在李自成决策出师的当天即十二日晚，为“绝内患”将勋戚大臣、锦衣卫堂上官、大学士陈演、定国公徐允贞、新建伯王光通、博平侯郭明振、清平伯吴遵周、永宁伯王长锡、平江伯陈治、都督袁祐、周铭、周铎、周铉等共60余名明朝大员，斩于西华门外。李过将“中吉营”拷讯的明官员彭琯、李逢甲、申济芳等53人全部绞死。自成将尚未处决的原明诸官员都集中到刘宗敏处，“纍纍坐路侧，按籍次第杀之。”到二更时，才停刀，释放了其余的人。此段出自《流寇志》卷12。
就在这天夜里，北京城外到处张贴吴三桂讨伐农民军的檄文，约“士民缟素复仇”，有的人秘制素农，准备迎接三桂进京。
吴三桂檄文至北京，“近京一路尽传”，人心越发惶惶。同时，谣言纷起，更助长了人心不稳，连自成的谋士宋献策也私下对人说：“我主马上天子，惜其杀戮太过，益造祸耳。尚有三年富贵，过此恐予术未必验也。”此话一传，“贼心益摇”。
十三日，天刚亮，李自成正式出师，共计马步兵六万李自成出征兵数，各书记载是：程源《孤臣纪哭》、《四王合传》、《明史纪事本末》、《罪惟录》、《石匮书后集》等记为6万。《流寇志》记5万，声言10万；《吴三桂纪略》记“发兵10万，号30万”；《定思小记》记10万、《遇变纪略》记10万。综合各书所记，其6万为北京发兵之数，如加上派往山海关的唐通、白广恩余部2.3万人，已近10万之数。先出东长安门，他亲率精兵七千，“擎刀牵马，列长安街”。在大将刘宗敏、李过等一批将领的簇拥下，自成出正阳门，留守京师的牛金星、宋企郊等官员送至金水桥。百姓闻讯，多跑到东西长安街上观看……
在李自成和他的重要将领后面，还有几位引人注目的人物，他们是崇祯的三个儿子：太子朱慈烺、永王、定王，以及三桂的父亲吴襄，各骑一匹马，随后而行。自成把他们挟往山海关，目的还是指望利用这几个重要的人质，对三桂作最后一次的争取。自成要让三桂亲眼看到亲生父亲还牢牢地掌握在他的手中，如念父子之情，投降还不算晚。同时，他也暗示，如仍迷途不返，他会随时将吴襄处决。自成携带明太子及二王，也是出于同样的用意。三桂通过使臣和散发檄文，已向自成提出索要他们的强硬要求。三桂意在把太子控制在自己手里，以为“中兴”之计，一旦把太子朱慈烺拥上皇帝宝座，他自然就成了拥戴的元勋。自成是要三桂确信，太子及二王还健在，如愿效忠故主，就乖乖归顺。他们各怀有个人的政治目的，能否如愿，还是让事实做出回答吧！
李自成率大军经通州，至密云，过永平，浩浩荡荡，朝山海关进发。一场关系命运的决战正在日益临近。
吴三桂得到警报，李自成率领大军十万前来助阵，心里确实慌了。本来唐通、刘宗敏、李过这就够自己喝一壶的了。倘若李自成亲自发兵与我较量，我可如何匹敌。看来必须请满洲出兵相救。于是吴三桂遣使郭云龙、杨珅驰离山海关前往沈阳请兵。
多尔衮接待了宁远使者，表示出兵是可以滴，但是么这一路上的军费开支，人员费用还缺点，希望平西伯能够出点钱。二位使者很慷慨，拿出几样珍品给了多尔衮。这都是吴三桂事先给他们的，好讨好多尔衮。
多尔衮还真就吃这套，看到如此珍品很是贪婪的收下，立马腔调大变。清朝刚出动大军，已离沈阳，踏上了进关夺权的征途。
还在三月中旬，清朝获知明放弃宁远进关的消息，就已判断出明朝面临严重危机，时刻密切地注视着局势的发展，并“下令修整军器”，储备粮饷、马匹，预定四月初旬“大举进讨”明朝。
在此之前，正月间，主持朝政的摄政王多尔衮曾遣使携带书信，取道内蒙古地区，寻找农民军，企图实行联合伐明，从中分享胜利果实。这表明清朝统治者急于推翻明王朝，又力不从心，才出此计策。但李自成根本不予理会，遂使此项谋划落空。
而李自成率百万大军以摧枯拉朽之势，捷足先登，已于三月十九日进入京师，形势发展之快，大出清朝的意料之外！这个消息，大约在三月末至四月初传到沈阳。
多尔衮闻讯，迅即召开紧急会议，商讨对策。当时，刚到盖州（辽宁盖县）汤泉养病的重要谋臣汉官范文程被召回，参与“决策”。范文程老谋深算，胸有成竹，侃侃而言：“自‘闯寇’猖狂，中原涂炭，近旦倾覆京师，戕厥君后，此必讨之‘贼’也。虽拥众百万，横行无惮，其败道有三：逼殒其主，天怒矣；刑辱缙绅、拷掠财货，士忿矣；掠民资、淫人妇、火人庐舍，民恨矣。备此三败，行之以骄，可一战破也。我国家上下同心，兵甲选练，诚声罪以临之，卹其士夫，拯厥黎庶，兵以义动，何功不成！”又说：如果国家只想留居关东，不图大进，那就“攻掠兼施”；如想统一全国，“非安百姓不可”选自《碑传集》李霨：《内秘书院大学士范文肃公墓志铭》。
范文程首议，乘明朝刚被推翻，局势混乱之机，挥师进关夺权，建立全国统治。他提出的这一战略目标，无疑大大鼓舞了以多尔衮为首的清朝统治集团的勃勃雄心。而他阐述农民军“三败”的论点，又从思想认识上加强了他们夺权的信心。会后，文程言犹未尽，于四月四日《清世祖实录》，卷4载范文程的奏疏为四月四日，可知此次重要会议必在四月一至三日举行。书千百言，再次阐明他的基本战略思想：
乃者有明，流氛踞于西土，水路诸寇环于南服，兵民煽乱于北陲，我师燮伐东鄙，四面受敌，其君若臣安能相保？……此欲摄政诸王建功立业之会也。窃惟承丕业以垂休万者此时，失机会而贻悔将来者亦此时。何以言之？中原百姓蹇离丧乱荼毒已极，黔首先依，思泽念主，以图乐业，虽间有一、二婴城负固者，不过自为身家计，非为君效死也。今明朝受病已深，不可复治，河北数省，必属他人，其土地人民，不患其不得，患我既得而不能有。夫明之劲敌，惟我国与流寇耳。如秦失其鹿，楚汉逐之，是我非与明朝争，实与流寇争也。战必胜，攻必取，贼不如我；顺民心，招百姓，我不如贼。为今之计，必任贤抚民，远过流寇，则近者悦而远者来，即流寇亦入而为臣矣。……不然，是我国徒受其劳，而反为流寇驱民也。使举其见在者而驱之，后乃与流寇争，非计之长也。往者弃遵化而屠永平，我兵两次深入而返，彼地官民，必以我无大志，所为者金帛女子耳，纵来归顺，亦不久留，其不服者容或有之。彼时得其城而屠之，理也，其何敢以谏？但有已服者，亦有未服而宜抚者，当严禁军卒，秋毫无犯，又示以昔日得内地而不守之故，及今日进取中原之意，官仍为官，民仍为民，官之贤能者用之，民之失所者养之，是抚其近而远者闻之自服矣。如此，河北数省可传檄而定也。……
此行（指即将出征）或直趋燕京，或相机攻取，要当于入边之后，山海、长城以西择一坚城，顿兵而守，以为门户，我师往来，斯为甚信。惟摄政诸王察之。
范文程奏疏全文详见《清世祖实录》，卷4、《碑传集》、《八旗通志》等书，上述几本书中多有记载。
清官方文献收录其奏疏时，已几经挖改删削，而上述三种所记，亦略有出入。惟“中央研究院历史语言研究所”所藏内阁大库残余档案，内有世祖实录稿本四册，封面题“二次本”，收录范氏此次奏本，虽经改过一次，但比上述三种所记更接近原文。故本书摘引时，亦照“二次本”。
范文程在这份奏疏中，强调此次进兵，与往次进关伐明根本不同，不在得金帛子女，而要的是得“河北数省”（如《清世祖实录》所改：“大河（黄河）以北”），占据中原，有半壁江山，才进而有全国。他疾呼：这次进关，是清朝兴亡的紧要关头，是千载难逢的大好时机，成大功而建一统江山在此时，失机会而遗恨将来亦此时。他正确地指明，清朝的敌人已不再是明朝，却是更强大的农民军，同它进行角逐而决最后胜负。为保证清朝实现自己的战略目标，他规定了具体的政治政策，并建议在军事上或直趋北京，或在山海关以西选择一座坚城，驻兵固守，作为关内外之间的门户，以保持前方与后方的畅通无阻。
