心意药业公司通过对原兴义制药厂进行收购重组，实现了医药工业存量资产的整合。天地药业公司进一步完成了公司产权划分。州药品采供站完成了公司的体制改革，在州医药公司批发经营资格基础上组建了鸿泰医药有限责任公司。大家康健药业与州药品采供站进行了联合重组。吉仁堂药业通过组织培养生产石斛苗，突破了石斛种植中种苗繁殖的瓶颈；云峰药业公司、天地药业公司、华圣制药有限公司、苗药制药有限公司、心意药业公司、渝生药业公司等通过与省外科研部门联合，进行新产品的开发。已有3个国家二类化学新药（盐酸氮卓斯汀）获得新药证书及生产批文；有1个三类中药新药、1个四类化学新药即将获得新药证书及生产批文；另有10余个移植品种获得生产批文。
2000年，黔西南州医药工业总产值为3200万元，利税总额为390万元；2001年，全州完成医药工业总产值6758万元，实现税收384万元；2002年，全州医药工业总产值15171.4万元，销售收13385.55万元，完成税金及附加879.2万元；2003年，全州医药工业总产值12042.21万元，完成税收605.15万元。2004年，全州医药工业总产值11083.11万元，销售产值10914.54万元，完成税收490.7万元。2005年，全州医药工业总产值19368.68万元，销售产值20273万元，完成税收1021万元，实现利润1192万元。“十五”期间黔西南州医药工业生产总值年均增长高达35%。
在新产品开发方面，黔东南苗族侗族自治州民族医药研究所也做了不少工作。1993年以来，黔东南苗族侗族自治州民族医药研究所所长陆科闵主任医师参加了贵州省苗族医药的地方标准（临床、药理、毒理）制定及苗药开发审批工作，2002年陆科闵作为贵州省专家参加了国家食品药品监督管理局“苗药升级为国家级新药”的申报审理工作。经过多年的努力，黔东南苗族侗族自治州民族医药研究所共获得了《伤痛液》、《通络贴》等七个产品生产的正式批文。黔东南苗族侗族自治州民族医药研究所在苗族医药特别是理论方面做了大量的工作。2005年10月，联合国教科文组织对我省苗族医药颁发了该年度的“可持续最佳文化实践”奖。该所在国内完成了苗药对幽门杆菌、结核杆菌的抑制杀灭研究，取得了比西药疗效高的效果。完成了苗药对人体血液提升高密度脂蛋白，降低有害物质甘油三脂、胆固醇、低密度脂蛋白的临床、药理、毒理的研究，取得了高于目前国内及国际同类指标的疗效。完成了苗药治疗痛风，降低血尿酸的临床、药理、毒理的研究，取得了极大进展，疗效高于目前其他产品的同类指标。完成了苗药对子宫肌瘤临床、药理、毒理的研究，各方面研究都取得了高于目前其他同类产品的指标。
21世纪以来，黔东南州委、州政府在树立和落实科学发展观，调整和优化产业结构工作中，把中药现代化科技产业的建设作为州重要的后续支柱产业之一来抓，走政策推动、市场导向、企业运作、科技支持、农民参与的发展道路。在中药材基地建设上实行标准化种植、规范化管理、规模生产、企业化运作、产业化经营的发展方式，实行公司办基地、基地联农户、产加销一条龙的发展模式，由企业对药农和市场实行一肩挑，一头连市场，一头连农户，收到了较好的发展效果。通过四年的大力培植和发展，全州中药材种植企业已发展到17家，中药制药企业7家，中药饮片加工企业2家，中药中间体提取企业3家，民族药研究机构8家，中药材种植面积已达到26.79万亩。中药现代化科技产业出现了健康发展的好势头。在民族医药产业化方面，黔东南州主要抓了以下几项工作：一是成立了州县中药现代化科技产业发展协调领导小组和办公室，加强了对州中药现代化科技产业发展的领导、指导、协调和服务工作。二是编制了《黔东南州2003～2010年中药现代化科技产业发展规划纲要》。明确了黔东南州中药现代化发展的指导思想、发展目标、发展重点和发展措施。三是加强了中药材种植的GAP技术研究和试验、示范基地的建设。截至2005年底，全州进行GAP技术研究的中药材品种有太子参、何首乌、头花蓼、茯苓、淫羊藿、钩藤、毛慈菇、冰球子、金银花等品种。到2004年全国通过GAP认证的中药材品种有44个，黔东南州有何首乌、太子参两个品种，是我省唯一通过国家GAP认证的两个品种。2005年全国进行中药材GAP认证检查的10个品种，黔东南州有头花蓼一个品种，也是我省2005年唯一的品种，是目前全国苗药通过国家GAP认证的第一个品种。截至2005年底，黔东南州中药材GAP种植达到5.83万亩，占全省9万亩的64.77%。四是加强中药制药企业的GMP改造工作。全州已有四家制药企业6条生产线通过国家GMP认证，两家中药饮片企业的GMP建设正在进行中。五是开展了苗药新药研究和苗药、侗药疗效试验研究工作。已进行临床前研究的苗药“痹必康”在2006年内获得国家临床批件。苗药“板汀佳”疗效试验已完成，可以进入临床前研究。正在进行疗效试验研究的苗药有治癌症药、乙肝药、骨髓炎药、高血压药、胃病药、痛风药、半边风药、胰腺炎药、脑痿缩药、抑郁症药等10多种，这些药物的研究都是世界性医药方面的难题。开展侗药疗效试验研究的有前列腺炎药（拉汉果）、癫痫病药等。这些民族药的疗效试验都取得了可喜的效果，效果是目前所有已上市中西药中所没有的。六是建成了黔东南州中药现代化科技产业信息网并与全州16个县市联网。七是建成了全国第一家苗药侗药标本库。收藏中药、民族药标本2300余种共1.2万份，其中，苗药标本810种、侗药标本790种。八是组织编写了全国首部《苗族医学》著作。黔东南州的民族医药理论研究，在原来出版的《苗族药物集》、《侗族医学》的基础上，从2004年开始，又组织编写了《苗族医学》、《苗族药物资源与分布》、《苗医基础理论》、《侗族药物方剂学》、《仫佬族药物单验方集》等五个本子。《苗族医学》2006年6月份出版。《侗族药物方剂学》、《苗族药物资源与分布》、《苗医基础理论》、《仫佬族药物单验方集》在2006年底出版，努力为民族药的研究开发提供理论支撑。九是聘请了一批中药现代化产业建设专家顾问。州委、州政府聘请了省级专家冉懋雄，州级专家周定生、陆科闵作为黔东南州中药现代化产业建设顾问，他们为黔东南州中药现代化科技产业的建设作出了积极的贡献。十是开展了中药产业建设招商引资工作。目前，到黔东南州参与中药现代化建设的省内外企业有实质性进展的有陕西皓天、贵州信邦、贵州威门、贵州神奇、贵州同济药业等五家企业。十一是加强了中药现代化科技产业建设的技术培训。先后邀请了国家级专家11人、省级专家8人到黔东南州进行《中药材规范栽培》、《中药材GAP认证》、《中药新药临床研究》、《中药新药注册管理》、《中药质量标准研究》、《中药指纹图谱研究》、《中药材标准操作规程》、《保健品研究与开发》等培训班12期，参加培训的技术管理干部、企业和科研院所技术骨干等800余人。十二是争取了国家科技攻关项目的支持。仅科技系统支持的项目有13项，资金达535万元，加上发改委系统、经贸系统、农发系统、中医药系统达1600多万元。
1949年前，贵州省罗甸县因盛产艾香纳而出现了许多生产冰片的作坊；1949年后统一规划，使该地区的冰片生产形成了一定的规模。进入21世纪，伴随着人们对民族医药的重视，布依药的研究开发也得到了一定的发展，如“益肝草”冲剂是布依族的第一个新药产品。20世纪90年，根据贵州彝族名医黄松柏祖传治疗风湿病的秘方，经过长期临床实践研制的纯中药制剂通风灵，由于它祛风除湿、活血通络、消肿止痛和降血尿酸的功效显著，对痛风及类风湿病的疗效确切，无毒及副作用，1996年10月正式投入市场，立即受到患者的欢迎，产品迅速推广到全国。贵州高原彝药厂主要产品“通风灵”荣获1997年“首届国际爱因斯坦新发明新技术博览会”金奖和“1997中国新技术新产品博览会”金奖。
1949年以后，党和人民政府非常重视对侗族传统医药的发掘整理和开发利用，20世纪50年代，天柱县组织侗医草医献方献药，用汉文整理成册，提供给基层交流学习。如袁昌益编撰的《草药集便医方》，刘跃梁编撰的《草药医方》。1977年，天柱县远口区卫生院应用现代制药技术和设备，用水杨梅采取乙醇提取法制成水杨梅针剂，以浸膏过程方式片剂或糖衣片，经20个合作社医疗站临床治疗急性肠炎、痢疾，疗效显著，曾经获1978年贵州省科技成果奖。八阳乡合作社医疗站将黄汉藤制成针剂，用于治疗肺炎等感染性疾病疗效很好。1959～1970年，黎平县卫生部门从民间搜集验方汇编成册，介绍有内、妇、儿、外科验方545个。1985年剑河县卫生局组织人员对该县著名侗族医生姜彦儒编写的经方医著《本草医方》整理抄印，提供给全县中医人员交流学习，产生了很好的社会效果。
除了开发研究贵州民族药之外，贵州民族医药学科理论还有待进一步研究。
贵州民族医药蕴藏在贵州民族民间几千年，有许多宝贵的东西值得我们去挖掘，去探索和提高整理，以完善贵州民族医药的学科建设。贵州民族医药学科理论研究是一项系统工程，需要集中各方面的力量，特别是需要黔、湘、川（渝）、桂、滇、鄂六省市边区和全国热爱贵州民族医药的民族医药工作者和民族文化研究工作者长期的努力和大力协作，要在党和国家加强民族医药研究开发的大政方针指引下，整合黔、湘、渝、桂、滇、鄂六省市边区和全国热爱土家族医药研究的人力资源、物力资源和科研经费投资格局。在黔、湘、渝、桂、滇、鄂六省边区大量详实的调研内容中进行严谨的科学整理，以达到去伪存真、去粗取精，真正体现贵州民族医药真实、科学的学术真缔之目的。要结合现代医药科学技术研究的方法，对贵州民族医药理论进行系统化、标准化、科学化的研究。其研究的主要内容包括：（1）对贵州民族医药发展史的进一步研究；（2）对贵州民族医学诊断学的进一步研究；（3）对贵州民族医学内科学、外科学、骨伤科学、妇科学、儿科学的系统分科研究；（4）对贵州民族医学和药学的进一步研究；（5）对贵州民族医药预防保健科学的研究；（6）对贵州民族药学和常用药物品种的进一步系统分类研究等。唯有这样，才能真正建立起完整的贵州民族医药学体系。
