1915年6月，宋庆龄由东京回到上海。她勉强克服了惧怕和疑虑，清楚地告诉父母她要与孙中山结婚。她的声音一如往昔，是那么的轻柔，但言语中透露出了她的坚毅。她的这一决定带给她父母的震动是巨大的。不同意的理由有很多：年龄上的差距，在父辈子辈关系上的尴尬，孙中山又是个已有家室的基督教的信徒，而且宋耀如夫妇与孙夫人卢慕贞及其子女关系良好，这种种的因素，使作为虔诚的基督徒的宋耀如夫妇断难接受这桩婚姻。为了打消女儿的这个念头，阻止这段姻缘，他们赶紧给女儿介绍了一个门当户对的对象。在家庭及外界的强大压力下，宋庆龄外柔内刚、坚强不屈的性格第一次得到淋漓尽致的展现。公正地说，作为父母，他们不想女儿招人非议，这在情理之中。而且，宋耀如夫妇也不是顽泯不化之人，他们虽然反对宋庆龄远赴日本，与孙中山结合，但没有强行限制宋庆龄的行动。于是，在10月的一天清晨6时，趁父母还未起床，宋庆龄在一位同志即孙中山的广东香山同乡、时在上海的朱卓文和他的女儿慕非雅的陪同下，乘船前往日本。此前，孙中山与夫人卢慕贞已办理了离婚手续，卢氏在离婚书上用大拇指沾红墨水按了指印。朱卓文给宋庆龄看了他们的离婚协议书，并说他是离婚协议书的证人之一。
10月24日，宋庆龄一行从上海经神户乘火车抵达东京，孙中山早早地在车站等候。这一对志趣相投而承担了巨大压力的恋人终于冲破了重重障碍而高兴地见面了。当晚，孙中山安排宋庆龄和慕非雅在日本友人头山满的寓所住了一夜。
翌日上午，孙中山和宋庆龄在日本着名律师和田瑞的主持下，签订了《结婚誓约书》，全文如下：
此次孙文与宋庆琳之间缔结婚约，并订立以下誓约：
一、尽速办理符合中国法律的正式婚姻手续。
二、将来永远保持夫妻关系，共同努力增进相互间之幸福。
三、万一发生违反本誓约之行为，即使受到法律上社会上的任何制裁，亦不得有任何异议；而且为了保持各自的名声，即使任何一方之亲属采取何等措施，亦不得有任何怨言。
上述诸条约，均系在见证人和田瑞面前各自的誓言。誓约之履行亦和田瑞从中之协助督促。
本誓约书制成三份：誓约者各持一份，另一份存于见证人手中。
誓约人孙文(章)
立约人宋庆琳
见证人和田瑞(章)
1915年10月26日当日，和田瑞受孙中山和宋庆龄的委托，到东京市政厅给他们办理了结婚登记。他们的婚礼办得非常简单，只在孙的好友、日本着名实业家梅屋庄吉家招待了一些好友。正像宋庆龄给美国同学安妮·安德逊的信中所说，我们的婚礼“是尽可能的简单，因为我俩都不喜欢繁文缛节或类似的东西”。
宋耀如夫妇虽不赞成宋庆龄的婚姻，但事后还是送给女儿许多结婚礼物，那套精工刺绣的嫁衣，宋庆龄一直作为珍贵礼物藏在身边。关于宋耀如夫妇阻止女儿庆龄嫁给孙中山之事，言人人殊。宋庆龄在1980年9月17日写给亲密朋友爱泼斯坦的信中，详细谈了当时的情况。信中说：传教士往往保守，不求进步。在那些年里在中国的传教士强烈地反对我同一个离过婚的男人结婚。他们去找我的父母(他们是虔诚的卫理公会教徒)，说明他们的看法并试图劝说他们把我从日本追回来。我在离开上海去日本时，留了一封信，告诉我的父母，我决心已下，我要帮助孙逸仙并同他结婚，因为他在三月份已同他的原来的妻子离异。她是专门从她独自生活的澳门前来的。
事实上她非常害怕革命，曾请求他不要再继续从事革命事业了，因为满洲人会杀他们所有的亲属！因此，在孙最后一次流亡日本时，她没有跟他在一起。但在一九一五年三月，她同朱卓文一同到东京来。朱是孙的同乡，一位受信任的革命者，经常在海外陪同孙。她在东京见到了孙，很干脆地同意离婚。她甚至于不愿意写她的名字(！)，所以在离婚书上用红印泥按了指印。这个协议离婚书印了好几百份，分发给他们的亲友。他的儿子孙科当时在美国加州伯克莱念书，他也给他寄了一份，还附了一封信，告诉他关于我们结婚的事。我听说孙科一直保留着这封信，他的孩子们也都知道并承认这一事实。
但我们的政敌却同那些传教士站在一起，责备我们在孙中山还有妻室的时候就结了婚。
我的父母还有其他的理由不赞成我同一个比我大二十六岁的男人结婚。
因此，在看了我留下的告别信之后，就搭下一班航轮赶到日本来，试图劝说我离开我的丈夫，跟他们回去。我母亲哭着，身患肝病的父亲劝说着……他甚至跑去请日本政府为他们做主，说我还未成年，是被迫成亲的！当然，日本政府不能干预。
尽管我非常可怜我的父母——我也伤心地哭了——我拒绝离开我的丈夫。
从小宋庆龄就把孙中山看成是一个英雄，美人嫁英雄似乎是一出浪漫的爱情故事。然而，在民智尚未开启的民国初年，宋庆龄能毅然抛弃优越舒适的家庭生活，敢于冲破世俗偏见，与正在流亡的孙中山结合，其中的困难与压力是巨大的。这种压力不仅来自社会舆论，也来自于家庭。家中不仅父母坚决反对，姐姐霭龄也不赞成，远在美国的弟弟宋子文和妹妹宋美龄对此表示震惊。而宋庆龄义无反顾，毅然决然地嫁给了孙中山，她的这一举动第一次充分展示了她的思想与个性。宋子文对二姐是了解的，在得知姐姐已与孙中山结合的消息后，宋子文对妹妹美龄说：这事，是不可挽回了，二姐“是谁也挡不住的一种女性，只要是想定的事情，连她自己也挡不住自己的”。
婚后的宋庆龄感到无比的幸福，她在给好友亚历山德拉·曼·斯利普(Alexandra Mann Sleep，昵称阿莉，Allie)的信中兴奋地袒露了她的心声：“当你在蒙特里特(北卡罗来纳)见到我时，你不会想到有一天我会变成一个热情的小革命者。你想到了吗？我的丈夫在各方面都很渊博，每当他的脑子暂时从工作中摆脱出来的时候，我从他那里学到很多学问。我们更像老师和学生。我对他的感情就像一个忠实的学生。”“像以往一样，我是他忠实的崇拜者。”信中，宋庆龄还谈了她对幸福的理解：“我对你最佳的祝愿，亲爱的阿莉，就是你能很快发现自己的理想得以作为人类的理想而实现，随之幸福必将到来。当幸福包含在使所有在你周围的人都能愉快地生活的共同愿望中，这就足够了。”
孙中山有了宋庆龄做他的伴侣兼助手后，同样感到非常幸福，孙中山在给恩师康德黎的信中写道：“我的妻子是在美国大学受过教育的女性。她不仅是最得力的助手，也是我的朋友，她的到来开始了我的新生活。我很高兴地改变了我以前那种令人乏味的生活。”
孙、宋二人为彼此拥有而感到幸福，但在外人眼里，这桩婚姻是非常的不合适，不仅宋庆龄父母反对，国民党党内同志也极力反对。据孙中山的侍卫武官郑卓回忆：“先生与宋庆龄结婚，当时在党内是有人反对的。胡汉民等人便反对，并且叫我帮他们递了一封信给先生。当时先生问我，阿卓，婚姻之事是公事还是私事呢？我答，当然是私事。先生说，你还懂得，但他们都不懂。而事实上，后来我们都看到，孙中山的抉择是对的，婚事是对的。孙夫人对先生帮助很大，孙中山很需要宋庆龄。”
成为孙夫人的宋庆龄仍然继续秘书工作，不仅为孙中山答复书信，负责所有的电报并将它们译成中文，还在写作方面帮他很多忙，协助孙中山起草文件。后来她还参加了孙中山的一些重要会议。
1915年12月12日，袁世凯悍然下令称帝。1916年元旦，袁世凯宣布登基，改元为“洪宪”元年。根据孙中山的指示，革命党人领导发动了护国运动，各省纷纷宣布独立，迫使袁世凯于3月22日申令撤销帝制，翌日下令废止洪宪年号。
为了亲自策划反对袁世凯的斗争，孙中山于4月间自日本秘密返回上海。宋庆龄随后于5月19日抵达上海，孙中山亲赴码头接回了夫人。宋庆龄回国后，旋即投入革命，协助孙中山起草了《第二次讨袁宣言》。这篇宣言，从辛亥革命建立共和讲起，历数袁世凯的窃国行径，细述中华革命党的反袁斗争及其意义。文中指出：“文持三民主义二十有余年，先后与国人号呼奔走，期以达厥志。辛亥武昌首义，举国应之，五族共和，遂深注于四亿同胞之心目。”反袁斗争，“不徒以去袁为毕事”，“袁氏破坏民国，自破坏约法始。义军维持民国，固自当维护约法始。
是非逆顺，区以别矣”。所以，“除以武力去彼凶残外，凡百可本之约法以为解决”。
宣言最后表示：“袁氏未去，当与国民共任讨贼之事；袁氏既去，当与国民共荷监督之责，决不肯使谋危国民者复于国内。唯父老昆弟察之。”宣言的发表，在社会上引起了很大的震动。随后，宋庆龄随同孙中山往来于上海、广州之间进行护法斗争。
在跟随孙中山从事革命活动的10年中，宋庆龄很少发表个人公开的宣言或声明，只在给友人的信中谈她对时局的看法或认识。1917年4月，宋庆龄在给友人梅屋庄吉的回信中，对当时国际国内的一些重大政治问题表示了如下看法：“至于我国的政治形势，你是知道的，有很多自私的和有野心的人企图竭力将中国投入欧战，这一步骤对我们来说无所谓得失可言。”在此，她将“自私的和有野心的人”同企图“竭力将中国投入欧战”联系在一起，可见她对中国是否参战问题的透彻认识。对于国内有“许多人为了微不足道的一点钱却情愿牺牲国家的生命”，她感到非常的遗憾。
在与孙中山共同奋斗的历程中，宋庆龄对于革命的贡献、对于孙中山的帮助是巨大的。宋庆龄与孙中山结合后，始终伴随其侧，一起工作，宋庆龄“辉煌的头脑，充实了她丈夫的头脑，完成了他更伟大的人格”。孙中山侍卫武官郑卓这样评价宋庆龄：“宋庆龄是伟大的女性，是孙中山最好的学生、助手和伴侣。”1981年宋庆龄去世后，应《澳门日报》的专访，郑卓回忆了孙中山与宋庆龄的许多往事：
孙夫人才貌出众，确是女中人杰。她的英文、法文好，又懂拉丁语。国语讲得好，又识广州话，是先生的好助手。有时，有些文件、信件其他秘书一时译不出来，孙夫人很快就搞完。那时候，美洲、伦敦等地的同盟会，时有一些机要的文件、密码转给孙中山。先生对夫人很信任，时时交她处理。为将工作早日搞好，有时孙夫人忙得顾不上吃饭。
那时候，宋庆龄当孙中山的机要秘书，还参加接待外宾，工作也不少。总统府、元帅府、大本营一些未能及时处理好的工作，只要先生交给她，她便夜以继日地努力完成，时时废寝忘食。孙夫人很崇敬孙中山，敬仰先生的主义和理想，总是希望能设法分担先生的一些工作。她与先生结婚，曾遭到家人和党内一些人反对，但她相信自己的抉择是对的。她在东京与先生结婚时，先生正是流亡海外，但她甘心情愿与先生一起捱世界。而事实上，婚后十年，她随夫到处奔波，也确实挨尽不少咸苦，但孙夫人总是相随在先生身边，形影不离。
在与孙中山一起奋斗的10年中，宋庆龄所做过的事情有成百上千件，其中为许多传记所详细记载，能够充分展现宋庆龄之性格、志向与才识的有这么几件事：
(1)率领红十字会员出征北伐
1920年10月，由孙中山支持的以陈炯明为总司令的粤军打败桂军，攻克广州，桂系军阀被逐回广西。宋庆龄于11月随同孙中山乘船离沪赴穗，重组护法军政府。
