敦煌资料的大量公布，给读者带来了极大便利，直接引领了敦煌文献整理工作的向前推进。这时期出现了一大批分类汇编的敦煌文献专集。举其要者，有陈铁凡《敦煌本孝经类纂》（台北燕京文化事业公司1977），潘重规《敦煌云谣集新书》（台北石门图书公司1977）、《敦煌变文集新书》（台北中国文化大学中文研究所1984），周祖谟《唐五代韵书集存》（中华书局1983），唐耕耦、陆宏基《敦煌社会经济文献真迹释录》一至五辑（第1辑，书目文献出版社1986；2—5辑，全国图书馆文献缩微复制中心1990），任二北《敦煌歌辞总编》（上海古籍出版社1987），刘俊文《敦煌吐鲁番唐代法制文书考释》（中华书局1989），杜斗城《敦煌本〈佛说十王经〉校录研究》（甘肃教育出版社1989），周绍良、白化文等《敦煌变文集补编》（北京大学出版社1989），项楚《敦煌变文选注》（巴蜀书社1990，增订本中华书局2006），徐自强主编《敦煌大藏经》（台北前景出版社1989－1991），吴福熙《敦煌残卷古文尚书校注》（甘肃人民出版社1992），王三庆《敦煌类书》（高雄丽文文化事业股份有限公司1993），王恒杰《春秋后语辑考》（齐鲁书社1993），赵和平《敦煌写本书仪研究》（台北新文丰出版公司1993），黄征、吴伟《敦煌愿文集》（岳麓书社1995），张金泉、许建平《敦煌音义汇考》（杭州大学出版社1996），朱凤玉《敦煌写本碎金研究》（台北文津出版社1997），黄征、张涌泉《敦煌变文校注》（中华书局1997），李正宇《古本敦煌乡土志八种笺证》（台北新文丰出版公司1998），徐俊《敦煌诗集残卷辑考》（中华书局2000），饶宗颐《敦煌吐鲁番本文选》（中华书局2000），罗国威《敦煌本〈文选注〉笺证》（巴蜀书社2000），赵和平《敦煌本〈甘棠集〉研究》（台北新文丰出版公司2000），李索《敦煌写卷〈春秋经传集解〉校证》（中国社会科学出版社2005），张锡厚主编《全敦煌诗》（作家出版社2006），等等。其中唐耕耦、陆宏基编《敦煌社会经济文献真迹释录》收载社会经济文献较为全备，且上图下文，最便实用。
20世纪末，江苏古籍出版社推出《敦煌文献分类录校丛刊》，包括邓文宽《敦煌天文历法文献辑校》（1996）、赵和平《敦煌表状笺启类书仪辑校》、宁可、郝春文《敦煌社邑文书辑校》、方广錩《敦煌佛教经录辑校》（1997）、沙知《敦煌契约文书辑校》、周绍良、张涌泉、黄征《敦煌变文讲经文因缘辑校》、邓文宽、荣新江《敦煌本禅籍录校》、李方《敦煌〈论语集解〉校证》（1998）等十种。这套书以收集较全、录校质量较高而受到好评。郝春文正在主编的《英藏敦煌社会历史文献释录》，计划出30卷，现已出版1至5卷（第1卷，科学出版社2001；第2－5卷，社会科学文献出版社2003至2006），是一部按流水号对英藏敦煌社会历史文献作全面录校的大型出版物，相关的研究信息颇为丰富，但在文字录校方面未臻美善。
这一时期还出现了同一专题文献出版多个整理文本的情况，如郑炳林《敦煌地理文书汇辑校注》（甘肃教育出版社1990）和王仲荦《敦煌石室地志残卷考释》（上海古籍出版社1993）；王素《唐写本论语郑氏注及其研究》（文物出版社1991）和陈金木《唐写本论语郑氏注研究——以考据、复原、诠释为中心的考察》（台北文津出版社1996）；郑炳林《敦煌碑铭赞辑释》（甘肃教育出版社1992）和姜伯勤、项楚、荣新江《敦煌邈真赞校录并研究》（新文丰出版公司1994）；张锡厚《王梵志诗校辑》（中华书局1983）和项楚《王梵志诗校注》（上海古籍出版社1991）；伏俊连《敦煌赋校注》（甘肃人民出版社1994）和张锡厚《敦煌赋汇》（江苏古籍出版社1996）；马继兴主编《敦煌古医籍考释》（江西科学技术出版社1988）和赵健雄等《敦煌医粹——敦煌遗书医药文选校释》（贵州人民出版社1989）、丛春雨《敦煌中医药全书》（北京中医古籍出版社1994）、马继兴等《敦煌医药文献辑校》（江苏古籍出版社1998）、王淑民《敦煌石窟秘藏医方——曾经散失海外的中医古方》（北京医科大学、中国协和医科大学出版社1999）；郭朋《坛经校释》（中华书局1983）和杨曾文《敦煌新本六祖坛经》（上海古籍出版社1993）、潘重规《敦煌坛经新书》（佛陀教育基金会1994）、邓文宽《大梵寺佛音——敦煌莫高窟〈坛经〉读本》（如闻出版社1997）、周绍良《敦煌写本坛经原本》（文物出版社1997）、李申合校、方广錩简注《敦煌坛经合校简注》（山西古籍出版社1999）。这种情况既反映了敦煌文献整理繁荣的景象，也体现了敦煌学不断向前推进、文献整理质量不断提高的一面。当然，也有的是研究信息闭塞造成的不必要的重复劳动。
这一时期敦煌文献目录的编制也有新的进展。北京图书馆善本组编《敦煌劫馀录续编》（1981）、中国文化大学中国文学研究所敦煌学研究小组编《伦敦藏敦煌汉文卷子目录提要》（台北福记文化图书公司1993）、荣新江编《英国图书馆藏敦煌汉文非佛教文献残卷目录（S．6981－13624）》（台北新文丰出版公司1994）、方广錩编《英国图书馆藏敦煌遗书目录（斯6981号～斯8400号）》（宗教文化出版社2000），都是各家馆藏目录的补编和完善。施萍婷主撰稿的《敦煌遗书总目索引新编》2000年由中华书局出版，此书纠正了原编的一些录文错误，文献定名方面也多有改正。许建平《敦煌经籍叙录》（中华书局2006）收录全备，论述详赡，为敦煌文献专题目录的撰作树立了榜样。
除了上揭专书或专辑以外，近百年还刊布了一大批敦煌文献整理方面的论文，如潘重规《敦煌写本秦妇吟新书》（《敦煌学》第8辑，1984），陈铁凡关于敦煌本群经校录的系列论文，康世昌关于敦煌本《春秋后语》校理的系列论文，等等，限于篇幅，就不一一罗列了。
三、敦煌文献整理之不足
如上所列，近百年来，我国学术界焚膏继晷，先后相继，在敦煌文献的整理方面取得了世人瞩目的巨大成绩，为各个学科的研究提供了一大批有用的资料，在很大程度上改变了整个中国学术文化研究的面貌。而且，这些成果大都是在资料和条件都非常困难的情况取得的，因而显得更加难能可贵。对前贤所作出的历史性贡献，我们无论怎么评价都不会过分。正是前贤们的努力，终于使我国在敦煌学研究的大多数领域站在了世界的前列，他们为祖国争取了光荣。
当然，不必讳言的是，由于种种原因，我国的敦煌文献整理也存在着明显的不足。对此，我们也应有清醒的认识。在笔者看来，这种不足至少表现在以下三个方面：
1．整体关照不够
敦煌文献分散在中、英、法、俄、日等许多国家，加上各家馆藏多按流水号收藏，编排杂乱，所以资料的搜集与获取是一个难题。尽管少数学者有机会直接到收藏机构搜集有关资料，但由于时间和馆方规定等的限制，每每是走马观花，既不可能遍阅各家馆藏，也无法沉下心来细细推敲。而且，有的卷子撕裂后身首异处，或相同相近内容的文献收藏在不同藏家，读者难以放在一起比较观摩。而大多数没有机会接触到原卷的读者，则只能借第二手、甚至第三手的资料开展工作，其研究范围受到很大限制。所以第一阶段的敦煌文献整理，多是挖宝式的，只能就所见一件或几件文书做校录工作，整理是局部的、点式的，整理者对研究对象往往缺少整体把握，只见树木，不见森林，隔阂甚至疏误时有所见。第二阶段以后，随着敦煌文献缩微胶卷的公布和图版本的陆续影印出版，人们所能见到的材料日益增多，这种情况才有所改变（国家图书馆所藏敦煌文献现仍在陆续出版中）。但缩微胶卷流传极少，能直接利用的人不多；图版本几乎也都是按各地馆藏流水号影印出版的，而且这些书价格昂贵，学者个人往往难以承受，即使是一般的中小型图书馆、资料室也很难有财力全部予以购置，所以读者利用不便的问题依然存在。所以这一时期虽然出现了一批敦煌文献的分类整理专集，但不少专集疏漏仍然很多，其全面性、准确性、权威性都有待提高。
2．校录失误较多
敦煌文献主要是以写本的形式保存下来的，读者使用时存在不少困难。一般认为，研阅敦煌文献有四大障碍：一是敦煌写本多俗字，辨认不易；二是敦煌文书多俗语词，理解不易；三是敦煌卷子多为佛教文献，领会不易；四是敦煌写本有许多殊异于后世刻本的书写特点，把握不易。这就要求整理者不仅要掌握相关学科的专门知识，还应当对当时的俗字、俗语词、书写特点以及佛教哲理等有比较深入的了解。我们的前辈学者，在当时极其困难的情况下，陆续刊布了一些敦煌文献的校录本，他们的历史功绩后人自当铭记在心。但由于校录者多是历史、文学甚或艺术出身，缺乏语言文字方面的专门训练，他们的学术背景或治学习尚，使得他们留意的往往是历史事件或文学、艺术因子，而面对俗讹满纸的敦煌写本，难免感到力不从心，于是便动辄采用“据文义改”的利器，擅改原文，使得不少校录著作失误较多，恐怕也是事实。即以王重民、向达、启功等六位大师级学者校录的《敦煌变文集》而言，该书自1957年出版以后，有关的商榷论文竟达两百多篇，还出现了《敦煌变文集校议》这样的专著（郭在贻、张涌泉、黄征撰，岳麓书社1990），原书的疏误之多，自不难想见。所以不少学者提出，在利用敦煌文书资料以前，必须先“由精于中国文字学，特别是敦煌汉文卷册所有的文字”的学者，“将其加以彻底与通盘的校录”；按比较合理的分类体系重新编排，做成像标点本二十四史那样的“定本”，使敦煌文献成为各个学科都可以使用的材料。确实，也只有建立在这种高质量的文本校录基础之上，敦煌学研究才能走向深入，才能产生一批无愧于我们这个时代的超越前人的研究精品。
3．专题整理范围偏窄
如前所说，20世纪后期，随着敦煌资料的陆续公布，出现了一批分类汇编的敦煌文献整理专集，比如敦煌本《坛经》整理的专集，敦煌本《论语》整理的专集，敦煌本邈真赞整理的专集，等等，这些专集的出现，为更大规模的敦煌文献合集的编纂打下了基础，当然是一件好事。但专题整理范围偏窄，对进一步的研究来说则颇多不便。比如研究子部文献的人，他既要了解《论语》在敦煌流行的情况，也需要对敦煌子部文献作全方位的考察。研究文学的人，他既要知道王梵志诗，也需要了解其他诗人的诗歌在敦煌流行的情况。而这种考察只有把较大范围的文献类聚在一起时才能进行。所以在专题文献纂集的同时，有必要扩大规模，推出一批更大范围的分类汇编的敦煌文献整理合集，以便使研究者从整体上把握敦煌文献，推进各个学科文献的综合研究。
