袁世凯调任外务部之后，在国际大环境不利于中国的情况下，袁世凯还是积极采取了保奏与培育外交人才提高外务部人员的素质，在维护主权、收回利权方面进行了抗争，取得了一定成绩；通过培植国力，达到富国强兵之目的，从而为外交提供坚强后盾，增加了争胜的筹码；修订部分涉外法规以改善中国处境，推广驻使以多结友邦等一系列的措施改进中国外交之国际地位。袁世凯在有限的任期内为外务部的内部变革和对外交涉立下了良好的典范，袁世凯的外争国权、内图发展的理性对外抗争的外交思想为外务部带来全新的气象，为外务部同时也为袁世凯本人赢得国内外舆论的认同与掌声。
一、“杨翠喜案”与“丁未政潮”
在官制改革时期，由于袁世凯锋芒毕露，引起了满族少壮派的嫉恨，同时也被顽固守旧派人物视为眼中钉，他和庆亲王奕劻，一时间也成为众矢之的，在满族亲贵的背后挑斗下，慈禧太后的另外两位宠臣瞿鸿禨（1）、岑春煊（2），于1907年（丁未年）联手倒奕、袁，结果反中奕、袁的暗算，反奕、袁人物，或斥或革，或调或放或废，瞿、岑二人也因此相继罢官。历史上将这场政治风波称为“丁未政潮”。
“丁未政潮”的起因或直接导火索是1906年预备立宪初期的官制改革。1906年6月，清政府派出的考察政治大臣载泽、端方等先后返京，向清廷汇报考察情形，奏请实行君主立宪。9月1日，清廷宣布仿行宪政，首先即从官制改革入手。官制改革实为最敏感问题，牵涉众多官员的既得利益。奕劻、袁世凯想乘机占据枢要，于是提出废军机、设责任内阁并以奕劻为总理的主张。奕劻一方面认为总理一职非己莫属，另一方面因接受袁世凯的重金贿赂，愿与袁世凯达成一致。袁世凯的势力不断上升，遭到了满族亲贵和一般士大夫的嫉视，因此他们也想借厘定官制之机，裁抑其势力。在这场争权夺利的斗争中，瞿鸿禨、岑春煊成为反奕、袁的领袖人物。当时庆亲王为首席军机大臣，总理内外大政，权势日隆。袁世凯凭借天津练兵显赫功绩，跃居疆臣首席，北洋势力几乎遍及朝野。瞿鸿禨为军机大臣，才思敏捷，承旨拟谕皆能“语中窃要”，深得慈禧欢心。岑春煊因为“庚子事变”勤王有功，得慈禧宠信，扶摇直上，于疆吏中异帜独树。两派之间的斗争势同水火，互不相让。
1906年11月2日，中央各部院新官制方案上达清廷，军机大臣瞿鸿禨劝慈禧否决责任内阁，保留军机处和旧内阁。双方一拍即合。11月6日，新官制改革方案正式发布，责任内阁制遭到否决，瞿鸿禨仍为军机大臣，并援引林绍年入军机，进一步增强了瞿鸿禨的势力。这样，奕劻与袁世凯的希望成为泡影。不但如此，11月7日，在瞿鸿禨的运作下，袁世凯的重要谋主徐世昌离开了军机处。紧接着，瞿鸿禨与满族亲贵铁良、良弼等暗相呼应，逼迫袁世凯将北洋一、三、五、六镇兵权交陆军部统辖。北洋军是袁世凯的主要力量所在，也是其重要的政治资本，清廷此举对他无疑是一个沉重的打击。从此，奕劻、袁世凯与瞿鸿禨之间的矛盾激化，双方均不甘示弱，各自酝酿着更大的政治阴谋。
与此同时，岑春煊与奕劻、袁世凯的矛盾也白热化。早在1906年7月23日，清廷突然调时任两广总督的岑春煊为云贵总督、闽浙总督周馥为两广总督、云贵总督丁振铎为闽浙总督，第二天又电谕岑春煊、周馥、丁振铎即行驰赴新任，毋庸来京请训。岑春煊认为此次左迁云贵并不是两宫的旨意，而是奕劻、袁世凯想安插亲信（周馥为袁世凯姻亲），有意排斥自己，岑春煊也决不愿轻易就范。9月，岑春煊离两广任，径赴上海，以养病为由，滞留沪上，以图后举。直至1907年3月3日，清廷无奈，遂改派四川总督锡良为云贵总督，岑春煊为四川总督，仍著毋庸来京请训。岑春煊认为此举仍出奕劻、袁世凯之意，继续留在上海观望。
1907年4月中下旬，岑春煊借口赴四川总督任，自上海溯江而上，船到武汉，突然电请顺道入觐，不等朝廷批准，便乘京汉列车北上。岑春煊的突然举动，使奕劻、袁世凯措手不及，无法阻挡。岑春煊抵京之日，便蒙两宫召见，不仅未怪罪其擅自来京，还与其动情叙旧，慈禧甚至不觉泪下。岑春煊乘机奏言：“近年来亲贵弄权，贿赂公行，以致中外效尤，纪纲扫地，皆由庆亲王奕劻贪庸误国，引用非人。若不力图刷新政治，重整纪纲，臣恐人心离散之日，强欲勉强维持，亦将挽回无术矣。”慈禧初闻此言，不太相信，质问其有何证据，岑春煊列举了众多事例，说明在奕劻把持下政局混乱、政治腐败，民众怨声载道，从前卖官鬻爵，尚是小的，现在内而侍郎，外而督抚，皆可用钱买得，丑声四播，政以贿成，强调此人不去，纪纲何由整饬。
慈禧虽仍为奕劻开脱，但已经将信将疑。岑春煊则于5月2日向慈禧提出要留在京城，慈禧当即同意，第二天即颁发了任命岑春煊为邮传部尚书的上谕。上任伊始，岑春煊便参劾奕劻、袁世凯任用的邮传部左侍郎朱宝奎，慈禧首肯，朱宝奎被革职。由此可知，岑春煊进京，以闪电式的出击，开始向奕、袁阵营猛攻，从而拉开了“丁未政潮”的序幕。
1906年盛京将军赵尔巽因东三省形势危急，奏请派重臣赴奉查看，共商政事。10月，清廷命奕劻之子、贝子、农工商部尚书载振和徐世昌前往。途经天津，载振见到姿容丰丽、色艺双绝的歌妓杨翠喜，立刻为之倾倒。此时在天津的道员段芝贵觉得奇货可居，以12000两银子将杨翠喜赎出，待载振回来时献上，载振一见大喜，欣然接受了段芝贵的馈赠，将杨翠喜藏诸北京私宅。段芝贵又从天律商会董事王竹林处借得十万两作为奕劻七十岁大寿的寿礼。
1907年春，更动东三省大员的消息传出，奔走营谋于奕劻王府之外者络绎不绝，奕劻因袁世凯已开好了名单，对于来访之人一概谢绝。是年，4月20日，清廷改革东三省官制，将盛京将军改为东三省总督，三省各设巡抚一名。任命徐世昌为东三省总督兼管三省将军事务，唐绍仪为奉天巡抚，朱家宝署理吉林巡抚，段芝贵赏布政使衔、署理黑龙江巡抚。此四人均由袁世凯推荐，朝内许多官僚对此大为不满，尤其段芝贵以道员升任巡抚，实为前所罕见，更使朝野震动。台谏有名的“三霖”（3）之一御史赵启霖（4）（另外两位御史为江春霖（5）、赵炳麟（6））于5月7日，就献杨翠喜、送寿礼一事，参奏了段芝贵，并指控袁世凯受其蒙蔽，滥行推荐，奕劻、载振父子不顾时局艰难和国家大局，只知道收受贿赂，收纳杨翠喜，这就是轰动一时的清末官场“杨翠喜案件”。西太后看到奏折后大怒，当日下令免去段芝贵的署黑龙江巡抚职务，并任命载沣、大学士孙家鼐查办该案。
载振不知所措，乃去天津问计于袁。由于奏参牵涉袁世凯本人，而且被劾者既有他的靠山奕劻父子，又有其心腹党羽段芝贵，这就迫使他全力周旋于载沣、孙家鼐之间，设法包庇此案。案发后，他让载振赶紧连夜从北京把杨翠喜送至天津，将杨翠喜卖给商人王益孙为使女，并立下颠倒日期的卖身文书。又帮助段芝贵让王竹林坚决不承认有借款十万两与段芝贵一事。袁世凯把一切安排就绪，载振依言而行。在袁世凯的精心布置下，载沣、孙家鼐派人去天津查访时，杨翠喜早已当了王益孙的“使女”，并立有“字证”。王竹林根本不承认借钱给段芝贵之事。把他们提京面讯，亦无异词。查办大臣载沣少不更事，孙家鼐乃一老官僚，老于世故，顾忌多端，他的儿子孙多森又是袁世凯的得力部下，不敢得罪袁和奕，结果以“查无实据”复奏。
5月16日（四月五日），清廷公布调查处理决定：（1）现据查明，杨翠喜实为王益孙即王锡瑛买作使女，现在家内服役；王竹林即王贤宾，充商务局从办，与段芝贵并无来往，实无借款十万金之事，调查账簿亦无此款。（2）御史赵启霖于亲贵重臣、名节所关，任意污蔑，实属咎有应得，赵启霖着即行革职。（3）凡有言责诸臣，虽有直陈利弊之责，但不得以不实之词，淆乱观听，招致结党倾陷、嗣后如有挟私参劾，一经查出，定予从重惩办。
一时间，舆论纷纷刊登攻击袁、奕、载、段的文章，言官陆宝忠、赵炳麟、江春霖等又纷纷上奏，为赵启霖申雪不白之冤。7月，朝廷又将赵启霖开复原官。迫于强大的舆论，载振于5月17日被迫辞职。轰动一时的“杨翠喜案”就此结束。
杨翠喜案件结束后，虽然载振辞了职，奕劻的位子得保，但奕劻仍处于朝野各方的指责危机之中。随后，奕劻、袁世凯集团开始全面反击。碰巧，革命党人在两广起事，广东告急，5月27日，奕劻向慈禧密参瞿鸿禨、岑春煊，借口两广边境动乱，请求免去岑春煊的邮传部尚书，派岑春煊前往办理剿抚事宜。就这样，岑春煊任邮传部尚书不过23天，就被袁世凯、奕劻挤出京师了。5月28日，谕令岑春煊为两广总督，岑春煊以“病尚未痊”为由奏请“另简贤员”，未能获准。于是岑春煊被迫离开京城，但仍留在上海，不肯赴任。
奕劻、袁世凯进一步采取行动，力图将其彻底击败。他们知道慈禧最恨康有为、梁启超，于是“密奏岑春煊曾入保国会，为康梁死党”。慈禧起初不信，待岑春煊如初。袁世凯又通过杨士琦找到了在上海任职的蔡乃煌，蔡乃煌找到康有为与岑春煊的个人照片，加工成二人合影交给袁世凯。袁世凯乃立即将此伪照交给奕劻秘密转呈西太后，并加油加醋地讲了一遍岑春煊的种种不是，确为康梁死党云云。戊戌政变已经过去十年了，通缉康、梁的禁令还未取消，西太后对康有为仍然切齿痛恨。加上袁世凯又指使恽毓鼎上了一个折子，参劾岑春煊受任两广总督后仍住上海，迟迟不往广州赴任，暗结康梁云云。西太后识不破伪照，一气之下，于8月12日将岑春煊开缺。岑春煊从此结束了在晚清时期的官宦生涯。袁世凯为了报答蔡乃煌，于10月10日提升他为邮传部左参议，蔡乃煌由是成为袁世凯的忠实追随者。
岑春煊被扳倒后，奕劻、袁世凯便将矛头指向此时已渐显孤立的瞿鸿禨。奕劻向慈禧密奏瞿鸿禨意在复翻戊戌前案，排去北洋，谋“归政”于光绪皇帝。与此同时，奕劻、袁世凯又用重金贿买翰林院侍读学士恽毓鼎，指使其参劾瞿鸿禨。
6月17日，恽毓鼎上奏参劾瞿鸿禨，谓其暗通报馆，阴结党羽。慈禧命孙家鼐、铁良查明具奏。当日不待查明复奏，破例将瞿鸿禨开缺回籍。紧接着，奕劻、袁世凯又设法排挤岑春煊、瞿鸿禨集团的重要成员林绍年，在岑春煊被开缺的当天林绍年也被外放为河南巡抚。8月25日，瞿鸿禨的门生汪康年主办的《京报》报馆被查封。至此，“丁未政潮”以瞿鸿禨、岑春煊集团的惨败而宣告结束。
袁世凯在这次官场斗争中胜利了，为进一步控制权力，经过一番思虑，于1907午7月28日向西太后提出了密呈管见十条，谈的是立宪，有的内容是攻击瞿鸿禨，防止这个已被罢官的政敌东山再起。他在奏章中讲“明朋党”，说党有公私之分，公党利国，私党病国，瞿鸿禨引用私人是“病国”，请西太后“严辨于君子小人之界”使人知所趋向。袁世凯在奏折中更是直接攻击铁良和凤山，他在“国势必须振兴”条下写道：“陆军部设立以来，已十阅月，观听所系，尚无振作之气象、兴革之举动，足餍众望而惬群情。凡兵法如何厘定，兵区如何规划，兵备如何筹计，兵数如何扩充，乃何以作养兵才，何以增进兵格，何以侦查各国之兵势，何以会通东西之兵学，固敢未遑议及。即本部章制，亦迄未见实行。至近畿已成之四镇，举以委诸副都统凤山督练。查凤山初非学堂出身，又未一经战事……才非出众，识非过人，无威望之可言，无功绩之足数，即论其军营阅历，亦甚浅鲜。”“举四万众之重任，付诸谬妄人之手，中外腾笑，将士解体，似此非但武备决无起色，且恐愈趋愈下，久将杌陧不安以我介乎日俄两强之间，彼方扩张军权，各不下百万之数，我仍如此泄沓瞻徇，几视兵事为儿戏，欲厕身于列强而幸免其祸，讵可冀也。”“应请旨饬下庆亲王奕劻破除情面，慎选办理武备人才……方可振兴军政，挽救时艰。”（7）袁世凯的用意很明显，他要把铁良、凤山扳倒，夺取陆军部的兵权和已经交出的四镇兵权。铁良对此挑战毫不示弱，声言“是非自有公论”，并乘机向慈禧太后进言，反咬袁世凯“存心叵测，若不早为抑制，满人势力必不能倪全”。之后又奏保凤山“异常得力”，使其获赏头品顶戴。挑战的结果与袁世凯的主观愿望相反，对手没有被攻倒，自己反为慈禧太后所怀疑了。
二、调任外务部尚书
袁世凯势力的急剧扩张，招致御史和其他人对他的弹劾，攻击他贪私误国、权重势高、任意独行，在报纸揭发的丑恶行径尤多。1907年7月，御史赵炳麟奏参袁世凯权高势重，并说他将成为年羹尧第二。接着陈田又弹劾袁世凯揽权营私。8月15日，湖北按察使梁鼎芬又上折奏参奕劻贪污受贿，其附片则主要对准袁世凯，指责袁世凯的许多心腹党羽之所以能够进入军机或担任总督、巡抚、侍郎要职，皆是袁世凯操纵庆亲王奕劻而为，指责袁世凯是汉末曹操、晋末刘裕之流，提醒清廷对袁世凯结党营私加倍警惕。8月24日，御史成昌又上封奏，指出袁世凯门生故吏布满天下，结党营私决非国家之福。甚至袁世凯的胞弟袁世彤也在上海报纸发表公开信，指责他说：“二十年来，兄所为之事，均为先人相背，朝中所劾者四百余折，痛言吾兄过恶，兄抚心自问，上何以对国家，下何以对先人。”（8）
慈禧太后起初收到这些奏劾袁世凯的折子，一律“留中”不发，甚至传旨申饬弹劾袁世凯的大臣，指责他们不知道任国事之艰辛，但是接连不断的对袁世凯的弹劾警告，不能不使她产生疑虑。在清末新政中，身为直隶总督的袁世凯在军事、政治、经济等各方面得以急剧扩张，这一时期他曾获得一人身兼八大臣的重要职位，形成“朝有大政，每由军机处向诸北洋”的局面，他的权势已远远超过当年的曾国藩、李鸿章。袁世凯势力的过分膨胀是清廷中央不愿看到的，而大臣们接连不断地奏劾袁世凯更令慈禧深感不安。恰好这时奕劻又极力保荐袁世凯入军机处，于是西太后以预备立宪“枢府旧人不足应付危局”为理由，于1907年年8月24日发出上谕，命袁世凯进京陛见。袁世凯于31日进京，9月3日被召见。第二天即被免去直隶总督兼北洋大臣职，调任为军机大臣兼外务部尚书，剥夺了对北洋军队的直接指挥权。当其受命之际，以面陈和奏折的方式，请求慈禧收回成命，慈禧不允。袁世凯乃接任新职。在袁世凯内调军机的同时，清廷免去张之洞的湖广总督，内调为军机大臣兼管学部。慈禧太后的用意显然是使张之洞和袁世凯互相牵制。袁世凯内调京城，表面上是提升他，给以主持全局的重任，实际上是免掉了他直接控制地方的军、政、经等大权。军机大臣位尊于总督，相当于当朝宰相，但军机大臣不过是皇帝身边的“佐命之臣”，遇有军国大计，均须请旨定夺，而总督则直接掌控地方军政大权，可以独霸一方。
慈禧太后期望通过这种人事调动来控制和制衡袁世凯的势力发展，但是已经江河日下的大清王朝显然已经很难做到了。袁世凯内调京城其实并没有对其羽翼已丰的势力造成多大的损失。因为直隶总督的继任者杨士骧是他的心腹，而袁世凯一手创建的北洋新军虽名义上归陆军部统辖，但统制以下各级军官，都是他的老部下和亲信嫡系。这些军官唯袁世凯之命是从，非袁世凯不能调遣。
袁世凯虽然失去了直隶北洋之地，但是其势力并未被削弱多少。官制改革时，陆军部从袁世凯手中夺去了四个镇。但1907年4月，徐世昌刚任东三省总督就奏请把第三镇和两个协调到东北，受徐世昌的指挥。这一举动，就把铁良手中北洋军队夺取了一半，结果是陆军部明暗吃亏，不仅失去了它一部分实力，还要出钱供养驻扎在东北的北洋军。5月，奕劻被任命为陆军部管理大臣，在铁良之上，这一任命对袁世凯有利。6月，王士珍被任为江北提督，第七镇也转入北洋手中。这样，北洋的第二、三、四、七镇，第五和六镇的一部分和东北的军队大权掌握在袁世凯的北洋集团手中。因此清廷原本打算削弱袁世凯势力的人事调动举措，反而在暗中使袁世凯的势力又有所回升。此外，袁世凯推荐杨士骧继任直隶总督，徐世昌、唐绍仪和朱家宝坐镇东北，赵秉钧、杨士琦、梁士诒、吴重憙、梁敦彦、严修、陈璧、那桐等袁世凯心腹之人都跻身于各部尚书、侍郎之列。他的亲家端方、周馥、孙宝琦、陈启泰等都位列督抚。袁世凯调入军机中枢，没有使其实际利益受到损害，而且他还可以坐镇中枢，更好地操纵和把持北洋集团势力。
