一年后，即1866年7月，曾国藩进一步完善了战略思想，那就是要把捻军限定在一定的范围之内，选择河流作为自然屏障，在河流边布防。曾国藩把捻军的活动范围锁定在运河以西、贾鲁河以东、黄河以南、沙河与淮河以北的地区，在可能渡河的岸边重点布置人马，制造屏障，封锁住这些河流。这样，捻军的活动范围受到了限制，马队也就没了优势。这个办法，真亏曾国藩想得出来。应该说，这完全是一个笨办法，因为防范面积之大，工程量之大，可以说是前所未有。但在没有更好手段的前提下，这样的笨办法，也不失为一个聪明之举。很快’这个办法取得了一些明显成效，捻军的活动范围被限制在狭小的区域里，顿感局促，他们再也不能像以前那样随意驰骋了。当捻军的马队跑不起来的时候，曾国藩部队的洋枪洋炮也就派上了用场。
应该说，曾国藩这一战略，在具体施行过程中，是有相当作用的。这也使曾国藩在近两年的时间内，几乎跟捻军打了一个平手，而且有效地消耗了捻军的实力，摸索到了一整套对付捻军的经验，这也为后来李鸿章的最后获胜奠定了基础。
在剿捻的过程中，最让曾国藩伤脑筋的，是他与地方关系的处理。地方大员的处事不力，让曾国藩很是头痛。由于剿捻牵涉到安徽、江苏、山东、河南、湖北等好几个省，地域广大，加上参战的部队良莠不齐，异常复杂，政令经常不畅。不仅如此，曾国藩还得劳神耗心地处理各种各样复杂的内部矛盾：有地方军和正规军的，地方军与地方军的，黄河北岸军和南岸军的，湘系与淮系的，等等，错综复杂。处理这些千头万绪的矛盾，是一件极耗心力的事情，而且，对于做事认真执着的曾国藩来说，处理复杂矛盾，本来就不是曾国藩的特长。尽管曾国藩在重新出山之后颇得黄老之道，但对于朝野内外那种复杂无比的人事关系，坚持原则的曾国藩一直颇感失望。可以说，这些盘根错节，让曾国藩觉得心力交瘁。每当曾国藩处理一件类似的事情，他就会平添一分失望，也萌生一分去意。
剿捻之初，最让曾国藩伤透脑筋的，就是陈国瑞与刘铭传的“械斗案”了。陈国瑞原是太平天国的一员悍将，之后反戈一击投降了僧格林沁。因为打仗很勇敢，僧格林沁对他十分器重。僧格林沁死后，陈国瑞划归曾国藩指挥，当时，以总兵的身份驻扎在济宁。淮军名将刘铭传率领五千士兵进驻济宁城郊后，因为受曾国藩的委任负责该地区的全权事务，刘铭传颐指气使，令陈国瑞速速来见他。心高气傲的陈国瑞哪里受得了这个窝囊气，不仅不见刘铭传，相反，还乘夜幕降临，袭击了刘铭传的营地，杀死了刘铭传数十个士兵，抢走了三百杆洋枪。刘铭传火冒三丈，点起两千淮军直冲济宁城。陈国瑞哪里敌得过剽悍的“铭”字营呢，结果是淮军不仅夺回了三百杆洋枪，把陈国瑞也活捉了，关在营中折磨了三天三夜。陈国瑞被放出来之后，连滚带爬赶到徐州，号啕大哭，把刘铭传给告了。
前方没有杀敌，后方自己人倒干上了。这起械斗案让曾国藩非常恼火。在先前的湘军中，是很少出现这种事的。大敌当前，曾国藩只好先暂时把这事冷一会，
然后，各打五十大板，安抚一下。谁知粗鄙的陈国瑞一直耿耿于怀，曾国藩几次让他带兵出击，陈国瑞都拒不执行。曾国藩一气之下！软硬兼施！向皇帝参了陈国瑞一本，说陈国瑞在僧格林沁遇难之时，援救不力，只身逃走！本当治罪，因考虑大敌当前，让他戴罪立功，视情况再予以处理。朝廷同意了曾国藩的意见。陈国瑞见上谕治罪，吓出一身冷汗！从此学乖不少！再也不敢对曾国藩不恭敬了一一这一场风波就这样暂时平息下来了……类似的风波还有不少！着实让曾国藩伤透了脑筋。
内部基本理顺了，前方战事的进展，却一直超出曾国藩的计划范围。捻军的马队跟先前的太平军的确不一样，他们居无定处！出没无常，很难追踪到他们的大批人马。有时候好不容易有了捻军的踪迹，等到曾国藩调集人马前来围剿时，那些捻军马队会突然急行军，跳出曾氏所划定的防区，让清军竹篮打水一场空。对此，曾国藩一直束手无策。在剿捻过程中，朝廷也一而再、再而三在对前方情况不明的情况下，对于曾国藩的用兵，屡屡进行干涉。这样的瞎指挥让曾国藩非常不舒服。以曾国藩的想法，对于捻军的围剿，一定得不急不躁，一着急，会容易自乱阵脚，陷入敌人的圈套。以目前的态势，只要稳扎稳打，不给捻军以可乘之机，还是有相当机会的。当然，很重要的一点就是，军队和地方一定要联动起来，如果军队和地方能做到整体联动，并保持高度的一致性，那么，战事的胜利肯定是迟早的事。
1866年3月25日，曾国藩由徐州启行赴济宁。途中，曾国藩先是在山东邹县的孟子老家，朝拜了孟子庙。然后，曾国藩又来到了曲阜，朝拜了孔庙和颜回庙。这是曾国藩第一次在孔、孟的家乡盘桓。在曾国藩的心中，孔子和孟子所处的那个遥远的古代尽管充满兵燹，却依然是一个芳香的年代。在孔庙，曾国藩细细地观看了悬挂在壁板上的各个时代的圣贤图，参观了金丝堂所藏的各种古乐器，也看了乾隆帝当年来孔府祭祀时所赐的几件周朝青铜器：木鼎、亚樽、牺樽等等。对这些礼乐之器，曾经当过礼部侍郎的曾国藩非常熟悉。现在，如此近距离地观察和摩挲，曾国藩心中油然升起一股暧流。曾国藩感到传统一脉相承的联系，传统不只是静静地躺在历史的典籍中，而是无处不在，如空气和水一样，一日日地浸淫你，如影随形，如鬼似魅。
在曾国藩心中，孔子和孟子都是不折不扣的理想主义者，乱世之中，他们都有一种“知其不可为而为之”的精神。人，就是要有这种精神的。就孔子和盂子而言，他们之间也是有区别的：盂子可以说是少年哲学，英气逼人，讲进取，讲内圣外王，这实际上是对于人本身的一种至高的要求，也体现了中国读书人的理想。这样的要求不仅仅是道德上的，还有作为上的。盂子给中国文化带来了健康与积极的一面。至于孔子呢，相对来说，更加温柔敦厚，他的学说更像是一个中年人，平和、敦厚、智慧。孔子重视的是对于个人内心的冶炼，以及个人行为的修正，并将这种冶炼上升到道德和“仁”的范畴。在曾国藩看来，什么是“仁”？“仁”实际上就是种子，是人格中最核心的部位。当一个人能够真正地寻找到自己的本我，明白自己实际只是人类的一部分时，他就会摒弃私欲，归于“大我”了。这样的境界，才算是得“仁”了。虽然曾国藩一度热爱盂子和孔子，但此时此刻，他最崇尚的，却是老子和庄子。在曾国藩看来，老子和庄子更智慧，更洒脱，也更具有平衡的意义，他们对于这个世界的认识，更加接近于这个世界的真谛……当然，这些先哲们的思想都不是矛盾的，他们只不过是各有侧重点，也各有自己的年龄段罢了。大道相通，其实，他们的思想和看法，在很大程度上，都是相同的。现在，徜徉在孔子和盂子的家乡，曾国藩感到从未有过的满足，也体会到了从未有过的平静。他觉得自己是有资格跟这些圣贤对话的，这些圣贤在他面前已不是高高在上，而是亲切而和蔼，这样的感觉，使得曾国藩醒悟到，自己的内心跟他们相比，装盛的，已是同一个东西了。
从4月初起，曾国藩就一直驻扎在山东济宁。北方的春天跟南方的不一样，南方这个时候，已是莺飞草长，春意盎然了，但在北方，原野上遍布的榆树和槐树还没有吐出新芽来，春天，就那样地姗姗来迟，让人心焦。每天，曾国藩都要在院落里踱着步，有时候抬头眼光扫到树梢上，会不由自主地替这些树着急。当树枝吐出新绿的时候，曾国藩收到了九弟曾国荃的一封信，告知已在湖南老家养好了病，准备赴湖北巡抚任。让曾国藩更为高兴的是，曾国荃告知同时新招募了一支一万五千人的新湘军，打算从武汉进军河南，从西部围剿捻军。这样的消息让曾国藩很兴奋，曾国藩知道曾国荃在打仗方面，的确是一个天才。有了弟弟的支持，曾国藩心里踏实了不少。不久，另一个好消息也传来，湘军猛将鲍超率一支湘军旧部赶到湖北，也打算从西部对捻军发动进攻。有了这两个打仗不要命的猛将，曾国藩分明能感到胜利的指日可待了。
7月底，曾国藩由济宁登舟启程前往河南周口。这个时候，捻军的主力全部聚集在河南境内。在此之前，捻军因为不能渡运河东进，只好掉转方向，一度进至亳州、怀远等老根据地。因为在清圩过程中大批同情捻军的支持者被杀！当地百姓噤若寒蝉，再也不敢与捻军来往。捻军失去了百姓基础，钱粮供应跟不上，只好重返河南西南部境内。曾国藩急调刘铭传、张树珊、潘鼎新等部赶赴沙河一线，兴办贾鲁河、沙河防河工程，并调刘松山、张诗日各军渡贾鲁河西进，与曾国荃、鲍超军配合，力图将西捻军限定在豫西、鄂东地区，形成口袋阵势，瓮中捉鳖。曾国藩最担心的就是捻军突破这个口袋，进入西部或者东部，那么，曾国藩所做的一切，都将前功尽弃。
从济南去周口的路上，曾国藩重点察看了运河堤墙的防护措施。如果捻军向东进军的话，那么，南北向的运河将是防守的重点。让曾国藩感到失望的是，运河沿岸各个地方军事工程的进度远远没有达到要求。看到这样的情景时，曾国藩非常气愤，他把那些地方官一一招来，铁青着面孔在工地上进行训斥。到了周口之后，曾国藩仍是放心不下，一再敦促几条河流的防护工程的进展。不久！曾国藩担心的事情还是发生了，由于河防工作的不力，捻军在遭到清军的围堵之后，开始了大规模的迁徙，他们全力挣脱出包围圈一一捻军张宗禹部与任化邦、牛洛红、赖文光部于河南中牟会师，在开封附近的芦花冈击溃河南的清军，乘夜突破了沙河一贾鲁河防线，进入山东水套地区。听闻这一消息，曾国藩又急又气，伤心失望之际，他感到身体明显不支，稍一用心，就觉得身体内频出虚汗，耳鸣得也非常厉害。那一段时间，因为白天的事务太多，用心太多，晚上，曾国藩翻来覆去怎么也睡不着，严重的神经衰弱症又犯了。并且，由于压力增大，身上的癖疾也发作了，每到子时，更是奇痒难耐。
捻军突围以及河防之策的失败，在朝廷引起了很大震动。那些大臣们这一下子算是抓住把柄了，本来，这些习惯说大话的家伙一直对曾氏兄弟手握重兵不满，这一下，总算给他们一个显示自己聪明的机会了。他们自觉地结合起来，要求朝廷警告曾家兄弟，以示天威。有人甚至向朝廷上了一个奏折，要求朝廷收回钦差大臣之命，罢曾国藩的两江总督之职。就这样，短短的半个月内，曾国藩一连接到军机处转来的两道严责上谕和御史穆辑香阿、阿凌阿等五人措辞强硬的参劾抄件。自从带兵以来，曾国藩还是第一次面临如此集中的责难。曾国藩嗅到了一种不祥的信息，他突然意识到这可能是他最危险的时候了。五十六岁的曾国藩，在经历过一番极度的痛苦和愤懑之后，头脑又重新冷静下来。
