熊公自序略云：二十九日召对，既罪刘宗周等，独谕金吾骆养性曰：熊开元必有主使，不行拷讯，是汝不忠。骆出，方沈吟道上，中使忽以手敕至，则令取开元、采毕命，以病闻密诏也。骆失色，语同列；同列曰：是何可杀珰党乱政。时田尔耕毙，诸言者足鉴也。明日十二月朔，取开元百端拷掠，求主者；但举一腔忠愤及姻朋辈私相感叹，劝开元勿语者以对，先一〈桚，攵代夕〉一百敲，又一夹打五百杠，掠至垂毙，始还狱。初二日，又一夹打五十杠，复去衣打四十棍，自分死矣。金吾法已穷，思之三日，似有鬼神之通，乃以所谳无大碍于首辅者为一纸，开元所供娓娓千言为一纸，同进并缴，前密谕曰：诚如圣谕，天下祗畏臣衙门之刑，不畏朝廷之法，无合将开元发部拟罪，肆诸市朝，始可昭垂后世。初四日，上以谳词发阁，延儒叩首曰：熊开元，南人不任刑，今已至矣，愿付刑曹。上用其言，下部，且手诏答金吾曰：开元、采前诏不必行，始惊且喜，呼圣明也。刑部疏上，以不审不招为欺藐玩徇，责堂司官。开元、采各杖一百；开元已抵夜台再四，稍有人心莫不泪落，而科臣廖国遴语同官曹良直以缓死之故，良直即疏言金吾漏泄机密，归功于己、归过于君，毒哉此举！虽磔金吾不足赎罪，何况开元？上忽召金吾，谕曰：外廷有人言汝。金吾曰：不识言臣何事？上曰：言熊开元事，汝泄漏机密。金吾曰：臣不识熊，且臣西班，不与东班往还，何处漏泄？但开元属臣问，姜采属镇抚司问，臣奉诏不得不商于该司吴邦辅，邦辅弟邦臣见官御史，或与邦臣商，遂闻于外欤！上曰：朕今亦不究矣。嗟乎！人皆一死，开元独千百死，非至尊宏宥，能免兹辣手乎？
闰十一月二十九日，召对百官议督抚去留事毕，谕科道官来。吏科都吴麟征首为姜采求宽。上曰：目今囗入，已及两月，任其焚掠，惨不忍言。时圣容恻然，且垂涕言曰：朕无面目见尔等。尔等言官当言的不言，二十四气之说事同匿名，屡见章奏，不得不于姜采疏上一问。言官为朝廷耳目，如己不正，何能正人？麟征奏：熊开元亦以讦奏辅臣得罪。谚云：家贫思贤妻，国乱思忠相；封疆败坏，岂得不责备首辅？总是姜采出语不伦，开元亦是热肠。上曰：开元假托机密，阴行谗潜，渐不可长，前旨已明。各科道俱有奏对，言督抚封疆诸事，御史杨若桥举西洋人汤若望制大炮御敌，左都刘宗周奏国之大事，以仁义为本，若望向来倡说邪教，堂堂中国，若用其小技以御敌，岂不贻笑？上曰：火器是中国长技，若望比不得外夷。宗周奏若望小技何益成败，目今要慎遇督抚，若文官不要钱，武臣不伯死，何愁不太平？只说选才望，不论操守，使贪吏诈，贻祸不小。因言范志完操守不好，贪克冒兵，以致军心涣散。又奏朝廷待言官当有体；即有罪，乞下法司。今熊开元、姜采因言下诏狱，大于国体有伤。又言臣宗周前因言得罪，荷皇上优容，臣何幸而遇王恩。二臣何不幸而不蒙宽宥。又如黄道周言语激烈，有朋友不能堪者，皇上既待以不死，又蒙起废。二臣戆直，不如道周；道周何幸而遇恩，二臣何不幸而蒙宽。上曰：三法司、锦衣卫俱是朝廷衙门，你说待言官有体，假使贪赃坏法，欺君罔上，通不该问了。宗周伏地引罪。上曰：黄道周闻他有学、有守，用系特恩，怎得引他比例？似你复拗偏迂，成何都察院？卿等起来，刘宗周候旨处分。辅臣周，出班跪，为宗周求宽。礼尚林欲揖，刑尚徐石麟，工尚范景文，兵尚张国维，兵侍冯元，亦皆跪求。上曰：熊开元这疏，定有主使，想是刘宗周主使了。佥都金光宸奏：宗周赋性硁直，客也，不会与开元不相往来，臣与同官，极知他在衙门，百事整顿，老成可念。上曰：金光宸也着议处。已而，五府勋臣同出班，跪求宽宥。上曰：面谕甚明，卿等不必申救。宗周、光宸先出候旨，诸臣各退。上召辅臣再入，随传旨：刘宗周革职，刑部议罪；阁臣持不发，将原旨同捧至御前，跪奏力救。首辅延儒言之甚缓，上不许；德璟奏：昔唐太宗恶魏征直谏，几欲杀他，入宫尚说须杀此田舍翁。皇后具服贺曰：君仁则臣直。语未毕，上遽曰：唐太宗，朕所不如，若闺门德行，朕亦不学他。德璟奏：皇上是尧舜，安肯学唐太宗，只唐太宗巧于取名。上曰：如何巧于取名？德璟对：人臣敢言的用之，则名在人主，罪之则名在臣下。太宗本不喜魏征，故优容他，以自成其名。上意颇回，诸辅臣复缓解之，上遂举笔抹去「刑部议罪」四字。
冢宰郑三俊上直臣可惜疏曰：刘宗周与臣出处略同，迂愚每足贾罪于明时，拙诚亦恒见原于君父。昔年罢弃，分正首邱，今春起废，忽动圣怀，其特达蒙知一也。自入朝端，独行踽步；华年茂质者相率视为朽人，同流合污者又争目为怪物；群猜满腹，冰炭难入；其忧谗畏讥又一也。司寇徐石麒疏曰：若鲁论古者民有三疾，三疾之中，矜愚居二。矜者不必皆廉，廉者必矜。愚者不必皆直，直者必愚。故孔子思之。今刘宗周兼有此二疾，其矜愚可厌，其廉直可思。皇上欲求变通趋时之臣，举朝不乏；若欲求廉顽立懦，维风易俗之臣，舍宗周无与归矣。及今用之，犹可收其后效，自兹以往，耄矣已矣，欲再见此正襟危度，岩岩冷冷之老臣，不可得矣。时又有举人祝渊上疏，请用宗周，命下刑部议罪。副院张纬疏参极贪御史王志举，前按苏松惟，惟赃赎是求，郡县争伺，富民缘饰赃款以供，其意每一访犯，赎即盈千。谳上，又加五六百两不等。京师紬铺，多本地巨商，命各商写会票十余万金，不胫而走，其家复捆载辎重，扬扬入都，至今数其婪横之迹，犹人人切齿。又举极廉御史成勇。时二人皆以参枢辅得罪，然立身既殊，起念各别，在勇直抒所见，可谓拂士之纠。志举自知公论不容，止如奸人之盖丑而已。奉旨志举提问，勇部议起用。
十六年癸未正月，当大计外吏；二月，当会试取士。以边警阻隔，外官入觐与举人会试者，俱不得前，乃改五月大计，八月会试，九月廷试，届期钦命井研陈演、通州魏藻德为主考官。通州系庚辰科进士，不三年即入阁，又越同事三人为副考，皆出特简云。
三月，改礼部郎中吴昌时为吏部文选司郎中。昌时好纳贿，宜兴之再召，实昌时奔走效力居多。至是，出入幕中，与侍史交通，探听阁中消息，在外招摇市权，而醉心吏部，谓诚得一日经吏部郎，即死可不恨。宜兴亦欲借此塞其望而远之。及入吏部，而愈不可远。先是，郑三俊尝问徐石麒曰：昌时何如人？石麒曰：君子也。盖畏其机深，故誉之。三俊不语。往时科道年例在二八月科一人，道二人，昌时为政，特广其数，例转科臣范志完等四人，御史陈荩等八人，科道群起大哗。掌科吴麟征、掌道祁彪佳率同官面折之。昌时怙过自如，科道皆恶之矣。又宜兴自恃圣眷，忽视同官，咸愠之；而罢内操、撤厂诸事，皆内监所不喜。司礼王之心尝告宜兴云，我辈才力有限，求老先生包容。宜兴不以为意，及以督师出，误信门生范志完之大言，一以军情委之，迄无成功，上方时时遣人侦候，于是左右之潜入而祸不可解矣。
上谕内阁，楚冠披猖，朕当亲征大讨，次辅吴甡仰体朕意，命以原官兼兵部尚书，督几剿寇，特赐尚方剑，以重事权，加赐银蟒等项，以示眷礼。又给银五万两、银牌、银花等前，充犒赏之用。
四月，上谕首辅周延儒，卿以元臣自请行边，星驰就道，深可嘉尚。特赐军前赏功银十万两、银币各项俱全。又特赐手谕云；卿以原官督师关宁、蓟密、昌宣、通津、保东，一切督抚镇将，主客兵马并京营兵将，悉听节制。重者竟以军法从事，有功的立行升赏，仍着兵科方士亮、职方尹民兴随行，监纪功罪，不时驰报。惟卿股肱元辅，方倚赖匡襄，不忍暂离左右。周召虎奉命专征，唐裴度朝天奏凯，名高青史，千古同符，指日功成，星驰入阁，慰朕侧席伫望之意。时北兵将出口，宜兴得谕即行，而兴化先奉命讨贼者尚迟回未出京，旋奉上谕曰：辅臣吴甡，奉命督师，三月以来，迁延不前，将出都门，筹划不固，若在行间，何以制胜？还宜在阁料理，不必督师。因具疏请罪。即奉旨着致仕。未几，与宜兴相继遣缇骑逮问。南兵尚书史可法有疏申救，得免死遣戍。北兵以十月初八日入口，由蓟通直至山东。于三月初入莒州城，养马休息，京师寂然无警矣。四月初一，赤羽自南来，举朝复大警。初五日，上御平台，召三阁臣，词气甚厉。云朕欲亲征。首揆周跪云：臣愿代往。上仰面尚视，摇首不言。周起，陈演跪云：首揆阁务殷繁，臣可去。上摇首如故。陈起，蒋德璟跪言：臣可去。上复如前。蒋起，周再跪请行。上回顾冷笑曰：先生果愿往，朕在宫中，看过奇门，正在此刻，一出朝门，直向东行，慎勿转西（知首辅寓在西）。当时一无料理，不得不谢恩而出，至齐化门，权宿城楼，题请随征官及勤王已到四镇刘泽清、唐通、周遇吉、黄得功。初六日，至通驻扎，北返勤兵，东起津门，西至涿鹿，亘三百余里，车载骡驼，横排挤拥，远近炮声，日夜不绝。首揆在通城，与四镇暨随征各官，一无事事，惟内惊面谕之谆切，外惊出口之骄嘶，近忧通城之脆薄及兵将之寡弱而已。五月初六日，烽火顿息，各处解岩，通城诸文武再庆太平。越四日还朝，为初十上午，即入文华殿陛见欢迎，亲手扶握，慰势倍至。囗囗休沐，不允。十五日，赐阁臣羊酒，陈、蒋二相疏辞。谓伴食方负惭，遂收成命。首揆亦疏辞，竟同准允。十八日，谕吏、礼、兵三部，查阅臣视师凯旋优礼之宴，如何隆重，各两进仪俱驳，情理未尽。二十三日，传府部九卿申刻平台候旨，接出圣谕，首辅周延儒，朕所敬信，不谓亦有蒙蔽，着议处。逾日议处疏上，旨下犹予致仕，赐路费银百两，后参疏日甚，向之最相昵者，出语更毒，如袁彭年之辈，皆各自为地，急自别其非周党也。蒋拱宸朋比为奸一疏，参吴昌时赃款多实。七月二十五日，中左门亲谳昌时（事详于后），即日遣缇骑逮首揆。十月初八日抵京，自疏愿戍冲边，不报。举朝亦无敢有下救缓语者矣。
五月，以倪元璐为户部尚书，仍兼翰林，仍学士。故事：浙人不为户部，又以儒臣改任，皆破格也。上召对面谕，嘉其志念忠诚，才猷敏练，谕奏井井有条。又谕曰：帝王用才致治，原只一、二人；周之四友、汉之三杰，即太祖所用文臣，亦不过刘、宋数人耳。又谕祖制不用浙人为户部，今用之为急，只得通融。又谕以饷不清则兵不强、民不安，今以安民为本。元璐曰：臣本无才，皇上必欲臣做，臣有三做。一实做，与兵部合算，必先准饷以权兵，因准兵以权饷。一大做，求民间大利、大害一举与除，不以小小生节，徒然报数。一正做，以仁义为根本，礼乐为权，舆政有厉民者，臣必为民请命。上曰：有学问之言。既受事，与兵部尚书冯元颷商互稽之籍，即请以户部一司官兼职方，俾得察核诸镇将士。有崇明人沈廷扬献海运策，元璐奏闻，请试行，乃以庙湾船六只听运进，月余，廷扬献海运，元璐惊曰：我已奏闻，上谓公去矣，何尚在此？廷扬曰：已去来矣。运已至。元璐惊喜，奏闻上。上亦喜，命酌议，乃议每岁粮船，漕与海各相半行焉。至甲申二月，首辅陈演以元璐词臣，不达钱榖。奏上，命罢司农任，仍还讲幄。三月之变，从容自缢死，倪解任后，以吴履中继之。五月十六日，上御皇极门，召阁臣及吏、户、兵掌印官、兵科都给事中过跪，出手敕钦定督抚去留云：蓟辽只须总督一员，择敏练干才任之；辽抚一员，黎玉田；镇臣一员，吴三桂；专任关宁剿囗；山永抚臣一员，李希沉。照旧镇臣一员，卢天福，是否堪任？着另推。蓟密不必分作二镇，保着顺抚三屯镇管辖，即着王维谟、唐通料理；督师、保督，俱不必设。吕大器、赵维岳回京另用。保抚徐标，新任可用；镇臣另推。通州只设镇，照旧以副将总领。其余要害，须派明设信守防，先时有备，不致临事张皇。时以督抚增设太多，因议裁汰，赫然整顿一新，然总兵赘滥数百员，副、参以下尤多，皆未及汰；大约枢部以此为交结纳贿地，虽屡经票拟驳推，亦置之高阁。此边事大败坏之病根也。
上召保定巡抚徐标入对。标曰：臣自江淮来，数千里见城陷处，固荡然一空，即有完城，仅余四壁蓬蒿，鸡犬无声，曾未遇一耕者。土地人民，如今有几。皇上亦何以致治平；上欷歔泣下。标又曰：天下以边疆为门户，门户闭则堂奥安，其要莫若修内治、重守令。守令贤，则政简刑清，而盗自息。上曰：诸臣不实心任事，以至于此，皆朕之罪。标又言，车战屯田。上善之。标，四月己卯管事，辛卯陛见，赐金币，至是复召，盖上深悯畿民，欲得其详也。标在任，能殚力任事。甲申春，大寇临城，竭力固守，知府邱茂华先已通贼输款，标执之下狱，亲自登城，画策守御，而叛兵劫标杀之，出茂华于狱，遂檄属县俱叛寇。
命孙傅廷特加督师，总制应凤、江楚、豫川剿寇军务，兼总督三边。兵部尚书吕大器，以兵部侍郎总督江楚、应皖等处军务，各给以行间赏功银币等项，差官星夜解至军前听用。
悬赏格擒斩闯贼李自成，赏万金，爵通侯；擒斩张献忠，赏五千两，官一品，世锦衣指挥使。
