宋应星是作为科学家兼思想家活跃在历史舞台上的，是明清之际启蒙社会思潮的早期代表人物。他在自然科学和人文科学方面的著作有十多种，保留至今的有《野议》、《思怜诗》、《天工开物》和《卮言十种》中的《论气》及《谈天》五种，虽只有他生平著述的一半，但足以能反映出他的学术成就和思想，此处重点介绍他的《野议》。1636年（崇祯九年丙子）春三月二十一日，他与分宜县令曹国祺相约去当地的钤山郊游，纵谈天下事，并饮酒作诗。突然，县卒送来二月间政府出版的《邸报》（新闻简报），内载淮安县武举人陈启新（1600—1662在世）因向崇祯帝进《论天下三大病根》，而获得都察院吏科给事中的五品官，成为监督吏部违失、出入内廷帮助皇帝处理吏部奏章的顾问和谏官。陈启新本是庸人，无学无德，靠贿赂买通宦官上奏，只凭一纸空洞议论，未经考核、试用即得要职。在朝阁臣反对这样用人，均遭皇帝逐斥。后来陈启新任官时间徇私受贿、失职，要逮捕他时却逃之夭夭，他的潜逃使崇祯帝这次“举贤”成为政治笑柄。宋应星看过邸报后，认为陈启新的奏议尽是无稽之谈，曹国祺愿听应星对天下病根的见解，建议他写出来，他回到住所心情激动，脑中理出思路后，迅即执笔，通宵达旦直到次日一气写出万言，名之曰《野议》即在野者之议。他认为既有正派朝臣的朝议，再辅之以在野者的野议，上下呼应，或可造成一种社会舆论，产生社会影响。这就是他在24小时内突击写出这部书的思想冲动。
《野议》共1.4万字，分十二议，以向崇祯帝进言的方式写成、效法东汉政论长统的《昌言》和崔是《政论》的体例，直言陈述自己对国家现状和前途的看法以及治国安民之策，同时对社会腐败现象和朝廷、官场的弊病作了深刻揭露与批判，进而提出变法和革新现状的具体意见，体现了他作为政论家的本色。他认为虽然当时已危机四伏，但下决心改革或许还有一线希望。这部书是思想史中不朽的鸿篇，其中《世运议》叙述时局危机和实行变法的迫切性，《世身议》、《学政议》讲科举取士制度的弊病及改革方案。《民财议》、《催科议》和《盐政议》列举财政税收制度的不善和改革方案，《屯田议》、《军政议》和《练兵议》论军粮军饷的筹措、用将练兵之道，并抨击当时军政的腐败。《士气议》、《风俗议》旨在扭转不良的社会风气、振奋国民精神。《乱萌议》分析明末农民起义的原因并提出安民政策。这部政论集几乎谈到明末社会的所有问题，因而是反映当时社会现状的一面镜子。由此可见，宋应星在研究科学技术、写作《天工开物》时，还特别关心国家大事，虽身不在官位，却认为自己不能对社会业已面临的危机保持沉默，而要大声疾呼，呼出乱世中有识之士的心声。他像医生给垂危患者看病那样，想开出使社会由乱而治的良方，供统治集团参考，因此可以将《野议》看成是挽救社会危机、提请朝廷变法的万言奏折。其中谈到政治、经济、军事、教育和社会问题，也集中反映了作者在这些方面的思想。这么多内容竟在一天内写出，必是基于平时的长期深思熟虑和社会调查。
前文指出，宋应星至迟在1625—1630年已冲破儒学的思想牢笼，成为面对现实的思想觉悟者，他很可能出于义愤，把历次未被考官看中的会试答卷的基本思想和长途旅行中的见闻都公之于世，让时人和后人评说。他在书中指出，由于当时推行的政治、经济和军事、教育制度弊端百出，又用人不当，造成天下民穷财尽、工商萧条、士风不振，加以内有农民暴动，外有清兵侵袭，大半中国已乱成一团。他提请崇祯帝要有危机感，迅速实行变法。而变法首先应从整顿吏政开始，因为政权机构各级文武官吏，从内阁卿想到省府州县地方官，从兵部尚书到经略、总督及各卫所将官，都是总管一方的当权派，选用什么人当权及其如何掌握权和执行政策，都影响到政权的安危。而所有官吏都通过科举考试、荐举和诠选等环节产生的，任何环节出了问题，都影响到官吏素质和政绩的优劣。宋应星抓住“为官之道、选官之道”和“为将之道、求将之道”这个政权建设的核心问题，发表他的政治见解。以军政问题为例，他在《练兵议》中指出：
为将之道无他，志在为国，则不但功成，而身亦富贵。志在贪财好色，则不但官卒丧命，将帅又岂能保全？求将之道无他，精诚于报国与守疆，则奇才异能之人便纷纷前来。习惯于行贿送礼、沽名钓誉与报功升爵，则外强中干预性贪才拙之人便群起投靠。
接着他又指出，靠不正当手段当官的人“偷息闲功，则歌童舞女，海味山珍，以自娱乐。此等人岂能见敌捐躯、舍死而成功业者？”
宋应星列举了推行达三百年而不变的科举取士制度产物（当政的文武百官）一些丑恶典型后，直接抨击了这一制度本身，正是这一制度的劣陋造成用人的不当。无德无学无才的人钻了制度的空子而身居官位，继续为非作歹、祸国殃民；有德有学有才的人又屡试不第，得不到施展其理想抱负的机会。因此他认为必须对科举取士制度作下列改革：（1）科举考试不能专以八股文章为判试标准，还要看应试者是否有真才实学，因为八股文考不出应试者的实际水平。（2）推选、任命文武官吏不应只以是否有举人、进士功名为标准，还要考察其为人是否正直、清明、是否以官牟私，更要了解候选人是否真有当官的本事。（3）提升、调任或降免各级官吏，应大公无私，严格考核其任内政绩，根除走后门、行贿、请客送礼和阿谀奉承的不正之风，以官吏实际行动好坏作为升迁调任的依据。（4）使各级机构的职能作用充分发挥出来，不可出现空运转现象，从中央到地方应加强对核试授官工作的力度，机构首长空缺者应尽快补任，被选官员须即刻赴任，不得久滞京师。（5）所有官吏都应志在为国，选官当官、求将为将都应以国家利益为重，不应将私利置于国家利益之上。如果以上这几点能做到，可使科举取士之法得到改善并注入生机，比听任原有弊政继续腐烂下去要好些，但推行起来会遇到阻力和干扰。
宋应星考虑到各级官吏都是在学校培养出来的，学校办得好坏影响到他们的素质，因此他主张在整顿吏政的同时，还要整顿学政。他指出富贵之家为图子弟升官发财，通过不正当手段将学品差的人塞进学校，这些学生成绩劣等，却穿戴着儒服儒冠，教官对他们也毫无办法，而成绩优秀的寒家子弟却不得入学。这样下去学校如何能为国家输送栋梁之材。他对学政提出的改革措施包括：（1）提高教官管教学生的职权，上级官吏不得过问学校具体事务，教官应铁面无私，通过考试淘汰成绩差的，谁也不能说情或阻挡，使在校学生名额由优秀者占有。不管其出身如何。（2）制订完善的学政管理法规，并严格执行，加强府、县两级考核。凡有营私入学者，由司法机关追究，教官因执行学政法规而遭打击报复时，受法律保护。（3）除对学生加强文化教育、严格考核外，还要对学生加强思想教育；除传授科举应试知识外，还使学生具有未来谋职的本领，包括讲授一些技术知识。宋应星上述主张不止限于议论，还自己身体力行。他作为江西分宜教谕，就是依这些主张办学的，因而他的教育思想与自己的教学实践紧密结合。关于对士兵的培养，他认为应让他们在战场上磨炼，平时一年要有310天用于军事训练，学会作战本领，会使用各种武器。52天用于农业生产，且战且耕，军官要懂兵法和用兵韬略，作战时指挥得当，不一定非常骑射不可。
宋应星认识到，伴随社会政治、军事和经济危机的还有思想危机和道德危机。他在注重政权建设时，还注重思想建设。而明末不良的社会风气和陋习像瘟疫那样蔓延到各个角落，使人们特别是从政者受到精神腐蚀，一些身居高位的文武官员已腐败堕落，但仍继续手掌权柄，威胁着社会安定和政权稳固，必须移风易俗。他在《士气议》和《风俗议》中认为文武百官应该精神振作，保持旺盛的士气，应为官清廉，不贪求富贵和虚名，应当有牺牲精神，为坚持正义和保家卫国而不怕丢官、杀头。他认为提高士气要靠从上而下的推动，再辅之以奖惩的方法。在下则靠教育加以培养，在上要作出表率，同时兄勉其弟、妻勉其夫，朋友间相互砥砺，可使士气由衰而盛。在对清兵作战时，他认为武器装备固然重要，但决定战争胜负的仍然是人的因素。为将者以忠义和胆略激励士兵，自己不怕死，士兵就没有临阵脱逃的念头，鼓足士气和战斗力便有取胜的机会。他主张认真开展移风易俗的运动，提倡勤俭、艰苦朴素和务实的精神，树立良好的社会风尚，使人心归正，安于职守，则可使国家安定。他还批判各地流行的迷信如算命、看风水、烧香求神等愚昧现象，而且在《怜愚诗》中用诗的形式表达他破除迷信的思想。他关于思想建设方面的各种论述，就是在今天仍有现实意义。
他特别关注的另一社会问题是国家的财政，认为只有摆脱“民穷财尽”的经济困境，社会才能转危为安、由乱而治。为此他提出一整套使百姓安于生产、增加社会财富的富国养民的经济措施，《民财议》中指出，财富是工农群众通过生产劳动从自然界中创造出来的，而所谓“财富”指工农业生产出来的百货，并非是货币。银钱表现出的货币本身不是财富，而是衡量财富物质载体百货的价值尺度和百货在社会上流通的经济媒介。宋应星认为体现当时经济危机的“民穷财尽”，不是缺乏充当货币的银钱，而是工农业产品供应不足。他的财富观是对经济学理论的一大贡献，前无古人。只有一百多后的1776年，英国古典政治经济学奠基人亚当·斯密（Adan Smith，1723—1794）在《国富论》中才提出关于财富的类似观点。宋应星从他的财富观得出结论说，要增加社会财富就必须发展农业和工业生产，提供丰富的百货产品，再通过商业渠道流通到各地，因此他提出重农、扶工、资商的“农工商并重”说。他认为农工商三者缺一不可，都应重视和扶持，这样国民经济才会全面而均衡地发展。这一学说是对中国传统经济理论的大胆改造。要发展农业生产，就得提高农户的生产积极性，他主张减免农民的经济负担各种赋税，实行一次完税制，让农民有生计可寻，他猛烈批判富家放债对农民实行高利贷剥削。对工商业主的课税也要适可而止，使其有利可图。同时他提出简化政府机构，从中央到地方政府要节制无端浪费，在这方面皇室应当带个好头，他批评了皇帝所在宫廷内的浪费现象。还要罢免各级机构中的贪官污吏，代之以生财有道的清官。不但如此，他还写了一部告诉人如何生产财富的书。
明末政府最大的一项财政开支是维持百万人军队，军饷一般都转嫁到贫苦农户身上，实无力承当。为了筹措军饷，宋应星主张发展屯田制，实行军内取粮。为此要制订监督和奖惩制度，收到明太祖所说“养兵十万，不费民间一粒米”之效。为此，军官应以身作则，不可将军田视为己有、靠奴役士兵劳动以饱私囊，一旦发现应严惩不贷。如果军队内部能自行解决一部分军粮和战马的供应，就可减少百姓的经济负担，同时也不会影响军事训练和作战。但事实上屯田制执行得很糟，甚或废止，主要是军官成了穿军装的豪强地主，压迫并侵吞士兵劳动成果，失去屯田的本义。遇有灾荒，士兵同样饥寒，便带着武器参加农民军造反队伍之中。宋应星在《乱萌议》中分析明末农民大起义原因时指出，主要因对农民横征暴敛、兼并土地和高利贷剥削过重，使他们勤苦耕桑仍饥寒难免，被催征、催债逼得走投无路。官府、乡绅仗势欺压、奴役百姓，使他们没有生计。这种分析可谓一针见血。只有消除这些原因，才能发展农业生产。他为此提出一系列政策措施，使农工商学各安其业、各得其所，再集中全力抗击清兵，确保大明江山。他没有官位，想借上层统治者的权威来实现他的政治主张，但他所碰上的皇帝同样昏庸，因而他的变法条陈可以说是对牛弹琴。即令崇祯帝欣赏他的《野议》，也为时晚矣，这个政权垮台之日已经可以倒计时了。但这部著作却为后世留下一笔精神财富。
