如果说一点反应都没有，这也是不准确的，在这二十年里，有关台湾问题的奏折一直很多。比如在荷兰人迁移台湾后，福建籍名臣沈鈇曾上书南居益，提出了著名的《六策书》。提出了改变澎湖原本驻军方式，移民澎湖屯垦，增强澎湖防御，大力发展对外贸易，发展海军，建造新式战船，以经济和军事双重手段驱逐荷兰人出台湾的方略。但是南居益除了采纳了其中加强澎湖兵力一条外，对其他条款都没有采纳。虽然如此，此后因为明朝军费困难，沿海驻军裁撤者日多。澎湖驻军也名存实亡。原本是重镇的澎湖，一度成了刘香老，郑芝龙等海盗的乐园。一直到了后来郑芝龙被闽浙总督熊文灿招安，并平定刘香老等各路海匪后。明朝才利用郑芝龙的海商势力恢复了对澎湖列岛的控制。除此以外，在崇祯年间，如给事中何楷等言官们也曾有集结兵马，驱逐荷兰出澎湖的奏议，但并未采纳。可见，从官场来说，明朝政治家们并未无视台湾的情况。但是没有动作，却也是真的。
然而在两次的澎湖之战中，明荷水师对比的一个现实情况，或许能够给这个问题一个答案，一个比较现实的答案：实力。
今天我们在肯定澎湖之战，明朝水师浴血奋战勇挫强敌的辉煌时，却也不得不正视这样的事实：在荷兰人的第一次造访中，虽然只有两艘炮船，且遭到明朝优势水师的围困，但即使如沈有容这样久经沙场的名将，也不得不承认此时的明朝水师，绝无必胜的把握。也只有采取一吓二吼的方式，不战而屈人之兵。而到了二十年后的第二次澎湖大战，明朝调动上百战船，数万兵马，以十倍的兵力与荷兰人拉锯，但是战局却始终相持不下。当时的史料记载荷兰人的巨型炮船“坚铳大，能毒人于十里外，我舟当之无不糜碎。”也就是说，在实战中，荷兰人的战船虽少，但是无论是战船性能还是火力，都远远压倒了明朝水师。比起当时荷兰人已经拥有了排水量近千吨，载炮六十门以上的巨型战舰，此时的明朝战船与之相比，却几乎算是“小不点”了。即使是明朝著名水师军事家俞大猷，对海战的认识也是“海战是以大船胜小船，大铳胜小铳。”在那个世界海战已经进入完全热兵器化的时代里，决定海战的关键，就是船只的火力和吨位，而在这两条上，明朝都是完完全全的劣势的。
而如果看看从葡萄牙殖民者东来后，明朝与西方殖民者的历次战斗看，明王朝与西方殖民者的舰队交手，在许多重大战役中，火力和船只吨位都是吃亏的。往往都是集中数倍于敌人的兵力船只，最后才能艰难获胜。我们今天说到明朝的水上力量，无不想到当年“郑和下西洋”的光辉，宝船的烈烈风姿，令之后历代炎黄子孙心神往之。但是明朝中后期至明末，明朝的水师力量，相比于当时的世界，却已经开始落后了。郑和的巨型宝船早已经是昙花一现，此时的明朝，主力战船大福船，虽然明朝人自己说“高大如楼”，也曾出现过体积堪于西方舰船媲美的一号福船。但是总体来说，无论吨位还是载炮数量，乃至火炮的制造技术，非但不具备技术优势，反而是处于劣势了。
早在明朝中期清剿倭寇的时候，著名抗倭名将俞大猷就曾提出过“海防”的建议，即发展一支强大的海军，以海上力量巩卫国家的安全，但是巨大的开支，令明朝政府最终没有完全采纳。而这段时期，也是西方造船技术突飞猛进的时代。以火炮的配置而论，明朝虽然在抗倭时代，就已经出现了杀伤力强的海船重炮，但是按照《筹海图篇》的记录，这种重型火炮，往往容易在发射时造成船身的倾斜乃至断裂。就在同时代的西方，欧洲舰船设计者已经开发出了船舷炮门，即在船的侧身上托撑火炮的装置，可以发射重型火器。英国与西班牙之间的“加莱海战”上，英国人正是依靠这个技术优势重挫了西班牙。后来的荷兰人也学习了这个技术。在这个连接东西方航线的大航海时代里，作为传统农业国的中国，虽然也打开了国门，融入了世界市场，但是素来对海权的漠视，和对于经营海军的不作为，使当时的中国政府海军，虽然在近海尚能与敌人争锋，但对付越发强大的欧洲舰队，已经日益力不从心了。
明朝海军的落后，与其说是单纯技术上的落后，不如说是国家发展理念的落后，这是一个欧洲人不惜血本，主动拓展万里海疆的时代，却也是一个我们在被动中渐渐接受，被动应对挑战的时代。这一个起点上的差别，决定了东西方在整个海洋上的所有差距。
因此我们可以看到，以当时明王朝围剿澎湖荷兰侵略军的战局，固然明军成功形成了围困，以优势兵力与敌人对峙。但是以明朝水师的实力，围困容易，相持容易，要做到彻底围歼这支荷兰军队，却是何其难。沈国元的《两朝从信录》里记录了当时明朝政府水师和荷兰人在厦门海上交手的情景，明朝战船和商船被击沉者，竟多达七八十艘，身为总指挥的南居益，在他的《谨陈闽事始末疏》中也承认，以此时明朝水师的能力，与荷兰人在海洋上是“万难接济战”的。因此，即使合围局面已经形成，明朝用计谋烧毁了荷兰人的战船，但是荷兰人的据城死守，还是无法令明军获得胜利。这支入侵的荷兰舰队，明朝能够做到将其击退，已经是最好的结果了。更何况战事旷日持久，军费开支巨大，而众所周知，此时明朝最主要的大患，不是东南的荷兰人，而是北方的后金政权。
所以，当时荷兰殖民者对台湾的侵略，明朝即使知道，却也是无奈的。晚明的明朝政府，已是江河日下，天启时代政治腐败，阉党当道这些问题自不必说，最为要命的，却是从万历晚期开始明朝经济的亏损，这个封建制的帝国，此时已经无法把东南沿海蓬勃的资本主义萌芽，纳入整个国家的国民经济轨道中来。北方战争的危急局面，也让国家把更多的财政投入到北边的战事中去。这样下来是个恶性循环。东南沿海防务废弛——海盗和西方殖民者势力猖獗——国家贸易税收锐减——北方战事局面严重吃紧——东南沿海防务继续废弛。这是一个没落而又错过最佳调整时期的封建制帝国，在晚期必然会出现的景象。台湾的沦陷，只是这个恶性循环中的一环而已。
因此，即使知道荷兰殖民者的恶行，身为母国的明王朝又能怎么样呢？喊打喊杀的口号人人都可以说，但作为执政者，实力却才是基础。跨海东征，驱逐荷兰人，以当时明王朝的实力。是很难做到的。
而此时台湾的局面，也在恶性循环之中，站稳了脚跟的荷兰人，开始了以台湾为跳板，骚扰东南沿海的过程，几乎每年他们都会窜犯东南海疆，倭寇干过的事，他们基本变本加厉的干了一遍。福建，广东沿海的对外贸易受到沉重打击。同时荷兰人凭借着从台湾获得的低廉原材料，以及在中国沿海抢掠获得的商品，周转于整个东亚的海上航线上，其实是霸占了这条财富之路。虽然许多学者都有荷兰人的到来“促进中国资本主义萌芽”的说法，但熟悉经济的人都会明白，恰恰相反，这是对沿海工商业的剧烈打击。
可即使这样又能如何呢？从明朝天启到崇祯的年代，是中国官方海军实力急剧萎缩的时代，守在家门口护院，都越发力不从心，谁又能拿荷兰这个巨无霸有办法呢？
有办法的人，却早就出现了。就是那位和荷兰，台湾，早就结下不解之缘的人：郑芝龙。
