建兴十一年（396年），慕容垂去世，同年慕容宝继位，在境内赦免罪犯，改元永康。任用太尉库辱官伟当太师、左光禄大夫，段崇为太保，其余人各授不同官职。遵照慕容垂的遗令，检查户口，将军营遣散，分配给各郡县，确定士族原先的出身，明确他们的官仪，而法律严峻政令苛刻，朝廷上下人心各异，百姓中十家就有九家想反对他。
慕容宝一继位后，就派遣卫将军、赵王慕容麟逼继母成哀皇后段元妃说，你经常在先皇（慕容垂）面前说主上（慕容宝）不能嗣守大统，并扬言段元妃如果不死，慕容宝就将诛杀段氏家族。段元妃怒骂慕容宝逼杀继母，肯定也不能保守社稷，然后自杀。
当初，慕容垂因慕容宝未确立嗣子，经常忧虑这件事。慕容宝庶子清河公慕容会多才多艺，有雄才大略，慕容垂很器重他。慕容宝出兵北伐时，便派慕容会代他掌管东宫之事，总录朝政、待遇和太子一样，因此可以看出已确定的意图。慕容垂去讨伐北魏，因龙城是旧都，宗庙所在地，又派遣慕容会镇守幽州，将防守东北的重任交给他，精心选派下属官吏辅佐他，以提高他的威望。慕容垂临终时留下遗令，让慕容会当太子。而慕容宝则宠爱小儿子濮阳公慕容策，立太子的意图不在慕容会身上。慕容宝的长子长乐公慕容盛自以为他和慕容会是同父所生而又比慕容会年长，以慕容会先于自己为耻，于是极力称赞慕容策适合当太子，而诽谤慕容会。慕容宝知道后非常高兴，就询问赵王慕容麟、高阳王慕容隆，征求他们的意见，慕容麟等人都奉承慕容宝的旨意，赞成慕容策当太子。慕容宝于是与慕容麟等人定下计策，策封慕容策的生母为皇后，慕容策为皇太子，慕容盛、慕容会晋升为王
同年（396年），北魏道武帝亲率四十万大军伐燕。魏军先攻并州，骠骑将军慕容农率军迎战，打了败仗，返回晋阳，守将大司马慕舆嵩紧闭城门，拒绝让他进城。慕容农率领数千人逃回中山，走到潞川，被北魏的追军赶上，除慕容农一人逃回外，其余的人马全军覆没。慕容宝在东堂召见群臣商议。中山尹苻谟说：“北魏军队强盛，千里辗转争斗，乘胜而来，勇气倍增，如果在平原地区作战，他们的声势更强大，恐怕难以抵抗他们，应当选择险要的地方抗拒他们。”中书令眭邃说：“魏军大多是骑兵，军队行动快速、猛烈，但骑兵携带的粮草，不能超过十日，应该命令各郡各县将一千家编为一堡，深挖壕沟，高筑壁垒，清除郊野来对待他们，使魏军来后没粮草，无处得到食物供给，不超过六十日自然计穷而退去。”尚书封懿说：“现在北魏军对有十万之众，是天下的劲敌。老百姓即使想集中起来，也不能够自保，这其实是聚集粮草收拢武器来资助强大的敌人，况且动摇民心，向敌人显示自己的软弱。依仗险关抵御敌人，这是上策。”慕容麟说：“魏军现在乘着胜利，士气很高，他们的前锋不可阻挡，应当准备好防守设备，等待魏军疲惫了，然后攻击他们。”于是修筑城墙积累粮草，准备长久和敌人对峙。
魏军攻打中山，没有成功，进而占据博陵、鲁口，众守将望风而逃，各郡县都向魏军投降。慕容宝听说北魏内部出现了变乱，就率领全部军队出城和敌人作战，步兵十二万人，骑兵三万七千人，驻扎在曲阳、柏肆两地。魏军到了新梁。慕容宝害怕魏军锐利的士气，于是派征北将军慕容隆利用夜晚去偷袭魏军，溃败而归。魏军用两车并行的办法排阵而来，两军相持，慕容宝的将士都很惧怕，全军失去锐气。慕容农、慕容麟劝慕容宝返回中山，于是慕容宝就带领军队退去，魏军趁机追击他们，慕容宝、慕容农等人舍弃大部队，只率领二万人奔逃。当时正逢风猛雪大，冻死的人在道路上相互枕压。慕容宝害怕被魏军追上，命令将士扔掉战袍和武器，连一点兵器也未带回来。
魏军进攻中山时，驻扎在芳林园。当天夜晚尚书慕容皓谋图杀害慕容宝，让慕容麟当皇帝。慕容皓妻子的哥哥苏泥将这件事告诉了慕容宝。慕容宝派慕容隆去逮捕慕容皓，慕容皓和与他同谋的几十个人砍开城门逃向北魏。慕容麟心里害怕十分不安，用兵威逼左卫将军、北地王慕容精，谋图让慕容精率领禁卫军杀慕容宝，慕容精用正当理由拒绝了他，慕容麟很愤怒地杀了慕容精，逃往丁零。
当初，慕容宝听说北魏军队入侵，就派遣慕容会率领幽州、并州的军队赴中山。慕容麟已经叛逃，慕容宝害怕便先夺了慕容会的军权，准备派兵迎接慕容会。慕容麟的侍从段平子从丁零逃回来，向慕容宝报告了慕容麟的情况，说慕容麟在丁零招收兵马，军势强大，阴谋袭击慕容会的军队，向东占据龙城。慕容宝与太子慕容策以及慕容农、慕容隆等人带领一万多人马在蓟与慕容会会合。委派开封公慕容祥守卫中山。慕容会全力招纳贤士，整顿军容，步兵骑兵二万人，排成阵势而进，在蓟的南郊迎接慕容宝。慕容宝将慕容会的兵力分一部分给慕容农和慕容隆，派遣西河公库辱官骥带领三千人马协助守卫中山。
慕容会因慕容策当了太子，有怨恨的表情。慕容宝将此事告诉了慕容农和慕容隆，两人都说：“慕容会一个年轻人，单独掌管一方事务，养成了骄傲的习性所致，难道他有其他不轨的行为吗？我们将用礼仪去责备他。”幽州、平州的士兵都感念慕容会的威德，不愿意离开他，都向慕容宝请求说：“清河王天生资质神武，应变的谋略超过常人，我们与他誓同生死，感念王爷的恩惠，勇气倍增。请陛下与皇太子、诸王爷就住在蓟的行宫，派清河王统领我们向魏军进攻，以解除京城的围困，然后就接陛下还都。”慕容宝的近臣都忌妒慕容会的勇略，在慕容宝面前说慕容会的坏话，不允许慕容会带兵出征，慕容会的将士都有怨气。慕容宝的近臣劝慕容宝杀慕容会，侍御史仇尼归听到消息后告诉慕容会说：“慕容宝的近臣像这样秘密谋划，主上将会听从他们的阴谋。大王你所倚仗的只有父母，父亲已有除掉你的想法；所倚仗的只有军队，军队已经不让你掌握，进退都无路可走，恐怕没有自我保全的道理，何不杀掉二王、废除太子，大王你自己当太子，统率将相，从而匡扶国家。”慕容会不同意。
慕容宝对慕容农和慕容隆说：“观察慕容会将有叛变，这事是必然，应当早点动手杀掉他。否则，恐怕会酿成大祸。”慕容农说：“盗匪为害，国内不定，中原地区纠纷不断，慕容会能镇守旧都，安抚百姓使境内平安，京城有了困难时，他率部不辞万里，星夜兼程奔赴而来，威名远扬，可以震服戎狄。他又没有露出叛逆迹象，应当暂时隐忍。现在国家危急迫在眉睫，如再在内部杀戮，必然损害你的威望。”慕容宝说：“慕容会叛逆的图谋已经形成，而你们怀有仁慈之心，不想除去他，恐怕他一旦发难，必定先杀各位叔父，然后杀我。事情失败之后，应当想想我今天说的话。”
慕容农等坚持规劝，于是就停止了除去慕容会的打算。慕容会听到这件事后更加害怕，逃到广都黄榆谷。慕容会派遣仇尼归等人率领强壮的士兵二十多人分别袭击慕容农和慕容隆，慕容隆在当夜被杀，慕容农受了重伤。不久，慕容会又归顺了慕容宝，慕容宝有心想除掉慕容会，故意引诱安抚他，秘密地派左卫慕舆腾去杀慕容会，结果，未能伤害他。慕容会又逃到他的部队里去，于是率领军队向慕容宝进攻。慕容宝带领数百人马逃奔到龙城，慕容会率领军队追击他，并派遣使者告诉慕容宝请求杀掉他身边的奸臣，并要求立自己为太子，慕容宝不允许。慕容会领兵包围了龙城，侍御郎高云利用夜晚带领敢死队一百多人偷袭慕容会，打败了他，他的部下都四散逃去，慕容会单人匹马逃往中山，竟然冲过包围圈进入城中，结果，被慕容详所杀。
慕容详自立为帝，设置百官，更改年号。他放纵酒色，过着奢侈荒淫的生活，杀戮没有限度，杀害王公以下五百多人，震动了境内外，没有人敢违逆他。中山城中闹饥荒，王公大臣就饿死了几十人。慕容麟率领丁零的军队进入中山城，斩杀慕容详以及他的亲属党羽三百多人，他也自封为帝。中山城的粮食更加缺乏，饥荒闹得更为厉害。慕容麟带领部下离开中山城占领新市，与北魏军队在义台作战，慕容麟的军队被打败。魏军进入中山城，慕容麟逃到了邺城。
永康三年（398年），慕容德派侍郎李延劝说慕容宝向南进兵，慕容宝非常高兴。慕容盛恳切地向他进谏说，我军将士都很疲乏，魏军才平定中原不久，我军应当养精蓄锐，观察他们的变故，等待以后的时机。慕容宝准备听从李延的建议。抚军慕舆腾进谏说：“现在大军已经聚集，应当利用刚刚平定的机会以完成进取的功业。人可以命令他服从，却难以与他们谋划创业大计，只有圣上单独决定，不应到处征求意见，以致沮丧军机大事。”慕容宝说：“我的计谋已经决定，再有劝阻的，就杀了他！”慕容宝从龙城发兵，任用慕舆腾担任前军大司马，慕容农带领中军，慕容宝率领后军，步兵骑兵共三万人，临时驻扎在乙连。长上段速骨、宋赤眉因为士兵们害怕打仗，就杀了司空、乐浪王慕容宙，强立高阳王慕容崇为帝。慕容宝单人独马逃到慕容农那里，带兵讨伐段速骨。士兵们都害怕征战、叛乱，纷纷扔掉兵器逃走。慕舆腾的部下也溃散了，于是，慕容宝、慕容农催马奔逃，回到龙城。慕容宝的部下兰汗秘密与段速骨串通，段速骨率军攻打龙城，慕容农被兰汗所欺骗，暗地出城到段速骨营中，被段速骨杀死。士兵们全都逃散，慕容宝和慕容盛、慕舆腾等人向南逃去。兰汗拥立太子慕容策继承帝位，派遣使者迎接慕容宝，到了蓟城。慕容宝想继续北上回龙城，慕容盛等人都认为兰汗的忠诚还不知道真假，而你一人返回，如果兰汗果然有二心，那时后悔就来不及了。慕容宝听从了他们的劝告，于是从蓟城向南走。到了黎阳，听说慕容德自称皇帝，感到害怕，又退回来。于是他派遣慕舆腾到钜鹿去招集失散的士兵，慕容盛到冀州去结交豪杰，段仪、段温到内黄去招收旧部，大家都响应，愿意会合，按约定的时间聚集。恰巧兰汗派左将军苏超迎接慕容宝，慕容宝认为兰汗是慕容垂的小舅，慕容盛是兰汗的女婿，必定对自己忠诚没有二心，于是就回到龙城。兰汗将慕容宝引入城外的旅舍，将其杀害，时年四十四岁。
慕容宝死后，其子慕容盛即位，慕容盛的即位使得后燕王国的国势慢慢的有了一些恢复，那么他能否把握住这样的态势呢？
