回国以后，张维迎发表了大量关于企业改革的文章，他认为国有企业在两个方面存在致命的缺陷，一是在选择经营者上，二是在对经营者的长期激励上。因为国有企业领导的任命是由政府决定的，他没有发掘人才的动力，而且即使是人才，也未必能在企业领导的岗位上站住脚。因此他得出结论：国企改革的出路在于把选择经营者的权力转移，从政府手中转到资产所有者手中，也就是实行民营化改革。
1999年，他出版了《企业理论与中国企业改革》一书，把所有关于企业改革的成果都写了进去，从那以后，一方面因为时间问题，另一方面在于他认为国企民营化已经成为趋势，因此他基本没有再提过企业改革的问题。
从1984年来到北京，直到1999年他被任命为北大光华管理学院第一副院长，整整15年的时间，张维迎始终都把目光盯在中国市场经济的发展上，对中国改革开放后这关键的15年的经济政策制定，作出了重要的贡献。
尽管在这段时期，改革的现实比之张维迎的期望滞后了许多，但他的理论研究方向跟经济政策始终是基本一致的。
但是，随着国有企业改革的逐步深入，某些领域的国家垄断现象也越来越突出，而张维迎对政府管制所持的观点也越来越尖锐。
5．“燕园变法”和“黑钱风波”
1999年2月，张维迎成为光华管理学院第一副院长，研究方向也转到了建立市场秩序和企业竞争力上，并在这上面投入了非常多的精力。张维迎从一个经济学教授转变为北大的管理者，角色的转换使他的工作重心也随之发生了转移。
2002年，张维迎又被任命为北京大学校长助理。那时候，中国高校的教育体系出现了一系列问题，高校出现了所谓教育的变异。教育作为社会公器本有较强的公信力，学校也向来被视为“最后一片净土”，可是到了20世纪90年代，这些荣誉或者信任都已经荡然无存。
在某些地方行业风气的评比当中，教育成为人们认为的最为腐败的领域。有些大学校园乱像丛生，假文凭造成真文凭贬值，豪华的大楼与稀少的大师形成鲜明的对比，改革的呼声越来越高。
作为北大校长助理的张维迎，以“北京大学师资人事体制改革工作小组”组长的身份参与了校改，并主持起草了《教师聘任和职务晋升制度改革方案》。此征求意见稿一经面世，立即引起各方强烈反响，这就是轰动一时的“燕园变法”。
这次校改之所以被视为大逆不道，是因为其中的“不升即退”、“终身教席”等措施触及了北大校内现有的利益机制，作为科研和教学主力军的青年讲师和副教授成了愤怒的主体。
张维迎坚持自己的立场，说外面“对我的批评比我的观点还要流行”。因为不愿意让没有逻辑的观点流行，他出版了《大学的逻辑》一书，力证自己所言。
这场争论的热度在经过多次修改的正式方案出台以后才稍有降温，而对这份正式方案，张维迎评价说“很保守，很温厚，妥协了”。
在主持校改的同时，张维迎依然继续对企业和企业家的研究工作，而他在上世纪八九十年代所提出的观点，开始慢慢显现出初步效果。人们开始反思张维迎的改革思路所带来的结果，计算付出的代价。而社会不公平、工资欠付以及不合法改制等现实问题，使张维迎遭到更多的批评。
2004年8月9日，著名经济学家郎咸平发表了题为《格林柯尔：在“国退民进”盛筵中狂欢》的讲演，指责格林柯尔集团总裁顾雏军在“国退民进”的过程当中窃取国家财富。很快，顾雏军向香港高等法院递交了起诉状，告郎咸平诽谤，引起公众学者对国有企业产权改革的论战。
8月28日，中国企业家论坛首届深圳高峰会议上，张维迎在演讲中明确表示：“这些教授打着学术自由、保护国有资产、保护少数股东权益、保护小股东权益的旗号，在不遗余力地否定过去10年国有企业改革、产权制度改革的成果，否定我们的企业家队伍，这是非常非常值得我们注意的。”同时，他指责郎咸平的言论纯属哗众取宠，说他为了出名什么事都干得出来。
也就在这一天，郎咸平在北京组织了另一场会议，叫“资产流失与国有资产发展研讨会”，矛头直指张维迎：“我现在回复张维迎的话，我就是要代表中小股东来促使职业经理人必须承担信托责任。”
随后，这场争论被人为地扩大了，一派以经济学家张维迎、周其仁、吴敬琏、张文魁等为代表，另一派则以郎咸平、杨帆、韩德强、左大培等为代表，两派互相指责甚至谩骂，关系一时间非常紧张。
2005年8月，因涉嫌经济犯罪， 顾雏军和他的主要助手被拘捕。
面对这样的结果，张维迎表示：“我和他不熟，企业我也不太熟。”“我从来不会评估某个企业，我所发表的看法，都是针对整体的中国改革作出的评价。”
不少人都说张维迎之所以力挺顾雏军是因为收了“黑钱”，对此，张维迎予以了否认：“我对自己的为人很自信。有人要是相信某个企业家花了8万元就把张维迎搞定了，那你就太小看张维迎了！”
这次著名的争论之后，张维迎受到了非常多的批评，尤其是网民的责骂铺天盖地，给他带来巨大的思想压力，但是这并不能让张维迎改变自己讲话耿直的性格特点。对他来说，坚持思想上的独立，比其他的利益要重要得多。
6．光华人事纷扰
其实早在1999年被任命为光华第一副院长的时候，张维迎就以哈佛大学和美国西北大学为参照系，草拟了《北京大学光华管理学院10年发展纲要》，提出要在10年内把光华建设成世界一流的商学院。从那个时候，光华就已经开始了改革。
2006年9月8日，张维迎任北大光华管理学院院长。此时，离光华开始改革的时间已经过去了7年，在人才引进、经济创收、论文创作等方面已经卓有成效。所以，张维迎在2007年的时候这样说：“现在我敢吹牛，光华管理学院的师资队伍是全中国商学院中最强的，光华管理学院的学术文化是全中国大学里最好的！”光华的100个教员当中，有57%是海外的博士，加上几个合同制教员，海外教师的比重达到60%。在北大学术文化方面，光华是发表论文最多的文科院系。
除了这些，还有光华的“硬件”。早期的光华教师，即使是一般讲师都有独立办公室；后期，光华3万多平方米建筑面积的新楼落成后，名车将大楼团团围住。这些都得益于光华的改革。然而，光环有了，不和谐的声音也有了。
2007年6月10日，光华管理学院教授邹恒甫在他的博客上发表了一篇致教育部部长周济的公开信，信中说明了张维迎开除他的事实，并指责这是张在对其进行报复。
邹恒甫公布了张维迎在4月5日发给他的一封英文信，信中说院长会议研究决定，从5月1日起，邹不再享受学院的任何待遇，并开除他在光华管理学院的教授职务，将他的人事档案移交北大人事部。
而邹恒甫被辞退的理由是：过去几年他很少到校上课，没有承担教师责任以及过多卷入其他的学校活动违反了光华管理学院的规定。对此，邹恒甫并不认同，他说自己并不是很少上课的老师，学校里的很多教授比他上课还要少。至于过多卷入其他学校活动，他承认自己确实为几个大学帮过忙，但他并不知道这违反规定。相反，他说张辞退他的真实原因是他没有在张竞聘院长时投他一票，而且经常在公开场合反对他的观点，属于报复行为。他公开致信周济部长，就是希望能揭露中国大学存在的这种非正常现象。
这篇博客把大众的目光引到了“行政干预学术”方面。据光华一位不愿透露姓名的老师说，辞退邹恒甫是院里的集体决定，不是张维迎个人决定的。
一波未平，一波又起。
同年11月16日，又一封网络公开信直指张维迎，骂其品行肮脏，是“流氓院长”。信的署名是何志毅，他宣称张免去他光华管理学院案例研究中心主任职务的行为，抹杀了他10年的贡献，是“不尊重事实、不负责任的”，是“霸道的”。
文章措辞激烈，结尾句是“我为光华有你这样的流氓院长感到耻辱”。何志毅是光华管理学院的教授，2001年出任学院案例研究中心主任，2003年任《北大商业评论》的执行主编。5天之后，光华管理学院官网上发布“关于何志毅问题的说明”，声称免除何的职务，是为了防止何志毅继续利用案例研究中心的名义从事有损光华管理学院利益的事情。
22日晚，何志毅借感恩节之机，发表“感谢信”，信中反驳了官网上的指责，并说：“张维迎践踏了我做人的基本尊严，超越了我忍辱负重的底线。”
对于此事，北大光华管理学院党委书记陆正飞说，程序上来说对何的处理是没有问题的，这个决定是党政联席会议集体作出的，而不是张维迎个人的私事。
不到半年的时间，张维迎遭受了两次轰轰烈烈的名誉攻击，他个人基本都保持了沉默。“我如果是个普通教授，我一定要去法院告他们对我的诽谤、谩骂和名誉的侵害。但是，我是光华的院长，我要做一流商学院，没有时间跟他们扯。”
从这些话语里似乎可以看出，张维迎有强烈的事业心，而他认为，做行政工作的成本太高，耽误研究不说，还常遭人误解。所以，对这些人事的纷争，他的选择都是沉默。
7．自由主义拥趸
经过几十年的研究和历练，张维迎的学术风格已然形成，而他有些偏激的言论使人们难以理解，由此引发的言语攻击，似乎成了不可避免的事情。
2008年世界金融危机到来，百业待兴，世界各国政府都积极寻求自救的方法，中国也提出了4万亿经济刺激计划，希望能平稳度过危机。
张维迎对世界各国的“救市”行为均持反对态度，“在许多情况下，政府干预越多，问题越大；问题越大，对政府的需求就越多，结果会陷入恶性循环。”“我担心，我很担心！”张维迎对中央政府的宏观调控和经济刺激政策，是这样表达自己心情的。他的这些言论被人认为是新自由主义思想，再次遭到批判。但张维迎说：“一个真正的经济学家，一定是市场经济的坚定捍卫者！”他是这样认为的，也是这样坚持的。
2009年2月底，黑龙江的亚布力很冷，而与之相应的，是孤独的张维迎。
