根据******和省政府有关指示精神，决定建立法门寺博物馆，以便国内外各界人士目睹这批稀世瑰宝，弘扬古代文化，推进现代文明。随着法门寺总体建设一期工程的全面展开，法门寺博物馆筹备工作也拉开了序幕。
1988年元月12日，宝鸡市文化广播电视局局长曹振中召集文物科科长任周方、扶风县文化局局长韩金科、扶风县委党校副校长张恩贤等同志开会，研究法门寺博物馆筹建工作，并成立筹建领导小组。2月27日，筹建处在法门镇宝塔村小北巷正式办公。在设备简陋、环境恶劣的情况下，他们凭着对文博工作的热爱和执着敬业精神，白手起家，艰苦创业，风餐露宿，战严寒，斗酷暑，以忘我的工作态度和拼搏的工作干劲深入施工现场，协助建筑单位严把建设工程质量关；为博物馆行政生活区征地，移交珍宝阁工程；继续清理出土文物，竭尽全力做好法门寺文物的保管、保护工作；协助和参与法门寺文物在北京、西安两地的陈列展览；本着“以历史为纲，突出文物，突出佛教文化艺术”的指导思想，高质量完成法门寺文物陈列大纲的编写任务，精心筹备法门寺文物陈列开放，为博物馆的创建付出了大量的心血和汗水。筹建处人员由少到多，队伍不断发展壮大。7月21日，市文化广播电视局正式任命韩金科、张恩贤同志为宝鸡市法门寺博物馆副馆长。随后，成立办公室、宣教保管部、保卫科等科室，加紧文物陈列的展览制作。
11月9日，修葺一新的法门寺正式对外开放。上午10时，法门寺举行盛大的释迦如来真身舍利瞻礼****和真身宝塔重建落成典礼，全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初和各界群众5万多人参加了盛会。10时30分，法门寺博物馆举行了隆重的开馆典礼，宝鸡市市长李均主持并致欢迎词，国家文物局局长张德勤、陕西省********周雅光剪彩，副省长孙达人、省人大副主任刘力贞、省政协副主席白文华、宝鸡********纪鸿尚等领导应邀参加。
剪彩仪式结束后，来宾们步入珍宝阁，参观了法门寺地宫出土文物。法门寺博物馆从筹建到对外开放历时一年多时间，建设工程质量之优良，建设速度之快，在我国文物陈列设施的建设中前所未有。
1989年2月23日，宝鸡市编委批准成立法门寺博物馆，该馆为副县级事业单位，隶属市文化广播电视局管辖，编制45人。5月24日，宝鸡市文化广播电视局任命韩金科同志为法门寺博物馆馆长。1998年年底，法门寺博物馆上划归陕西省文物局和陕西旅游集团公司双重管理。目前，法门寺博物馆设有办公室、宣教部、公安科、保管研究部、创优办、外联部、票务科、旅游服务部等科室。
