处理完冯保，万历高兴了几日，觉得人生道路上的绊脚石又少了一颗。一高兴，就发给了几个妃子几个红包，说：“你们去买点新时装吧，听说最新款式的冬装已经出来了。”几个妃子“哇”地欢叫一声，在万历脸上“呗”地亲了一口，搞得万历脸上都是唇膏印。万历笑着说：“你们叫我这样子怎么去见大臣？”
但没过几天，万历的高兴就消失了。起因还得从他的微服私访说起：
一日，万历在宫中闷得慌了，换了身休闲服装，带了两个大内高手，悄悄来到外面，吃吃小饭馆，看看歌舞表演，倒还挺开心的。可就在看歌舞表演的时候，旁边有两个知识分子模样的人在说闲话。你说别的就算了，可这些知识分子就是讨厌，别的不说，一说就装出自己什么都懂，一副才高八斗、学识过人的样子，一谈就谈些国家大事。万历去的时候，他们正在议论张居正的功过是非，谈得眉飞色舞。
一个说：“我看啊，张居正的功劳还是主要的，还是有真才实学的。你看，他当元辅的时候，国家搞得多好。”
另一个摇头：“不见得。这张居正嘛，学识是有的，才干也有，但你说他当元辅的时候搞得有多好，倒不一定。我看他啊，比起高拱来，水平还是差了那么一点。”
第一个人不服气：“高拱有什么好的？我看不出他有什么明显的政绩。像人家张居正，在经济上有一条鞭法，在人事上有唯才是举原则，有理论，有实践，都摆在那儿呢！”
另一人说：“你说的是事实，但这并不能说明高拱不如他啊。张居正用的好多政策都是从高拱那儿继承下来的。”
第一人摇头：“不对不对，我不同意你的看法。张居正不是继承了以前的政策，恰恰相反，他对以前的政策是一个颠覆，是一场革命，他开始了一个新时代。”
万历听他们说了半天，就是没有说到自己，忍不住插了一句：“哪皇上呢？皇上怎么样？”
这两人看了看他，觉得不像是间谍，一人就从鼻孔里哼了声，说：“皇上？皇上还不都是听张居正的。他有什么主意？他呀，就知道吃吃喝喝而已。”
另一人说：“哎，郑兄，说了半天，我还就同意你这话。皇上嘛，确实没有自己的治国方针，所有的理论，几乎都是从张居正那儿来的。我还听说，张居正有时候训斥皇上，就像训斥小学生一样，哈哈。”
万历的脸色马上不好看了。身边的两个大内高手见万历脸色不对，立马喝道：“大胆，休得胡说！”
两人见对方这样的气势，不知是什么样的来头，有些害怕，低声说：“我们是实话实说嘛，这么凶干吗？犯什么神经病。”
万历红了脸，站起身，拂袖而去。到了外面，沉着脸，对跟上来的两个大内高手说：“把他们抓起来！”又生气地说：“这些书生一不管就要乱套，看来又该教育教育了。”
回到宫里，万历前几天的高兴就不见了，成天皱着眉考虑问题。一日，万历在后宫看文件，看着看着，象想起什么，抬头问身边的郑贵妃：“你觉得我在大臣心目中的地位高吗？”
郑贵妃一时没有明白他的意思，说：“怎么不高？你是皇上耶！”
万历说：“我觉得我的地位其实并不高。”
郑贵妃奇怪地问：“不会吧？还有谁能高过你？太后她们现在已经老了，身体不行了，精力也跟不上，几乎是两耳不闻窗外事，肯定没有你的号召力大。冯保这老太监以前在宫中还有些死硬分子，但现在也不行了，冯保一倒，他们也呼啦啦似大厦倾，作鸟兽散了。你说还有谁能比过你？”
万历说：“你在想想，在外廷呢，外廷就没有人了？”
郑贵妃想了半天，说：“外廷？外廷嘛，以前张大人可能有些号召力，但他已经过世了，现在怕是没有人了……”
万历压低声音问：“难道死的人就不算了？死的人就不会比我高了？”
郑贵妃有些明白过来：“你是说张大人……”
万历站了起来，反手背在身后，在房间里踱来踱去，说：“张先生是死了，可我觉得他还活在很多人心里，而且活得越来越有滋味了。在很多大臣心里，只有张元辅，没有我皇上。十年来，人家都只知道张元辅的功绩，不知道我皇上的辛苦，都知道张元辅的著作，不知道我皇上的圣旨。什么叫功高盖主？这就叫功高盖主。严嵩、高拱权力够大了，可他们还是在先帝的领导下的，只有张先生，有时不是我领导他，而是他领导我。”
郑贵妃说：“他后来不是自觉退出，让权给皇上了吗？”
万历摇头：“他的地位早已建立起来了，后来的仅仅是个姿态而已，远远不够。”
郑贵妃看着万历，小心翼翼地问：“皇上的意思是……”
万历的拳头砸在桌子上，咬着牙，压低声音说：“现在，冯保倒了，内阁的关系也理顺了，只剩下张先生了，只有消除他的余威，才能树立起我的权威。张先生不倒，我朱翊钧就站不起来。”
郑贵妃看着万历这凶狠的样子，有些害怕地问：“那么皇上你要怎样？”
万历突然停住不说了：“你不用多操心，你休息去吧。”
在万历的心里，已经想好，只有速战速决，以最快的动作把张居正几十年的余威给压下去，才能建立起自己的权威。
万历这心思不知怎的就传到了大臣的耳中。一时间，朝中又开始暗潮涌动了。大家都知道，一场针对张居正的战争是必不可少的了。大臣们都开始暗中联系，讨论如何按照万历的心思来反对张居正。有关系好的大臣在晚上串联时，怕别人知道，还定下了暗号，像什么“天王盖地虎”、“土豆，开门吧”之类，好让自己人知道。一时间，整个京城一到晚上，只听见“我是大米，请回话”、“一二三四五，上山打老虎”、“请给我一支烟”之类的暗号。
没过多久，朝廷大臣们暗中分成了两派，虽然都是反张居正的，但立场不一样，一派是坚定派，一定要把张居正置于死地，这派的人大多是以前跟张居正有仇的或是想拍万历马屁的；一派是温和派，是那些主张实事求是的人，大多对张居正的政绩还是有点认同的。两派斗得异常厉害，常常为一点小事翻脸。
万历十年十二月十四日，陕西道御史杨四知率先跳了出来，弹劾已故太师张居正，称张居正有十四大罪状。杨四知这人没有什么水平，坐到这位子也是靠拍马溜须赚的，思路也不是很清楚，这弹劾奏疏还是学了人家当年傅应祯等人的思路，说张居正专横霸道、欺君蔽主、拉帮结派、贪赃枉法等等。但以前万历看傅应祯的奏疏时觉得很不高兴，惩罚了傅应祯，现在时间不同了，形势变化了，万历的考虑也就不一样了。万历看着奏章，就说：“想不到这张先生还有这么多的事瞒着我。”
大臣忙说：“是呀，是呀，这张居正也太对不起皇上你对他的培养和爱护了。”
万历作出很为难的样子来，想了半天，说：“你们看，这张居正怎么处理才好？毕竟以前做过元辅，当过太师。”
大臣们早知道万历心中的算盘，都立即说：“皇上心地善良，还很看重以前跟张居正的情意。但是皇上，这张居正是个奸臣，你和他虽然私交甚好，但从国家和朝廷的角度出发，你应该屏除私心，公正无私地对他进行审判。”
万历仿佛很痛苦地“嘶嘶”吸着冷气，问：“真的要处罚他吗？”
大臣们异口同声地说：“要！”
万历点头：“那好吧，就处罚吧。”
于是圣旨就下来了：
“居正，朕虚心委任，宠待甚隆，不思尽忠报国，顾乃估宠行私，殊负恩眷。念系皇考付托，待朕冲龄，有十年辅佐之功，今已欤，姑贷不究，以全始终。”
但对张居正提拔上来的那些人就不客气了。万历下令严惩张居正的亲信和门生。一时间，游七、庞清冯昕等人纷纷落马，被锦衣卫抓进监狱严刑拷打。其他虽然不是亲信，但与张居正有关系的人也没能逃过去：刑部尚书殷正茂、总督两广兵部尚书陈瑞被弹劾，说曾经贿赂给张居正，被迫辞职；湖广巡抚陈省被弹劾拍张居正马屁，派兵护守张居正老家，又为了张居正破坏荆州的文物古迹，被革职为民；最可怜的是张居正的几个儿子，被弹劾说他们的文凭都是假的，是一些官员看在他们父亲的面子上送给他们的，被万历全部抹去功名，沦落为普通百姓，成为一时笑谈。
在处理张居正亲信的同时，万历又重新起用了以前张居正在位时被打倒的一批官员，王国光、郭惟贤等人都又重新复出。
