《叶郑传》文末说士利失败了，元璋“竟杀空印者”。贯通全文看，士原任官湖广，以从前的河南任内事牵连入狱，说明他是从湖广逮进来的，而朱元璋是按空印文书上的署名顺藤摸瓜来捕人的。等皇帝完成了大逮捕，也不过数百人。直到全文末尾，也不像在这数百人之后又进行了株连逮捕。
而且，这数百人中，还有一些人被充军了。所以，被杀的人也就不会超过数百人。所谓的数万之数，很可能是猜测类比之词（其他的几个大案确实杀人很多）。退一步说，明初整个官吏阶层的人数不会太多，而跟空白盖印文书有关也只是其中一部分人，朱元璋再狠，也不可能一下子把人都杀光，弄得自己在中央做光杆司令。翦伯赞主编的《中外历史年表》说，洪武九年“空印狱起，官吏下狱者数百人”，这应该是实际情形。
郑士利对于空印案的申辩与批评，有以下几点：第一，官方文书要有效，必须盖有完整的印章，而钱粮文书盖的是骑缝印，是不能用来为非作歹的；第二，钱粮之数，必须县、府、省到户部，级级往上相合，只有最后到户部才能知道一个确数，而如果“待策书既成而后用印”，那么就必须返章省府重填，势必要耽误时间，所以“先印而后书”只是权宜之计，不足以怪罪；第三，朝廷此前一直没有明确禁止空印的立法，现在杀空印者是没有法律依据的；第四，官吏们都是经过数十年才得以造就的人才，这么轻易杀掉，是很可惜的。第二条提到“先印而后书”，也就是“空印”，史书说：“元时，官府于文书有先署印，而后书者，谓之‘空印’，洪武建元以来，相沿未改。”
另有史书解释说，这是因为钱粮在运输过程中会有损耗，所以发运时的数字肯定跟户部接收时的数字是不符合的，但在路上到底损耗了多少，官吏们并不事先知晓，只有到了户部才能知道其中的差额。所以，官吏们习惯用空印文书在京城就地填写实际的钱粮数字。
空印是沿袭元朝的旧法，而朱元璋对元朝腐败的吏治是很痛恨的。固然元朝旧法可能存在易于作弊之处，但在郑士利解释得非常清楚的情形下，仍处死了所有的主印官吏，显然是很可见皇帝的****性格的。
史书的看法是：“皇帝对任何不忠的表现都是极其敏感的。”诚然如此。朱元璋在求言诏中是这样说的：“迩来钦天监报五星紊度，日月相刑，于是静居日思。古今乾道变化殃咎在乎人君，思之至此，皇皇无措，惟冀臣民许言朕过。於戏，于斯之道，惟忠且仁者能鉴之。若假公济私，贤人君子之操，非所望焉。”有一个地方学官曾秉正上书，大谈如何“应天心”、“慰人望”以守成等，《明太祖实录》抄了近六页，全是空对空的虚道理，朱元璋却听得很舒服，以为他是忠臣，提拔做了思文监丞。叶伯巨和郑士利就事论事，坦坦直言，却引得皇帝大怒，以为叶伯巨离间皇家骨肉，以为郑士利背后另有主谋，将两人下狱。
后来，叶死在狱里，郑跟他的哥哥士原罚到江浦劳改。还是那个曾秉正，后来也因言事忤旨而被罢官，穷得连回老家的路费也没有，不得已，卖了四岁的女儿，弄点盘缠。看来曾氏还算是一个清廉自守的官。可这不行啊，把女儿卖了赚路费，岂不是给皇帝的统治抹黑，与朝廷提倡的孝悌之道相违背？也是一怒之下，皇帝将曾秉正处了个腐刑！这个曾官员后来不知所终。
原来，所谓的忠奸，也不过在皇帝的一闪念之间。皇权的****权威是万万惹不得的。叶伯巨事先曾说：“即使没有皇帝的求言诏，我也要上书，何况现在正要求言呢？”都说言者无罪嘛，一个大皇帝岂能更是言而无信？可是他偏落得个囚死狱中的下场。郑士利也是等得求言诏的机会去申辩，却根本不被理会。而所谓的空印案，也仅仅是皇帝雷霆之怒所激起的一场小事故而已，是根本不值得当作惩贪除恶的标本案例去宣扬的。
更惨烈的大案又接连而来，胡惟庸案，简称“胡狱”或“胡党之狱”，明初四大案之一。洪武十三年，明太祖朱元璋以“谋不轨”罪诛当时宰相胡惟庸九族，同时杀死御史大夫陈宁、中丞涂节等数人。洪武二十三年，朱元璋颁布《昭示奸党录》，以伙同胡惟庸谋不轨罪，处死韩国公李善长、列侯陆仲亨等开国功臣。后又以胡惟庸通倭、通元（北元），究其党羽，前后共诛杀三万余人，时称“胡狱”。除掉胡惟庸后，朱元璋罢左右丞相，废中书省，其事由六部分理，另设殿阁阁大学士供皇帝做为顾问，结束了中国的宰相制度。
胡惟庸，定远人，龙凤元年，在朱元璋攻克和州时，胡惟庸归附红巾军，颇受宠信。历任宁国主簿、湖广佥事、太常少卿，洪武三年，官至中书省参知政事，洪武六年，升右丞相，再升左丞相。明太祖朱元璋先后任命过四员丞相，乃李善长、徐达、汪广洋、胡惟庸，其中胡惟庸主政时间最长、权最重。任相七年，权势显赫，遇事专断，并毒害御史中丞刘基。朱元璋多次颁布诏令，规定功臣权限。
洪武十三年正月，丞相胡惟庸称其旧宅井里涌出醴泉，此为祥瑞，并借此邀请明太祖朱元璋前来观赏。朱元璋欣然前往，走到西华门时，太监云奇紧拉住缰绳，急不能言，拼命指向胡家。朱元璋感觉事态的严重，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道都藏有士兵。太祖大怒，以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸、陈宁等。同时藉辞穷追其友好，包括开国第一功臣韩国公李善长等大批元勋宿将皆受株连，牵连致死者三万余人，史称胡惟庸案。胡惟庸案与蓝玉案合称胡蓝之狱，诛灭直到洪武二十五年方告结束。洪武十八年，有人告发李存义与其子李佑，曾同胡惟庸谋逆。洪武十九年明州卫指挥林贤通倭事发，经审讯得知，是受胡惟庸指使。李善长为了大兴土木，向信国公汤和借用卫卒三百名。汤和暗中向朱元璋报告。朱元璋颁敕李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望怀两端，大逆不道”，其妻等七十余人被杀。陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，曾串通胡惟庸“共谋不轨”。宋濂的孙子宋慎亦受牵连被杀，宋濂本人贬死四川茅州。朱元璋特地颁布《昭示奸党录》。
刘伯温很不看好胡惟庸，评价是：“譬之驾，惧其偾辕也。”当朱元璋向刘伯温询问胡惟庸任丞相是否合适时，刘伯温连连摇头道："不可不可，区区小犊，一经重用，偾辕破犁，祸且不浅了。"
明代史籍中关于胡惟庸案的记载多有矛盾，因此关于其是否确实谋反，当时便有人怀疑，明代史学家郑晓、王世贞等皆持否定态度。也有学者指出：所谓的胡谓庸案只是一个借口，目的就在于解决君权与相权的矛盾，结果是彻底废除了宰相制度。晚明学者钱谦益说：“云奇之事，国史野史，一无可考。”
《明史》说“惟庸既死，其反状犹未尽露”。后世怀疑这根本是朱元璋对相权威胁君权恐惧，故引发杀机，甚或滥杀无辜。早在洪武十一年，朱元璋就命令以后臣下上奏书，不许“关白”中书省，意思是大臣奏事时，中书省不必知道。
洪武十三年废除丞相制度之举，只是不许“关白”中书省的延续，意思是大权独榄，集自古以来皇权、相权于一身，从此六部尚书直接对皇帝负责。
洪武二十八年六月，太祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：“自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”
胡惟庸是中国封建王朝最后一个名至实归的丞相，此后，中国封建王朝“丞相”职位彻底消亡。
从这个意义上说，不管他是奸是忠，他是最后一个敢向皇帝权威挑战的丞相，也是最后一个能与皇帝匹敌的大臣。
胡案后，有更大的一件大案正在朱元璋脑海里酝酿，而这个案子也直接关系着国家的命脉，和大明王朝的兴衰成败，更干系万千功臣名宿的性命安危，这便是历史上著名的蓝玉案。
