朱元璋这才从容地下命令说：“善长元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望，心怀两端，大逆不道。”然而，还是不杀善长，直到有司说星变，需要杀大臣消灾，于是，李善长为了朱元璋做了最后一次贡献，全家70多口人同时被杀。李善长时年已经是77岁的人了，赐死给予全尸，算是朱元璋对这位开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭，予铁券，免二死，子免一死的多次称之为“赛萧何”的最大功臣的酬劳。
李善长冤死之后，郎中王国用上表抗言，以朱元璋的暴烈的性格竟然也理屈词穷，无言以对。
胡惟庸一案标志着淮西集团文官势力的基本铲除殆尽。下面的目标就是武将势力了。
明初武将的首领是徐达、常遇春，洪武三年之后，将领经常统兵在外，剿灭北元势力的也就是徐达、李文忠、邓愈、汤和、冯胜等人。洪武十八年，徐达、李文忠死后，克靖沙场的基本就是冯胜、傅友德、蓝玉三人了。其中，蓝玉成为明太祖朱元璋晚年军事上的主要助手，朱元璋把他比作卫青，可见信任之专，宠遇之隆。然而，也就是因为这个开平王常遇春的内弟、淮西集团军事首领，在朱元璋临死前的几年中，竟然掀起了一起比之胡惟庸一案更大的政治谋杀案。
蓝玉本人，史称：“饶勇略，有大将才。中山、开平既没，数总大军，多立功。”特别是在洪武二十一年，蓝玉大败元军于捕鱼儿海，“杀太尉蛮子等，降其众。元主与太子天保奴数十骑遁去。玉以精骑追之，不及。获其次子地保奴、妃、公主以下百余人。又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人，男女七万七千余人，并宝玺、符敕金牌、金银印诸物，马驼牛羊十五万余。焚其甲仗蓄积无算”。这是明朝建国之后对北元取得具有决定意义的关键一战，至此，北元一蹶不振，不敢再与明朝正面相较于北方。洪武二十四年（公元1391年），元降将月鲁帖木儿在建昌起兵反。蓝玉领兵平乱，擒月鲁帖木儿父子，送京师处斩，进封太子太傅。蓝玉早年追随沐英、傅友德、冯胜等人或定云南，或平蜀中，或征沙漠，军功显赫无比，朱元璋以大将军冯胜获罪在军中任蓝玉为大将军，恩比徐达、常遇春。但是，蓝玉本人是一个赳赳武夫，对待朱元璋的宠信显然估计不足，以为可以就此子孙万代了，所以，经常暴露出功臣素有的骄纵来，“黜陟将校，进止自专”，平北归来，就有人告发蓝玉逼奸元妃，又闯喜峰口，蓝玉以军功最大，封为太傅，本人居然说：难道我不配做太师吗？蓝玉的干儿子实在太多，这和元末起义军的传统有关，朱元璋的干儿子据说就有数十人之多，关键是蓝玉的这些义子平素狗仗人势，四处惹是生非，御史告发他们，蓝玉一怒之下把御史给赶跑了。朱元璋曾经在颁发给蓝玉的铁券中写进了蓝玉的不法之事，在于警告蓝玉安守人臣之分，但是，蓝玉并没有引起重视。洪武二十五年，太子朱标死，皇长孙朱允炆孱弱，朱元璋开始对功臣的存在倍感不爽起来，而这时候，一贯干犯法度的蓝玉成为首当其冲的靶子。
早在洪武十三年胡惟庸一案初起时，朱元璋就开始有计划地诛杀武将了，只是还没有大规模地铺开而已。洪武二十三年先后杀了陆仲亨、费聚等人之后，朱元璋的态度已经相当明显，特别是洪武二十五年八月，借故儿子不法杀害老朋友江夏侯周德兴一事在功臣中引起很大的波澜。在朱元璋的老乡和朋友中，幼年和朱元璋关系最好的就是周德兴和汤和，周德兴年长，朱元璋呼之为兄，洪武十四年五溪蛮乱，朱元璋不顾周德兴年高，仍然请周德兴出面，还给周德兴戴了一顶高帽子，说德兴是马援和赵充国。后来，福建有事，朱元璋又找到周德兴，说得更加恳切，“福建功未竟，卿虽老，尚勉为朕行”，结果，周德兴仍然不免被赐死的下场。即使是这样，蓝玉也没有感觉到朱元璋的屠刀正在逼近自己。当然，朱元璋并不会因为蓝玉的浑然不觉而放弃屠杀。相反，则加快了屠杀的步伐。
洪武二十六年，锦衣卫指挥使蒋瓛受命告发蓝玉在私第蓄养家奴披甲，将有变。又拘审元将纳哈出之子察罕，追讯蒙古降将与蓝玉来往事。朱元璋以谋反罪将蓝玉处以磔刑，牵连到十三侯、二伯，前后诛杀二万余人，军中为之一空。和胡惟庸一案同样编造了里通外寇的所谓证据，而编造的手法比之胡惟庸一案更差。在明末清初谷应泰所著的《明史纪事本末》中就公开怀疑蓝玉谋反的真实性，谷应泰指出蓝玉之死是由于朱元璋“遂疑尾大之图”属于“傅会难明之事”，最为朱元璋隐讳的《明史》作者也不相信蓝玉的谋反，仍把蓝玉归入本传系列，而没有像胡惟庸那样列入奸臣传中。
蓝玉死后不久，定远侯王弼就对傅友德说：“帝晚岁峻诛杀，我辈几无噍类矣。”结果，谈话被朱元璋侦知，王弼被赐死。王弼人称“双刀王”，骁勇善战、万夫莫当，连常遇春都对他礼敬有加，女儿嫁给朱元璋的儿子楚王，以亲家的身份犹不能免于一死。王弼死后，朱元璋索性一不做二不休，把最后的两员功勋赫赫的名将冯胜和傅友德也给杀了。傅友德其人能征惯战，为诸将之冠，曾经三易其主（刘福通、明玉珍、陈友谅），最后选择跟定朱元璋，史称傅友德“喑哑跳荡，身冒百死。自偏裨至大将，每战必先士卒。虽被创，战益力”，先后随从徐达、冯胜等人平定云南、四川，功勋卓著。儿子尚公主，女儿做了皇帝的孙子媳妇，阖门贵重，然而，傅友德做梦也没有想到蓝玉死后不久，他就被架到了肉案之上，成为朱元璋杀戮的对象。傅友德之死在明朝内部也被视作是冤假错案，后来，在明孝宗的时候，身为亲王的晋王亲自给皇帝上书要求给傅友德平反，但是，没有获准，直到南明弘光时才给予平反，而这时明朝已经接近灭亡了。
冯胜和他的兄长冯国用一起跟随朱元璋起兵，是有名的宿将，“诏列勋臣望重者八人，胜居第三”，仅次于徐达、常遇春，后来因为在征讨北元的过程中获罪归第。朱元璋大杀功臣时，冯胜不自安，来南京见朱元璋，朱元璋安慰他，哪知道，转过头来竟然也将其赐死。明初开国六位公爵，徐达、常遇春（实际是他儿子常茂）、邓愈、冯胜、李文忠、李善长，如果徐达坐实被暗杀的话，那么，这六个人除了邓愈早死之外，可以说无一善终。而冯胜之死最为蹊跷，连《明史》那样维护朱元璋的都不得不说“太祖春秋高，多猜忌。胜功最多，数以细故失帝意”。这样看来，冯胜既不是陷于胡蓝党狱，也不是其他的骄横不法，实在是朱元璋找茬杀人罢了。所以，谈迁在谈及冯胜之死时不无惋惜地说：“去傅友德之死才两月，开边之猛将尽矣。”冯胜和傅友德一样直到南明时期才给予昭雪，其时已经几百年过去了。
此外，我们再来看看号称是“受命而出，成功而旋，不矜不伐，妇女无所爱，财宝无所取，中正无疵，昭明乎日月，大将军一人而已”的中山王徐达的下场。徐达是被朱元璋难得在称帝之后仍然呼之为兄的功臣。徐达本人一直非常谨慎，胡惟庸想和他攀附，徐达都避之唯恐不及，所以，朱元璋对他赏赐最厚，徐达有三个女儿，长女为朱棣的皇后，次代王妃，次安王妃。长子辉祖封魏国公、袭爵，幼子增寿因为给朱棣通风报信死于建文帝之手被追封定国公，一门二公，有明一代也就徐达一家。徐达死于洪武十八年，有一种一直以来流行的说法是徐达患病不能吃蒸物，朱元璋知道以后故意赐给徐达蒸鹅，结果，疽发身死。虽然这个说法不见之于正史，但是，历来的明史专家对此都不敢轻易否定。
李文忠是朱元璋顶顶亲信的人了，不仅是外甥还是义子，数总兵权、多领征伐，国初封为曹国公，死后追封郡王、配享太庙。李文忠其人“恂恂若儒者”，亲近读书人，曾经多次劝阻朱元璋“少诛戮，又谏帝征日本，及言宦者过盛，非天子不近刑人之义”，惹得朱元璋不高兴。洪武十六年，李文忠患病，朱元璋让淮安侯华中护理医药（华云龙的儿子），结果，才几个月的工夫李文忠就病死了。朱元璋大怒，“诸医并妻子皆斩”，淮安侯华中也被责罚，继而杀掉。历史学家就指出朱元璋之杀华中是杀人灭口，《明史·李文忠传》中说“帝疑中毒之，贬中爵，放其家属于建昌卫”。试想一下，华中位在李文忠之下，年辈也在李文忠之下，从来没有恩怨纠缠，何以要毒死李文忠呢？这里面至少披露出一点，就是李文忠不是正常死亡，只不过没有交代杀害李文忠的凶手是华中还是朱元璋。但是，明眼人一看便知，所以，吴晗在著作中称李文忠死于朱元璋之手，并非虚妄。而侄子朱文正，《明史》没有明言他的死因，但是，从记载来看也非善终，所以，史家一般都取文正死于鞭刑，类同朱亮祖。
功臣中唯一得以保全首领的就是汤和，汤和为人直爽，但是并不愚笨。他自认功劳远在邓愈之上，但是酬庸却在邓愈之下，所以借着喝酒的时候，向朱元璋发牢骚，自谓“左顾则左，右顾则右”。后来发觉朱元璋不愿同功臣始终，所以，立刻敛容谢罪，态度一直非常恭顺。特别是徐达、李文忠死后，汤和自解兵权，再加上揭发李善长立功，所以，死后封为郡王，享受李文忠一样的待遇。不过，以汤和的谨守，如果不是在洪武二十八年这个关键的年份上死掉，恐怕也不见得一定能死于枕上。这点从汤和的后裔自汤和死后居然四十年不得袭爵的结果就能看出来了。汤和的爵位直到孝宗时才录以世袭指挥使，嘉靖十一年也才奉还侯爵。武将中还有一人也是比较幸运的，那就是沐英，不过，那是因为西南军务紧要，离不开亲信，所以，朱元璋才放手让沐英世领云南，为明朝之屏藩。
再有，《明史》中记载宋濂的死因是病故，因为得力于马皇后的担保，而谈迁在《国榷》中则记为其自杀（《国榷》卷七）。清代学者赵翼说朱元璋“借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有”，可谓定评。司马温公在《资治通鉴》中关于杨坚的评论基本取自《隋书》，因为他看不惯杨坚对待功臣的做法，假如温公活到明代之后再来修史，岂不是要给朱元璋的所作所为气死了。
