第二阶段，20世纪90年代初至20世纪90年代末，是高校廉政研究的发展阶段。邓小平南方谈话后，随着社会主义市场经济体制的逐步建立，高校经济活动日益增多，与社会交往日益频繁，特别是高校体制改革不断深化，办学自主权不断扩大，市场经济的正、负面影响在高校中都有所反映。在这一阶段，由于高校实行收费双轨制，具有行业特点的招生考试中的不正之风以及利益驱动为特色的乱办班等问题逐步上升，经济类案件也开始占有一定比重。进行高校廉政建设，已经成为一种现实需要。因此，对高校廉政的研究逐步开展起来。这个阶段，关于高校廉政的研究论文数量开始增多。1990～1999年，CNKI上专题论述高校廉政的论文40篇。研究注重综合性，对高校廉政进行了整体的思考。比如，《合肥工业大学学报》1991年第2期发表的《加强高校廉政建设之我见》，《河北师范大学学报》1995年第1期发表的《试谈加强高校党风廉政建设》，《河北医科大学学报》1995年第6期发表的《新形势下高校的党风廉政建设》，《思想·理论·教育》1996年第3期发表的《新形势下高校廉政建设的思考》，《北京教育（高教版）》1996年第5期发表的《关于高校党风廉政建设的几个问题》，《高校理论战线》1998年第5期的《高校党风廉政建设面临新课题》，这些文章都从宏观的角度对高校廉政进行了思考和研究。1999年1月，武汉理工大学出版社还出版了由陈磊主编的论文集《高校党风廉政建设理论与实践》，体现了这个阶段对高校廉政的研究进入了一个比较成熟的阶段。
第三阶段，世纪之交至今，是高校廉政研究的成熟阶段。高校面临扩招、调整两大任务同时进行，高等教育实现了跨越式大发展，各种深层次的矛盾和问题逐步显现。特别是进入新世纪后，基建任务猛增，由于管理滞后，在基建工程、物资设备和图书教材采购、预算外资金监管等领域，不仅案件数量增长很快，涉案金额也越来越大，串案、窝案增多，职务犯罪多发并呈上升趋势。对高校廉政进行研究已成为一种迫切需要，研究的手段、方法逐步丰富化，研究内容不断深入并专题化。一是这段时期，关于高校廉政的综合性思考文章明显减少，研究高校廉政单个方面的文章显著增多。比如，在研究廉政建设责任制方面，《石油大学学报》2000年第1期刊登的《关于高校党风廉政建设责任制的思考》《学校党建与思想教育》，2000年第6期的《建立和健全高校党风廉政建设责任制的运行机制》和第9期的《强化高校党风廉政建设责任制势在必行》，《成都师范高等专科学校学报》2002年第1期的《对高校党风廉政建设责任制问题的思考》，《浙江师范大学学报》2002年第3期的《增强责任意识搞好高校党风廉政建设》，《上海理工大学学报》2002年第3期的《高校党风廉政建设的责任追究制度初探》，《信阳农业高等专科学校学报》2003年第1期的《高校落实党风廉政建设责任制工作中的难点问题和对策》，《扬州大学学报》2004年第4期的《试论高校进一步落实党风廉政建设责任制的对策》，先后11篇论文都从不同角度对责任制进行了解析；尤其是2006年来，关于高校廉政文化的论文有50篇。二是研究的态势趋于平稳。从1999～2007年，关于高校廉政论文每年都保持10篇以上。
二、当前高校廉政建设研究的主要内容
在近20年的研究过程中，关于高校廉政的研究，目前已经形成了一批成果，在较多的观点上也形成了较一致的观点和意见。
1．关于加强高校廉政建设的原因及意义
学界普遍认为，高校改革发展过程中面临的新情况和新问题是加强高校廉政的原因。北京大学的侯志山认为，高校廉政面临4个方面的挑战；一是来自权力的挑战；二是来自金钱的挑战；三是西方思想文化的挑战；四是社会消极腐败现象的挑战。
《黑龙江高教研究》2005年第2期刊登的《关于加强高校党风廉政建设的几点思考》指出，加强高校廉政建设主要体现在两个方面的意义，一是要从教育的性质、功能、规律的高度阐述加强高校党风廉政建设的极端重要性；二是腐败现象已经蔓延到高校，加强高校党风廉政建设已显得非常必要。
《西南民族学院学报》2003年第5期的《新形势下高校廉政建设的特点和对策分析》指出，加强高校廉政建设有三个方面的原因，一是培养高素质“四有”人才的需要；二是确保人才培养质量的需要；三是从源头上预防和治理腐败的需要。
2．高校廉政建设中存在的主要问题
1989年，学者王荣认为，高校廉政建设存在的问题主要是廉洁的问题，一是教职工的廉洁问题，二是学生的廉洁教育问题。
2003年，西南交通大学的曾俐等认为，当前高校廉政建设中存在六个方面的问题，一是高校各项规章制度建设跟不上学校发展的需要；二是高校招生中的不正之风；三是高校考试中的不正之风；四是高校学生管理、培养工作中存在的不正之风；五是高校学术上存在的不正之风；六是用人上的不正之风。
3．关于加强高校廉政建设的责任制
自1997年来，学界共发表了高校廉政责任制的论文21篇。对高校廉政建立责任制的重要性进行了多方面的思考。《石油大学学报》2000年第1期还发表了《关于高校实行党风廉政建设责任制应遵循的几点原则》，明确提出了5个方面的原则，一是坚持高校领导体制与党风廉政建设工作机制相统一，二是细化责任分解与强化责任意识有机结合，三是坚持主体自律与外部监督相结合，四是坚持责任考核和责任追究相结合，五是坚持思想教育和制度建设相结合。
在对策选择上，较为全面的认识是，《合肥工业大学学报》2007年第1期的《高校贯彻落实党风廉政建设责任制存在的问题与对策》，一是深入抓好学习宣传教育，着力解决思想认识不到位的问题；二是认真分解细化责任，着力解决好责任不明确的问题；三是认真搞好责任考核，着力解决好责任不落实的问题；四是坚持从严治党方针，强化奖惩机制，严肃责任追究；五是对权力和权力主体进行监督制约；六是与时俱进，不断探索高校贯彻落实党风廉政建设责任制的新体制和运行机制。
4．关于加强高校廉政建设的对策
倪世武认为，一是抓好思想教育；二是加强制度建设；三是必须办实事求实效不做表面工作。杨建昆则认为，一是切实加强高校领导干部思想政治作风建设；二是要建立健全高校廉政监督网络；三是加强掌管人财物部门党员干部的管理和监督；四是要加强预算外资金的管理；五是要加强校属国有资产的管理和有关人员的监督。
《黑龙江高教研究》2002年第4期的《新时期高校党风廉政建设面临的挑战与对策》认为，一是加强党风廉政教育，增强党员干部的鉴别力；二是加强监督体系建设，提高防御能力；三是加强制度建设，提高控制力。西南交通大学的曾俐则提出，一是加强教育和学习；二是加强制度建设，规范管理，标本兼治；三是继续加大办案力度；四是进一步深化干部任用制度改革；五是全面推行校务公开；六是加强领导；七是加强纪检干部队伍建设。
5．关于高校廉政文化的建设
2004年以来，关于高校廉政文化建设的论文共有57篇，占高校廉政理论文章的26%，是高校廉政理论中最成熟的部分，因此，基本形成了较一致的意见。学界一般将高校廉政文化定义为在校园文化建设中传播廉政知识，弘扬廉政精神，用廉政信仰陶冶师生员工的情操，推动人们形成良好的廉政修养、政治道德和思维方式，营造出公平、公正、和谐的育人环境。在高校廉政文化建设的意义方面，较为一致的意见是，廉政文化建设对于高校加强党风廉政建设，营造良好的育人环境，培养合格的社会人才，促进学校的建设和发展等都具有十分重要的意义。关于高校廉政文化建设的原则，有学者认为是要以“育人为本”作为价值核心，以“引导社会”作为价值追求，以“办好让人民满意的教育”为标准。学者项云霞等认为，一是高校廉政文化建设要坚持以教育为主，围绕学校中心工作展开；二是高校廉政文化建设要有计划性，将其纳入校园文化的大格局中。在廉政文化建设的措施方面，李文良等在《高校廉政文化建设的意义和途径》中指出，一是不断深化认识，切实加强领导；二是强化课堂教学，发挥主渠道作用；三是抓好“三风”建设，促进教育工作；四是建立完善制度，提供有力保障。《谈高校廉政文化建设》一文指出，高校廉政文化建设的主要措施是要加强对高校廉政文化的研究和宣传，积极吸收和借鉴各高校廉政文化建设的优秀成果，建立健全高校廉政文化建设的长效机制，创新高校廉政文化建设的载体。
三、当前高校廉政建设研究的主要特点
从这20多年的研究情况来看，高校廉政理论的研究呈现了较突出的特点。
1．研究内容较为集中
从学术期刊网的论文来看，近年来高校廉政研究的内容主要集中在对高校廉政整体、高校廉政的责任制、高校廉政文化，具体如表1-2所示。尤其是关于高校廉政建设整体思考的论文一直都保持着一定的数量，而且相对较为稳定。廉政文化是近年来的新话题，2004年来，其占高校廉政研究论文的46%，而近4年来，其比例分别为2004年的8%，2005年的31%，2006年的45%，2007年的53%，比例提高非常明显。而且研究的内容也非常丰富，对学生的廉政文化，教职工的廉政文化，廉政文化与和谐校园建设，廉政文化意义、价值取向、机制、体系、途径都进行了专门论述。
2．研究内容的反复性
高校廉政建设并不是一个一直存在的话题。高校廉政建设的提出反映了高校的社会影响进一步扩大，其主要推动力是办学自主权的下放和高校资金来源的丰富化。因此，作为反腐败的共同体，高校廉政的外延一直处于一个变动的过程中。在研究过程，命题在不同的时候做了不同的论述，同一个命题在20多年时间里都做了反复的探讨。
四、高校廉政研究存在的问题
1．研究内容较宽泛，缺乏深入挖掘
从历年来的论文看，高校廉政理论的研究命题比较大，宏观性强。比如《试谈高校廉政建设》《浅谈新形势下的高校廉政建设》等，论题大，但行文却比较短，难以对论题进行深入的分析。究其原因，一方面，高校廉政外延的扩张使学界不断通过论文来进行跟进，因此同一个命题在不同年份多次出现；另一方面，高校廉政本身作为一个敏感性话题，对其触及总是处于一种微妙的关系，很多时候，我们并没有研究透彻，以至于后来的学者对前期的成果产生质疑却又难以做出大的突破，造成大量的重复性工作。比如，2005年学界还刊登了《浅谈新形势下的高校廉政建设》，2007年刊登了《关于高校廉政建设的几点思考》，在学界进行了20多年的研究后，这些论文已经很难在原有的基础上进行创新，而且短短两三千字也难以对该命题进行深入阐述。
2．研究手段单一，缺乏比较分析
从现有的资料来看，高校廉政理论研究中，调查分析的论文非常少，研究过程更多的是感受和简单的思考。在学术期刊数据库中，总共只有3篇论文是进行调查分析的，分别是《合肥工业大学学报》1999年第1期的《关于加强高校党风廉政建设的调查与思考》《学校党建与思想教育》，2000年第9期的《关于加强高校党风廉政建设的调查与思考》，《广西青年干部学院学报》2002年第1期的《关于高校党风廉政建设的若干调查分析》。与其他工作进行结合的论文也比较少，主要有《加强思想政治教育促进高校党风廉政建设》《论党风廉政建设与高校德育工作》《搞好高校党风廉政建设是提高大学生思想政治素质的重要方面》《加强高校党风廉政建设为构建和谐校园奠定政治基础》《论高校廉政文化建设在和谐校园构建中的地位与作用》，其他大多数论文都是对高校廉政的单独探讨。纯粹围绕高校廉政进行研究，很难将整个理论进行拓展，也很难进行比较分析取得理论的突破。
3．研究成果精品少，缺乏透彻思考
在已经发表的223篇论文中，其中中文核心期刊的论文仅23篇，仅占10%，从cssci检索库中能查到的论文仅2篇，还不到1%。虽然高校廉政方面的立项课题并不少，但真正有突破的成果却并不多见。从各个书城的检索来看，目前还没有高校廉政的专著。因此，综合而言，整个高校廉政理论的研究精品少，缺乏有分量的标志性成果。另外，从侧面或单个角度研究高校廉政的论文非常有限，主要成果是，《加强高校纪检监察工作促进高校党风廉政建设》《关于加强高校领导班子党风和廉政建设的几点思考》。因此，对高校廉政建设进行透彻分析的论文较少。
