木华黎接受任务之后，便开始了安抚工作。在混乱之际，留守的金朝将领或地方民众纷纷组织武装自保，地方豪强成为各占一方的武装割据势力。木华黎原来在长城以北就从事收降安抚工作，收附了一批契丹、女真、汉人的地方武装首领。现在他再次挥师南下，就更加注意各地的地主武装势力。由于战场广阔，战线过长，而手中军队义有限，木华黎深知他手中的10万军队只能驻在战略要地和用于大的战役行动，不能分散到几千里的广袤战线上去。为了建立长久的统治，收揽大量的治理人才，木华黎采取了成吉思汗“招集豪杰，勘定未下城邑”的建议，凡是归降的汉族地主武装首领，一概让他们依旧管辖原有的地盘；金朝官将则维持原职，或者授以更高职位；对于平民百姓，则按照势力大小授以新职。在蒙强金弱的形势下，越来越多的汉人地主武装首领归向木华黎。
蒙古军队向来嗜杀成性，木华黎挥师南下了，虽然难免还有杀掠，但渐渐也有了许多变化。投降蒙古的汉族大将史天倪进言：“中原一带地方大致攻下，但我军仍奉行抄掠劫杀政策，这不符合王者吊民伐罪的古训。国王要平定中原，恐这种政策难为天下人接受，不利于我军从事。”木华黎认为史天倪说得有道理，于是听从了他的意见，下令禁止掳掠，“敢有剽虏者，以军法从事”，并将掳获的老人幼童等都遣返乡里，以示蒙古军队爱民。1218年，蒙古军队攻下太原，术华黎派遣大将镇守，并令这些将领修葺城市，“不嗜戕杀，恣民耕稼”让市肆照常进行。从此，他的麾下建立了禁止剽掠的新纪律，“军中肃然，吏民大悦”，蒙古迅速在中原地区站稳了脚跟。
变掳掠战争为人主战争，表现出了木华黎杰出的政治才能，也展示出了成吉思汗在用人上的慧眼独具。术华黎的智慧在于他从实际出发，根据战事发展的具体需要，因地制宜、有针对性地制定政治方略，而不是一味地遵守传统的策略。这一政治意图的变化，成吉思汗本人也未能料到。他最初率军侵入中原，只是为了进行经济掠夺，不准备进行长期统治。但木华黎将统治中原作为奋斗目标，说明他具有高出常人的政治胆识和首创精神，也显示了他罕见的气魄与胸怀。收买人心胜于战胜百万雄师，金朝为此深感恐慌。
木华黎的稳扎稳打，步步紧逼，使金国无力以对，只得节节退让，龟缩退守到黄河南岸。金国皇帝依靠山河之险，北沿黄河两千余里，集中兵力于潼关附近，将主力分为四部分。四路守军遥相呼应，凭借地理位置的优势，能进能守，于是形成了蒙金隔黄河对峙的局面。
木华黎一面同金军对峙，一面寻求新的出路。1220年秋，木华黎一面留下大军严防潼关金军，一面亲率少量精锐军队进入山东。蒙军奉行招降政策，刚一进入，金国的山东守将严实就背叛金朝投降于蒙古军，把他所统领的彰德、恩博等州全部献给了木华黎。严实的投降，使蒙古不战而取得大片领土，攻略金国的力量由此大大加强，此外，严实的投降还瓦解了金国的军心，木华黎为了进一步瓦解敌军，拜严实为光禄大夫，行尚书事，吸引金国将领投降蒙古。此后不久，木华黎在黄陵岗歼灭金军10万余人，声威大震，不少金将和地主武装见蒙古强大，又善待投降之人，纷纷投靠蒙古。
为了同木华黎抗衡，金国也加强了对地主武装的招纳政策，这加速北方地主阶级的分化，造成了中原地区数十年的纷争。由于蒙军大力支援各地降蒙武装，在关键时候，木华黎又亲率大军支援，使得降蒙武装能守能攻，进退无忧，很自然地就把蒙军作为强大靠山。而且，木华黎十分尊重地主武装，采用汉人的传统政策，任用一些汉族知识分子从事恢复经济和社会工作，从而稳定了被占地区，使这些地域内的政治、经济得到了一定程度的发展。相反，降附的金国地主武装既没有金军主力的支援，又缺乏金廷的调度和节制，基本上是孤军奋战，无法实现彼此间的通力合作，且内部矛盾重重，摩擦不断，金国逐渐在这场斗争中处于了下风。
在/华黎的进攻下，金的州县地方政权普遍瓦解。1218年，平阳失守后，金在黄河以北不再设置统一的军政机构。金廷听说木华黎以太原为中心，“为久驻之基”，便采取向地方将领和豪强地主授予高衔的措施，支持他们各保一方“统众守土”、恢复失地。为了扭转战局，金国行动迅速，在一个月之间封九个地方地主为“公”，且都兼任地方宜抚使。为了使这些豪强地主能够忠于朝廷，金国赐给他们“宣力忠臣”的称号，并明确表示除已划定所管州县外，如果能收复邻近州县，也归他们管属，鼓励他们进攻蒙军。但是，金国册封的这些“公”实力有限，彼此叉互相不统摄，在同蒙古方面周旋一阵以后，不是被蒙军执杀，就是向蒙军投降。在这些人中，金国最为器重的是实力最强的武仙，并让他镇守重镇真定。蒙军集中力量争夺真定，双方经过反复争夺，武仙依据蒙金双方的实力变化而骑墙不定，他先投降蒙古，又投降金国，最后在蒙古军队讨伐下，不得不逃奔汴京，放弃守地。
远在西征前线的成吉思汗时时关注着中原战局的发展，并派信使和术华黎随时保持着联系。成吉思汗对木华黎所取得的巨大战绩深表赞赏和认同，木华黎派遣使者向成吉思汗报捷，木华黎唯恐自己的势力增大，成吉思汗会有疑心，特别嘱咐使者询问：“木华黎请求停止进军，是不是等大汗回国再歼灭敌军？”成吉思汗斩钉截铁地降旨，让木华黎没有攻下其他城堡时就别下马。使者回去后，木华黎向使者问道：“当你到大汗处报告我的话时，他做什么？”使者说：“他命令将军继续进军，并掰了掰手指。”木华黎问道：“他还说了些什么？”使者说：“他掰手指时，在数他的大将，他把您和博尔忽、博尔术、忽必来、哈剌察儿、赤老温、哲别、者台、巴歹还有乞失里黑等10个比做他的手指，成吉思汗说他们是朕的助手，是朕的能干的、尽心竭力的奴仆，是朕的快马，朕的神箭手，朕的拴到马鞍上的猎狗。”木华黎听后知道成吉思汗对自己十分信任，深感大汗的知遇之恩，立刻大声地说：“我会誓死忠于他！”
在木华黎的接连打击下，金国难以立足，被迫求和。金国害怕木华黎，于是派使者怀揣图书到两征前线，绕过木华黎直接去向成吉思汗求和。成吉思汗问金使：“我的太师可知道了这件事？”金国使臣不敢欺骗，如实回答，成吉思汗大怒道：“我率军西征，中原事宜完全由太师处理，你们快去问太师去吧。”木华黎知道成吉思汗的愿望是灭亡金国，现在对金作战已取得巨大军事成果，于是拒绝了金朝的求和要求。过了一年，金朝皇帝义派使者远赴西域求和，成吉思汗说：“念汝远来，须割地与我太师，令汝王为河南王，归于太师节制，如何？”这一条件十分苛刻，完全是侮辱金国，抬高木华黎，金国最终拒绝。
1222年冬季，趁着天寒地冻，黄河水面结冰，木华黎率领大军渡过黄河，进入陕西，接连攻克同州、蒲城，然后直抵京兆府城下。京兆府就是今天的西安，古称长安，宋称京兆，位于渭河平原中部，为历史悠久的古城。金朝守将完颜合答坚壁清野，在城周围50里之内不留一人一畜，并在主干道上遍设障碍物，阻扰蒙古骑兵行动。京兆府历经数百年历史，城墙高大坚固，城上防守严密，完颜合答紧闭城门，死守不出，蒙古军队几次强攻不能得手。此时正当严寒酷冻，蒙古大军驻扎在荒原野地上，马少草料，人缺食品。木华黎攻城不下，心急如焚，便领着众将，到周围山坡上侦察地形，不想赶上风暴，大雪堵塞道路，马匹冻伤，历经数天才赶回军营。
此后木华黎竟发起烧来。起初木华黎自恃身体强健，不以为意，没想到接连数周病情竟不断加重。主将生病，军心必定动摇，木华黎命令将士严格封锁消息，悄悄撤军。第二年初春，木华黎率军渡过黄河东返，至山西闻喜县，病重而亡。
木华黎打下了灭亡金国的基础，为蒙古入主巾原立下了汗马功劳。白他开始执行的拉拢汉族地主、恢复发展生产的政策，为后继者所承袭，开创了蒙古统治者进入中原后采用“汉法”的先例。成吉思汗知人善任，任用木华黎这样的杰出将领，以权皇帝之名，行皇帝之实，历史上极为罕见，彰显一代天骄的博大胸怀。
木华黎临死前，派人向成吉思汗禀报消息，请他赶快安排人选，征服中原大业不可一日无主将。他还向成吉思汗请罪说：“我追随大汗征战四十年，没有什么遗恨，只恨汴京至今还没有攻下！”小华黎死后，成吉思汗极为伤心，他命令木华黎的儿子孛鲁袭为国王，继承他的未竟事业，继续攻金。
攻打金国的同时，成吉思汗在西部遇到了一个强劲的对手——花剌子模。花剌子模是当时统治中亚地区的大帝国，疆域辽阔，包括哈萨克斯坦、斯坦乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、阿富汗和伊朗的部分地区，对蒙古西部构成了极大的威胁。亚欧大陆腹地，它是唯一一个能与蒙古帝国比斤两的国家。俗话说，“天无二日，山无二虎”，成吉思汗把刀锋指向了他的竞争者。阿拉乌定·摩诃末是西域强国花剌子模的君主，也堪称是一个不世英雄。他继承父业，四处征伐，成了中亚最强大的统治者。当他势力蒸蒸日上之时，成吉思汗也完成了蒙古的统一，正在积极向四方推进。
攻占中都后，成吉思汗曾在那里作了短暂停留，度过寒冬。其间，摩诃末为了解蒙古征服金国后的真实情况，派遣以巴哈·阿丁·吉刺为首的使节晋见成吉思汗。成吉思汗很早就注意了帝国西部的这个大国，密切关注着它的一举一动。成吉思汗想与花剌子模保持良好的关系，于是盛情款待了使团，并表示：蒙古为东方的统治者，花剌子模为西方的统治者，双方保持和平友好的关系，互不侵扰，并表示要与花刺子模通商。为了表示友好，成吉思汗派使者和商队回访了花剌子模国。摩诃末在布哈拉接见了蒙古使者，同意成吉思汗的提议，双方缔结了和平通商协定。
然而好景不长，双方不断发生误解和冲突。首先是哲别受命消灭西辽时，花剌子模抢先占领了讹答刺等大片领地，挑起了两国间的领土纠纷。不久，边界纠纷和武装冲突不断加剧，速不台消灭蔑儿乞部的残余势力，胜利回师时，遭到花刺子模军队的追击，蒙古军队不敌，一直后退。速不台知道蒙古与花剌子模订有条约，一再对花刺子模退让，他还派遣使者劝说花剌子模国王，希望双方不要交锋。但摩诃末不听劝告，仍然进军攻击蒙古军队，挑起武装冲突。速不台设下伏兵，大败花刺子模军队，摩诃末都险些被蒙古军队俘虏。回国之后，速不台将此事禀报给成吉思汗，成吉思汗大大表扬了他一番，并加强了对花剌子模的戒备。
一波未平，一波又起，紧接着发生的蒙古商队被害事件使成吉思汗再也不能忍受了。
1218年，成吉思汗派一个450人的商队到花剌子模进行贸易。商队到达花剌子模的边城讹答剌时，其守将亦纳勒出黑因为商队没有尊称他“海儿汗”而大发雷霆，他没收了商队的财物，把450人全部逮捕，并向摩诃末汇报说，他们是成吉思汗派来的间谍。摩诃末对成吉思汗本来就疑心重重，加上亦纳勒出黑添油加醋，便更加担心。他命令将商人全部处死，只留下一人作为活口，故意让他回国通风报信，向成吉思汗报告商队的被害经过，故意挑衅成吉思汗。成吉思汗发怒了，《史集》中这样描述他发怒的情景：他愤怒地独自登上山头，把腰带搭在脖子上，光着头，将脸贴在地上。他祈祷、哭泣了三天三夜，对主说道：“伟大的主啊！大食人和突厥人的创造者啊！我不是挑起这次战乱的肇祸者。请佑助我，赐我认真复仇的力量吧！”然后他感到了吉祥的征兆，便精神抖擞、愉快地从那里走了下来，坚定地决定将作战所需的一切事情布置起来！
成吉思汗非常愤怒，好心派出商队，却遭到对方的侮辱，他发誓要为死者报仇。但成吉思汗仍然保持着理性的头脑，他不希望双方闹翻，希望双方能够通过和平的方式解决争端，继续保持友好的关系。于是，成吉思汗派出巴合剌等3名使者前往花剌子模，交涉这件事情。巴合剌对摩诃末国王说“君前与我国约好，保证不虐待我国任何商人，今遽违约，枉为一国之主。如果讹答剌城虐杀商人之事，不是你的命令，请将他交给我国，由我们进行惩罚，否则就是对我国的宣战。”摩诃末狂妄自大，不但不追究守将的责任，还杀害了巴合剌，将另外两名副使的胡子剃光赶回。胡子是蒙古人尊严的象征，剃掉使臣胡子无疑是对蒙古尊严的侮辱，摩诃末采用这种方式，表达对成吉思汗的蔑视。
由于摩诃末背信弃义地违背了他亲口答应缔结的和约，蛮横地屠杀蒙古国派往该国进行和平贸易的商队，杀害、侮辱前往交涉的蒙古国使臣，严重侵犯了蒙古国的主权，侮辱了全体蒙古人的尊严，成吉思汗遂动员全体蒙古国人，组成蒙古大军，发动了两征花剌子模国的复仇战争。
成吉思汗对花刺子模的出征并非一时意气，而是有着独特的背景，也是成吉思汗对自己的大汗的威严的维护。
成吉思汗进行征服战争的根本目的，是为了掠夺财富。因此，有人说成吉思汗是一个贪得无厌、欲壑难填的人。中亚的一部史书中还绘声绘色地记载了成吉思汗的一段自白，把他所说的人生最大快乐奠过于“粉碎敌人，追击他们，没收他们的财产，看到他们的亲人在流泪，把他们的妻子和女儿搂在自己怀里”作为成吉思汗贪得无厌的证据。如果单凭此话判断，成吉思汗就是一个被无限的物欲与****驱动的贪婪之人。然而，事实则并非如此。
在西征前，成吉思汗一直想同花刺子模保持和平相处的关系，同******世界进行贸易沟通。但是花剌子模的一再挑衅，终于激怒了成吉思汗。
成吉思汗非常重视政治关系的光明正大，非常看重对联盟和条约的忠实态度。对于花剌子模屠杀蒙古商人、杀害蒙古使臣，拒绝进行任何解释的行为感到异常愤怒。他心头的怒火熊熊燃烧起来，发誓要对花剌子模帝国进行残酷的报复。此时，维护信仰和恪守诺言、遵守贸易协定的是他成吉思汗，而以野蛮的态度对待他人的是那些突厥一波斯一******文化的花剌子模，敌对的形势已无可挽回，武力解决问题的大计已定。
