十二年正月，克向阳堡回巢。二月，复大通，崔伟、禹得彦等就抚，分起安插平凉、秦安、清水等处；陈湜复巴燕、戎格、西宁，逆首马桂源等伏诛。三月，白彦虎窜肃州，为徐占彪所败，狂窜出关。四月，陈湜复循化、撒拉，叛回平。六月，请升固原州为直隶州，仍归平庆泾道辖；增州判一，驻硝河城。下马关设知县、训导、典史各一，同心城设巡检一，归新设知县辖。裁平凉府盐茶同知，改设知县一，增训导一；改原设照磨为典史，打拉城增县丞一。下马关新设县名平远，盐茶厅改设县名海城，俱归固原直隶州辖。七月，宗棠赴肃州督剿。时徐占彪由甘州高台转战抵肃，尽平城外堡垒，破其外城。九月，复肃州，逆酋马四等伏诛；关内肃清。自是，甘、凉、安、肃一带二千余里无回族聚处。捷闻，谕曰：『陕甘逆回扰乱十有余年，势极狓猖；自简任左宗棠总督陕甘，数年以来；不辞艰苦，次第剿除。此次亲临前敌，督饬将士克复坚城，关内一律肃清；朕心实深嘉悦。自应特沛殊恩，用昭懋赏。左宗棠着以陕甘总督，协办大学士。该大臣前赏给骑都尉世职，着改为一等轻车都尉世职』。寻以关外回匪窜扰，派兵西进；命宗棠督办出关粮饷转运一切事宜。十月，覆陈金顺一军整顿需时，请派张曜十二营、副都统额尔庆额马队出关，并户部堂官总司关外转运粮台。奉旨：『转运采买，非得地方大吏办理，呼应不灵。该大臣素顾大局，朕所倚畀；不必再派部院大员；以期事权归一。并命将兵事、饷事统筹全局，详细奏闻』。十二月，奏言：『由肃州出嘉峪而西，本汉、唐师行大道。安西、玉门、敦煌近遭白逆扰掠一空，然使关内之粮足供裹带、车驮驼只足供周转，出关之兵何惮不进。安西抵哈密，计程十一站，千里而遥；经由戈壁，无台站、无水草，沙砾纵横，人马每多困踬。中间仅安西城北四站马莲井支帐小憩，以备汲饮，未可久留；过此七站抵哈密，为缠头回族聚居之所。军兴以来，音耗阔绝；近被白逆窜扰，是否有粮采买，更无从知。臣前在肃与诸军集议，分起次第行走，必先将甘、凉采买种料运存肃州，又由肃州出关运至玉门，然后头起开拔至玉门；又用其私驼转般玉门存粮赴安西，腾出官驮、官车转运第二起军粮。而后第二起继进，余军仿照办理。比抵安西州作一停顿，又裹粮进哈密。如此层递衔接，人畜之力稍舒，士气常新，可免意外之虑。至由哈密前进粮运事宜，断非臣力所及。自古至今，未有运凉、甘、肃之粮济哈密以西军食者。金顺等至安西州般齐粮料，必一面遣人赴哈密，询访就近堪资采买者若干？以定进止。如有可设措，不须转般安西存粮，以节劳费。张曜进哈密，即藉资其粮。时距麦熟之期亦当不远，后此续进之军相时而动，自可不误师期』。又奏：『甘、凉、肃素称腴地自诸军戡定河湟，甘凉道路渐清；农安耕获，幸获中稔。两年探买，集有成数：通计凉、甘、肃三郡订买市斗军粮十六万三千余石（石重三百余斤），给银四两，以供金、张、额三军食用及运粮车驮驼只。算至明年六月新熟，尚短粮料市斗二万余石；拟括额征本色及各标营季粮，陆续填补。凉州至安西千四百余里，路多沙石，转运宜驼，臣派弁出口采驼三千；暂以重价雇用民车，调集各营官赢，先后起运。通计粮百斤，需银十一两七钱内外。劳费如此，若不筹撙节，动言用众，恐官军之饷运不继，糈台之储峙早空。不但后时不能保此不竭之源，即目前出关之师亦忧饥溃。自古关塞用兵，在精不在多；承平无事，官私充足时，尚不能用众，矧祸乱十年，人物雕残、财用匮绝之日乎？臣在肃时，汰疲乏冗杂以求精，资遣伤残成废弁丁以省累。察张曜一军锐气方新，作为头起；金顺一军次之，额尔庆额又次之；宋庆一军整理需时，俟明年秋后继发。并拟于所部整锐足恃诸军内精选数营，届时慎择统将率之同行。如天之福，甘、凉、安。肃明岁丰稔，西师饱腾，再分起层递而前，如行衽席；庶边塞肃清，可操全算』。上嘉纳之。
十三年正月，请甘肃省城添建贡院，与陕西分闱乡试；并分设学政。二月，奏改甘肃茶务；略言：『国家按引收课，东南惟盐、西北惟茶。盐可改票，茶何不可？前拟仿淮盐之例，以票代引；官商尚形裹足。应改拟商贩并招，正课照定例征收、杂课并归厘税项下征收；商贩领票，先纳正课。并添设南柜，招徕湖茶；其无票私茶，设卡盘验，令补领官票』。均下部议，如所请行。七月，授大学士，仍留陕甘总督任。八月，补东阁大学士。十一月，河州抚回闵殿臣复叛，檄刘锦棠讨平之。
光绪元年三月，命以钦差大臣督办新疆军务。六月，宗棠奏陈筹划情形；略云：『北路归化、包头至射台、大巴一带十数站，大巴至巴里坤十六站，产粮之处甚多，雇驼价亦平减。北局设于归化，分局设于包头；已运四十余万斤至巴里坤，每百斤合银八两内外。宁夏采运，雇驼数百，由察罕庙试行。俄国游历官称其国在山诺尔地方，距古城不远，产粮甚多；由俄代办起运送交古城，每百斤费银七两五钱。比与订定：年内运交二百万斤、明夏运足三百万斤。南路肃州、安西二局存粮，赶紧灌运。哈密报垦荒地万九千余亩，获粮数千石；新粮市价渐减，转运亦较易。由甘运肃、运安西，用车驮；由安西运哈密、运巴里坤，用驼只。节设厂局，浚水泉、刈草薪以利运道，派员经画哈密、巴里坤、古城屯垦事宜。西路旗、绿诸营宜划兵农为二：精壮者束以营制，不任战者散之为农；庶营伍实、屯垦增。哈密、巴里坤、古城所驻各大臣就见在存营核定粮饷，如缺额过多，准照旧额马步就地挑募丁壮补码；但令保守城隘，不必责以战事』。上如所请行。八月，奏以刘锦棠率所部老湘全军从征，并委总理行营事务。十二月，奏『整军出关饷源涸竭，请筹借洋款一千万两』。下部议行。
二年二月，奏言：『帮办军务刘典抵兰，臣与商定留防善后事宜，启行而西。前路进止机宜，面授刘锦棠相机办理。巴里坤有数路可通安西，不由哈密，饬徐占彪驻之；张曜扼哈密，防吐鲁番东犯之贼，庶后路常通，粮运不匮。乌鲁木齐踞逆，本地土回居多；白彦虎带陕、甘逆回踞红庙子、古牧地、玛纳斯等处，皆与南路踞逆安集延回酋帕夏通。自俄罗斯灭浩罕所部，安集延独免。同治四年乘回部之变，入踞喀什噶尔及各回城；于是吐鲁番辟展以西，土回附之。官军出塞，宜先剿北路乌鲁木齐之贼，而后加兵南路。臣年六十有五，岂思立功边域，觊望恩施；顾事有万不容已者。乾隆中，准部既克，即平回部，于各城分设军府，然后九边靖谧者百数十年。今虽除异世殊，不必尽遵旧制；而伊犁为俄人所据，喀什噶尔各城为安集延所据，事平后应如何布置，尚费绸缪。若此时即置之不问，似后患环生，不免有日蹙百里之患』。奏入，上嘉宗棠公忠体国，力任其难；所陈贼势、军情，了如指掌。命随时相机筹办，奠定西陲，为一劳永逸之举。三月，宗棠驻军肃州，刘锦棠率所部分起出塞。闰五月，于古城取齐。六月，与金顺会师阜康，拔黄田贼卡，克古牧地贼巢，乘胜复乌鲁木齐、迪化州、昌吉呼图壁及玛纳斯北城。宗棠檄锦棠布置后路，进规南路，达阪城；张曜取道七克腾木，徐占彪由木垒河搜捕而进，会师辟展，以规吐鲁番，由锦棠酌定师期。九月，克玛纳斯南城，北路肃清。
三年三月，徐占彪会张曜部将孙金彪克辟展、鲁克沁、哈拉和卓城，会湘军部将罗长祜复吐鲁番满汉城，刘锦棠克达坡、托克逊两城。四月，逆酋帕夏阿古柏仰药自毙；子海古拉负尸西窜，为其兄伯克胡里所杀。宗棠以闻，得旨：『关外军情顺利，吐鲁番等处收复后，南八城门户洞开，自当乘胜底定回疆，歼除丑类，以竟全功。其即统筹全局，直抒所见，以慰廑念』。六月，宗棠奏言：『重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相联，形势完整，无隙可乘；若新疆不固，则蒙部不安，匪特各边防不胜防，即直北关山将无晏眠之日。况俄人拓地日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂，尤不可不豫为绸缪。今北路止伊犁未收，南路已复吐鲁番全境；惟白彦虎率其余党偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终须兵力。此外各城，则如去虎口、投慈母之怀，无更抗颜行者。新秋采运，足供鼓行而西；且剿且抚，无难挈旧有疆宇，还隶职方。安集延、布鲁特诸部落，则等诸邱索之外，听其翔泳故区。俄人方争土耳其，与英相持；我收复旧疆，兵以义动，设有意外争辩，在我仗义执言，决无挠屈。窃以为地不可弃、兵不可停，饷事匮绝，非速复腴疆，无从着手。至省费节劳，为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省、改郡县，其事有不容已者』。奏入，上谕令督饬将士戮力同心，克期进剿；并揆时度势，将如何省费节劳为新疆计久远之规，与拟改行省郡县，一并通盘筹划具奏』。七月，刘锦棠由托克逊进师。九月，复喀喇沙尔、库车等城。十月，复阿克苏、乌什等城。十一月，复叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀什噶尔等城；安集延贼党及陕、甘、新疆逆回悉数诛戮，南路回疆肃清。
四年二月，捷闻，谕曰：『左宗棠督办新疆军务，剿抚兼筹，定议先规北路，首复乌鲁木齐，以扼其总要；旋克玛纳斯数道，并进规复吐鲁番等城，力争南路要隘。然后整队西行，势如破竹，见在南八城一律收复。允宜特沛殊恩，用酬劳勋。左宗棠筹兵、筹饷，遍历艰辛，卒能谋出万全，肤公迅奏；着加恩由一等伯晋为二等侯』。寻有旨：『仍用「恪靖」字样』。三月，宗棠疏辞至再；上温谕勉之。十一月，奏逃匿俄境陕回分道寇边，截剿净尽。十二月，奏阿克苏缠回聚众谋叛，安集延逆目阿里达什入卡谋逆，均剿捕竣事。
五年三月，奏安集延、布鲁特两部合谋入寇，刘锦棠大破之，十月，奏贼酋复犯边，追剿大胜；并请以刘锦棠帮办新疆军务。从之。
六年四月，『奏新疆善后事宜，以修浚河渠、建筑城堡、广兴屯垦、清丈地亩、厘正赋税、分设义塾、更定货币数大端为最要，已次第兴办，兼推行蚕桑之利』。奉旨：『所陈井井有条，皆地方切要事务。既已渐着成效，即着认真经理，以期次第就绪，教养有资』。又履陈新疆开设行省事宜；下部议，如所请。是月，以俄人未交还伊黎，宗棠督师出屯哈密。七月，上谕：『左宗棠奏：见已行抵哈密；关外军务，谅经布置周详。见在时事孔艰，正须老于兵事之大臣，以备朝廷顾问；左宗棠着来京陛见，一面慎举贤员堪以督办关外一切事宜者，奏明请旨，俾资接替』。九月，命通政使刘锦棠督办新疆军务，宗棠交卸启程。
七年正月入觐，命管理兵部事务，在军机大臣上行走，并总理各国事务衙门行走。二月，奏请教练旗兵、兴修畿辅水利；诏允行。七月，因病屡请开缺，上一再慰留。九月，授两江总督，兼办理通商事务大臣。宗棠请回籍省墓，并便道查阅长江水师。十二月，抵任。
八年三月，筹办导维入海水利工程，修复淮南通泰场地堤墩。四月，奏请兴复淮鹾引地；为川、鄂两省总督奏格，不果行。十一月，奏开采铜山县属煤铁、酌减税银；从之。
九年，山东教匪王觉一等谋逆，饬将弁缉获匪目，解散余党。三月，出省勘收大江下游及朱家山、赤山湖水利工程。时法兰西兵扰越南，奏筹办海防机宜；略言：『自古谈边防者，不外战、守、和三事。要必能守，而后能战；能战，而后能和。吴淞为进黄浦江之口，系苏、松门户。敌船若不进黄浦，即由崇明趋狼、福山，径入长江；长江海口，应以狼、福山为第一要隘，江阴次之。臣因验工之便，会集各营将领熟商布置添造炮船、修理炮台，庶期有备无患』。诏嘉之。七月，因越南告警，请令前福建布政使王德榜募勇出关助剿，并请缓开龙江、西新、浒墅各关。诏如所请。十月，因病奏请开缺；赏假两月。
