景一部，最为众方之祖。”可以想像，这部奠基性、高峰性的著作让人认识了它的著作者，并把著作者推向医圣的崇高地位。
张仲景去世800年后的宋代，是《伤寒杂病论》焕发青春的一个朝代。宋仁宗时，一个名叫王洙的翰林学士在翰林院的书库里发现了一本“蠹简”，被虫蛀了的竹简，书名《金匮玉函要略方论》。
这本书一部分内容与《伤寒论》相似，另一部分，是论述杂病的。后来，名医林亿、孙奇等人奉朝廷之命校订《伤寒论》时，将之与《金匮玉函要略方论》对照，知为仲景所著，乃更名为《金匮要略》刊行于世，《金匮要略》共计25篇，载方262首。至此，《伤寒杂病论》命运中的几个关键人物全部出场了。
在历史发展到张嘉师原来所在的世界之后，《伤寒杂病论》成书近2000年的时间里，一直拥有很强的生命力，它被公认为中国医学方书的鼻祖，并被学术界誉为讲究辨证论治而又自成一家的最有影响的临床经典著作。书中所列药方，大都配伍精当，有不少已经现代科学证实，后世医家按法施用，每能取得很好疗效。历史上曾有四五百位学者对其理论方药进行探索，留下了近千种专著、专论，从而形成了中医学术史上甚为辉煌独特的伤寒学派。据统计，截至2002年，光是为研究《伤寒杂病论》而出版的书就近2000种。
《伤寒杂病论》不仅成为我国历代医家必读之书，而且还广泛流传到海外，如日本、朝鲜、越南、蒙古等国。特别在日本，历史上曾有专宗张仲景的古方派，直到今天，日本中医界还喜欢用张仲景方，在日本一些著名的中药制药工厂中，伤寒方一般占到60%以上。日本一些著名中药制药工厂如小太郎、内田、盛剂堂等制药公司出品的中成药（浸出剂）中，伤寒方一般也占60%以上（其中有些很明显是伤寒方的演化方）。可见《伤寒杂病论》在日本中医界有着深远的影响，在整个世界都有着深远的影响。
《伤寒杂病论》是我国最早的理论联系实际的临床诊疗专书。它系统地分析了伤寒的原因、症状、发展阶段和处理方法，创造性地确立了对伤寒病的“六经分类”的辨证施治原则，奠定了理、法、方、药的理论基础。书中还精选了三百多方，这些方剂的药物配伍比较精炼，主治明确。如麻黄汤、桂枝汤、柴胡汤、白虎汤、青龙汤、麻杏石甘汤。这些著名方剂，经过千百年临床实践的检验，都证实有较高的疗效，并为中医方剂学提供了发展的依据。后来不少药方都是从它发展变化而来。名医华佗读了这本书，啧啧赞叹说：“此真活人书也”。喻嘉言高度赞扬张仲景的《伤寒论》，说：“为众方之宗、群方之祖”。“如日月之光华，旦而复旦，万古常明”（《中国医籍考》）。历代有关注释、阐发此书的著作很多。特别是注释、阐发《伤寒论》的著作，竟达三四百种之多。
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而张仲景据说其编纂的医书不仅仅是《伤寒杂病论》，还有着以下的医书：《疗妇人方》、《五脏论》、《口齿论》等，可惜只有《伤寒杂病论》流传下来。
而后世历代的医者认为：《伤寒杂病论》确立了辨证论治的原则：
在我国医学上，医生问病情的时候，首先要了解病人有些什么症状，比如头疼、发热、怕冷、咳嗽等等以及病人的表情，还要按一下病人的脉搏，这一系列的症状称做为症候群，综合在一起的症候群，中医就称它为“证”。通过对“证”的仔细辨别，就可以讨论治疗，然后处方用药。这样的全过程，叫做“辨证论治”。
张仲景在《伤寒杂病论》中自己写的序言《伤寒卒病论集》里说道：“……撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》，合十六卷……”。说明他是在继承了古代已有成就的理论基础上，结合自己的临床实践，更有新的发展，才写成《伤寒杂病论》的。
东汉末年期间，社会上巫术治病、迷信鬼神有一定的市场，所以一旦患病，往往因得不到救治而威胁着病人的生命健康，张仲景看在眼里，心中非常感慨。所以在他著作的自序中写着“……余宗族素多，向余二百，建安纪年(公元196年)以来，犹末十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七，感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博来众方……卒然遭邪风之气，婴非常之疾，患及祸至，而方震僳，降志屈节，钦望巫祝，告穷归天，束手受败……痛夫，举世昏迷，莫能觉悟，不借其命，若是轻生”。张仲景如此大声疾呼，破除迷信，所以以正确的观点写成《伤寒杂病论》，决不是偶然的事情。
张仲景著作的精神和他所掌握的辨证论治的基本原则，可以归结为“八纲辨证”和“六经论治”。
八纲辨证是书中贯彻辨证论治的具体原则。所谓八纲--阴、阳、表、里、寒、热、虚、实，是通过运用四诊--望、闻、问、切来分析和检查疾病的部位和性质而归纳出来的。在辨证时还联系病人体质以及致病因素的强弱。
六经论治是从《黄帝内经?素问》中的六经理论引出，而通过张仲景的运用得到进一步发展的。所谓六经，就是三阳经(太阳经、阳明经、少阳经)和三阴经(太阴经、少阴经、厥阴经)。
张仲景把疾病发展过程中所出现的各种症状，根据病人体质的强弱，引起病理生理的变化现象，以及病势进退缓急等变化，加以综合、分析，用三阳经、三阴经的名词，归纳成为六个证候类型。
在某个意义上，张仲景可以说是开创中医学的“对症下药”的系统性治疗范畴的先河。
因为在后世被认为是《伤寒杂病论》中卷部分的《金匮要略》，则是很明确的说出这个情况：
所述病证以内科杂病为主，兼有部分外科妇产科等病证。《金匮要略》也是中国现存最早的一部诊治杂病的专著，是仲景创造辨证理论的代表作。古今医家对此书推崇备至，称之为方书之祖，医方之经、治疗杂病的典范。书名“金匮”，言其重要和珍贵之意，“要略”，言其简明扼要之意，表明本书内容精要，价值珍贵，应当慎重保藏和应用。
《金匮要略》被古今医家赞誉为方书之祖、医方之经，治疗杂病的典范，该书已经由学苑出版社编辑出版并发行。
《金匮要略》3卷25篇，第2篇至22篇介绍以内科杂病为主的多科病证脉治，论述精要，为读者提供了辩证论治及方药配伍的一些基本原则，是我国中医临床医学的奠基著作之一。书中重点论述了内科病证，诸如痉、湿、、百合病、狐惑病、阴阳毒、疟病、中风历节、血痹、虚劳、肺痈、咳嗽上气、奔豚气、胸痹、心痛、短气、腹满、寒疝、宿食、风寒积聚、痰饮、消渴、小便不利、淋病、水气、黄疸、惊悸、吐血、下血、胸满、吐血、呕吐哕、下利等40多种。同时还论述外科、伤科如痈肿、肠痈、浸淫疮、刀斧伤等病证。此外，设有女科病证的专篇论述。该书以疾病分篇，论述每种病证的不同症型和不同阶段的治疗，以及“同病异治”和“异病同治”的临床实践，便于后世业医者分析比较，学习掌握治疗中的圆机活法。此外，书中另有脏腑经络病脉，摄生养慎以及饮食卫生、饮食禁忌和食物中毒的防治等论述。
《金匮要略》总结了东汉以前的丰富诊疗经验，当时对多种疾病的病因认识，已明确地归纳为三大类，并将体虚感受外邪、从经络传入脏腑(所谓“内所因“)列于发病的首位。重视四诊合参，以脏腑经络为辨证重点，结合营卫气血、阳阴五行等理论。在论治方面，重视预防和早期治疗，所谓“上工治未病“。强调在治病时必须照顾整体，调整脏腑功能。
《金匮要略》共收集方剂262首，方剂的特点和《伤寒论》方一样，所收载的大部分方剂，确有较高的疗效，如大柴胡汤、泻心汤、大建中汤、黄芪建中汤、防己黄芪汤、防己茯苓汤、鳖甲煎丸、当归生姜羊肉汤、半夏厚朴汤、厚朴七物汤、茵陈蒿汤、茵陈五苓散、甘麦大枣、酸枣仁汤、肾气丸、麦门冬汤、葶苈大枣泻肺汤、黄土汤、枳术汤、括萎薤白白酒汤、桂枝茯苓丸、温经汤、胶艾汤、大黄牡丹汤、薏苡附子败酱散、白头翁汤、苓桂术甘汤、十枣汤等方，均广泛地应用于临床。由于所载方剂具有药味精炼、配伍严密、主治明确的特点，被后世誉为“众方之祖“，或称之为“经方“，后世方剂学发展的重要依据。
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由上述内容可见，张仲景虽然在汉末时期当世并没有出众的影响力，尤其是在三国志当中，并没有对张仲景的相应记载。
但是在中国医学的历史当中，张仲景的建树明显比在《三国志?魏书?方技传》当中有着记录的华佗，要大得多。
当然，这一点很有可能是华佗并没有系统的医书著作流传，有着直接关系。
而从《方技传》当中的描述来看，华佗很有可能跟张仲景，分别算是中医内外科的代表：
华佗晓养性之术，时人以为年且百岁而貌有壮容。又精方药，其疗疾，合汤不过数种，心解分剂，不复称量，煮熟便饮，语其节度，舍去辄愈。若当灸，不过一两处，每处不过七八壮，病亦应除。若当针，亦不过一两处，下针言“当引某许，若至，语人。病者言已到，应便拔针，病亦行差。若病结积在内，针药所不能及，当须刳割者，便饮其麻沸散，须臾便如醉死无所知，因破取。病若在肠中，便断肠湔洗，缝腹膏摩，四五日差，不痛。人亦不自寤，一月之间，即平复矣。
