元朝建立以后，《清明上河图》又重新被收入了皇宫。同样，出身游牧民族的元朗皇室，对中原绘画的鉴赏、收藏能力远远不及宋人了。这样，《清明上河图》虽然进入了内宫，但长期与其他画作一起被冷落到内府仓库中。它并没有受到应有的重视，这也给他人偷盗此图留下了可乘之机。到了元朝后期至正年间，元宫内的一名装裱匠用临本换真本，将《清明上河图》真迹从宫中盗了出来，并随即卖给了朝内一酷爱书画的显官。
不久，该官被派往真定（今河北正定县）驻守，他府内负责保管此画的人，又趁机将画偷出，卖给了杭州人陈某。陈保存数年后，听说那显官将从真定归京，便打算卖掉《清明上河图》，以免惹祸上身。这件事让当时一个儒雅风流、博古通今、爱好收藏的人士得知了，这个人就是籍贯江西的杨准。杨准听到消息，兴奋异常，因为他深知《清明上河图》的价值。他急忙赶到陈家买画。一个要卖，一个要买，双方一拍即合。杨准当即倾囊以授，买回了《清明上河图》。得了宝物之后，他就借故返回家乡，并将得图经过记录在图后的空白纸上。之后，杨准的好友江西新喻（今新余县）人刘汉龙偶游到杨家，杨出画共赏。刘汉龙是一个书画鉴赏行家，一见《清明上河图》，震惊无比，赞称该图是“稀世珍玩”，并在杨准跋后也题上一跋，同时，告诉杨准要世世珍藏。
但是，世事往往不能遂人心愿，杨家并没能够将此图世代珍藏下去。到了明朝嘉靖年间此画为太仓人都御史王忏所有。当时，权臣严嵩和他的儿子严世蕃得知王家收藏有《清明上河图》后，强行索要。王忬自然不愿意。可是严嵩身为朝廷宰相，又不敢得罪。于是，他就请一绘画高手复制了一本送给严嵩。不巧的是，严嵩家里有一姓汤的裱画师，这个裱画师，早先生活十分困难，王忬巡抚两浙的时候救了他，将他带到自己家中做事，后来又推荐给严世蕃。当王仔的仿本《清明上河图》送到严家时，汤正在旁边，经过鉴定，就告诉严世蕃，画是假的。严世蕃听后，非常恼火，恰值蒙古人入侵大同，严氏父子借机弹劾王忏，王忏也因此被杀。王的儿子就是著名的文学家王世贞。据说，他对严氏父子恨之入骨，必欲除之而后快。他了解到严氏父子喜读淫书，就撰写了淫书《金瓶梅》，并在每一页上都涂上毒药，然后，再进献给严氏父子。严氏父子果然中计。他们被书中的故事情节深深地吸引住了，一边看，一边用手蘸着唾沫翻着有毒的书页，书看完了，二人也都中毒而死了。
当然，这只是民间传说。还有说此画曾转至长洲（今江苏苏州西南）人陆完手中。陆完死后，他的夫人懂得画的珍贵，就把画藏在绣花枕中，秘不示人。但是，陆的儿子最后还是知道了画的藏处，因为急于用钱，便将《清明上河图》卖给了昆山顾鼎臣家。最后，此画又被大奸臣严嵩父子强行索去。
这两个传说的结局是相同的，即此画最后落入到严嵩家中。明隆庆时，严嵩父子被弹劾，终于官场失势，严府被抄，《清明上河图》也再度被收入皇宫。
到了明中期的时候，出了一个有权的太监，名叫冯保。冯在嘉靖时为秉笔太监。隆庆元年（公元1567年），出任当时的大特务机关——东厂的头目。万历皇帝继位时年龄很小，冯保与外臣勾结，假传遗诏，有拥立新君的大功。冯保权倾朝野，身在宫廷，他本人还写得一手好字，颇懂得鉴赏字画。在当权期间，他私自偷得《清明上河图》出宫，并在后题跋，称自己为“钦差总督东厂官校办事兼掌御用千事司礼监太监”。《清明上河图》从宫中出走后，又被变卖，在民间，硫传起来。
清代的时候，此图先由陆费墀（安徽相乡人）收藏。之后，又被朝廷重臣毕沅购得。毕沅是乾隆年间的进士，他死后，清廷认为他在任湖广总督期间，贻误军机以致动乱四起，将毕家世职革去，并且还将他满门抄斩，家产也全部被抄没人宫。这幅《清明上河图》也随之第四次进入了宫廷。此图入宫后，清廷便将其收在紫禁城的迎春阁内，此后，《清明上河图》一直在清宫珍藏。1911年辛亥革命爆发，清帝逊位，但仍然居住在故宫中，并且可以自由出入。就在这段时间，退帝溥仪利用自己的方便条件，将《清明上河图》连同其他珍贵书画一起，以赏赐其弟溥杰的名义盗出宫外，存在天津租界内的张园内。1932年，溥仪在日本人扶植下，建立伪满洲国，那些从故宫带出的宝物又被他带到了长春，存在伪皇宫东院图书楼中。《清明上河图》也在其中。
1945年，抗日战争胜利了，东北即将解放，溥仪等一见大事不好，全都乘机逃往大粟子沟，最终被苏联军队俘获。而他所居住的伪满皇宫失火，一片狼藉。混乱之中，伪皇宫贮藏的大批珍贵之物流散到了民间，《清明上河图》也再次流出宫廷。
幸运的是，解放军解放长春后，通过当地干部收集到伪满皇宫流散出去的一些珍贵的字画，其中就有这幅重宝《清明上河图》。《清明上河图》被上交给了东北博物馆，后来才调到北京故宫博物院珍存。
散失的国宝终于回来了，然而，它的厄运并未完全终结，“文化大革命”中，林彪的部下曾经利用手中的权势将《清明上河图》强行从故宫博物院“借”出，据为私有。直到林彪彻底倒台，《清明上河图》这才重见天日，回归到应该属于它的故宫博物院中。
仍有疑问重重
近年来，为了满足全国各地人们亲眼目睹国宝的愿望，有关当局曾经专门展出过《清明上河图》。喜爱此图的人越来越多，对此图的研究也越来越多。随着研究的深入，人们发现此图存在许多令人费解的问题。第一，印章和题名的问题。根据图后明朝人李东阳的题跋，《清明上河图》前面应还有一段对远郊山水的描绘，并有宋徽宗瘦金体字签题和他收藏用的双龙小印印记，现在这些画上都已不见。人们认为一种可能是此图流传年代太久，经过无数人把玩欣赏，开头部分便坏掉了，于是后人装裱时便将其裁掉；一种可能是因宋徽宗题记及双龙小印值钱，后人将其故意裁去，另作一幅画卖掉了。更有专家猜想《清明上河图》后半部应该佚失了一大部分，因为画不应该在刚进入开封城便戛然而止，而应画到金明池为止。这个问题还没有得到解答，还值得继续探索。
第二，关于此图命名的问题。多数人认为“清明”就是“清明节”的意思，图中内容主要描绘清明节那天的生活情景。这个说法自明朝以来一直被沿用。也有人认为“清明”是指汴粱城中的一个地方，该地方名叫“清明坊”，图画画的就是“清明坊”附近的景色与状况。第三种观点认为这是一幅怀旧杰作，主要怀念王安石变法时期那段辉煌的历史，画家借清明坊的“清明”之名，实际上歌颂政治清明，即北宋汴梁清明盛世图。当然，对后二者持否定意见的更多，至于此图究竟如何得名，还有待探讨。
第三，关于被“删除”的驴。明清时期．此画的画心上后补了一小块绢，画有似驴非驴、似牛非牛的尖啄牛身的畜类和一个独轮平板车。这一段在结构比例、透视关系上都非常不合理，与全画相比也不协调。经专家们研究，那块儿绢并非宋代原绢，绢上的画也非张择端手笔。1973年北京故宫在对《清明上河图》重新揭裱时，专门召开了研究会议。最后，经反复论证与研究，认为这块多加的绢对原作无益，不应保留，因此在修复过程中将这一小块“补丁”揭去，保持着画卷残旧的历史原状。这也引起了一些争议，也有些画家及研究者主张恢复其原有的样子。
《清明上河图》引起的讨论与问题远不只这些。由于《清明上河图》是人见人爱的珍宝，因此，自其问世以来，历代都有人临摹。南宋时就有许多此图的复制本，每卷甚至要价“一金”。目前，社会上的伪本《清明上河图》也广为流行，世界各地发现的伪本不下三十余幅。其中中国大陆十几幅，中国台湾九幅，美国五幅，法国四幅，英国和日本各一幅，全世界到底有多少幅，至今还是一个谜。至于社会上到底有多少后人的摹本或伪作在流传，则更是一个谜。
