饶宗颐在日本的那几年，受到了很大的刺激，对于日本人做学问的精神非常钦佩，且对于日本学者研究程度之深也非常惊讶，日本关于中国文化的很多研究都超过了中国人，这使得饶宗颐暗自汗颜，于是更加注重交流，吸收日本学界的研究，以促进自身的研究。饶宗颐在晚年还提到日本学界的学风对自己的影响，其文曰：日本的学风也给了我很大的影响。他们一是抓小题目，二是念书。他们念书是几个人一起念，由一个人布置，大家去查书，查出一大堆材料，然后进行讲解，连不相干的都讲，然后再由这个人来作总结。他们的读书班学风很朴实、很实在，连一个字也不放过，那是相当扎实的。在收集材料上日本人比我们强，我提到过我以前在日本研究甲骨文时很得益于他们的材料。现在我们在这方面的工作也做得比以前好，因为图书馆容易找书了，材料很多也开放了，不像从前，都集中在几个人手上。实际上这传统风气还是日本人先开的，我们也不能否定，有几门学问他们的确比我们先做，这个事实我们还是应该尊重的。京都大学人文科学研究所，早年间把北京的很多东西都搬去了。日本人在北京办报，报馆的主笔内藤湖南回到京都，京都大学就马上请他做教授。内藤湖南是日本近代中国学的重要学者，日本中国学京都学派创始人之一。内藤湖南在中国学方面，研究范围十分广泛：从对中国稀见古籍史料的搜求、考证、编辑、出版，到对中国历史发展的时代划分，对中国文化发展趋势的论证，对中国近代史重大事件的分析、评论，以及在中国史学史、美术史、目录学史、敦煌学、满蒙史地等领域，也都卓有建树。饶宗颐到日本时，内藤已经去世了，吉川幸次郎就是内藤的学生，吉川在京都大学开办经学研究室，做过《尚书证义》，而且研究《诗经》，有很多的《诗经》资料，在经学上很有造诣。
饶宗颐做敦煌学研究也受到日本学界的影响。日本人最先着手于敦煌学文献经部的研究，有关敦煌《尚书》经卷的校本和敦煌文献里的《琵琶谱》，日本学界很早就开始研究了，并且取得很大的成就。
另外日本对大量的古籍资料的保存之完好，也令饶宗颐叹服。饶宗颐在后来的口述学记中曾提到：在大原山寺我大开眼界。嚯！他们有无量数的写本！就是唱佛经的梵呗的写本，这都是从中国传去的，有不同的派，他们的派叫做“流”。他们叫做“声明”的，其实就是梵呗，他们将梵呗保存得很好，连一张纸都保留，很令我感慨。日本人保护文化的精神，一点一滴都保存的精神，我看了很受感动。又比如我集子里有一首《京都僧俗秋祭焚山祈褫禳灾，与清水茂大地原两教授登高同观》，就是记录了日本保存的中国古民俗。
日本东京有个东洋文化研究所，有很多明版书，我有一首诗提到《列朝诗集小传》的草稿，这书很重要，至今没有人表扬。以前我看到容庚有一篇关于《列朝诗集小传》与朱彝尊的《明诗综》的对比研究文章，但是他根本没有看到这个稿本。饶宗颐赞叹日本学界在中国古籍的保护和研究上做得非常好，为他们的治学精神感动，于是下决心深入研究古籍文献。
日本有很多抄本、古书，饶宗颐很多研究都得益于此。如《楚辞书录》、《文选五臣注》抄本等。《文选集注》、《文选》的抄本还没有印出。日本人很早就在提倡“选学”，而中国人还陷在打倒“选学妖孽”的迷障中不能自拔。
所谓选学，就是指《昭明文选》，《昭明文选》是我国现存编选最早的诗文总集，它选录了先秦至南朝梁代八九百年间、100多个作者、700余篇各种体裁的文学作品。因是梁代昭明太子萧统主持编选的，故称《昭明文选》。由于《文选》本身所具有的优点，比起同类型的其他诗文总集来，其影响远为深广。唐代以诗赋取士，唐代文学又和六朝文学具有密切的继承关系，因而《文选》就成为人们学习诗赋的一种最适当的范本，甚至与经传并列。宋初承唐代制度，亦以诗赋取士，《文选》仍然是士人的必读书，甚至有“《文选》烂，秀才半”的谚语。到近代，由于废除科举和白话文运动，对于选学多持批判态度。
饶宗颐自小读《文选》，学习诗文写作，且教学也多以《文选》做材料，非常看重《文选》的价值。饶宗颐希望有一天把“选学”恢复。日本人保护文化的意识激发了饶宗颐研究中国典籍的决心。当然，日本如此重视保存古籍，饶宗颐可以利用这一的条件去做很多工作。
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饶宗颐第二次到日本时，见到水原琴窗，他是日本著名汉学家水原渭江之父，有《琴窗词》。饶宗颐到他寓所与他论词，在饶宗颐的《冰炭集》收有《燃林房与水原琴窗论词》，全文如下：“丛条深林日欲残，浙霜枫叶不成丹。何人解道清空意，漫剪孤云取次看。”水原琴窗曾拿一首词叫饶宗颐帮他改，很有意思的是他把改的地方都印出来，可见他对饶宗颐的尊重。
池田末利是礼学家，饶宗颐和他在广岛大学认识。饶宗颐的《冰炭集》中收有《池田末利偕游广岛平松公园》，全文如下：“一路青松扑眼帘，浮屠海角极精严。禅心早置崎岖外，碧水遥天净可兼。”池田末利中过原子弹的弹片，现在还健在。池田末利受饶宗颐的影响治甲骨。
斯波六郎是“选学”大家，他与吉川都是内藤湖南的学生，他们两人分别代表了以广岛大学为中心和以京都大学为中心的日本研究中国古代文论学派。斯波给饶宗颐不少“文选学”的著作，如《文选》的版本、论考等。饶宗颐与斯波谈《文选》很相契，得到很多启发。饶宗颐的《冰炭集》中有《过牛田访故友斯波六郎旧居》，全文如下：“遗札摩挲一怆神，回黄转绿正萧晨。三山双叶（皆附近山名）情如昔，六代征文又几人？”
饶宗颐与吉川、斯波很早就有文学上的交往了，可惜斯波不会做诗，也做不了骈文，而吉川能写，吉川的汉语也说得极流利，斯波讲得不大好。吉川做的是文学、经学的学问，吉川晚期治杜诗，收集了很多资料，想顺着杜甫的路线跑一遍，但没有实现，就去世了，很可惜。
饶宗颐去日本时，吉川正在研究《诗经》的敦煌古钞本，并保存有不少敦煌钞本的照片。他所师从的两位著名学者，其中一位就是在日本讲述《文心雕龙》的大名鼎鼎的铃木虎雄先生。
日本汉学存在着两个派别。一个是京都学派，一个是东京学派。在东京大学主持中文系的是吉川的同学，当今著名学者池田温的丈人，专攻经学，后转而研究中国语学。东京学派虽然也有深厚的段王学底子，但比较侧重现代。京都学派则重视古典，认为汉学的学统在他们身上。该派在史学上取得了很大成绩，第一部绘画史和史学史都是他们撰写的。吉川即属于京都学派。他的一位学生Baxter曾作过《花间集索引》，时任美国哈佛燕京学社的社长，对日本及世界的汉学研究非常支持。吉川创办了一份杂志《中国文学报》。他认为文学是一切学问的基础，进行学术研究应从文学入手。对此饶宗颐深表同意，与他也非常谈得来。饶宗颐从吉川那里获益不少，早年的几篇重要文章也发表在《中国文学报》上。
后来，吉川派一位学生到饶宗颐任教的香港大学从事研究。饶宗颐对其说：“你们日本有一个很好的传统，任何一位汉学家都能写汉诗，这一传统千万不能丢。”在与吉川的另一弟子清水茂交谈时饶宗颐又表示过类似的看法。清水先生对唐宋八大家深有研究，每逢新年写贺年片时均作一首汉诗贺喜。但现在具有这一能力的人在日本已寥寥无几，过去爱好汉诗的传统在逐渐消失。
饶宗颐在日本还结识了神田喜一郎。神田的学问功夫很深，且学术研究的范围也很广泛，目录学、版本学、佛学都做一点，法文也好，曾获得过法国汉学最高奖“儒莲”奖。饶宗颐认为：“吉川完全是文学性的，神田是大汉学家，懂经史，做过博物馆馆长，他的格局更大。吉川对神田要肃然起敬，辈分稍低。神田的家世是藏书家，神田的父亲藏有《世说新语》的很多好本子。”饶宗颐到过神田家，他们第一次相见就契合了，神田后来获得儒莲奖，饶宗颐是推荐人之一。
中田勇次郎是饶宗颐第二次去日本时认识的。中田治词，撰写过一些上乘的研究论文，譬如《论道藏里的词》、《金元的词》，中田有关于日本所藏《草堂诗余》的版本，也做得很好很仔细。当时中国人还没有注意到他的研究，饶宗颐得以见到并受其启发。中田后来不搞词学研究了，全力研究书法史。因为词的关系，饶宗颐与中田第一次见面就很谈得来。
