1992年6月12日，国家税务总局和国家体改委联合下发《关于股份制试点企业有关税收问题的暂行规定》，明确规定了股份制试点企业向社会发行的股票，因购买、继承、赠与所书立的股权转让书据，均依书立时成交金额，由立据双方当事人分别按3‰的税率缴纳印花税。1994年，我国开始进行税制改革，国务院发布了《关于实行分税制财政管理体制的决定》，提出了将证券市场上的印花税改造成证券交易税独立征收的设想，并规定买卖双方各征3‰，最高可上浮1%。
但在其后，鉴于当时条件不够成熟，中央政府和立法机构对与分税制改革相配套的“工商税制改革方案”作出“缓一步出台”的决定。“证券交易税”因此至今没有正式设立，而（证券交易）印花税却从此依照《关于实行分税制财政管理体制的决定》改成了中央地方共享税，并从此在官方文件中正式由“印花税”改称为“证券交易印花税”。此后，我国证券交易印花税税率几经变更，但这个套用印花税之名、实为证券交易税的特殊税目却一直延续到今天。
证券交易印花税逐渐凸显中央政府财政收入职能
由此可见，证券交易印花税是1990年为抑制股票交易过热而设立的，它实际上就是证券交易税。
我国却从一开始就把有价证券作为一种法定权益证书列入印花税的征税对象，并长期用征收印花税来取代证券交易税。就我国目前证券印花税而言，其实质是就交易行为课税，因此，在讨论和研究证券交易印花税的过程中，应该将它归为证券交易税的范畴，并建议逐渐将它改革为证券交易税。
从发达国家的经验来看，证券交易（印花）税呈下降趋势，最终大部分发达国家都逐步取消了证券交易（印花）税。一方面，发达国家证券税制经历了由交易（印花）税为主向所得税为主的转变，逐渐建立了以所得税为主的税收体系，从而通过证券投资所得而不是交易（印花）税来调控证券市场。另一方面，随着场内市场和场外市场、国内市场和国外市场竞争的日趋激烈，各国为了降低交易成本，刺激市场交易，提高证券市场的国际竞争力，逐步下调了交易（印花）税率，直至取消。
证券交易税的主要职能是调节市场交易，但是我国证券交易印花税的作用渐渐异化，财政收入职能似乎体现得更为明显，市场收益逐渐成为政府业绩的财富效应。
在这其中最为典型的就是，中央政府和地方政府就证券印花税分成比例所进行的博弈安排以及它的发展演变过程。
关于中央政府和地方政府就证券印花税分成比例的安排，因为深圳开始征收证券交易印花税时，我国税法中有关印花税的法规只有1988年国务院（而非立法机构）颁布的《中华人民共和国印花税暂行条例》，而其中并无证券交易印花税这一税目。
1988年11月9日财政部《关于“印花税”“城镇土地使用税”有关预算管理问题的补充规定的通知》中规定：“根据国务院1988年8月6日发布的《中华人民共和国印花税暂行条例》、1988年7月12日发布的《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》和我部1988年10月8日发布的《关于‘印花税’、‘城镇土地使用税’、‘筵席税’开征后有关预算管理问题的规定》，经研究决定，‘印花税’和‘城镇土地使用税’，中央与地方均暂实行五五分成，??两税收入，50%列入中央预算收入；50%作为地方预算固定收入，上解地区中央财政不参与分成。”因此，一开始印花税是中央和地方分享税，按对半分成。不过仅仅过了两个月，在1988年12月31日财政部发布的《关于改变“印花税”预算级次问题的通知》中重新规定：“从1989年1月1日起，按照国务院发布的《中华人民共和国印花税暂行条例》征收的‘印花税’收入，全部划归地方财政，作为地方预算固定收入，此项收入上解地区中央财政不参与分成。”
由此可见，印花税在1988年10月1日实施起到当年年底，短暂执行过中央和地方政府对半分成外，从1989年至今一直属于地方税种。
所以从1991年开始，地方政府套用印花税而设立了证券交易印花税，中央政府只是默认了地方收取这个税目来抑制市场的过热行为；又因为当时的成交额很小，所产生的税额绝对值也很小，所以中央政府也就同时认可了1991年至1993年底上海和深圳两市地方政府所收的税额滞留地方。
1992年，中国证监会成立之后，证券市场成交量大增，证券交易印花税的税额征收前景大好，于是中央政府开始酝酿调整印花税的分成比例。
1993年12月15日颁布、1994年1月1日实施的国务院《关于实行分税制财政管理体制的决定》正式将“证券交易税”定为中央与地方共享税种，并明确“证券交易税，中央与地方各分享50%”。尽管出于种种原因，证券交易税的设置最终没有实现，有关工商税制的改革也一直延宕搁置，但（证券交易）印花税却开始按照《关于实行分税制财政管理体制的决定》而从1994年起变更执行地方和中央各50%的分配比例，一直到1996年底。从此以后证券交易印花税一直被当做证券交易税在使用，它实际成为中央和地方共享税种。
这种对半分的安排，也许是出于尊重地方政府对证券市场初期发展的努力和保护地方政府的改革积极性而作出的妥协；也正是出于对各种利益关系的认识和权衡，在此期间地方政府才充分运用行政权力，深入参与了证券市场制度变迁的最初阶段。
1996年12月16日颁布、1997年1月1日起实施的《国务院关于调整证券交易印花税中央与地方分享比例的通知》要求：“为进一步规范证券交易市场，妥善处理中央与地方的分配关系，增强中央宏观调控能力，国务院决定，自1997年1月1日起，将证券交易印花税分享比例由现行的中央与地方各50%，调整为中央80%，地方20%。”
但是4个月后，国务院在1997年5月9日又下发了《关于调整证券（股票）交易印花税税率的通知》，将印花税税率从3‰调整到5‰，并要求将“调整证券（股票）交易印花税税率新增加的收入，全部作为中央财政收入。”于是财政部和国家税务总局根据国务院这个精神，下发了《关于调整证券（股票）交易印花税税率有关预算管理问题的通知》，明确了“为简化手续，实行合并计算，总额分成。调整税率后证券（股票）交易印花税收入的分享比例，中央88%，地方12%。”
1998年6月11日，国务院《关于调整证券（股票）交易印花税税率的通知》中决定：从1998年6月12日起调整证券交易印花税税率为4‰，并要求“证券（股票）交易印花税税率调整后，中央财政与地方财政对该项税收的分享比例不变，仍为中央88%，地方12%。”
2000年9月29日，国务院《关于调整证券交易印花税中央与地方分享比例的通知》决定，“将证券交易印花税分享比例由现行的中央88%、地方12%，分三年调整到中央97%、地方3%。即2000年中央91%、地方9%；2001年中央94%、地方6%；从2002年起中央97%、地方3%。其中，2000年的分享比例，自2000年10月1日起执行。”
证券交易印花税是法律依据有所缺失的特殊税目
由上述过程可见，我国的证券交易印花税的实质就是证券交易税，它的由来带有30年来计划经济体制因素与市场经济体制因素二元并存格局下经济转型过程的浓厚色彩。
从一开始，证券交易印花税就没有立法机构的准许和授权，仅凭政府行政部门的政令而套用不同税种的法规执行。在市场快速发展并可见巨大利益前景之后，中央政府用一个在税收法律意义上并没有完全付诸实施的行政决定改换了它的性质（1994年的税制改革决定是按照证券交易税的概念定义的，但和这个改革决定相关的工商税制改革并没有实际执行）；同时又长期不更改它的名称和所依据的法律（至今仍然称为证券交易印花税，理应依照印花税暂行条例执行），并根据政府部门对市场冷热的判断而多次变动税率的高低。
随着中国证券市场的逐渐发展壮大，中央政府逐渐加重对证券市场的行政统一管理和对证券交易印花税等市场收益的关注，在和地方政府的利益博弈中，逐步改变了证券交易印花税和地方政府的分成比例，使之成为中央政府财政税收收入的重要部分。
这也就使得证券交易印花税成为一个法律依据有所缺失的特殊税目。
2007年5月30日子夜，经国务院批准，财政部突然决定将证券交易印花税率由1‰上调至3‰，使得当年证券交易印花税收入大幅增长，全年完成2005亿元，甚至接近前16年证券交易印花税的总额（逾2300亿元），超过了当年内地上市公司分红总额。
据财政部2008年3月5日公布的数据，2007年，中国财政总收入累计完成51304亿元，增长逾32%。其中，税收收入45613亿元，在这中间增长最快的是证券交易印花税，收入2005亿元，是上年的10.2倍；增收1826亿元，是上年的11倍。
进入2008年4月，股指已经连续将近6个月一路下跌，至4月22日盘中一度跌破3000点这个市场重要心理关口，下探至2990.79点。于是4月23日闭市之后，下午4点，财政部相关负责人被通知到国务院开会，称议题有关证券市场。此后3小时，证券交易印花税税率下调的消息正式向公众发布。证券交易印花税税率由3‰下调到1‰，恢复到2007年5月30日前的水平。
印花税税率从3‰下调到1‰的第一天，上证指数上涨304.70点，涨幅9.29%，收于3583.03点。两市当日尾盘近千只个股涨停，为A股市场有涨跌幅限制以来的历史第二大涨幅。
国务院总理温家宝在2008年“两会”后举行的记者招待会上有一段精彩的讲话：“一个国家的财政史是惊心动魄的。如果你读它，从中看到的不仅是经济的发展，还有社会的结构和公平正义。”这句话形象地概括了证券交易印花税的演化历史。
