王懿荣在家乡料理了母亲后事，他按当时官员惯例，在家乡守制。在这期间，他除了应酬一些地方官员、社会名流，为他们写点字、视察地方文庙、书院等教育设施，还在登州书院讲讲学。他还应福山县令孙光普的邀请，主持修撰《福山县志》。由于《福山县志》自乾隆以来没有续修，所需资料，要拿出时间深入采访。王懿荣只完成了县志的体例纲目和金石稿的修撰，就返京任职去了。
在家乡期间，王懿荣的时间和精力投入最多的一件事就是搜求文物。《王文敏公年谱》记载：“公性嗜古，凡书籍、字画、三代以来之铜器、印章、泉货、残石、片瓦，无不珍藏，而秘玩之。钧稽年代，补证经史，搜先达所未闻，通前贤所未解，爬罗剔抉，每多创见，至于购求古物，固未尝一日有钜资处，极困之时则典衣以求之，或质他种以备新收。至是以居丧奇窘，抵押市肄至百余种，然不愿脱手鬻去也。”
有关搜求文物，王懿荣曾给族兄王守训一诗写道：
全家蜀府逾三载，
独历京曹自五秋。
每使人看作冯妇，
不堪妻病是黔娄。
典衣还惹群书债，
折券时蒙小贾羞。
如此壮年如此过，
争令二老见穷愁。
光绪二十四年（1898）二月二十二日（3月14日）会典馆总裁麟书，以恭备会典全书过半，王懿荣为编纂会典出力甚多，奏请光绪帝嘉奖王懿荣。光绪帝降旨，王懿荣赏加二品顶戴。王懿荣在家乡具疏谢恩。
四月，王懿荣守制期满，按例回京。四月二十一日（6月2日），王懿荣向光绪皇帝请圣安并蒙召见，光绪帝对他说了一些勉励的话，并任命他仍在南书房行走。他第二天具折谢恩。二十三日便到任内廷。《王文敏公年谱》记载：
“公自直内廷，仰荷思纶，独深倚任，鉴别书画，特命恭写御屏风，恭代御笔日极其多。”……
光绪二十五年（1899）五月二十九日（7月9日），王懿荣再次被任命为国子监祭酒。此时王懿荣三任国子监祭酒之职。
《王文敏公年谱》记载：
“奉上谕王懿荣补授国子监祭酒。钦此。”三十日，具疏谢恩。公之昕夕之直也，风雨无间，至是三为祭酒。启迪两学诸生。虽退值余间，犹复秉烛批判在公，固为称职而诸生讲解益得切蹉也。”
这一年是王懿荣难忘的一年，有许多大事发生。一是六月他奏上《请重申旧章封禁天下古墓疏》；一是他得病吃药中第一个发现甲骨文，并断代为商代王室档案文字……
他在京听说，奉天省（今辽宁）属怀仁县境内有晋义熙年间高句丽好太王墓，近年来遭雨水的冲击，石穴暴露，四壁皆见有古丹青画像。云南曲靖府属南宁县境内有晋建宁太守爨宝子墓。陆凉县境内有宋宁州刺史爨龙颜墓，碑石犹存，丘陇渐湮没，还有陕西省所属州县古墓最多，一遭塌陷，村民纷纷争取墓中古物去换钱，已成为习惯。更有奸民贪利，挖墓盗取彝器及其它各种文物，居为奇货，名之曰：“窑”，尤属可恨。回想去年，他为母丧守制，在返京的途中，经过青州府的益都、临淄两县时，看到世传的齐桓公、景公及齐四王的古墓的大丘，有农民在其上耕种。在到达济南时，又有山东巡抚对他讲，自从黄河改道后，经常发生水灾，许多古墓，适当其冲，渐次冲陷。于是他奏上《请重申旧章封禁天下古墓疏》，他讲道：
奏为请旨严饬各省，重申旧章，封禁天下古墓，以广皇仁事：
窃臣伏读嘉庆朝《钦定大清会典·事例》内恭载雍正七年谕：“自古帝王皆有功德于民，虽世代久远，而敬礼崇奉之心不当驰懈。其陵寝所在，乃神所凭依，尤当加意防卫。至于往圣先贤，名臣忠烈，芳型永作楷模，正气长留天壤，其祠宇茔墓，亦当恭敬守护，以申抑止之忱。著各省督抚转饬各属，将境内所有古昔陵寝祠墓，勤加巡视防护稽查，务令严肃洁净，以展诚恪。若有应行修葺之处，著动用本省存公银，委官办理。朕见历代帝王皆有保护古昔陵寝之饬谕，而究无奉行之实。朕雍正元年恩诏内即以修饬历代帝王陵寝通行申饬，亦恐有司相沿积习，视为泛常。嗣后著于每年年底，令该地方官将防无误之处，结报督抚，造册转报工部，汇齐奏闻。傥所报不实，一经发觉，定将该督抚及地方官员分别议处。”圣训一道。又乾隆十一年谕：“前代帝王陵寝及圣贤忠烈坟墓，向来均令修葺保护。陕西为自古建都之地，陵墓最多。有不载在《会典》内者，既无围墙，又无陵户。著交该督抚查明，酌筑围墙，以禁作践，以资保护。”圣训一道。《会典》又于防护祠墓事例下，载有“凡古昔圣贤名臣忠烈坟墓，每岁由该地方官将防护无误之处，结报督抚，造册报部汇题”专案一条。臣又尝读《大清律例》于《礼律》下载历代帝王陵寝专条，凡历代帝王陵寝及先圣先贤忠臣烈士坟墓，不许于其上樵耕种及牧放牛羊等畜；又《刑律》下载发冢专条，旧纂新增，比例甚严。仰见我朝深仁厚泽，普洽寰区，锡类推恩，无微不至。
今各直省通志、各府厅州县新旧志中，凡著名古墓有不尽载防护之列者，而无名古墓随在尤多。去年六月，臣以服满诣省取咨，路过青州益都、临淄两县地方，亲见世传齐桓公、景公及齐四王墓者，大逾一丘，犁耕其上，为亩无多，垦作熟田，畦井然，为之惨目。比及省会，见山东巡抚张曜，为臣言及自黄河改徙，迁流无定，往往古墓适当其冲，或冲陷已见，或未即冲陷。必使沿河委员加意防护，培以胶土，令其不致遽就湮毁。查工时留心阅看，以考其心地慈良与否。臣想江南、河南沿河各省，此种情形自必随处多有。以臣所闻，奉天省属怀仁县境内有晋义熙高句丽好太王墓，近年雨水冲击，石穴暴露，四壁皆见古丹青画像；云南曲靖府属南宁县境内有晋建宁太守爨宝子墓，陆凉县境内有宋宁州州刺史爨龙颜墓，碑石犹存，丘陇渐湮。如此之类，诚恐日久倾圮，残毁狼藉，至不可问。抑臣又闻之，陕西省所属州县古墓最多，一遭塌陷，村民纷纷畚争取墓中古物，持以售钱，久之习惯。奸民嗜利，便复穴取彝器志石之属，以为奇货，名之曰：“窑”，行同发冢，尤属可恨。
惟臣见闻浅狭，耳目所及已复如此，此外更可类推。相应请旨饬下各直省督抚恪遵《会典》所载列圣谕旨，重申旧章，各于所属地方勤加巡视。其有古昔陵寝坟墓在《会典》著录之内，旧有围墙应加修筑者，照章修筑；其有著名古墓详见方志，不在《会典》著录之内应行防护者，认真防护；其有无名古墓，岁久平漫，或遭水冲塌及忽然倾陷应行修造者，立即修造，树以石碣，志以“古墓”二字，报明存案，用《皇览冢墓志》之例载入县志；其有古昔陵寝，基址高大，四周陂陀犁为闲田者，应即查明，饬令退出，案照律例，永远封禁，并绝樵；其有偷挖古墓穴取器物，以致倾塌残毁者，一经查获，即照《律例·发》条下，增定新例，严行治罪。以上各节均请查照向章，稽察防护，于各该境内所有古昔陵墓，旧护若干、新修若干数目之处，于年终报督抚，造册转报礼部，汇题奏闻；至岁修章程及委员巡查防护无虞之处，于年终结报督抚，造册转报工部，汇题奏闻。两部各以年终片会互相查核，以验其有无疏漏间断，立稿存案。孟子有言：恻隐之心，人皆有之，仁之端也。一遵列圣谕旨所示，不得相沿积习，视为泛常。傥所报不实，一经发觉，定将该督抚及地方官分别议处，庶不至如前代帝王有保护古昔陵寝之饬谕，而究无奉行之实。《淮南·新序》所载，文王泽及枯骨，而九夷至于归心，古籍相传，语非荒诞，仁政之流，不遗一物。臣不辞琐屑，缕进言，伏乞皇上圣鉴。
王懿荣在奏疏中列举了《会典》中的“防护祠墓事例”及《大清律例》中“礼律”历代帝王陵寝专条规定：凡历代帝王陵寝及先圣、先贤、忠臣、烈士坟墓，不许樵采耕种及放牧牛羊等牲畜。“刑律”中对发冢者的处罚，又有新的条文，而且越多越重。这些圣谕与章程都需要严格执行。
第二，其有古墓陵寝、坟墓在《会典》中著录之内，旧有围墙应加修筑者，照章防护。
第三，其有名古墓，详见方志，不在《会典》著录之内，有行防护者，认真防护。
第四，其有无名古墓，岁久平漫，或遭水冲塌及忽然倾陷，应行修造者，立即修造。树以石碣“古墓”二字，报明存案。用《皇览冢墓志》之例，载入县志。黄河沿河委员，对古墓要加意防护，培以胶土，使其不致湮毁。
第五，其有古昔陵寝，基址高大，四周倾斜犁为农田者，应即查明，饬令退出，按照律例永远封禁，并绝樵采。
第六，其有偷挖古墓，窃取器物，以致古墓倾塌残毁者，一经查获，即照律例发冢条下增定新例，严行治罪。
以上各节，均请查照以往的章程，稽查防护。于各该境内所有古墓陵墓，旧所防护若干、新所修葺若干数目之处，于年结报督抚造册，转报礼部，汇题上奏。至于岁修章程及委员巡查防护无虞之处，于年终结报督抚造册，转报工部汇题奏闻。两部各以年终片会互相查核，以验其有无疏漏间断，立稿存案。
王懿荣一生就其学问的大旨来说，最长的应该还是金石文字。他自年轻时起，就热衷于古墓文物的收集和鉴藏。不论是故里胶东，也不论是去父亲的住所四川，还是日后为官任职外出，其足迹所至，无不以采访搜罗文物古器为第一爱好。从书画墨迹、古籍版本，到青铜古玉、砖瓦石刻，他无所不收，有时为得一古器珍品，不辞多方奔波，不惜重金购买收藏。为此，他花费了大量钱财。有时薪俸不敷用度，竟至典卖妻子家人的首饰物品。正如他在一首诗中描述自己的窘况：“……典衣还惹群书债，折券时蒙小贾羞，如此壮年如此度，争令二老见穷愁。”由此可见，王懿荣对金石收藏的爱好，达到了何等沉醉痴迷的状态。《清史稿·王懿荣传》谓其“嗜金石”，可谓一语道破其人生追求。像王懿荣这样热爱祖国传统文化的典型人物，出于对历史、文物的热爱，才能说出保护祖国文物的奏章，这个奏疏实是一部我国最早的“国家文物保护法”。也是王懿荣精通历史、文物古器，一生大量收集文物，保护祖国文物的又一见证。
七月十一日（8月16日），王懿荣的弟弟王懿棨因误服补药而一病不起，卒于福山城里（二宅子）新宅子。享年49岁。
甲午战争爆发后，王懿棨正在陕西长安。因女儿嫁与陕西巡抚鹿传霖第三子鹿涟理为妻。王懿棨前去送女儿完婚。
鹿传霖（1836-1910）直隶（今河北）定兴人。字滋轩，又字芝轩，生于道光十六年。鹿传霖其妻张氏即张之洞姐姐，其祖父鹿荃，两淮盐运使，其父鹿丕宗官至贵州都匀府知府。
同治元年（1862），鹿传霖考取进士，授予庶吉士，次年散馆，授广西兴安知县。后历任桂林知府、福建按察使、四川布政使、河南巡抚、陕西巡抚、四川总督。在四川整顿吏治、创建文学馆和算学馆。光绪二十四年（1898）任广东巡抚、江苏巡抚、两江总督、军机大臣，兼任督办政务大臣。著有《筹瞻疏稿》等。
王懿棨在陕西送女儿完婚后，听到中日甲午战争战火已蔓延到胶东半岛时，他立即取道返京。抵京后，得知母亲谢夫人已被张之洞接到南京避乱。王懿棨又即刻携侄子王崇燕及侄媳张允淑与王懿荣的长孙王福坤，专程赶往南京。战争结束后，他又护送母亲回到福山家乡。
同年秋，王懿棨又到北京候选，赴吏部投文，适值戊戌变法，京都拟成立农工商总局，光绪帝旨派端方、吴懋鼎为督办。端方与王懿荣因同嗜金石文物收藏相交甚厚。为此，推荐王懿棨任农工商总局提调，入局办事。与此同时，关内铁路督办胡燏荣也准备推荐王懿棨到铁路局任助理。上述两件事正在办理中，无奈戊戌变法失败，结果农工商总局和铁路局等事宜均停办。王懿棨独自孑立回到家乡。王懿棨未获得新的官职。回到家乡一直侍奉老母。第二年夏，因服药不当而病逝。
王懿荣自翰林院编修至侍读、侍讲、三任国子监祭酒以来，他忠于职守，为朝廷大计、国计民生、弘扬文教多次上疏，来陈述自己的政治抱负，他的治世方略主要有以下方面：
王懿荣在三任祭酒期间所上奏疏大体可以分为三大类，第一类为政治类；第二类为文教类；第三类为谢恩类。就拿最早的《京员津贴银两更定名目疏》来说，是当时关系廉政的大事。因为当时朝廷腐败，各省督抚通筹外销闲款为京官津贴，而且不择名目，或不作正本开销，有滥筹、滥发之嫌。在王懿荣看来，这是一种政治贿赂。王懿荣为了维护士风，端正政体，“正名之义，自昔所重”，他指出：要严格控制，“取与之际，始节必严”。
王懿荣知道，在当时腐败的官场上，他肯定会遭到大部分人的怨恨、反驳、攻击，甚至讥讽，所以才有人给他起了个不雅的名字：“东怪”。但他步入政坛以来，一直是清廉自律，过着清苦的生活。他不愿拿这笔津贴，这在当时的官场上，是一般官员而做不到的。王懿荣同年所上的另一道奏疏是关于文教方面的。即《请复古本<；尚书>；附入<；十三经注疏>；与今本<；尚书>；并行疏》。
这道奏疏是王懿荣自担任翰林院编修以来，对朝廷的文教事业的建设特别重视的例证之一。他在奏疏中提出过许多好的建议，以弘扬文教救国的方略。
王懿荣不愧是博通经史的学者，他在奏疏中不仅将《尚书》的来历说得清清楚楚，其议论也是公允深刻的。
