姚莹请求回乡扫墓后赴川，获准。正打点启程，不料张际亮却因病而亡。姚于痛哭之余，护张柩而离京。至桐城，召张子来迎回原籍福建建宁（今建安）安葬。张以诗名世，小于姚十四岁，系姚官福建时所结识。闻姚被逮，扶病护送至京。姚又于其身后与京友共为理丧，并护其柩南归。二人的生死交谊，曾在当时传为美谈。
1844年5月初，年已60的姚莹自桐城启程西赴四川，于8月初抵四川省会成都报到候补。11月初，被派赴乍雅处理正、副呼图克图间的权力纠纷。
乍雅，或写作乍丫，时属西藏四大部（卫、康、藏、阿里，为四大部）中的“康”部。“康”部的要寨为察木多（今西藏昌都县），乍雅在其南，即今西藏昌都地区察雅县。“康”部东邻四川，北接青海，西毗“卫”部（时或称前藏），南与已属英国的缅甸为界。当时，“康”部属清朝所派驻藏办事大臣的管辖范围，不属四川。四川派员前往，形同出使。故姚莹此行，又或称为康輶之行。輶指使者所乘之轻车。
“康”部至1719年起才被清朝收抚。乍雅，为其地之一部落，由正、副呼图克图统之。呼图克图，是中央政府对喇嘛教大活佛的封号，该部呼图克图坐乍雅大寺，副呼图克图驻坐卡撒顶寺，在乍雅西南。第五世呼图克图死，其转世继承人、即第六世呼图克图布丹济克美曲济嘉木参年幼，驻藏办事大臣奏请将刺印交副呼图克图罗布藏丹臻江错护理。等到曲济嘉木参成年，副呼图克图便将所护理之刺印交还。但是，曲济嘉木参却在头人达末挑唆下，往攻丹臻江错，欲杀之。没能成功，反丧失其地。从此，双方势不两立，相持多年而无法和解。川藏通路因而不安宁，经常受阻。四川总督、驻藏办事大臣迭次奉旨派人前往查办，均无成效。
这年10月，旨令四川总督琦善选员再往。琦善便把这苦差使交给新到省的姚莹去办。姚认为：“此非振之以威不可”。光凭口舌劝谕，难有结果。便建议派大员前往，以重权威，自己为副，决不敢辞；“莹失职下僚，孑身往，徒损国威”。琦善斥为小题大作地张皇，不听。姚莹只好于11月10日自成都出发。
当时，曲济嘉木参在距成都一千六百七十里的里塘（今四川省理塘县）。12月22日，姚莹至里塘，令其随往乍雅听讯。曲济嘉木参认为“案未结”，去乍雅“恐为人害”，只答应派大头目前往。假若非让他去，他必须带番兵三百名前往，以便消灭对方，并禀求革逐副呼图克图，惩治其属下。姚莹认为，既然他不肯前往，再前进至乍雅，亦无意义，遂决定返程，于1845年1月29日回到成都。复命时，再次建议“稍示震慑”，琦善仍不采用。然后又派宁远府知付宣瑛、该府试用通判丁淦，再往乍雅查办。并以姚莹“不待听候指示中途先自折回，非惟畏难诿卸，抑且有乖体制，该员已补蓬州知州，应请旨摘去顶带，随同续委之员前往”上奏。
4月1日，61岁的姚莹再次出发。6月22日，至乍雅。7月7日，抵察木多（今西藏西昌）。“其地去成都三个六百余里。此次，姚只是随员，听命而已，倒不承担责任。11月5日，宣瑛以两呼图克图不遵判，分报川、藏。待川督批复“该委员等即速回省，面询情形，以凭具奏”后，一行于1846年1月25日启程东返。4月21日，抵成都。尽管琦善也因二次派员前往查办，依然徒劳，承认姚莹前次并非办理不善，但依然以中途折回“究属非是”，奏准对姚处以罚俸一年。
姚莹前年即已题补蓬州知州，出使已结束，遂于当年6月赴任蓬州。蓬州，时属顺庆府，即今蓬安县。延至1848年4月，姚莹告病乞退，得准卸任回乡，才结束了他自60岁到64岁的贬官四川。
贬官四川期间，姚莹在官场上连遭人为的暗算。原因主要就是他未曾送礼、贡献。其实，除此之外还有一个重要原因，就是琦善在鸦片战争中主所谓“和议”，自然与主抗战的姚莹有矛盾。琦善是他的顶头上司，自然不会有好果子吃。
依姚莹的个性，早就应该辞官，朋友中也有人劝他及早离开官场这是非之地。但姚莹自有他的考虑：“国恩不可负，身累未能偿，是以忝颜至此，甘困辱而不辞也。”所谓“国恩不可负”，体现了他的报国之心；所谓“身累未能偿”，指当年在江苏武进、元和任上揹下的旧亏空和这次在四川又揹上的新亏空，皆待官俸来弥补，既有此苦衷又逢蓬州“地贫事，简，公余大可读书，整理所晋，且有城市山林之乐”，“谪官于此，变复何负！较之在蓬州，得有读书的闲暇，更令他激动的是康輶之行和因此著成《康輶纪行》十六卷。该书如其《自叙》所言：“大约所纪六端：一乍雅使事始末，二刺麻及诸异教源流，三外夷山川形势风土，四入藏诸道里远近，五泛论古今学术事实，六沿途感触杂撰、诗文。”最后一卷为地图十三件，各附图说。此书是他终生探求“海上事”、“海外事”，“开眼看世界”的一个总结性成果。
姚莹自早年游粤时便以其“经世”之志，敏感地认识到“开眼看世界”为急务。鸦片战争中的失败，更令他坚持地认为：“夫海夷之技，未有大胜于中国也，？？而所至望风披靡者，何也？正由中国书生狃于不勤远略，海外时势、夷情，平日置之不讲，故一旦海舶猝来，惊若鬼神，畏如雷霆，是以偾败至此耳！”他在《复光律原书》中说：“莹自嘉庆年间，购求异域之书，究其情事，近岁始得其全？？著之于书，正告天下，欲吾中国童叟皆习见习闻，知彼虚实，然后徐筹制夷之策。是诚喋血饮恨而为此书，冀雪中国之耻，重边海之防，免胥沦于鬼域，岂得已哉！”在《与余小坡言西事书》中，他说：《康輶纪行》中特别注意于英国、廊尔喀与接后藏之要隘，是因为“英夷窥藏，蓄心已久”，亟应注意。原来他著该书，依然是为了雪耻抗敌。虽和在台守土不一样，其实质则是相通的。这真可说是爱国之志，老尔弥笃，痴心不改。
1848年6月底，姚莹从四川回到故乡。临启程前，不得不将从四川已典当二年未能赎的貂裘当票抵债，幸赖蓬州士民赠路费，蜀中同官送给他一些交通费才能出发。回到故乡，无以为生，只好再出为幕，代主纂修书籍。1850年文宗继帝位，诏中外大臣举荐人才，两江总督陆建瀛奏以姚莹充九江盐卡委员，奉旨：“俟盐务办有起色，送部引见”。9月至九江。次月，大学士穆彰阿、耆英被黜，上谕列举二人，祸国多事，有一条是：“达洪阿、姚莹前在台湾尽忠尽力，必欲陷之”。所谓“冒功”冤案，总算昭雪。次年初，姚莹奉旨授湖北盐法道。2月，又奉旨前往广西“赞理军务”，镇压太平天国革命。6月，抵广西省会桂林，奉旨授广西按察使，随军办理粮台。后转入湖南，湖南巡抚张亮基奏留权理湖南按察使。1853年1月24日，病死于永州。终年68岁。
姚莹著述颇多。计有：《东溟文集》六卷、《东溟外集》四卷、《东溟文后集》十四卷、《东溟文外集》二卷、《后湘诗集》九卷、《后湘二信集》五卷、《后湘续集》七卷、《东溟奏稿》四卷、《东槎纪略》五卷、《康輶纪行》十六卷、《寸阴丛录》四卷、《识小录》八卷、《姚氏先德传》六卷，皆其亲自编定、付刻。后其子补编晚年文为《中复堂遗稿》五卷、《遗稿续编》三卷。与前已刻而版毁者汇刻前《中复堂全集》九十八卷。
