1950年1月23日，傅斯年在台湾大学贴出公告“致台大同事同学”，全文如下：
诸位同事先生及同学：
近日校外校内传言斯年将去国，将辞职，同事同学频来问讯，敬声明如下：
一、我之身体虽坏（久患血压高），然久病之后转不以为念。绝无于此困难之时，舍同事同学他去之理。
二、去年中华教育文化基金董事会以在美开会，须国内去人方足法定人数，故曾来电约去，期为2月8日。斯年以为此时去开会，必有谣言。明知有此一行，或可为台大募几许钱，然权衡轻重，仍不去，故当时立即电复不去（来往信件均在陈秘书渝生处，愿看者可自由取阅）。
三、半年多，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为其殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗（下次校刊中登出此事有关文件）。
1950年12月20日下午，傅斯年列席省议会第五次会议。参议员郭宝基咨询有关台大的问题，包括国民党□□从大陆运到台湾保存在台湾大学的教育器材的失盗和放宽台大招生尺度问题。素来疾恶如仇的傅斯年大受刺激，情绪失控，突发脑溢血，倒在议会大厅，经抢救无效，当晚去世。12月31日，是傅斯年追悼大会举行的日子，追悼会在台湾大学法学院礼堂举行。礼堂正中，悬挂着“国失师表”的挽幛。史语所的挽联是：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学的挽联是：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；
忍看铭旌，正满天云物，斯人去也。哀鸿况百万苍生。
钱穆的挽联是：
文章一世人何在?
风义千秋史必存!
听说傅斯年猝然离世，留在岭南大学的同窗、姻亲陈寅恪既震惊又伤感。他以隐喻的方式述心曲，写了一首题为《霜红龛集望海诗云：“一灯续日月，不寐照烦恼，不生不死间，如何为怀抱”感题其后》的诗，诗曰：
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
《霜红龛集》是清初傅青主的诗文集，陈寅恪借以暗喻傅斯年。他将此诗分赠故旧门生，以寄哀思。寓居美国的胡适写信给傅斯年的□□俞大綵：
自从孟真的不幸消息证实以后，我天天想写信给你，总写不成！十月廿一日我发了一短电给你。……孟真的天才，真是朋友之中最杰出的，他的记忆力最强，而不妨碍他的判断力之过人。他能做第一流的学术研究，同时又最能办事，他办的四件大事：一是广州大学的文学院（最早期），二是中央研究院史语所，三是北大的复员时期，四是台大，都有最大成绩。这样的Combination世界稀有。我每想起国内领袖人才的缺乏，想起世界人才的缺乏，不能不想到孟真的胆大心细，能做领袖，又能细心周密的办事，真不可及！
