国家创新体系的第三个子系统就是教育创新系统，也是国家创新体系的基础。教育创新系统之所以具有这种基础作用的地位，是由于无论是管理创新还是知识创新都需要由一大批创新创造人才作保证，而人才则是要靠教育（包括普通教育、高等教育和成人教育）来培养和造就的。教育发展所追求的创新观念、创新意识、创新精神和创造力水平，在宏观上决定了所培养的人才的创新意识和创造能力的层次和水平，也就直接决定了管理创新和知识创新的层次和水平，当然也就直接影响国家创新体系的整体水平。
1978年至今，国家创新系统的转型是中国改革进程中的一个重要内容，这一时期中国创新系统比较平稳地从政府主导的强形式向政府主导的弱形式转化。这种“政府导引”型的创新系统是一种过渡状态，发展的方向是建立“政府协调”型创新系统，并确立企业在整个创新系统中的主导地位。由于转型过程中的路径选择及其特征不但规定了国家创新系统目前的状况，而且还将制约今后国家创新体系的建设。
尽管中国的国家创新体系的建设已取得一定成绩，由于制度尚不完善，还存在着一些问题：知识产权立法有待完善；科技市场与创新行为的短期化问题，表现为高等院校与科研机构大量运用技术合同和专利出让的方式向企业转移科技成果。中国国家创新体系的宏伟目标远远没有完成，持续的制度创新仍在继续。
第三节 教育发展面临的问题与挑战
我国的教育虽然在总体上取得了巨大成就，但是我们应该清醒地看到教育的改革，还滞后于社会主义市场经济的要求。一些教育制度与体制在实际工作中还没有完全落实，一些地方和部门不同程度地存在着忽视教育特别是忽视基础教育的现象，教育投入不足，教师待遇偏低，办学条件较差，素质教育进行迟缓，教育的人事制度改革举步维艰，等等。
一、新形势下教育体制创新面临的挑战
（一）理顺政府、社会、学校的关系，建立科学的管理体制
面对新时期的教育任务，要顺利达到用科学发展观指导教育的发展，必须首先理清政府、社会、学校的关系，建立科学的管理体制，这是当前我国教育体制面临的首要挑战。
在基础教育方面，要实行在国家宏观指导下主要由地方负责、分级管理的体制。国家负责制定有关的基础教育的法规、1方针、政策及总体规划，基本学制、课程设置和课程标准，设立用于贫困地区、民族地区、师范教育的专项补助基金，对省级教育工作进行监督指导等。省级政府负责本地区基础教育的实施工作，制定本地区基础教育发展规划，确定教学计划选用教材和审定省编教材，组织对本地区的专项基础教育的评估验收，建立用于补助贫困地区、少数民族地区的专项基金，对县级财政教育事业费用困难的给予补助等。地市政府对本地区实施义务教育进行统筹和指导。县级政府在组织义务教育的实施上负主要责任，乡级政府负责落实义务教育的具体工作。
政府主要运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段，对高等学校进行宏观管理。高等学校在政府宏观管理下，自主组织实施教学、科研工作及相应的人、财、物配置，包括的招生数量比例、专业设置调整、机构设置、干部任免、经费的使用、职称评定、工资分配、国际合作交流等。
在中央和地方关系上，进一步确立中央与省分级管理、分级负责，以省级政府为主的管理体制。中央直接管理一部分关系到国家经济、社会发展全局，或在高等教育中起示范作用的骨干学校和少数行业性强、地方不便管理的学校，对地方举办的高等教育的领导和管理，责任和权力都交给省级政府，扩大省级政府的教育决策权和对中央部门所属学校的统筹权。
在高等教育的结构与布局上，要逐步改变高等学校条块分割，“小而全”的状况。部门所属院校和管理体制要根据不同情况，采取中央部门办，中央和地方政府联合办，地方政府办，企业集团参与管理、学校之间联合或合并等不同办法，进行改革。逐步减少单科性院校，对系、学科或专业进行调整、联合、合并，充分发挥现有师资和设备等方面的潜力，提高办学效益和质量。
（二）构建经济与教育共同发展的和谐关系
英美等发达资本主义国家正是处理好了经济与教育的关系，才得于领先世界。二战后德国经济遭到了严重的破坏，但是他们仅仅用了十几年的时间就恢复了经济，这其中的一个奥秘就是国民素质较高，促进了经济的飞速发展。尊重社会发展规律，注重教育与经济发展的整合效应，用教育改革为经济发展提供动力，同时又用经济发展的成果为进一步搞好教育奠定新的物质基础，使教育与经济发展相互依存，相互促进，协调发展。
在社会主义初级阶段，教育与经济的发展是相辅相成的，教育能够促进经济的发展，经济发展了反过来促进教育，使之为经济的发展打下坚实的基础。
一味地强调经济的发展，而忽视教育那是错误的。经济的发展是靠大量的科技人才，而科技人才的培养靠的是教育，要想使我国经济朝着健康、快速的轨道发展就必须重视教育。如果只重视经济的发展忽视教育作用那将只能低速前进或停滞不前。为此，我们必须用发展的长远的观点来看待经济与教育的关系。教育的投入是要牺牲经济的，但它给经济的发展会带来无限的前景，正如邓小平同志所说的我们要忍耐一些，宁可牺牲一点速度也要把科教兴国战略作为我国的一项基本国策将长期坚持下去。教育事业的发展将更加受到重视，教育体制改革也将随着教育事业的不断发展而深化。
二、当前教育体制创新中存在的问题
（一）对教育重视程度不够
我国仍然存在着对教育重视不够的思想。有的同志对工作重心转移到以经济建设为中心是理解的，而对“经济建设转移到科技进步和提高劳动者素质轨道上来”这个战略方针则认识不够，错误地认为“经济要上，教育要让”，“先把经济搞上去，再来发展教育”，这些认识在教育体改革的今天都是不能要的。
（二）教育法规执行力度有待提高
未能很好地落实是我国的教育法律法规执行力度偏弱的主要表现。我国截至目前的教育法律法规总共有两百多部或条，但是真正执行落实的又有多少呢？新时期以来，我国相继颁布了一批重要的法律和行政法规，但是，教育法规还不能适应教育改革和发展的要求，无法可依，有法不依，执法不严的现象还比较普遍。因此需要加快教育立法步伐和已有法律的配套法规的制定。
各地也要制定和完善地方教育法规，逐步形成适合我国国情的多层次的教育法规新体系。各级政府和教育行政部门要带头执法、严格执法，各级人大要加强对执法的检查和监督，使我国的教育法律法规真正能为教育改革鸣锣开道，保驾护航。
（三）素质教育进展缓慢
30年来，虽然政府一再提出要实行素质教育，培养全面发展的综合性人才，但是素质教育在学校的改革进展缓慢，影响了教育质量。由于我国教育长期受“应试教育”的影响，形成了学校的一整套“应试教育”模式，这套模式的运行，严重阻碍了素质教育的施行，教学质量难以保证。再加上在教育体制改革中，人们只注重形式的改革，而不去重视实质的内涵，结果在某种程度上对教学质量的认识出现了偏差。
（四）教育体制改革不充分
由于教育体制改革不充分，政府包揽办学的体制在一些经济不发达的地区仍然存在，社会力量办学举步艰难。教育管理体制关系还未理顺，投资体制亟待改革，高等学校招生和毕业生就业体制也还存在着诸多弊病；教育的人事制度改革还禁锢在狭小的圈子之内，未能创造一个人尽其才，合理流动的机制，等等。
