为了生活，他决定把自己的音乐手稿整理之后，找一个出版商，以《现代音乐论》出版，并盼望能由这本音乐着作引起较大的反响。然而，他想得过于乐观了。书出版之后，销路却很差。这使卢梭又遭受一次沉重的打击。虽然他一心想从音乐方面打开缺口，希望能就此出名，但除了极少数学者对他加以赞誉之外，一切都好像没有发生一样。天地之间太大了，空气太沉闷了，一个涉世未深的青年想成名成家，是多么艰难！
尽管遭遇不幸，但不幸中的大幸是他在这里碰见了狄德罗、丰特海涅、霍尔巴赫等法国启蒙运动的着名思想家，特别是他同狄德罗之间的亲密关系，一直持续了15年之久。这些人对卢梭产生了很大的影响。后来，法国政府借口狄德罗“散布危险思想”而将他逮捕入狱，卢梭闻讯焦急万分，心如刀割。他上书法国当局要求释放狄德罗，如果不然，他愿意陪狄德罗过监狱生活。狄德罗的被捕对卢梭是一次刺激，但使他懂得了：从事科学、哲学研究是要冒杀头风险的。为了追求真理，应该像狄德罗一样，什么也不怕！有一天，卢梭前往范塞纳监狱探望被关押的狄德罗。途中，他偶然发现第戎学院的征文广告，题目是《科学与艺术的复兴是否有助于敦风化俗？》卢梭一时有感，思绪万千，他决意应征，热情洋溢地投入这项工作。他认为，科学和艺术的进步不仅没有给人类带来幸福，反而起了伤风败俗的作用。自然是美好的，应该以美好的自然来代替罪恶的“文明”。他借机抒发了埋藏在自己心中已久的思想和情感，一气呵成，并请狄德罗指教。狄德罗在监狱中对卢梭的观点加以指点和热情的鼓励。虽然这篇论文全盘否定科学和艺术是错误的，但作者把批判的矛头直指封建贵族虚伪的“文明”和轻佻的文艺，认为它们掩盖了社会的罪恶，束缚了人类自由的天性。这种敢于否定封建文明和蔑视传统观念的战斗精神，引起了全法兰西的瞩目。
1750年7月，第戎学院宣布：卢梭的应征论文《论科学与艺术》荣获首奖。于是，卢梭声誉大振，名扬法国，成为文坛上风靡一时的着名人物。这篇论文的得奖和发表，是卢梭一生中重大的转折。他决心放弃在音乐方面的追求。从事思想、哲学方面的研究。
1755年，第戎学院又以《人类不平等》的题目公开征文。卢梭撰写了题为《论人类不平等的起源》的论文应征。文中认为：很久之前存在着一个“自然状态”，那时人人平等，人人自由。后来由于生产技术和知识的发展，出现了私有财产和私有观念，从而使人类进入了文明社会，也使人类失去了天赋的自由和平等。法律、官吏、国家、战争，是这种不平等发展的顶峰。因此，人民为了夺回自己的自由，有权利进行反抗，“以绞杀或废除暴君为结局的起义行动，与暴君前一日任意处理臣民生命财产的行为同样合法。暴力支持它，暴力也推翻它。”这种尖锐的揭露和激动的呼喊，启示了革命，唤醒了民众。这篇战斗的檄文，在西方思想史上占有很重要的位置。
遗憾得很，正是由于卢梭这种激进的民主思想，被人视为“危险”分子，他的文章没有中奖，反而遭到了一些攻击。连启蒙思想界的一些战友也对他望而生畏，不断进行讥讽。1755年8月30日，被誉为思想界泰斗的伏尔泰，在答谢卢梭赠书的回信中说：
“我收到了您的攻击人类的新着……从来没有人花过如此多的脑子来说服我们重新变成野兽，捧读大作，真想又要用四只脚来爬。”
对手这样的讥讽嘲笑，卢梭旗帜鲜明地给予反驳。他说，我之所以强调原始的人和自然状态，并不是想使人类再返回到野蛮状态，重新过野兽般的原始生活，而是要说明人的本性，要把由自然形成的人和因环境与人的进步使他的原始状态有所改变区别开来。要从现有的人类性质中辨别出哪些是原始的，哪些是人为的，进而探索和认识人类不平等的起源。由于思想观点的分歧，终于导致卢梭同伏尔泰之间的决裂。对于其他一些人的攻击，卢梭更是予以坚决回击，决不后退一步。
在社会生活的风风雨雨中，卢梭慢慢地成熟了。他认为，人在社会中生活，第一要坚持奋斗，在任何时候都不要停止；第要能顶着各种攻击和不幸，在任何恶劣环境中决不低头；第三要“做一个自由的有道德的人，无视财富与荣誉”，要始终保持自己独立不羁的人格。
1752年，宫廷演出他创作的歌舞剧《乡村魔法师》，请他出席。卢梭前往观看，故意旧衣褴衫，不修边幅，以示怠慢。演出后，国王亲自“赐给”他年金，他为了“以后敢于讲人格独立、主张公道的话”而谢绝。为了躲避出名以后带来的种种麻烦，他从1756年至1762年，隐居在巴黎近郊的蒙特莫朗西森林附近。在此期间，他出版了3部重要作品：长篇小说《新爱洛伊丝》、政治理论着作《社会契约论》和哲学小说《爱弥儿》。
特别是《爱弥儿》，是卢梭经过20年思考，用了3年时间创作的心血结晶。它是卢梭最满意、最系统的一部着作。书中，他主张自然神论，认为神存在于人们的心中，是人民的安慰者，而不是人民的统治者。这种神自然而然地存在于每个人的心中，因此，不需要什么“神的启示”，所有的教会、教义、教条、教士都根本没有存在的必要，应统统取消。
这篇着作给卢梭带来了极大的灾祸。以狄德罗为首的无神论阵营谴责他，认为他这是对宗教神学的让步和投降。天主教和新教更是不遗余力地攻击他。巴黎天主教会发出了声讨书，法院下令通缉他。他的书被当众焚烧。并扬言要烧死卢梭。为了躲避当局的迫害，卢梭不得不逃亡国外，又开始了他颠沛流离的生活。
卢梭首先逃到日内瓦。那是他理想的“自由之土”。一到达日内瓦，他“扑通”跪在地上，捧起一把黄土深深地亲吻着，尽情地享受着自由的欢乐。
但是，没几天，瑞士当局得知他逃到国内，立即发布一则消息：命令卢梭一日之内必须离开瑞士领土，并下令焚毁他的全部着作。看来“自由之土”也并不自由了。卢梭又急忙逃到受普鲁士管辖的纳沙泰尔。
卢梭当时写给朋友莫顿的信中说，“我的处境一定使伏尔泰和杜金先生感到满意了吧，他们急于想看到我被瑞士驱逐出境。”但是，伏尔泰仍是不断打听卢梭的行踪，想从他的言行中寻找毁谤他的材料，以便达到中伤卢梭的目的。
卢梭到达纳沙泰尔后，不料那里的教会也将《爱弥儿》和《社会契约论》列为禁书，不准发行。教会认为《爱弥尔》是异端邪说，《社会契约论》是煽动革命。他们把卢梭的民主原则看成是疯狂的思想。《论人类不平等的起源》已使卢梭身处困境，遭受诋毁。现在《爱弥儿》被查禁，他更是陷入被抨击的浪潮之中。
卢梭心情不快，想寻求安静，便不断到教堂去做礼拜。由于外界的攻击，他已很难再找到工作。他当时待在家里，编织腰带，然后把编织好的腰带分赠给邻居的妇女们。
与此同时，卢梭还在同巴黎教皇毕蒙进行激烈舌战。
毕蒙教皇说卢梭宣扬的是假道学，说他是“一个自认为学识丰富而误入歧途的人，一个用繁杂的思想来曲解道德的人，一个泯灭读者道德观的人，一个主张人类社会平等又想将人类贬低到禽兽地步的人”，并建议严厉制裁这个制造、散布异端邪说的人。
卢梭对这些无耻的诽谤，立即进行反驳。他在心力交瘁的情况下，发表了《致毕蒙教皇书》，驳斥了毕蒙教皇的污蔑。
《致毕蒙教皇书》发表以后，又引起很大震动，不少人都参加了谴责卢梭的行列，甚至有的舞蹈教师也写信驳斥卢梭。不久，日内瓦当局取消了卢梭的永久公民权，这是对卢梭又一个十分沉重的打击。他热爱自己的祖国，但现在却没有了公民权。不仅如此，在日内瓦的市面上突然出现了一本《公民的情感》的书，这本书极力抨击、污蔑卢梭的人格、思想以及道德观。这是由伏尔泰和卢梭过去的一位朋友福尼写的。书中充满对卢梭的诽谤，甚至将他把子女放在孤儿院一事也拿来进行攻击。伏尔泰凭着自己的声望，使《公民的情感》很快风靡日内瓦，引起一些不明真相的群众对卢梭的攻击。
一天晚上，卢梭正在睡觉，突然被一阵剧烈的声响惊醒。原来有人用石头在砸他的窗户。卢梭赶快躲进厨房，身体贴着墙壁，以防石头击中。就是这样，还是被一块石头击中了脚。幸好邻居的仆人听到后外出求援，警察及时赶到，才阻止了这场乱子。这时，卢梭的住所前已积满了石块、果皮和各种杂物。
在这里已无法再居住下去了，他想到比埃纳湖中的圣波埃尔岛上隐居。那个小岛只有半里长，四周长满了树木、青草和灌木林，十分幽静，是个理想的隐居之地。但是他刚刚住了一个多月，伯尔尼当局就命令他尽快离开。他又被赶了出来。
后来，在朋友的协助下，他前往英国去寻找大卫·休谟，便迁居至英国的乌登市。在那里，他开始写作《忏悔录》。外界知道后，一些人策划要焚毁这本书，卢梭十分担心。一年多以后，他变卖了一些东西，悄悄溜到法国。
在法国，他仍是一个通缉犯。为了隐身，他改名雷诺，偷偷住在法国西部的林莫西地区。在这里，他为了充实生活，常常到处采集植物标本，研究起植物学来，并继续写他的《忏悔录》。然而，三四个星期之后，又一起突然爆发的事件迫使他再次迁居。原因是一位看守城堡的人，常常和卢梭一块喝酒、聊天，后来突然死亡。卢梭成为怀疑对象，被认为是在酒里放毒，毒死了那个人。他十分痛苦，为失去一位朋友感到伤心，又为受到怀疑而感到气愤。后来，终于证明那人是自然死亡。但是，卢梭想离开此地。几天后，他迁到了尚贝里。第年春天，他又迁居巴黎，住在古老的布拉屈斯镇。平时，卢梭誊写乐谱和作曲，并开始撰写《对话录》。为了免遭外界怀有恶意的人的攻击，他不声不响地写着。这时，他的性格已变得十分孤僻，不相信任何人，不让任何人进他的书房，很少接见朋友，也不同以往的熟人联系，在非常忧郁的环境中艰苦地写作。
《对话录》写成之后，他不知如何处理，因为法院禁止出他的书。没有办法，他决定把这本书送往圣母院，把它放在圣坛前，托全能的主帮他保管。他把《对话录》包好，上写“托付给全能的主保管”，并附一篇祷词：
“公理与正义之神，受害者的保护者，请你接受我的礼物。我将这手稿置于你的祭坛前，寄托给全能的主保管。
“我是个十分不幸的陌生人，孤独、漂泊，得不到别人的帮助，而且还常常遭到人们的嘲笑、讥讽、贬损和迫害。在以往的15年中，遭受了比死还难的屈辱，贬损我的尊严，而且所受的这一切迫害，我无法了解它的原因。我没有辩解的机会，我与外界联系的权利也遭剥夺。我对于人类不再存有希望。因为他们充满了欺骗、诽谤与谎言。
“我将我的作品托付给你保管，让它传到一个较好的下一代手中，他们将从我的作品中发现一个既无怨恨、也不欺骗别人的人遭受了怎样的命运……”
写完这篇祷词，卢梭已泪流满面。
但是，当他双手捧着书稿走向教堂的时候，发现教堂的大门早已上了大锁，全能的主好像也不愿意接受他这一委托似的。卢梭迎头挨了一棒，昏昏沉沉地摇晃着身体，回到了住所。
在漂泊不定、悲惨凄苦的晚年，卢梭还贡献给人类一部杰出的着作《忏悔录》。这是他在逃亡中断断续续写成的。书中记载了他从出生到1766年之间50多年的经历。全书充满了对自由、自然的热爱和对破坏自由、自然的各种封建势力的痛恨，充满了平民的自信和尊严。在这部自传性的着作中，卢梭一开始就向自己面对的黑暗社会提出了勇敢的挑战。他在书中写道：
“不管末日审判的号角什么时候吹响，我都敢拿着这本书走到至高无上的审判者面前，果敢地大声说：“请看！这就是我所做过的、我所想过的，我当时就是那样的人……请你把那无数的众生叫到我跟前来，让他们听听我的忏悔……然后，让他们每一个人在您的宝座面前，同样真诚地披露自己的心灵，看有谁敢对您说：我比这个人好！”
卢梭这种坦率的性格、坚强的意志、勇敢的精神，几百年来，一直受到人们的称赞。
1776年秋，他开始写最后一部作品《一个孤独的散步者的梦想》。他觉得自己在世界上茕茕孑立，一身之外，别无兄弟、亲人、朋友，是个被众人异口同声谩骂的人，是一个凄惨的孤独者。同年10月，他正在散步，突然一辆马车驶来，卢梭赶快躲闪，不料一只狗朝他扑来，他跌倒在地，嘴唇淌血，浑身疼痛，在地上躺了很久。没想到，当地的报纸却抓住一点，又开始对他进行了侮辱。卢梭嘲笑着说，看来他们对我这个“孤独的散步者的梦想”也不放过。这种攻击，岂不是又增加了我写作的素材？难得呀，难得！
1778年7月2日，这位18世纪最杰出的民主主义思想家，以不幸着称于世的人——卢梭，因脑溢血，永远离开了人间。他终于摆脱了人世间的种种不幸和痛苦，进入了无忧无虑的天国。
