重新夺回关中，刘邦决计要跟项羽决一雌雄，一较高下。“汉二年，汉王与诸侯击楚。”
而关中这个理想的根据地留谁来看管呢？当然是踏实、牢靠、虑事周密的萧何了。萧何留在关中，“除秦社稷，更立汉社稷”，采取多种措施，扩大巩固汉政权，安抚百姓，恢复生产，医治战乱创伤。他制定颁布新的法令，初步完善汉政权的行政机构；着手建设公共设施，开放原秦朝的皇家园林供百姓耕种，减免赋税。在基层管理上，萧何在各乡村实施由乡民推举年长德高的人，任命其为“三公”，每乡一人，在乡里三老中再产生县级三老，辅佐县令，教化百姓，参政议政。在萧何卓有成效的治理下，关中地区农业生产迅速恢复，人民安居乐业，物资极大丰富，保证了前线的军需供应。
萧何留守关中，其肩负的责任是极其重大的，更为艰难的是他要独当一面地在开展工作。既要制定律令、实施管理，又要开展农耕、稳定人心，既要辛勤侍奉教诲太子，又要及时征兵发卒、运送粮草到前线。庞杂繁琐的事务要求他虑事须周密细致，处事须坚决果断，眼观六路、耳听八方，滴水不漏。一个人能事无巨细地把眼前这些事样样不差地办好，我们都不得不称赞其为出色的管家了，而萧何在日理万机的繁忙之余，却时刻不忘一件事，“辄奏上，可，许以从事；即不及奏上，辄以便宜行事，上来以闻。”萧何在干好这些事情的同时，还不忘及时向前方的刘邦请示汇报，批准了，他才去办；有些事情一时紧急来不及请示，他酌情先办，等刘邦一回到关中，他抓紧前去汇报。——一个成熟的管家，时时刻刻心里装着主人，唯主子之命是从，不见主子发话，不越雷池半步，这是赢得信赖的基本技巧。何况萧何这个管家，替刘邦照看的可不仅是楼堂宫室、粮仓畜栏，而是一片偌大的江山基业。时常这种角色，勤勤恳恳尚难避免小人挑唆、主子猜忌。萧何对此了然于心，他不惜走个极端，来个事事请示、件件通报，给主子的心里不留半点阴影，敞敞亮亮，踏踏实实。在萧何这里，眼中有无上司、上司信任程度，此乃大事，绝非可有可无的细枝末节。
即使如此谨慎小心，仍难尽消主子心头的疑虑。刘邦与项羽前方交战正酣，“上数使使劳苦丞相。”却接连派人到关中问候丞相萧何。萧何觉察出其中的蹊跷，他的心腹鲍生赶忙也提醒他：“王暴衣露盖，数使使劳苦君者，有疑君心也。”主子这是怀疑你了。一般人遇到这样的情况，难免牢骚满腹，自个儿尽心竭力，反遭疑忌，未免太伤自尊，不如甩手撂挑子呢！萧何视之为正常，设身处地想想，刘邦面对强大的西楚霸王，胜负并无十分把握，丞相把关中治理得井井有条，人心归附，万一他在前方落败沦作流寇，丞相会不会反戈一击，来个关门拒客，届时有家难回也说不定。刘邦三番五次派人回关中，名曰慰问丞相辛苦，实则是打探情况。萧何的为人，绝不容主子对自己有半点的担心，摸准准了主子的心思，他召集起家中兄弟子孙，连夜打点行装奔赴前线。刘邦见丞相把家人全都打发到自己身边，一同出生入死，疑虑顿消，喜形于色。——在疑心者面前，言语是苍白的，唯有行动才是最有效的宽心剂。
汉王五年（公元前202年），“高祖与诸侯兵共击楚军，与项羽决胜垓下”，项羽大败，自刎于乌江。同年三月初三，刘邦“即帝位汜水之阳（今河南荥阳）。”正式建立大汉王朝。随后移驻洛阳，大宴群臣，论功行赏。“以萧何功最盛，封为酂侯，所食邑多。”
在刘邦打败了项羽、称帝登基后的一年左右时间里，他手下的文臣武将一直在为功劳大小争论不休，相持不下，萧何事不关己似的，仍在默默做着手头的事情。最后，高祖刘邦拍板，萧何被评为大汉第一功臣，位列座次第一，同时给予其特殊的待遇：“赐带剑履上殿，入朝不趋。”朝见皇帝时可以带剑上殿，不必趋步。如此高的恩遇，无疑是把萧何置于群臣之上，作为皇帝特别依赖的角色。
这样的论功排位，那些曾经在战场上拼死征战的武将自然是心有不服，刘邦对此是有预料的，他给愤愤不平的将军们好好地上了一堂课：
刘邦问：你们知道打猎吗？
众答：知道。
刘邦再问：“知猎狗乎？”
众将暗忖：谁会没见过猎狗呢？
刘邦接着说道：“夫猎，追杀兽兔者狗也，而发踪指示兽处者人也。今诸君徒能得走兽耳，功狗也。”猎场上，亲自追捕野兽兔子的是猎狗，而发现野兽兔子并指挥猎狗往哪里追的，是人，诸位能够勇往直前地追捕野兽，发挥的是猎狗的作用。“至如萧何，发踪指示，功人也。”至于萧丞相，他发现野兽踪迹、指挥猎狗方向，起到的是“人”的作用。
萧何在刘邦心目中的地位，由此可见一斑。
萧何靠着他孜孜不倦的努力和勤勉严谨的办事风格，使刘邦不得不对他另眼相看。在刘邦眼里，萧何已经成为大汉江山开创、巩固所仰仗的智慧之身，绝非那些猛打猛冲的一介武夫能与之相提并论。还有另外一层更令刘邦自觉地要给予回报的，刘邦对众人说：你们各位仅仅是一个人独自追随我，顶多再带两三个兄弟，“今萧何举宗数十人皆随我，功不可忘也。”萧丞相可是义无反顾地带着全家几十口人来追随我，这样的忠恳我能忘了吗！当然，这其中刘邦没有提及的是：当年萧何为我办了多少事、帮了多少忙，你们知道吗？
但我们必须承认，如此格外地信任和器重，固然有老伙计的情分，起关键作用的，还是萧何人格的魅力和处理复杂问题的卓越才干，一切功劳赏誉都是他用一点一滴的实际行动换来的。——萧何的处事为人与那些一味奉承的将相不同，他内敛而踏实，胸怀韬略但不张扬，悉心观察上司心理但不阿谀肉麻，他秉持的是从小处把件件事情做到位、做到完美、做到你心上去，再孬的上司，面对这样令人放心的下属，他都会被感化、被征服，会因得心应手以至于须臾离开不得。
