叶适有明确的道统思想，以为自尧舜禹至孔子有着一个连贯的道统次序。他反对将曾子、子思、孟子列入儒家道统之内，显示出他反对程朱的道统论及否认他们的道统继承权。同时，他本人也有着强烈的继承道统的思想，以为儒家道统存在于六经之中，因此通过读经则可以继承道统。叶适的道统论与他的王道功利说也是有关系的。首先，叶适认为三代圣贤也讲功利，但它是基于王道基础之上的，而后世讲功利则基于申商韩非等人的理论之上。其次，叶适以这种王道功利说来衡量后世史事，以此评判他们是否继承道统。叶适的王道功利论与道统论相辅相成，体现在他对历史问题的看法上。
叶适对历史问题的看法不是一种向前看的观点，而是一种强烈的回归三代的观点，这种观点正是他的以人心来讨论历史发展趋势的必然结果。
关于叶适的道统论问题，前辈与时贤已注意到叶适批评孟子，否认子思、孟子等人在儒家道统中的地位，但由于种种原因，有些问题也没有得到进一步论述，因此有必要加以讨论。
叶适是有明确的道统思想的，他以为：自尧、舜、禹、皋陶、汤、伊尹、文、武、周公直至孔子，存在着一个连贯的道统次序，虽然“世有差降，代有出入，时有难易，道有屈伸”，但孔子排定了自尧至周公的道统次序是无可非议的；而汉唐诸儒尊子思、孟子，致使“二千年间，萌蘖泛滥，若存若亡”，他们不但没有揭示道统真正的大义所在，有些观点也与孔子有较大差异；宋代诸儒“博探详考，知本统所由，而后能标颜、曾、孟子为之传，揭《大学》《中庸》为之教，语学者必曰：
‘不如是，不足达孔子之道也。’然后序次不差而道德几尽信矣”。在叶适看来，揭示尧舜禹到孔孟的道统系统的功绩应归于两程、张载、朱熹及吕祖谦等数人，尤其对朱熹“极辨于毫厘之微，尤激切而殷勤，未尝不为之叹息也。”不过，叶适一方面肯定宋儒揭示儒家道统的功绩，另一方面又强烈地反对将子思、孟子纳入这一道统系统之内。他明确说过：“然自周(公)召(公)既往，大道厘析，六艺之文，惟孔子能尽得其意，使上世圣贤之统可合。自子思孟子犹有所憾”，意思指子思、孟子不能完全理解先王圣贤之意，当然也就不能继承道统。由此，叶适叹息地表示：“自孔氏之高弟不足以知之，各因其质之所安而谓道止于如此”，也就是说，叶适排斥了孟子之后所有儒家学者的道统继承权，当然也就不把宋儒如周敦颐、两程、张载、朱熹等人作为道统的继承者。
应该指出，宋代自两程起，一直推崇子思及孟子，而朱熹更将子思与孟子这一道统视为自己学术理论的生命线，将周程诸儒承继于思孟这一道统之后，当然自己也就当仁不让地自继于两程之后：“宋德隆盛，治教休明，于是河南程氏两夫子出，而有接乎孟子之传，然后古者大学教人之法，圣经贤传之指，粲然复明于世，虽以熹之不敏，亦幸私淑而与有间焉。”正因为朱熹尊子思与孟子，他也就极其重视四书，甚至将四书的地位放在六经之前，排定四书次序为《大学》《中庸》《论语》《孟子》，作为学者入德之门。显然，朱熹抬高了思孟学派的地位。叶适则从具体问题入手，来批评两程的观点，以便否定他们的道统继承权。他批判了“程氏诲学者必以敬为始”的观点，认为“学有本始，如物始生，无不懋长焉，不可强立也”，“是则敬者，德之成也。学必始于复礼，故治其非礼者而后能复。礼复而后能敬，所敬者寡而悦者众矣，则谓之无事焉可也。未能复礼而遽责以敬，内则不悦于己，外则不悦于人，诚行之则近愚，明行之则近伪；愚与伪杂，则礼散而事益繁，安得谓无！此教之失，非孔氏本旨也。”叶适与两程的差异在于：两程认为学以持敬为始，而叶适则以为学以复礼为始。
叶适还指出：“近世之学，虽曰一出于经，然而泛杂无统，洄失次，以今疑古，以后准前，尊舜文王而不知尧禹，以曾子子思断制众理，而皋陶伊尹所造，忽而不思，意悟难守，力践非实”，甚至挖苦道：“理不尽，徒胶昔以病今；心不明，姑舍己以辨物。勤苦而种，皆文藻之末；鲁莽而获，皆枝叶之余。”值得注意的是，朱熹对两程的“持敬”工夫是极其赞赏的，一直告诫自己学生要将敬字作为学者的第一义。显然，叶适反对两程持敬，实际也含有对朱熹的批评，通过这些批评来达到否定他们继承了道统。
正因为叶适对子思、孟子加以批评，也就使他将《大学》《中庸》
《孟子》三书排斥在“经”之外，他在《习学记言序目》中专门对《大学》等三书的主要观点进行过严厉地批评，以为此三书与六经存在着很多差异，甚至嘲笑道“学者不足以知其统而务袭孟子之迹，则以道为新说奇论矣。”值得补充的是，叶适只是批评子思、孟子的某些学术观点，指出他们与孔子之间的不同，反对将他们纳入儒家道统继承人的行列，但对子思、孟子仍有许多赞美之词，甚至有时仍将孟子视为儒家道统的继承人，这种矛盾的现象在叶适着作中仍不少见，下仅举两例：
“孟子道性善，言必称尧舜。”按子思独演尧舜之道，颜曾以下为善有艺极者所不能也，故自孟子少时，则固已授之矣。尧舜，君道也，孔子难言之；其推以与天下共而以行之疾徐先后喻之，明非不可为者，自孟子始也。
周衰而天下之风俗渐坏，齐晋以盟会相统率；及田氏六卿吞灭，非复成周之旧，遂大坏而不可收，戎夷之横猾不是过也。当时往往以为人性自应如此，而孟子并非之，直言人性无不善，不幸失其所养使至于此，牧民者之罪，民非有罪也，以此接尧舜禹汤之统。
此孟子之功所以能使帝王之道几绝复续，不以毫厘秒忽之未备为限断也。而后世学者，既不亲履孟子之时，莫得其所以言之要，小则无见善之效，大则无作圣之功，则所谓性者，姑以备论习之一焉而已。
前一段是叶适对孟子认定的尧舜之道“非不可为”观点的肯定，后一段对孟子使王道“几绝复续”之功的赞扬，似乎又在一定程度上承认孟子对儒家道统的继承权。显然，夸大叶适“非孟”思想是有欠缺的，但叶适在更多的场合表示子思、孟子不应继道统也是明显的事实。叶适学生孙之弘在《习学记言序目序》中也曾明确指出：叶适认为“以孟轲能嗣孔子，未为过也，舍孔子而宗孟子，则于本统离矣”，显然可见，叶适反对的主要是“舍孔子而宗孟子”的观点，实际是批评宋儒中特别尊崇思孟学派的理学家，如朱熹等人。
叶适也反对将曾子作为孔子道统的继承人，他说：
