许云峰在经历了小镇的第一次任务之后发现了第二个线索，也就是这个世界的问题之二，构成混乱。第一个则是言一东所说的科幻起源。
在完成了等级的晋升之后，程离也随着许云峰到了东来城，也就是在这里，许云峰认识到了这个世界强者的分布：六怪，四帝，二尊。
在圣龙学校学习之后，许云峰发现这六怪或是四尊都是小说或者历史上的人物。这也就是第三个线索，不该存在的人。
在了解到唯一不在历史记录上的人除了言一东以外还有一个木子羽以后，许云峰直接到了最好找的木子羽那里。然而木子羽却是实实在在的异世界的居民，而言一东却守口如瓶。
正巧祖咒深渊魔族来犯，许云峰也接触到了深渊魔族中的一些情报，许云峰一咬牙，决定下到深渊之中。
在深渊之中，许云峰体验到了深渊的环境艰苦，同时也了解了实力强大却不得人心的玛丽苏魔王：福斯特·霍尔·大魔·王。在交手的时候，许云峰胜出一招半式，同时烧到了霍尔的两只羽翼。于是脑子秀逗的魔王大人就这么硬生生的放走了许云峰。
回到地面的许云峰的实力已经是十二级的大魔导师了，但是因为没有教导出魔导士徒弟，所以等级只能卡到十一级的魔导师。正好遇到了一个看起来很有前途的少年，少年因为魔界气息而不能学习魔法，于是在解除了这个少年的感染之后成功教导出了一个十五岁的大魔导士。
得到了资格证的许云峰正好研究出了能量转化之道，而能量转化之后的恶魔也变成了一个普通的异世界人。同时，第四个线索出现了：这个世界上只有人类。
得知自己一直以来都在残杀人类的木子羽疯狂了，同时终极任务出现：镇压木子羽。
在费尽九牛二虎之力后，木子羽恢复记忆，原来他是灵魂转生的地球人，而此时大魔王出现，大魔王交给许云峰的魔族灭杀令也开始侵入许云峰，幸好许云峰有升级到5.0的系统保护，躲过了这一劫。
到此，战法牧三人齐聚，言一东抗伤害，许云峰输出，木子羽治疗并解决状态问题。
最终，三人打败了大魔王，而大魔王实际上是这个世界盖亚的化身，盖亚一直在扣留几人，想得到这些人的源头，并成长为更加强大的盖亚。
盖亚表明身份，并且使用出了杀手锏：盖亚意识集合。
滔天的魔气形成了一个可怕的敌人，战法牧三人竟不是一合之敌。
就在许云峰万念俱灰之时，天庭众仙杀到，众仙虽然战胜了这个怪物，但是这个怪物竟然不是一个，而是许多个。
正在众仙万念俱灰之际，许云峰被附身了，原来这个神秘的系统竟然一直都是鸿钧的掩护，鸿钧把自己分为几个小块，每当许云峰得到一块，鸿钧就完整一分，直到真正的盖亚出场，鸿钧才出现。
鸿钧把盖亚封印在大地里，并把大地分割为几块。
自此，新世界诞生，地球重新出现。
