8月30日前轮船公司只派了几艘船，每船仅仅运了二三百箱的文物，一共不过一千多箱。那志良找到民生公司负责人，按照协议签署的内容，8月末还未运完，故宫要派兵封船。民生公司害怕封船，叫上中国联运社的负责人，同那志良说情，再三恳求才达成共识。定每三只船里有两只船运送故宫文物，一只船用作疏散旅客。从这天起，每日都有船可装，直到9月10日，文物就只剩下了两百多箱。按照约定这二百箱要坐长虹轮去乐山，可长虹轮太大，上游的水位很浅，船不敢开过去，于是只好等到第二天小一点的民选轮，一路很顺利到了乐山。
乐山数里外有叫观音场的地方，每船文物都要在那里卸下来，然后再转坐小木船，小木船一直逆水到安谷乡，中途全要靠纤夫拉船。那些纤夫们赤裸着上半身，光着脚，踩在岸边的石堆上，口上喊着号子，步伐整齐一致，很有力量和生活质感。船在江里逆着水，显得超乎寻常的平稳。每个祠堂相距并不很远，但有时要穿过田埂，走起来就很吃劲。所有的祠堂都装满了文物，只留下一块作为工作人员办公休息的地方。民国二十八年（1939年）9月，就在这里成立了乐山办事处的前身，经过工作人员的添砖加瓦、精心修葺，慢慢成立了乐山办事处。
（四）
文物转运大后方一共分为三路。
南路：南京——汉口——长沙——贵阳——安顺。
押运人员：庄尚严、曾湛瑶、那志良、朱家济、李光第、郑世文。
中路：南京——汉口——宜昌——重庆——宜宾——乐山安古镇。
押运人员：马衡、杭立武、吴玉璋、牛德明、李光第、徐森玉、朱学侃、刘官鄂、梁廷炜。
北路：南京——徐州——郑州——西安——宝鸡——汉中——峨眉。
押运人员：马彦祥、王志鸿、吴玉璋、那志良、黄贵生、梁匡忠。
安顺的80铁皮箱是故宫选取的重要文物，不做细述。只看各馆院和其他机构寄存在南京库房的文物，这些文物同未运出的陷在南京的文物在数量上的具体情况是这样的。
故宫文物南迁到南京朝天宫库房，加上古物陈列所、国子监、颐和园的一共是19550箱，其中有故宫的文物13480箱。疏散到乐山的一共是9369箱，疏散到峨眉的一共是7281箱，陷落在南京的一共是2900箱。文物迁出的时候并没有规定先运哪一家后运哪一家，所以各处的文物迁出的情况不一，幸运的比如国子监的文物就全部运出去了，而故宫的却陷落了2770箱。此外，安徽图书馆存在南京朝天宫库房的28箱文物，中央图书馆存在库房的善本书2箱，都代为运出来了，分别在渝、蓉两地交由原机关接收。
为了适应时局，战时的故宫做了临时的调整，因为国民政府的原因，总务部门设在重庆。三个储存文物的地点设了三个办事处，安顺的办事处由庄尚严做主任，朱家济、李光第、郑世文做理事。乐山办事处由欧阳道达做主任，刘官谔、梁延炜、欧阳南华、曾湛瑶做理事。峨眉办事处由那志良做主任，吴玉璋、薛希伦做理事。
平时的工作就是维护和监管，防火、防潮、防盗等等。乐山峨眉两处的文物箱数众多，而且迁运仓促，为后来文物的查找带来了很大的麻烦，所以在这两处还有文物索引的工作，另外还有文物的编目工作。在南京的时候古物馆的工作人员主张把书画开箱上架，分类储存，马院长觉得时局未定，上架有些不妥，所以只做了分类，工作做到一半，迁运的命令下来，就被迫终止了。现在文物停在大后方，只好重新编目并与原清册核对。库房的变动，上面提到了，华严洞被日军包围，文物被迫迁往四川巴县的石油沟，在风景秀丽的“飞仙崖”租了一个库房。
乐山办事处的库房上面没有交代名字，在这里一一列举出来。他们分别是：宋氏祠堂、三氏祠堂、赵氏祠堂、易氏祠堂、陈氏祠堂、梁氏祠堂和古佛寺。民国三十一年（1942年）的春天，古佛寺的库房文物并入到其他的库房当中，实际上的库房减少一个。
同年又发生了一个转移的事情。峨眉县城东门外的大佛寺库房文物被迫转移，转移的新库房并不远，在南门外的四公里处的山边上，一个是“土主祠”，一个是紧挨着的许氏祠堂，大佛寺的文物全数搬过去了。
抗战期间故宫的人事变动也比较大，主动请辞和被迫离职的都很多。
战事吃紧国家疲于应付，故宫却能在夹缝中绘声绘色起来。故宫处在抗战的艰苦时期，前后却做了三次文物展览，虽然规模都不是很大，但是却见证了故宫人上进的决心，其中民国二十九年（1940年）春文物在苏联展览，民国三十二年（1943年）12月文物在重庆展览，民国三十三年（1944年）文物在贵州省立艺术馆展览。
琐碎记——古物也有灵
大量的珍贵文物迁运，路途遥远，环境恶劣，难免要发生意外。这些意外在故宫的历史中，变成了一道道鲜亮而又结实的疤痕，而这些疤痕又让故宫在历经沧桑之后变得大气而深沉。
（1）宝鸡有四个窑洞，以储备故宫文物为由所挖，文物迁出宝鸡后由西安行营自行改成军火库。日军的飞机曾鸡啄米一样排炸过那里，被炸后的四个洞库能见到通天的光，军火都埋在里面，幸运的是文物没存在那里。故宫人皆惊叹，那之后故宫的文物就有了神灵庇佑之说。
（2）新绥公司的一辆卡车，载着故宫的十几箱宝贝，行驶到绵羊附近的一个便桥时不慎翻了进去，当时正值冬季，便桥很低，河水枯缩得厉害，翻车的地方正好没有水，满车的文物都是文献馆的档案和图书馆的书籍，不怕震动，箱子也没有损毁。
（3）由宜宾开到乐山的船有两处卸船的地点，这些全看上天的眷顾，若是江水较多就可以到县城的门口卸船，若是江水少则只好在观音场卸船。恰巧那次江水多，船在县城外卸了，到了最后一船，所有工作人员都跟着文物上去，要一同回到安谷。船在江中心行驶，由纤夫们拽拉，起先行的还可以，突然纤绳就断了。船在江心打转，顺着江水疾驰而下，撑舵的控制不了方向，船上的人都吓呆了，疾呼救命，岸上的人眼睛瞧着，心里急却帮不上忙。这样船必然要行驶到岷江与府河的交界处，撞在大佛的脚下。船上的人心急如焚悔不当初，却不想船行驶了一段后竟然偏离了江道冲上了岸边的沙地，谢天谢地，一船的人外加文物算是保住了。
（4）峨眉县城发生大火，从城内烟馆的床榻上一路烧到西门外的草房，所到之处化为灰烬，当时城内没有自来水，只有拆出火道来阻止火势的蔓延，可大家都心存侥幸，不肯拆了自家的房子。那时东门外的文物已经迁出去，西门外大佛寺的文物却还在。故宫的负责人找来保长，强迫拆了西门外的几间草房，不久大火蔓延过来，因为没了介质所以止步不前，文物逃过一劫。
（5）这些中华文物，穿越遍地烽火，最终各自找到隐蔽处喘息稍歇。途中翻车翻船，惊险当然无数，可最终都是死里逃生，人、物无恙。那志良回忆：“我这才开始相信古物有灵，否则大家为什么总能在敌机轰炸、千钧一发时安然离去，翻车、翻船也都平安无事？甚至在文物东归的路上，也是如此。民国三十五年（1946年）1月，文物开始运回南京。这其中有十个石鼓，可能是西周的，年代最晚也应该是秦代的，其价值不可估量。在黔江到龙潭的一段下坡山路上，装有石鼓的汽车司机为了省油，将油门关掉，任由车子按惯性往下冲。谁知在一个弯路处突然对面有一辆汽车开来，司机赶紧把方向盘一转，碰上了山头，于是他又再往反方向转动方向盘，车到崖边，翻进了山涧。幸运的是：一、人在车掉崖之前跳了出来，没有受伤；二、由于石鼓本身很沉，所以仅放在车上，没有用绳索捆扎。第一次翻车，车底朝天时，石鼓已经落到地上，第二次车子再翻，落入山涧时，石鼓仍在地上。如果当时将石鼓和车子捆在一起，这件稀世文物就一定被毁了。”
（6）中国联运社同民生轮船公司运送文物的时候，有过一次事故。当时江上行船受限，大家运送文物的心情又很急迫，所以一有船派来大家都很开心。有一次说是有一艘大船可以装，故宫博物院职员朱学侃先生同工友去查看舱位大小，当时船上漆黑一片。朱学侃吩咐工友回去取手电，自己则信步在甲板上走动，不想竟然失足跌入未盖的舱口内，重伤身亡，他是故宫为了保存文物献身的第一人。
（7）文物运往安顺的时候，要穿过贵州的崎岖山路，有些路不能走大车，只好卸下来用小车推。当时已经年近花甲的徐森玉，随车押运，在一次翻越山梁时不甚发生车祸，折断了腿，从此只能拄着拐杖行事。文物从华严洞迁出，改运重庆，徐森玉拖着残腿一路随行，中途在一条大河边上被土匪劫了。徐森玉以为花一些钱就能了事，没承想这些土匪是早有预谋，非要让徐森玉自己的儿子做人质，方能放行。此时徐森玉的儿子，刚从国外留学回来在上海一家银行做事，为了国宝徐森玉给儿子去了家电，儿子赶来时还不知道自己被父亲卖做人质。徐森玉用自己的儿子换了国宝的安全，后来其子同土匪斗智斗勇，也得以脱身。
（8）徐州、郑州火车站被炸，穿越秦岭时遭遇土匪，汉中的手榴弹误炸，汉中机场被炸等等的事件皆是化险为夷，故宫的国宝不得不说有灵了。
马衡之孙述：“文物南迁10多年，历经种种险阻磨难，始终为国人所关注。沿途得到了各级政府通力协助，文物所到之处都留下了曾为护卫国宝立下不朽之功的、可歌可泣的普通士兵和平民百姓的故事。而文物常常化险为夷，使‘古物有灵’的说法广为流传，且与‘国家的福命’联系了起来。1947年9月3日，马衡院长在北平广播电台作了《抗战期间故宫文物之保管》的著名演讲，他说：‘抗战八年之中，文物多次险遭灭顶之灾，例如当9000多箱文物由重庆运往乐山途中暂存于宜宾沿江码头时，重庆以及宜宾上游的乐山和下游的泸县都遭到敌人的狂轰滥炸，唯有宜宾幸免；长沙湖南大学图书馆在文物搬出后不到4个月就被炸毁；重庆的几个仓库在搬出后不到一个月，空房也被炸掉；从南郑到成都时，存放在南郑文庙的文物运出后刚12天，文庙就遭敌机投下的7枚炸弹夷平。像这一类的奇迹，简直没有法子解释，只有归功于国家的福命了。’”
