阎锡山在积极筹划其复出活动的同时，还加强了晋绥军的建设，并在河边村频繁接见山西军、政、教和工商各界人士，“日有数客”，以便了解掌握省内情形，为其复出作准备。在他回到河边村后，即叫杨爱源、孙楚前去，面授机宜。“杨、孙接受了阎的指示，立即组织了晋绥军事整理委员会，杨任主任委员，孙任副主任委员。各军师长均为委员。下设总务、考核、教育和补充四处，编制名额百余人。旧日曾任过军师旅长的二十余人，都被委为中将和少将督练员，派在各处服务。如梁培璜即派在考核处，曾去临汾一带，点发杨澄源69师的8月份饷项。所有督练员的任务，都和梁培璜一样，每月到各部队去考察、点名或校阅”（《阎锡山统治山西史实》第172页）。而从杨爱源到各督练员，都只向阎锡山负责，这样，通过他们，阎锡山未雨绸缪，对晋绥军加强了控制与管理，所以，他复出后的“清退客军”的行动能得以顺利进行。
同时，阎锡山对于他复出后如何进行经济建设,也做了一些工作，如他“与由太原建设厅长介绍来河边之水利技正，研究开发山西水利。计划先在河边村择地，亲自实验凿深井机器”。此外，他还利用闲暇，亲自执笔拟定《阎氏家族自治规章》，编撰《阎氏族谱》。
“9·18事变”后，中日民族矛盾的加剧，使国民党内部的派别之争暂时缓和。1932年1月2日，国民党中政会召集紧急会议，决议邀蒋介石返回南京，主持大计。1月16日，“汪精卫到杭州与蒋介石会晤，双方达成权力分配协议”（李松林等编：《中国国民党大事记》解放军出版社1988年版，第218页），宁、粤（南京国民政府与广东国民政府）合流。1月28日，日军进攻上海闸北，驻沪的国民党第十九路军奋起抵抗，“1·28”事变爆发。日益上升的民族矛盾，加上赵丕廉、徐永昌、汪精卫、李石曾等人的疏通，以及阎锡山处理“12·18”惨案的表现，使蒋介石不能不表示对阎锡山“摒弃前嫌，团结御侮”，并接受了汪精卫的提议，派阎锡山为太原绥靖公署主任。1月29日，国民党中央政治局会议推举阎锡山为国民政府军事委员会委员，同时被推举的有蒋介石、冯玉祥、张学良。2月18日，汪精卫给阎锡山来电，称“……介石及弟拟提议设太原绥靖公署，指挥统帅晋绥两省军队，并拟请公为主任，如荷赞同，拟即发表，立复为盼，弟兆铭巧”。阎锡山接电后的第二天即复电汪精卫，称“倾奉巧电，并悉一是，弟以多病之躯，本不堪再任繁剧，惟此国难主殷之际，兄与介兄既如此拟议，弟自当勉任其职也”（《阎锡山年谱》（四），第1664—1666页）。阎锡山的回电虽然如此，多少有些矫情，其实，他心里早就盼望的不正是这个结果吗！
之后不久，国民政府的正式任命发表。2月27日，阎锡山由河边村回太原，略作布置，即于当日上午10时，在山西省政府大礼堂举行了就职典礼，正式就任太原绥靖公署主任。何应钦代表国民政府出席了就职典礼。阎锡山下野蛰居一年有余后，终于东山再起，重掌山西。
复出后的阎锡山，所面临的问题都令他感到棘手，却又必须加以解决。中共山西地下党组织的相继恢复和广泛开展的民主运动，广大学生和民众抗日救国运动的日益兴起，这些都不能不使阎锡山感到担忧，而最为棘手的问题，却是待在山西的十几万“客军”，以及濒临崩溃的山西财政金融。
十几万“客军”对山西地方的滋扰，已使当地官民不堪其苦，怨声载道，而他们企图长期对山西的占领，对复出后的阎锡山对山西的统治，更造成了严重威胁。因而阎锡山一就任太原绥靖公署主任，便抓紧了“清退客军”的工作。为此，他一面以客军经费山西已“难再筹垫”为由，向当时的华北军政负责人张学良提出了予以解决的要求；一方面利用徐永昌的特殊身份，向各方游说。徐永昌对宋哲元说：不要困死山西，应把目光放远大，要设法向外发展，否则是不会有什么前途的。并建议宋哲元不妨走孔祥熙的路子，注意向孔拉拢。同时，徐又以同乡身份游说孔祥熙，说“山西遭受杂牌军的灾害，我们都是山西人，应关心山西地方”，还建议孔要抓住机会，培植自己的军事力量。不仅如此，徐永昌甚至直接向蒋介石反映山西的“客军”问题。他在晤见蒋介石时，就说：“现在晋民所苦，首在少数不守纪律之客军，鲍刚、张人杰两部尤为地方人民所痛恶，但又不便迫其解散，最好能设法调开”（赵正楷：《徐永昌传》第209页）。徐的建议得到了蒋介石的允诺。客军陆续从山西境内开走。1932年7月19日，日军进犯热河。8月14日，国民党中央任宋哲元为察哈尔省主席，宋军大部及庞炳勋先后由晋赴察，次年初，“鲍刚、张人杰、孙殿英等部亦离晋北上。5月28日，在泰山养病的冯玉祥下山赴察，通电抗日，组织‘民众抗日同盟军’，于是，方振武、鲍刚、张人杰、孙良诚、吉鸿昌、刘桂堂、孙殿英等皆归之。此时驻晋客军，只留宋哲元部之张自忠师尚驻平定阳泉一带。待二十三年（1934年）三月，北平军分会令调张部开察后，山西全省已无客军在晋”。在此之前，1933年春，冯玉祥部大部和手枪团、炮兵团、军官学校亦开往张家口附近，“但留有手枪团300余人，迟迟不动。山西方面即由晋绥军第71师207旅旅长温玉如率兵一部，前往包围缴械。缴械后，对晋籍官兵发给川资，令各回原籍；对外籍官兵，则集中押送到榆次车站，上了火车才发给路费令行”，予以遣散（《阎锡山统治山西史实》第173—174页）。
在“清退客军”的同时，阎锡山还把连队空名予以剔除，以防部队主官吃空额。并为缩减军费开支，裁汰了一部分老弱官兵，又召集了一批失业的闲散军官，编为优待失业军人的屯垦队，派遣到绥远西部从事开垦。第70、72、73师的老弱残病士兵，亦同时前往，在包头设立了办公署，阎锡山自兼督办，由七十师师长王靖国任会办，代理阎的督办。屯垦队对外说是阎主任“决心造产救国，并遵孙总理垦荒遗教，实行屯垦，为海内倡”，但实际上，这支屯垦队是在绥西种植鸦片的。原来，阎锡山为了解决其财政困难，即把种植鸦片作为了一条生财之道，他借口为修筑同蒲铁路筹措巨款，把鸦片烟制成“戒烟药饼”，实行官卖，令“禁烟考核处”承办专卖，每县设一“禁烟”委员会，监督县长推销药饼。这些制造药饼的原料鸦片烟，除一部分是从农民手中低价收缴、禁烟考核事物所没收，以及从甘肃、青海、宁夏等地采买者外，其余大部分主要是绥远“屯垦处”所种的鸦片。如屯垦处原计划种3万亩，第一年即1932年种了6000亩，预计产烟土60万两。而当年共没收烟膏20余万两，连同“禁烟考核事物所”存储以前没收的烟土10余万两，总共才30余万两。从1932年8月开始发售药饼，到1937年抗战爆发停止售卖，六年中即共获利2000万元（《阎锡山统治山西史实》第175页，第192—193页）。阎锡山是坚决反对人民吸食鸦片的，可是他却以“寓种于禁”的办法，大量种植鸦片，大肆销售所谓的“戒烟药饼”，荼毒人民，这不能说不是其阶级本性使然。但是，阎锡山此举，对于缓解山西的财政困难，开办“公营事业”，也确实起到了一定的作用。
阎锡山复出后，另一个让他头痛的问题是晋钞的急剧贬值，并由此而导致的金融危机和工商业的萧条。中原大战之前，阎锡山为了筹措军费，不断扩大省钞发行量。据统计，到“阎锡山逃亡大连时，晋钞发行总数已高达7000余万元”（《阎锡山和山西省银行》第43页）。由于晋钞发行量迅速扩大，使晋钞与银元的比价，由1929年的1:1，跌至1930年的13:1。晋钞开始陷入“毛荒”危机之中。而倒蒋战事失败后，以往流行于平、津、冀、察等地的晋钞，以及发给倒蒋联军的晋钞，同军队一样，形同飞蝗般全数涌回山西，更使“毛荒”的晋钞，雪上加霜，到1931年，晋钞与银元的比价，进一步跌至30:1。晋钞已形同废纸，以往信誉较为良好的山西省银行信誉扫地。晋钞的急剧贬值，使山西经济大受打击。其中的当质业，1927年为660家，到1933年仅剩下306家，不及半数，钱庄业倒闭得也很厉害。
为克服金融危机，阎锡山出走大连后，省主席商震曾采取了“抽签兑现”的办法，即晋钞1元只能兑现洋4角，但“二五兑现”的办法，并未能从根本上解决问题。
面对如此严重局面，阎锡山下决心开始着手整理晋钞。因为他重新上台后即倡言的山西省政十年建设计划案，必须要有足够的财力和强有力的经济基础作保证，而眼下的晋钞“毛荒”，省银行的信誉全无，无疑成了他发展经济的最大制约因素。为改变这种状况，阎锡山首先采取了“二五存款，折收股本”的措施，即令省银行以1:2.5折收存款，定期5年，到期归还现洋。随后又改为折收股本，即要求存券户按1:2.5折价入股。这样做，对存户而言，虽然拿不到现款，但却能以每元折价4角入股，确比市面价20:1要上算得多。因此，以此办法省银行收回了一部分晋钞。紧接着，阎锡山严令省银行经理高步青，迅速凑足现洋100万元，作为回收省钞之用，否则从严惩办。阎锡山之所以如此威逼高步青，是因为高系商震所委，“1931年商震带他的32军离晋时，借口关发欠饷，又从省银行仅存的现金40余万内提走30万元”（《山西文史精选》（2）——《阎锡山垄断经济》山西高校联合出版社1992年版，第19页），并且高又有以落价晋钞套取银行库存现洋之行为。高步青对阎的严令，不敢怠慢，亲自出马，一日之内，即凑足了规定数目，得以交差。阎锡山以这100万元现金作准备，放弃了正“毛荒”的旧省钞，发行了兑现新省钞。新省钞1元撤收旧省钞20元。新省钞发行后，半年不到，旧省钞即全部收兑完毕。
与此同时，为了进一步巩固金融秩序，阎锡山又让省政府下令整顿改组山西省银行。根据《修正山西省银行章程》，改组后的山西省银行，实行“公营民监”，即“由山西省政府设置经营，由全省商民监督之”；其宗旨为“调剂全省金融，扶助经济建设”。银行的主要经营范围是：1、发行兑换券；2、经营省金库及省建设金库；3、募集和经理公债事务。并且规定“为巩固业务，防止流弊起见，概不借垫军政个费”。意在向社会表示省银行不再会像以往那样充当筹饷机关，而是依照金融机构的规则独立经营，完全可以相信。此外，阎锡山为使省银行的经营不再受改组前信誉扫地的影响，还将其重新注册登记。
省银行的改组于1932年7月结束，转入正常运行。对此，国民政府全国经济委员会所写的“山西考察报告”中，曾予以很好评价，称“改组后定为官营民监，以调剂全省金融，扶助经济建设为宗旨，现省政府当局，为力矫前非，防止流弊起见，严定规章，概不借垫军政各款，故迩来营业颇有起色，其基础也渐臻稳固。共有分行办事处27所，散布各县，总资本定为国币1200万元，自二十二年度开始，由山西省政府每月拨10万元，预定10年如数拨足，截至民国二十四年十月止，计已拨280万元”（《阎锡山与山西省银行》中国社会科学出版社1980年版，第75页）。经过这番整顿，山西金融危机基本得以克服，全省金融秩序初步走上轨道，而山西省银行也重新确立了在山西金融中的统治地位。
阎锡山复出后，对客军的“清退”和晋绥军的整顿，及其对金融的整理，应当说是成功的，其效果也是明显的。这些措施的采取，都有力地克服了山西社会混荡不安的局面，使山西社会秩序基本上趋于稳定，从而为其政治、经济和其他各项事业的建设，创造了一个比较有利的环境。
