胡林翼又通过好友郭嵩焘买通了探花潘祖荫，潘时为内阁学士，才华横溢，少年气盛，听郭嵩焘说明左樊相争的事实后，拍案怒斥樊燮的丑恶，随即拟了一道折子，这个折子成了一代名奏。奏折是这样写的：
湘勇立功湖南，援应江西、湖北、安徽、浙江，所向克捷，虽由曾国藩指挥得宜，亦有骆秉章调度有方，但骆之见解，实由左宗棠运筹决策，此天下所共见，久在我圣明洞察之中也。前逆酋石达开回窜湖南，号称数十万。以本省之饷，用本省之兵，不数月肃清四境，其时贼纵横千里，皆在左宗棠规画之中。没使易地而观，有溃裂不可收拾者。是国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠也。
随拜发上奏。
曾国藩的奏折也到了咸丰手中。咸丰一看，曾国藩写着“左宗棠刚明耐苦，晓畅兵机，当此需才孔亟之时，或饬令办理湖南团防，或简用藩、臬等官，予以地方，俾得安心任事，必能感恩图报，有俾时局。”
咸丰奇怪，一奏左宗棠是“劣幕”，借机作恶多端，一奏“湖南不可一日无左宗棠”，又奏左乃运帷之才。咸丰有些犹豫了。
这时，胡林翼的奏折也上来了，简述了永州总兵樊燮陷左的阴谋，又保举左宗棠一番。
咸丰帝差人去湖南调查，左宗棠民望极高，呼声鼎沸。永州总兵樊燮确有劣迹。便下诏收回旨意，着左宗棠以四品京堂候补，随同曾国藩襄办军务。另降旨将樊燮革职，永不再用。
左宗棠逃此一劫，遂到了曾国藩属下。
当时，太平天国英王陈玉成、忠王李秀成、侍王李世贤由苏南率军入浙江，大兵猛压杭州。浙江巡抚罗遵殿急书向江南大营求救。江南大营出兵两万，由江宁赶赴救援杭州，半道，闻李秀成、李世贤离杭北上，猛扑江南大营，将大营全盘端掉。随之，江南的官军瓦解。
这给地方团练出身的湘勇提供了机会。江南危急，只有曾国藩的湘勇一个大军事集团了。
曾国藩即奏请朝廷，增加湘勇，与太平军决一死战。朝廷降诏后，曾国藩叫左宗棠去募勇，日后自带。
这给左宗棠日后兴起，提供了关键性的时机。
左宗棠时值四十九岁，中举已达二十八年，终于有了出头之日。
左宗棠在湘募勇，许多人慕名而来，十几天便招募了六千多人，分“前后左右”四大营，配置“前后左右”四总哨，还组成二百多人的一个亲兵营。组建成“楚军”，受曾国藩节制，粮饷由湖南巡抚骆秉章供给。
曾国藩也被提升为“先行赏加兵部尚书衔，署理两江总督”，临危受命，责任重大。
左宗棠没带过兵，却熟知带兵之道，在长沙金盆岭开训。他训兵与众不同，他首要思想是练将帅，自组一个统领班，由他带领，讲解用兵之道，地形图法，论攻论守，终于训出来了一个过硬的统领班子。王开化、刘典，就是从那时候走上统领职位的。
披挂上阵，左宗棠率楚军受命攻打江西的景德镇，游击于乐平一带，以保护祁门的粮道。
楚军连克景德镇、乐平，且战且胜，转战于江西、皖南交界地区，箍制了李世贤部太平军，限制了太平军从皖进入江西的军事行动。
安庆被湘军攻陷后，李秀成率军又进攻浙江，楚军领命赴浙江剿办，并且该省提、镇以下各官，均由左宗棠调遣。
同治元年，西太后慈禧专政，视太平天国为大患，任命曾国藩为钦差大臣、两江总督，节制苏、浙、皖、赣四省。
时值太平军攻陷杭州，浙江巡抚王有龄穷蹙自杀。曾国藩保荐左宗棠为浙江巡抚。
同治三年，左宗棠攻下绍兴、富阳，占领了浙江。同年十一月，左宗棠被朝廷拔擢为闽浙总督，成为一品大员。
太平天国的京城被破后，曾国藩的九弟曾国荃统帅占领天京，使天国洪秀全的儿子逃脱，却报奏朝廷天国幼主焚毁，洪秀全病死。左宗棠得知天国幼主逃脱的事后，遂报朝廷，揭批曾氏兄弟。
曾左从此结下恩怨。
曾左交罪的结果，造成李鸿章扶摇直上的机会。李鸿章募淮军，虽自立门户，但他曾是拜了曾国藩为师的，所以被曾国藩树为衣钵传人。
太平天国气数尽后，朝廷视湘军为大患，命其裁减，曾国藩遵旨裁军时，一手扶持李鸿章升迁。虽这样做，曾国藩还是认为左宗棠论才论能，比李鸿章略胜一筹。
同治三年，左宗棠调任陕甘总督，大军西征平战乱时，曾国藩奏请朝廷后，将皖南总兵刘松山部九千余人增派给左宗棠，一切听从左宗棠的调遣。
曾国藩还是惦念着左宗棠，也曾修书与左宗棠言和，因信中没有将天国幼主逃脱的事作一道歉。左宗棠便负气不复。
曾、左二人绝了书信。
但在兵部的咨文通报上，经常有交往。那年裁减湘军，曾国藩为保存水师，报朝廷改为经制之师。左宗棠也上奏大力支持，增援给左宗棠的刘松山大将，成了左宗棠的得力部属，刘松山之侄刘锦棠智勇双全，成为左宗棠偏爱的少将军。左宗棠感激曾国藩给他输送了良将勇兵，本想写信感谢，但“天津教案”又起，遂改变了看法。
“天津教案”是同治九年，法国设在天津望海楼后的一个洋教堂里发生的事。这年六月，教堂的育婴堂一连出了几起三十多名不明不白的死婴，又出现了一批幼儿拐卖案，有人称是洋教堂所为。天津民众便一片问罪之声，有人趁机煽动围攻洋教堂，要洋教堂有个交待。
法国驻天津领事馆领事丰大业，要天津通商大臣崇厚出面干涉，用枪轰散民众。崇厚不敢开枪。丰大业便开枪打崇厚，威逼通商大臣和天津知县衙门，并枪杀天津知县刘杰的侄子。民众大哗，当即群起而攻之，抓住洋毛子一通乱打，竟将教堂内的洋人和领事活活打死。有人趁乱抢劫，见洋人就抢，又误伤了三名俄国普通游人。导致事态度进一步扩大。
法、英、美、俄四国联合申明，要大清朝廷严办此案，并且调来各国战舰，开进天津海口，扬言要把天津炸成一片焦土，再炮击紫禁城。
洋人举动，震惊朝野。西太后慈禧下旨调曾国藩为直隶总督，查办此事。
曾国藩奉命抵天津查办此案，洋人威胁曾国藩将闹事民众全部枪杀，并且给领事丰大业办国葬，赔偿五十万两白银的损失。曾国藩据理力争，不肯屈服。并着人调查煽动者和凶手。抓获二十名闹事凶手正法。但洋人不罢休，又要曾国藩严办天津官员，否则，炮轰天津，直驱京城。
为了保全天津，力保京城安全，曾国藩在崇厚的唆使下，使天津三名官员革职、严办，并答应五十万两白银赔偿，但绝没有签应为丰大业办国葬的无理要求。
法国公使无奈接受了曾国藩的处理。
“天津教案”平息，民众大骂曾国藩为“卖国贼”，曾国藩名毁津门，他自己陷入人生耻辱的深渊，也得不到后人的谅解，骂名写进了历史。
左宗棠闻之，气愤难忍，在给朝廷的咨文中写道：“津郡事变由迷拐激起，义愤所形，非乱民可比。索赔似可通融，索命则不可轻允，惩办地方官员亦非明智之举，正宜养民锋锐，修我戈矛，示以凛然不可侵犯之态，方可挫夷人凶焰而长我中华之志气！”
曾国藩看到兵部咨文上左宗棠指责他办“天津教案”的话，当时昏晕过去。
曾国藩一病不起。刚好，新任两江总督马新贻被刺杀，朝廷命曾国藩回两江督任，调查马新贻一案。遂卸下这个“疆臣领袖”的直隶总督，转交给了李鸿章，使李鸿章一夜之间成了朝廷重臣，以协办大学士递补。
当时的内阁相位，由四个大学士其中三个协办，曾国藩以武英殿大学士为首辅；其次为朱凤标；复次为瑞常；又次为瑞麟。
到了这年三月，瑞常病疫，李鸿章升大学士；六月，朱凤标致仕，文祥以协办升大学士，同时改瑞麟的称号，本为文渊阁大学士，改称文华殿大学士；李鸿章接曾国藩的称号为武英殿大学士；文祥为体仁殿大学士。八月单懋谦以协办升任文渊阁大学士。自此以后，四大学士班行，以文华、武英、体仁、文渊为序，同治十三年瑞麟病疫，李鸿章改文华为首辅，文祥改武英为次辅。李鸿章稳坐相位，掌握重权。
后来，左宗棠以举人拜相，抵单懋谦的缺；而单的殿阁为文渊阁，故以东阁大学士授予左宗棠。
曾国藩、左宗棠皆以文人而领兵打仗，都最终封侯拜相，成为传奇式人物，他们俩的文采虽没有被发挥出来，但他们的奏折，都被当朝上下称为文采纷呈，是上等美文。
左宗棠在后来的征战中，终于明白了一件事，就是中国屡次被洋人所欺，主要是中国没有强硬的战斗武器，没有坚船利炮，无以和洋人对抗。当年林则徐虎门销烟，绝不向洋人低头，掀起“鸦片战争，”以失败告终的原因，主要是武器不先进，比不上洋人的洋枪洋炮。回过头来，再看“天津教案”的处理，朝廷的畏缩是注定了的。曾国藩陷入两难境地，实有难言之隐呵。
左宗棠理解了曾国藩，在大将刘松山战死金积堡后，主动给曾国藩写了一封情真意切的信，一来请曾国藩给刘松山写墓志铭，以此为契机；二来委婉地道出对曾国藩所处境地的理解；三来表达了他对曾国藩为国之忠的敬佩。
左宗棠的这封信，使曾国藩垂危之时，在江南名士怨他当年没有借平息太平天国之势，光复汉家河山之时，聊以自慰。
曾国藩在垂暮之际，感慨万端，以“当今天下左宗棠为第一人”而告终。
京城。皇宫。
福州船局最终还是保住了。
朝廷里有人建议撤福州船局，主要是针对左宗棠来的。奏折里主要提到左宗棠位居显要，怕是后患。
慈禧接到折子，看后心里委实不安，本来要大笔一挥，准撤无异议。但同治帝有不同看法：“现洋人张狂，凭坚船利炮欺我大清，侮辱之事多矣，福州船局能自制战舰和大炮，扬我国威指日可待。船局不能撤，且要办好。西北左宗棠之威可削减，下诏不让他再插手船局，切断他的尾巴。皇阿爸，你意如何？”
慈禧抬眼直了一下自己的亲子，虽不悦，但同治说的不无道理。这几年母子之争，她虽占上风，可心里一直不舒服，同治所为，常不能按她心想的来，朝野上下已议论纷纷，她有时也想放手叫同治去理朝政，但就是不放心。她的这个儿了，是铁不成钢呵！
她时常这感叹。
前几天又接到左宗棠的奏折，言明福州船局已用的银两，首实吓了慈禧一跳：这么多，怎么一直没有感觉到呢？
由于心疼钱，又一心要修圆明园，慈禧便准了不撤福州船局。
“福州船局可以不撤，但要严管，就叫李鸿章今后过问吧，归到上海船局，统一节制，别再浪费金银了。”慈禧等了半天，这才说道，“还有，左宗棠一再奏请规复新疆，这事一直拖着，我想这事一定要慎重，左宗棠三番五次上奏，能没异心？西北之大，疆域之辽阔，千万不能放松警惕。左宗棠可不是曾国藩，他狂傲自负，新疆军务绝不能叫他办。我意授乌鲁木齐都统景廉为钦差大臣督办新疆军务，左宗棠派遣所属出关增援，他为新疆督办粮草，再以内阁学士袁保恒为帮办，也可牵制住左宗棠。”
同治沉默不语，他对景廉为钦差大臣颇为不满，景廉任乌鲁木齐都统，驻守奇台，不求进取，置列强侵扰于不顾，让他督办新疆军务，恐难成功。但皇阿爸已定，他也不好反驳，就顺水推舟：“就按皇阿爸的旨意办。”
同治明白，如果他反对，母子俩人又得一番口舌。他很痛苦这样的纷争了。
时令深秋，边塞肃州已如初冬一般，城里城外已难见一片绿叶，枯树荒草过早地呈现出一派萧杀的冬景来。苍劲的漠风从荒原深处一路走来，给深秋的肃州更增添了一层冬天的气氛。有枯叶在树尖抖动，成群的麻雀吵闹着，叽叽喳喳地盖过了枯叶的凄鸣，使荒芜的深秋有了一丝活着的生机。
肃州已今非昔比。
这是同治十三年的深秋，肃州城已被陕甘总督左宗棠攻陷收复快一年了。一切都已平息，肃州城的战火伤痕业已康复，街市井然有序，兵勇持枪列队，维护出一个全新的边塞古城。初冬的气息没有把肃州怎么样，却让它焕发出一副整装待发的新面貌。
肃州比以前庄重多了。
这不光是总督署暂驻肃州，更重要的，是肃州将成为收复西域的起点，从这里再次撑开帅旗，声势浩大的湘军即将踏上光复中华的又一征程。
左宗棠此时坐在由肃州知府衙门暂设的总督衙门里，对新疆失地的条陈，一一翻阅着，心里琢磨着收复的良策。
因为，本月初五，左宗棠已接到上谕，朝廷命他督办粮饷转运一切事宜，以内阁学士袁保恒为帮办。
左宗棠有了这份上谕，心里安定多了，心情也好到了极点，他对自己的幕僚们说：“我终于胜利了，战胜了不可一世的李合肥。”
李合肥即李鸿章。
为收复新疆，左宗棠和这个李合肥在同治十二年，发生“塞防”与“海防”的争论，引起朝廷上下一番震动。
