十五日（戊申），谕：『据李侍尧等奏：『台湾府属各厅、县本年应征兵榖及耗羡、庄租、杂税等项，请分作四年带征」等语。台湾自剿捕逆匪以来，节经降旨将乾隆五十二、三两年钱粮并嘉义县五十四年钱粮全行蠲免矣。今此项应征兵榖及耗羡、租税固应照例征收，以备供支；但念该处经贼匪滋扰后被难归庄之民未遑耕种、生理艰难，若仍分年带征，民力不无拮据。所有台湾各属本年应征兵榖十九万九百余石及耗羡、庄租、杂税银六万九千余两、粟一千八百余石，俱着加恩全行宽免，以副朕惠爱被难边黎、有加无已至意。该部即遵谕行』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务福康安、护军统领参赞海兰察、福州将军恒瑞、成都将军鄂辉奏：『自诸罗围解时贼匪逃入内山潜匿，随令海兰察等沿山搜查，贼匪遁入斗六门据守；大兵进攻，山径杂出，惟有探明路径，方可长驱直入。至恒瑞前次不敢轻进者，恐盐水港海口有失，所关匪细。自克复鹿仔草后招集义民五十余庄，以清后路；原拟剿抚兼施、连营前进，无如过于持重，转涉迟延，尚非有心畏葸。又，蔡攀龙在诸罗西门外札营，并无自诸罗杀出之事；臣面加询问，据称因系损失多兵，贼围仍不能解。惟有据实陈明，恳请革职。但观其人尚奋勉，可否酌留海坛镇总兵原任？查诸罗被围数月终未失陷者，实由众民一心奋勇，又略得饷银接济，方能保守；与昔日希波军营被围绝饷，景象迥不相同。柴大纪人本诡诈，甚染绿营习气，不可倚任，是以仍使伊屯驻诸罗；将来事竣入都，自难逃圣明洞鉴』。谕军机大臣等：『本日福康安奏称：贼匪经官兵屡次歼戮，穷蹙奔逃。若由海道窜逸，官兵乘船追捕，转不免稍需时日。如果逃入内山，该处俱系生番居住，若番众等畏其逼处，竟将贼首擒献，固属甚善；即或容其潜匿，不肯献出，亦可趁官兵全盛之势，直入内山分兵搜捕，即将助逆生番一并剿戮，亦非难事。福康安等务须迅速搜捕，将贼首设法生擒，勿令久匿稽诛为要。又据奏恒瑞带兵援应、途中观望各情节，以恒瑞过于持重，致涉迟延，总由不谙机宜，办理不能得手；所论甚公。至蔡攀龙前此应援入城，虽未能带兵出城剿杀贼目；但伊屡次与贼打仗奋勇出力，业已加恩擢用提督，其过尚可宽免。至所遗失兵丁，是否实系阵亡抑系逃散从贼之处？必当严切查究。若随征兵丁不顾主将、临阵逃散，此而不加以惩创，将来何以用兵！此内从贼之兵，其罪更甚于从贼之民。福康安于查办时，尤当严加区别，从重办理，不可稍存姑息之见』。
又谕：『据福康安奏称：「查明柴大纪、蔡攀龙各情节，请将普吉保调任台湾镇总兵」等语；所奏固是。但柴大纪究能保守嘉义，数月间屡经剿杀贼匪，曾经加恩封为伯爵、赏戴双眼花翎；即蔡攀龙亦因从前李侍尧称其领兵攻解嘉义县之围，曾经授为提督、赏给巴图鲁名号。今当进兵之际，遽将伊二人更调，殊觉未便！着暂留令其驻守，弹压官兵；并传谕李侍尧俟擒渠魁后，伊等任内果有卑陋情弊，再行查明补参治罪。至从前降旨：大功告竣，留蔡攀龙帮同常青办理善后事宜；今阅福康安所奏，蔡攀龙既属无能，彼时着即遣回。普吉保尚属干练，即着留彼处随同常青办理善后事宜』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百九十四。
十六日（己酉），谕曰：『台湾贼匪滋扰嘉义县城时，普吉保、恒瑞先后带兵前往援应，俱未能奋勇杀散贼匪、直抵县城，均难辞咎。但普吉保由鹿仔港进兵，收复笨港、移驻元长庄，并经屡次打仗杀贼，尚能自知奋勉。所有台湾镇总兵员缺，即着普吉保调补，以观后效；其所遗汀州镇总兵员缺，着福康安于军营出力副将各员内拣选一员，奏明候朕简放。至恒瑞在盐水港一味株守、毫无寸进，实属无能，难胜将军之任；着即来京候旨。至福州将军员缺，前曾有旨欲将鄂辉调补；因现在保宁已补授伊犁将军、李世杰仍补四川总督，该省地方紧要，且毗连西藏，统辖番夷，俱有应办事件，李世杰系属汉人、且年已老，恐办理公务精神不能周到，鄂辉在川有年，于该处事宜较为熟谙，将来台湾事竣后，应令仍回成都将军原任，以资驾轻就熟。至常青剿捕台湾逆匪，虽未能督率将弁，克期奏绩；但自驻守郡城以来，贼匪屡经攻扰，伊已年老，尚能临阵杀贼，将郡城保护无虞，并节次派拨弁兵援应嘉义，调度尚属有方。虽不宜复任总督，但伊从前曾任福州将军，熟悉该处情形，且以闽浙总督调补该处将军，呼应较灵，于办理一切善后事宜更为得力；所有福州将军员缺，即着常青补授。将来大功告成后，即留于台湾带同普吉保办理善后事宜。其湖广总督员缺，即着舒常补授；所有工部尚书员缺，着福长安补授』。
谕军机大臣曰：『孙士毅自办理调兵运饷诸务以来，俱能不分畛域，实心经理，甚属可嘉；俟大功告竣后，赏给世职，着先赏戴双眼花翎以示优眷。至昨据福康安奏柴大纪、蔡攀龙守城打仗情形多不确实一节，朕因此事反复思之，竟至彻夜不能成寐。向来绿营将弁冒功谎报，积习原所不免；但以天下之大，地方事务在在需人任使，遇有军务，势不能祗仗满洲官兵，竟置绿营于不用。此次台湾逆匪滋事以来，该处领兵将弁虽未能俱振作有为；然就现在将领而论，柴大纪、蔡攀龙二人尚能奋勇出力。柴大纪驻守县城已经半载，经贼百计攻围、时时窥伺，柴大纪能督率兵民力为捍卫，卒能保护无虞。虽伊节次奏报斩获首级、夺取器械等事或间有虚词谎报，此亦绿营积习，情事所有；但伊困守围城、不辞劳瘁，亦当略其短而取其长。柴大纪设果如福康安所云诡谲取巧，则当县城被围紧急之时，朕曾降旨谕令柴大纪「如力不能支，不妨带兵出城，另图进取」，柴大纪何难委城而出，以为脱身之计；即县为贼所据、百姓为贼所得，亦得借口遵旨而行，朕亦难治以弃城不守之罪。乃柴大纪于奉到前旨后，坚持定见、竭力固守，不忍将城内数万生灵委之于贼；是柴大纪尚知以国事为重。朕阅其奏折，为之堕泪；岂福康安目击情形，尚不心存悯恻，转事苛求，不能以朕之心为心乎！即如柴大纪前奏「贼匪攻城时，用大板木车中藏鎗炮，分路攻犯，被官兵炮击碎枋车」一节，若果是虚词，现在福康安奏到「进抵县城，追杀贼匪，夺获攻城大车二辆。又于兴化店地方，贼匪经官兵追赶，大炮、鸟鎗遍地遗弃，俱为我兵所得」等语；可见柴大纪前奏贼匪大车架炮攻城之处，实有其事，并非虚词之一证。又柴大纪所奏「县城粮食匮乏，地瓜、花生俱尽，以油糁充食」之语，虽县城被围时义民等尚有捐助粮米零星接济，兵民未必遽至尽食油糁；但当情形紧急之时各路援兵并未实时前进，柴大纪目睹县城粮食兼尽，至以日食油糁为词希冀援兵速到而普吉保、恒瑞两路尚复观望不进，若再实有粮米则两路之救援更缓，此时县城之存亡尚未可知，又安怪柴大纪之过甚其词耶！今幸福康安等统兵速进，县城围解、甫获更生，此等措语未实之处朕尚加之宽宥，宁福康安不为之原谅耶！至蔡攀龙，现据福康安到彼查询，于援应柴大纪时，进城后仍被贼截断后路，损失多兵，未能破解贼围，亦并无自城内杀出、打通道路之事。但蔡攀龙屡次打仗杀贼，曾经常青等保奏颇为奋勇，伊带兵赴援时沿途遇贼接仗、督兵力战，究能前抵县城，协同固守；是蔡攀龙在领兵将弁中尚为奋勉，朕已加恩擢授提督，福康安此时亦可无庸过加责备。即云台湾逆匪等纠众倡乱由于地方文武平日贪索扰累，以致激成事端，朕非不知。但该处百姓休养生聚有年，即使地方官贪黩敛怨，亦可据实上控，岂可公然叛逆；况官吏骚扰地方、剥削百姓，自系文职为多，至武职所辖不过营伍兵丁，并不经管地方事务，纵使从中婪索，然较之地方文职所得不过十之一、二，岂得以此归咎柴大纪、蔡攀龙二人。此次破贼解围，官兵会合攻剿，固属福康安、海兰察督率巴图鲁侍卫章京等奋勇力战之功，该处绿营将弁俱属怯懦无用；但就该处带兵之员而论，其中勇怯不齐，亦应絜长较短有所区别，岂可一概抹杀！即将来平定后，焉能止留满洲巴图鲁百余人驻守，将绿营将弁概行撤回之理。看来柴大纪、蔡攀龙未免因俱系提督大员、且屡经恩旨褒嘉，或稍涉自满，在福康安前礼节或有不谨，致为福康安所憎，遂尔直揭其短乎！况柴大纪、蔡攀龙俱现任提督，水陆将弁兵丁皆所统辖。福康安即有不满伊二人之处，然其功究不可泯，亦应外示优容；若遽加之声色，则所属将弁兵丁见统辖大员全无颜面，未免心存轻视，竟至呼应不灵、从而解体，于事大有关系。即使伊二人实有绿营习气、不可信任，福康安何妨俟大功告成，至京时密为面奏，亦不为迟；何必于此时遽以此形之奏牍耶！朕于柴大纪、蔡攀龙二人并非先有成见，不过念其守城打仗、勤苦出力，曲加轸念；福康安非他人可比，尤需仰体朕心略短取长，方得公忠体国之道。况柴大纪已加恩封以伯爵、蔡攀龙业经超升提督，福康安所奏各情形并无确据，又岂可转没有功、遽加以无名之罪耶！总之，柴大纪、蔡攀龙功过自有定论，福康安此时总以坦怀相待，不稍露词色为是』。
十七日（庚戌），谕：『福建台湾府孤悬海外、远隔重洋，地方辽阔、民情刁悍，无藉奸徒往往借端滋事；皆由地方官吏任意侵婪，累民敛怨。而督、抚遇有台湾道、府、厅、县缺出，又以该处地土丰饶，不问属员能胜任与否，每用其私人率请调补，俾得侵渔肥橐；所调各员不以涉险为虞，转以调美缺为喜。到任后利其津益，贪黩无厌，而于地方案件惟知将就完结，希图了事；以致奸民无所畏惮，始而作奸犯科、互相械斗，甚至倡立会名、纠众不法，遂尔酿成巨案。总因历任督、抚阘冗废弛，地方官吏竟不可问。从前历任督、抚业经身故者，今不复追治其罪；此外如富勒浑、富纲、雅德等亦姑免其深究。但经此次大加惩创之后，海疆重地不可不力为整顿，以期绥靖地方。向来三年一次出派巡台御史满汉各一员，前往巡视；该御史职分较小，且由京派往，不能备悉该处情形，易为地方官欺朦，不过虚应故事，仍属有名无实。嗣后着照四川巡查促浸攒拉之例，令该督抚及水师、陆路两提督每年轮值一人前往台湾严行稽查。该处道、府、厅、县本皆督抚所属，其贤否自易知悉；如有骫法营私、扰累小民之事，即可就近查明，据实参奏。至营伍弁兵系由内地换班派往防守，为水、陆两提督素所管辖；其操防一切，孰勤孰惰及有无扰累生事之处，尤易随时查察：既足以资弹压，又可以整饬吏治戎行，于海疆实为有裨。再，台湾道、府向有缺出，俱由该督奏请调补，易启夤缘瞻徇之弊；嗣后该处道、府缺出，俱着请旨简放。倘该督、抚、提督等于奉有此旨后仍前玩弛并不实力整顿、又复虚应故事，或致地方有滋事之案，惟该督、抚、提督是问。至海洋虽风信靡常，而该督、抚等前往巡视原不必拘定时日，祗须视何月分风信平稳之时配船前渡，亦不至于涉险也。所有请派巡查台湾御史之例，竟行停止。着为令』。
又谕：『据李侍尧奏：「闽省本年溢额盐课及认办额外课银，请分年带征」等语。福建自台湾剿捕逆匪以来，办理军需、运送米饷差务殷繁，营销口岸挽运维艰，以致盐引滞销，商力不无拮据，自系实在情形。所有该商等应完溢课银七万六千九百余两及认办额外课银一万二千四百余两，着加恩分作三年带征，以纾商力』。
又谕：『现在台湾剿捕逆匪大功指日告竣，一切善后事宜需用较多，自当宽为豫备，以资接济。着户部于附近邻省内再酌拨银二百万两，令该督、抚派员迅速解往闽省，交该督等存贮备用』。
十八日（辛亥），谕：『据徐嗣曾奏：「闽海关本年征收税银，比较上年短少至九万一千九百余两；常青、恒瑞俱身在军营，未便照向例分任摊赔。恳将本年应赔银两，统在徐嗣曾名下养廉内坐扣归款」等语。本年台湾逆匪滋事，前后派调官兵陆续配渡并节次运送军饷，商贩船只较稀，以致税额短少，其事尚属有因；所有本年闽海关征收税银短少九万一千九百余两，着加恩宽免』。
二十三日（丙辰），谕：『斗六门为南北要隘，久经贼匪屯占；福康安统领官兵将中林、大埔尾、大埔林各庄同日攻溃，乘胜直趋、连夜前进，剿杀贼匪，将斗六门收复，官兵奋勇力战、不避鎗炮，甚属可嘉！现据李侍尧奏：「闻官兵已破大里杙贼巢，贼匪逃入内山；生番等禀称欲将逆首林爽文擒获献出」等语。想福康安等奏报之折，自已在途，即日捷音可到；俟大功告竣，再行另降谕旨外，福康安、海兰察、恒瑞、普吉保、袁国璜着先行交部议叙。至普尔普现已打通府城道路，仍回北路协同进剿，亦属出力；普尔普，着交部议叙。所有福康安等奏到格外出力之侍卫章京及镇将官弁等，除赏给巴图鲁名号及升等、赏翎各员外，其余在事出力之侍卫章京、镇将官弁等，俱着查明一并咨部议叙』。
