但是在武昌的张之洞已经知道了自立军起义的秘密，为了预防起见，他特意加强了江河的巡逻。清政府官员之间的信息传递要比自立军快得多。大通起义的消息也传到了武昌，张之洞将这个消息转告给了湖南巡抚，提醒他注意防范。8月21日，就在自立军起义的前2日，张之洞抢先下手，照会汉口的英国领事，要求租界当局准许清兵入内逮捕唐才常等人，8月23日清晨，租界巡捕与清兵一起包围了自立军的指挥机关。当时唐才常正在住所，听到这个消息后完全有可能尽早逃走，但他认为既然自立军已不能成事，他逃走了也没有意义，于是决定坐以待捕，并对周围竭力劝他逃走的人说“予早已誓为国死”，不必再劝。他神色自若，毫无惧意，当清兵赶到他的住处时，他早已做好了被捕的准备，跟着清兵出门而去。
同时被捕的还有在汉口的自立军领导人包括林圭、傅慈祥、田邦浚等共20多人，其中还有一个叫甲斐靖的日本人。同时自立军为准备起义所用的号衣、旗帜、火药、名册等机密也全部落入了清军手中。
唐才常等20多名自立军志士被捕以后，一起大叫“速杀”！“速杀”！神情之中早已将生死置之度外，慑于这种大无畏的气概，张之洞不敢在白天行刑，直到当天二更以后才把他们押到僻静的地方行刑。唐才常在就义前痛骂慈禧误国、声明自立军勤王起义是为了效法日本的明治维新，现在事业既然不成，也就是一死而已。他和战友们一起伸直脖颈催促清兵动手，令清兵们心惊胆战，也许他们从来也没有见过能如此从容、潇洒面对死亡的人。烈士的头颅落地了，令日月为之暗淡，天地为之哭泣。
但唐才常是充满着豪迈、乐观的精神踏上死亡之路的，也许他已急着到另一个世界去和他的老朋友聚首了。唐才常在狱中写下了两首绝命诗：“新亭鬼哭月黄昏，我欲高歌学楚狂，莫谓秋风太肃杀，风吹枷锁满城香。”“徒劳口舌难为我，剩得头颅付与谁，慷慨临刑真快事，英雄结束总为斯。”唐才常确实不愧是谭嗣同最亲密的战友，二人为了中国的变法大业前赴后继，虽然是出师未捷身先死，但他们以33岁的生命为代价宣布中国从此将要进入一个新时代。
自立军在汉口的主力虽然来不及发难，但其它地区的自立军起义行动并未偃旗息鼓，沈荩率领的右军在湖北发动了起义，蒲坼、沙市、临湘、麻城、嘉鱼、临利等地的会党纷纷响应，冲击当地的民团、税务机关等，也颇有声势。无奈自立军领导机关已失，群龙无首，加上会党缺乏正规训练，行动如乌合之众，起义很快被清军击溃。至此，自立军起义才正式宣告失败。
自立军起义虽然没有能实现武力勤王，达到促使光绪皇帝复位的目的，但是它对清政府造成的震动是巨大的，它波及了南方的广大地区，动员了各阶层的力量。这次起义是在清政府的心腹地带的一次地震，这里的一举一动可以通过长江幅射到东南沿海、西南边陲，因此清政府在自立军失败后仍是心有余悸。为了免除心腹之患而大开杀戒，大肆镇压具有新思想的人士，两湖地区受害最深，各有2000多人被清政府杀害。唐才常的弟弟唐才中在家乡发动会党，自立军失败以后在浏阳被捕，押到长沙，没有经过任何的审讯就被杀害了。地方上的顽固势力乘机借题发挥，以铲除新派人物而后快，成为清政府的帮凶。湖南顽固派的领袖王光谦还提示门徒叶德辉将他们杀害新派人物的情况编成一书《觉迷要条》，以示惩戒。从湖南到全国又笼罩在了黑夜之中；但它是黎明前的黑暗，虽然可怕，但黎明总是要到来的。
自立军运动可以说是失败了，它是一次流产的起义，而没来得及有所作为便被清政府镇压下去了。唐才常等人不仅半年的心血付诸东流，而且为此献出了生命。自立军的失败除了康有为背信弃义这个最直接的因素之外，还有其它一些因素影响使得自立军终不能成事。
最主要的因素就是国际国内形势变化对自立军所发生的影响。1900年的形势是极其复杂的，各种可能性似乎都存在，唐才常将他的希望放在他的老师张之洞身上，想鼓动他在湖南地区自行独立，组成与慈禧太后分庭抗礼的政府，然后唐才常借这个政府的名义去救皇帝，这样就可师出有名。唐才常的这种想法并不是毫无根据的。张之洞在清政府对八国联军宣战以后，一直心存观望，他和在南京的刘坤一以及在广州的李鸿章一起搞了个“东南互保”的声明。所谓“东南互保”就是不承认清政府的宣战声明，并在他们所管辖的范围内继续和各帝国主义合作，保护他们的在华利益。这个声明和朝廷的意志显然是相违背的，它摆出了一付与清政府脱离的姿态，这使得唐才常以为有机可乘，请日本人向张之洞游说，希望他早日行动。同样的想法也在孙中山的革命派当中流行，孙中山在唐才常游说张之洞的同时也请出了英籍华人何启去游说两广总督李鸿章希望他在两广拥兵独立。李鸿章在当时也未置可否，显然与张之洞一样仍在观望时局。他们设想一旦慈禧太后在这次西逃中丧命或丢权，则他们将拥兵独立，建立地方割据势力，如果慈禧仍掌大权，他们也就继续忠于朝廷。他们的态度决定于慈禧的性命安危。在这个问题尚未明朗之前，他们也就不便表态，所以尽管唐才常早在汉口张之洞的眼皮底下设立了自立军的指挥机关，但张之洞隐忍不发，容忍了他们的活动。直到8月，朝廷发出了向帝国主义求和的总原则，即不管化多大的代价也要博得帝国主义的欢心，这表明清政府与帝国主义列强暂时性的矛盾获得缓解，又重归于好了。朝廷重得帝国主义的欢心，张之洞看出独立无望于是转而镇压了自立军起义，以表示对朝廷的忠心。而唐才常并不知道其中的曲折，他只看到张之洞有独立的可能，只相信他所信赖的日本人一定能说服张之洞，结果抱憾而死。
顺便指出的是八国联军入侵以后南方各总督的独立意向也不是他们自己的主意，而是英帝国主义的意思。英国最早进入中国，在中国的利益也最大，而且主要集中在长江以南地区。以慈禧为首的朝廷主要奉行的是亲俄政策，这使英国的势力受到压抑，于是英国利用八国联军入侵中国的机会，鼓动南方独立，在南方建立亲英的割据势力以确保它的在华利益，因此所谓“东南互保”只是英国利益的反映。但是清政府宣布求和总纲以后，英国感到已没有另立独立政府的必要，转而又指使南方他的走狗们改变态度。所以说自立军的失败是国内外形势变化的直接结果。
另外，自立军失败还有一条可以总结的，就是知识分子应该怎样去发动群众？唐才常想借武力来促成中国的改革，完成谭嗣同的遗愿”但他自己赤手空拳，只能借助现成的社会力量，他找到了会党。虽然会党具有反清的性质，但唐才常和会党之间的关系并不是建立在共同的理想上的，会党对唐才常的理想并无多大的认同，对勤王的口号也没有待别的热情，但是他们看到唐才常提供给他们的经费要比孙中山给的多，给的慷慨时，便纷纷倒向唐才常的一边，毕永年这个会党与唐才常之间的介绍人看到会党这些人竟然毫无原则，便心恢意冷，决定遁入空门当和尚去了。
推动唐才常和会党合作的是物质利益的驱使和引诱。唐才常他们所提出的奋斗目标丝毫也没有提到这些下层群众。也就是说即使自立军成功了，下层百姓也没有什么长远的利益，这使会党群众缺乏斗争的动力。但是光靠物质利益的推动这种联系往往是脆弱的，在起义前夕会党各派因为所得的好处不一而内讧起来，竟然各自为政，不听唐才常的号令，泄露了起义的风声，使自立军失去了行动上的先机，使清兵能从容应付。知识分子与下层群众如何结合起来，这始终是后来者难以解决又不断探索的问题。
自立军最终目的是勤王，即迎光绪皇帝复辟，而同时孙中山的革命派已经提出了“反满革命”，也就是要推翻清王朝，这二者之间的分别是巨大的，唐才常的自立军是否有它的进步性呢？自立军与革命派的关系是否是背道而驰呢，这是我们认识自立军起义所必须要了解的。
我们说自立军起义尽管发生在革命已经风起云涌的时代，但它仍有进步意义。
首先，唐才常领导的自立军的矛头对准的是清政府顽固派及它的主子帝国主义。唐才常对慈禧太后深恶痛绝，这不仅是因为她发动政变扼杀了维新运动，更主要的是慈禧身上代表的是顽固势力，是阻碍中国富国强民的一股落后势力，慈禧太后不过是其中的一个典型代表。唐才常将她称之为“逆后”，发誓要把她拉下马。
对于帝国主义列强，唐才常也有他自身的认识，虽然他在自立军起义前曾把希望寄托在日本身上，一贯主张中日联盟，但对于帝国主义列强对中国的侵略、掠夺，他还是表示了深深的痛恨，称他们是一帮不请自来的“恶客”，在中国的土地上敲榨吸髓，无恶不做。唐才常所反对的是中国人民共同的敌人，他的活动代表了中国人民的利益，因此是进步的。
其次，唐才常的自立军与革命派的关系不是互为敌人，两派之间虽然主张不同，但他们是相互合作的。革命党人为了唐才常能在长江流域起兵，特将他们在那里的关系全部转告给唐才常。孙中山十分光明磊落，当一些兴中会员回国帮助自立军起义时，他特意吩咐不要存党派、地域的偏见，尽全力帮助唐才常，唐才常的部下感慨孙中山“筹谋赞助，极是周到”。自立军对孙中山十分敬重，遥戴他为“极峰”，正因为自立军与兴中会千丝万缕的联系，所以革命派始终承认自立军起义是一次革命，并尊唐才常为革命烈士。
第三，自立军的失败对革命也起到了一个推动作用，在自立军起义前，许多知识分子、青年学生迷惑于康有为身上耀人的光环，对康有为保皇主张的实质难以认清。通过这次起义，许多人看出康有为的保皇主张是没有前途的，而康有为对唐才常背信弃义的行为也使康有为的追随者看出了他的本来面目，从而与其划清界限。自立军领导人秦力山在起义失败只身逃亡东京后，断定康有为不忠不义，宣布与之绝交，转而投身革命，成为革命派阵营中的一员干将。另一个领导人陈犹龙在事败逃到日本后，扬言要找梁启超算帐，天天带一群人上门理论，搞得梁启超不胜其烦，只得从东京躲到了横滨。可见，经过自立军一役；康有为的保皇会已“信用渐失，不复再谈起兵勤王事”，而康有为的人品也遭到知情人的唾弃，这佯更多的知识分子从康有为的思想影响下解放出来，从而认为“天下大势之所趋，其必经过一躺之革命”。革命与改良经过血与火的洗礼，终于辩出了高下，分出了泾渭。革命与改良从此站在了不同的战线上，变成了对立的两派，1901年革命与改良派在东京进行了激烈的笔战，使这条两派之间的鸿沟变得更深更宽，革命派从此成为政治舞台上的领航人。
改良派在探索中国富强之路时曾经是领潮者，是进步的，但是当时代走到了已经证明它的主张行不通而为了一己私利仍死抱住不放的时候，它就变成了时代的绊脚石。所以进步与否都是相对而言，不是说因为它只要改良不要革命，就一定是落后的东西，这也是我们学习历史时所要注意的问题。
中国近代历史告诉我们，虽然各个帝国主义将中国视作一块难得的肥肉，不断要分割鲸吞我国，不断地逼迫清王朝让步，最终变成它的“管事”，中国人民在富国强民的路上，横亘着帝国主义、封建主义两座大山，但是中国人民从来也没有屈服过，他们从侵略者踏进国门的第一天起就开始了反抗，有许多优秀的中华儿女以“天下兴亡，匹夫有责”的精神探求解救中国之路。像唐才常这样，从读书时代起立志要救民于水火，以天下为己任，学习外国的新思想，投身于改革中国的实践，并且为此献出了生命。他是我们民族优秀的一员，是值得我们纪念的。
尽管中国近代不乏唐才常那样只要能够救中国，粉身碎骨也不怕的仁人志士，但遗憾的是中国近代始终也没有摆脱沉论的命运，他们的理想遇到了严重的挫折。毛泽东曾经总结过，近代中国不能振兴不外乎两点原因，一是陈腐的社会制度，二是落后的科学技术。像唐才常那个时代的先进分子，囿于各种偏见，还没有勇气提出来推翻封建主义，他还只能幻想有一个好皇帝能出来改造这个制度。即使是孙中山最终推翻了清王朝，但强大的封建势力仍将孙中山的一世心血毁于一旦，中国不仅没有能够走向富强，反而引来了更黑暗的封建军阀统治。
只有共产党建立的新中国，才使中国人民最终摆脱了缠绕我们100多年的恶运，中国人民开始得到了新生，终于可以自豪地喊一句中国人民从此站起来了。我们今天的成果确实来之不易，是几代人的共同奋斗的成果。到我们这一代，我们唯一的任务就是要把它建设得更好，以告慰无数的先行者，让他们含笑于九泉。我们了解历史，不在于回忆过去，更重要的是开创未来。
