徐阶不想动刀，不想在自己担任首辅的时间里流血。但是他也知道，当前的态势，非杀人流血不可了。要末是严世蕃、罗龙文死，要末是林润、大理寺卿、刑部尚书、都察院的都御史死，没有回旋的余地了。
他召来老乡杨豫孙商议。杨豫孙说：“首辅不能以妇人之仁，坐看黄光升他们死，必杀小严不可。”徐阶苦笑：“谈何容易。小严之罪足以处死，但圣上仍念老严二十年力赞玄修之功，未必能杀。且小严有些罪恶，都假圣上之手行之，定小严之罪，置圣上于何地？凡假手圣上所作之案，决不可翻！就定小严通倭通鞑靼，必死无疑。彭孔固然在鞑靼多年，罗龙文与王直、徐海确有同乡之谊，但确凿证据不足，就此定罪，老夫必遭后世诟病，有损清誉。”杨豫孙无奈地摇了摇头，便沉默不语。忽又说：“近日乡中知也寺高僧在舍下做客，想一见否？”听说小知也来京，徐阶一跃而起：“快快有请！”
不到一个时辰，小知也到。虽然食素，保养得好，但小知也也老了。明显的标记是，小知也的颈部，皮肤松弛，皱巴巴了。想起十岁时去广富林，那个小沙弥宛然在目，徐阶不禁感慨万千。
此次相见，双方的称呼改了。徐阶口称“大德”，小知也直呼“徐公子”，倒也亲热。三个松江人，就在此夜，笑谈之间，议决了一件惊天动地的大事。
坐下上茶。小知也凝视徐阶片刻，说：“徐公子有何心事？”徐阶笑道：“敢情是大德打趣老夫，何来心事一说？”杨豫孙也凑趣道：“和尚不是相面先生，首辅宦途顺畅，何来心事之说？”小知也道：“都在脸上写着呢，容态似有不安，目光流露游移，似有大事难决。忧愁伤身，不妨一吐为快。”
徐阶犹豫着，杨豫孙却开口了：“老和尚佛眼洞察秋毫，果然厉害。”接下来如此这般，把徐阶的忧虑说了个大概，然后又问：“佛门慈悲为怀，眼前这事左右都慈悲不得，如何是好？”
小知也置杨豫孙的疑问不答，端盅抿茶，似乎刚刚醒悟：“好茶！”
徐阶说：“大德志趣高雅，品茶必有心得，敢问此是何茶？”小知也回道：“喝徐公子的茶似也不易，还得过考试这一关啊！”又抿了一口，想了想便说：“茶的学问深得很，献丑了。本朝名茶七品、天目、六安、龙井、罗茶、虎丘、小种红茶、青茶，此茶茶汁清澈明净，色金黄，香、清、甘、活兼具，必是武夷岩茶无疑。”徐阶、杨豫孙听了不禁抚掌：“大德说得极是，佩服！佩服！”小知也一笑：“自古禅、茶密不可分，在我佛门，此乃小技也。”
徐阶说：“大德原来也会顺着杆儿往上爬，给你个梯子就上屋了不是？”
小知也又不回答，却是顺着茶说下去：两位可知茶树的栽培，其“中有一必备程序是修剪，剪去老弱之枝，才利于抽发新枝。”徐阶和杨豫孙几乎同时一愣，这话似乎另有深意。想想也是，莫说茶树，其他树种，也得修剪，不是有诗云“删繁就简二月花”么。
徐阶黯然。杨豫孙又问：“莫非‘修剪’也是慈悲心？”
小知也说：“是也。贫僧这就不多说了。贫僧喝了好茶，无以为报，赠二位几句偈语可否？”“愿闻其详。”小知也念道：“施主发愿欲成圣，忍看生灵新鬼魂？众生渡尽证菩提，地狱不空不为佛。贫僧晚上功课未作，就此作别。”
小知也回杨豫孙府中去了，室内又剩下杨、徐二人。二人参悟起小知也的话来。
杨豫孙说：“小知也‘修剪’一说，偈语四句，极含深意，似乎提示我们该做些什么。”
徐阶说：“是啊，不就提醒我们动剪刀么？”
杨豫孙说：“那四句偈语虽浅显易懂，却似乎在暗示什么。”“小知也说的，不就是地藏王菩萨么。地藏王菩萨发愿就是四句话：‘众生渡尽，方证菩提。地狱未空，誓不成佛。’是一种佛门的献身精神。”
言谈之间，徐阶突然一拍脑门：“小知也的四句偈倒提醒我想起了他师父当年赠我的四句偈语，还说什么‘日后便知’。”杨豫孙大感兴趣：“说来听听。”
徐阶念道：“长江上头遇豹言吉，欲挽狂澜己下地狱。庙堂高处须防纪纲……”
“是了，是了！”杨豫孙说，“豹言乃聂豹、夏言。此时莫非应了第二句，为救廷臣和苍生，不必计较身后清誉，哪怕是日后下地狱，也必须力挽狂澜？”
是置小严于死，还是网开一面，送走杨豫孙，徐阶支颐思考了片刻。“忍看生灵新鬼魂？”罢罢罢，顾不得了。严世蕃的案子非同寻常，暗潮汹涌，若严嵩党羽卷土重来，自己的身家性命实也难保，拨乱反正的计划会成画饼，为求得身后的清名而枉送性命，划不来。徐阶忽然想起了子路，这位孔子的高足在战场上被砍断了冠缨，想起老师“君子死不失态”的教诲，弃剑而整理冠缨，被敌兵砍死当场。“冠缨就让它断吧，小节也！砍敌要紧！”这么一想，徐阶释然了。严嵩送来了急信，信中说：“此子误老朽太多，承圣上恩典，老朽得善归，不料此子逃归，为非作歹故态复萌，老朽之族横死都门之日不远矣。还望阁下鼎力斡旋……”看来严嵩委实无法控制自己的儿子，徐阶思之恻然，当即回信，予以安慰。
黄光升等写好谳辞，准备递送通政司转呈嘉靖之时，张守直忽然说：“近日我眼皮直跳，心神恍惚，不知有何大事发生，依我之见，还是谨慎些。”黄光升笑说：“我们已够谨慎的了，还能再谨慎到哪里？”“愚意先呈首辅一览，此公一生谨慎，恐不会误我们。”“这也使得。”两人会同张永明，择晚上时间来到徐府，让座奉茶以后，徐阶说：“三位法家连日审案辛苦，今日来此定有赐教。”张守直抢先说：“专为此案，倒是我们请教来了。”这张守直系河北遵化人，嘉靖二十三年（公元1544年）的进士，为官颇有建树。张守直一说，黄光升操着一口福建晋江话说：“正是此意。”张永明手捧谳辞边奉上边说：“我们已拟定，请首辅指教。”徐阶谦逊地笑说：“三位俱是法家，所拟定然妥当。”沉默片刻又说：“既已拟定，倒想一睹为快。”于是接了过来，捧在手中，一折一折翻阅一遍，微微一笑，沉思不言。场面静得令人发怵。三人异口同声：“首辅笑而不言，似有瑕疵，还望指教。”“三位法家审得清，断得明，直道而行，令人钦佩。”三人交换了一下眼神，等下文。“但此案扑朔迷离，暗潮汹涌，其中陷阱，不可不察。”“陷阱？陷阱何在？”三人急切地问。“诸君此奏欲置小严于死地，依我之见，此奏递上，三位倒会身陷血光之灾！”
三人惊立起来，一齐作揖。黄光升说：“在下不明所以，还请首辅明言。”徐阶这才亮出底牌：“杨继盛、沈鍊之死，天下皆知其冤，朝野共愤，但列位可知，二人之死，乃圣上。”说到这里，徐阶两手向上一拱：
“乃圣上御笔亲批，普天之下，莫非王土，圣上旨意，置四海皆准。列位今翻杨、沈之案，置圣上于何地？圣上天威震怒，你们下狱，小严卷土重来，天下苍生又陷苦海矣！”
徐阶亮出底牌，三人刚站起身来，又跌坐在椅子上。黄光升捋了一下额上的冷汗喃喃道：“下官所审大案小案多矣，殊不料今次险些跌入小严陷阱！”张守直、张永明拱手道：“首辅一言，振聋发聩。既已料事于前，必有良策于后，伏乞明示。”徐阶站起身来，对三人说：“撰写此奏书手何在？请速秘密传来，列位可带印章？未带迅速取来。此事须以迅雷不及掩耳之势速战速决，朝中小严尚有耳目，一旦走漏消息，小严有了准备，狂澜难挽了。”
三人已知徐阶胸有成竹，即刻分头返回，一个时辰后，书手传到，三人把衙门大印取来。徐阶让书手在书房坐待，并遣一人看住。徐阶把三人引进密室，从袖筒中取出一纸说：“掉包计斩杨、沈内容全已删去，突出私通鞑靼、倭寇，聚众意图谋反，小严必死无疑。”
三人看过徐阶拟定的谳辞，看到“罗龙文与王直交通，贿严世蕃而得官，世蕃听方士言，南昌有王气，建豪宅以居。南通倭，北通鞑靼，互相策应”，不免叫好。于是，三人立即命书手连夜抄录，取出印章当即盖讫，便千恩万谢带书手各自回家。临行，徐阶对黄光升耳语道：“细节疏忽，大祸即至。此书手不可放回，黄大人可带至刑部，胡乱交与一些文案，令其连夜抄写，待皇上御批下达就无虞了，尽可放其回家。切记，切记！”
就在此晚，严世蕃在狱中接获了党羽暗递进来的三法司谳辞抄件，悬着的心终于放下。他与罗龙文在狱中对饮，对罗龙文说：“我们畅饮杯中酒，不消十天，就会没事。皇上定会思念我父，东山再起未可知，到时先取下徐阶的首级，然后一个个挨次排头砍去。与我东楼斗智，他们还差点火候。”
三法司谳辞呈上，传旨令法司再核。徐阶心想，再拖生变，拖不得也。徐阶便对嘉靖说：“罪状都已查明，证据也都确凿，请圣上立即明正典刑。”嘉靖想，严世蕃谋取皇位，十恶不赦，既已证据确凿，死有余辜，当即钦批：“严世蕃意图谋反，逆情非常。严世蕃、罗龙文斩立决。”
封建时代杀人，一般都是秋后处斩，这一次是“斩立决”，对严氏父子一点儿回旋的余地都没留。这就是徐阶一生中首次开刀杀人，尤其是谋反证据不够充足的情况下开刀杀人。不出徐阶所料，此举果然引起后人诟病。但在当时，此举却引得世人的赞誉。就在京城，百姓们“闻之大快，各相约持酒至西市看行刑”。边喝酒边看行刑，也是一道难得一见的风景。
严世蕃、罗龙文被斩现场，人潮汹涌，尤为引人注目的是，有几个沈鍊的学生，从保安赶来，手持白幡，上书沈鍊名头，他们举着白幡看行刑，边哭边大声呼喊：“沈公请看，严世蕃恶贯满盈，要被斩首。沈公可以瞑目了！”
凑巧的事还有，那行刑的刽子手，居然是十七年前杀夏言的那位。同样的那把鬼头刀，同样的手法，同样的结局。严世蕃那颗头颅滴溜溜滚落，独眼向天。他那飞舞的一把长发，也恰巧成一个钩子形，与他那颗头颅，同样形成一个“？”。
严世蕃一案，对严府的打击可谓大矣。严府诸男，凡有文武官职的，一律查革为民，发回原籍；严嵩畏子欺君，大负圣恩，也革职为民。
对严府实行抄家，追赃银二百万两。一代权相严嵩，只得在祖坟旁搭一茅屋，晚景凄凉。嘉靖四十五年（公元1566年），严嵩贫病交加去世，留下了“平生报国唯忠赤，身死从人说是非”的绝笔。
诚如徐阶所预料，处死严世蕃一事，后人之议论颇多。有的赞赏，有的诟病。最著名诟病出于《世宗实录》的按语，称严世蕃的罪状，足以判死刑，何必要指其“谋逆”？有失公正。赞誉者则是松江华亭（今上海青浦区）人，神宗继位拜为礼部尚书的陆树声，他说：“严嵩机肠满腹，急则嫁祸于人，看他挤夏言于死地，他的智谋计策走的是诡邪的一道。最终儿子被杀，家产抄没，上无片瓦。所以说设计害人者死于自设之机，设邪谋害人者死于自设之邪谋。”功过是非，由他人评说去吧。
严世蕃伏诛是在嘉靖四十四年（公元1565年）的四月，徐阶得以定下神来，驱方士、布局政府、治理黄河。
其时嘉靖为求长生下诏书征求方术书籍。有个方士胡大顺，系真人陶仲文之徒，在宫中施术不验被逐，更名胡以宁，托同党献上伪造的《万寿金书》给嘉靖。嘉靖问：“其人何术？”“术在扶乩，请祖师吕洞宾卜凶吉。”“其人安在？”身边的术士蓝田玉急传胡以宁进京，胡以宁到京不久就穿帮。嘉靖情知受骗，与徐阶商议此事。徐阶禀明嘉靖，扶乩灵验，皆是通同作弊，力主驱逐。嘉靖一怒，将胡以宁、蓝田玉杀了。并下旨京府卫军，在城内搜捕扶乩惑人的方士，一时间，京城扶乩方士，逃了个罄尽。
礼部尚书李春芳入阁，继任者董份因属严党革职为民，礼部尚书缺额，徐阶认定吏部侍郎高拱才可大用，荐为礼部尚书。
同年七月，黄河在沛县（今江苏沛县）决口，百姓遭灾。查得黄河自砀山而下，两百余里故道淤塞。徐阶向嘉靖推荐南京刑部尚书朱衡负责治河，得允，乃票拟调任朱衡为工部尚书兼副都御史。十一月，又荐大理少卿潘季驯为佥都御史，协助朱衡治理黄河。此二人，后来都成了治理黄河的专家，对治理黄河做出了卓越的贡献。
徐阶万万没有想到剿倭总督胡宗宪出事。其时胡宗宪已致仕闲居，谁知御史抄罗龙文之家，竟然抄到了胡宗宪给罗龙文的书信。原来当年在东南剿倭，受到弹劾，胡宗宪驰书在京的罗龙文，转告严世蕃按下此事。弹劾奏章皇帝是要批复的，票拟权在严嵩手中。胡宗宪深恐严世蕃、罗龙文两个活宝不明情事，就命徐渭徐文长代为拟了一份批复，以备严嵩票拟时参考。没料想罗龙文不曾销毁，被抄了个正着！妄自拟旨，罪该万死。但嘉靖还是记着胡宗宪剿倭大功，只命逮至京师，徐阶自然更不想流血，暂将胡宗宪拘在狱中。谁知此信曝光，人人都将胡宗宪视为严党，胡宗宪愤慨之极，一代名将竟病死狱中，应着了当年王翠翘的预言。徐文长知情大恐，逃回绍兴，佯狂避罪。
