拜占庭帝国在叙利亚的势力就此一去不复返。“叙利亚，永别了！在敌人看来，这是多么优美的地方啊！”——据说，这是希拉克略的告别词。
随后，636年，刚回到拜占庭帝国手里6年的圣地耶路撒冷也再度被异教徒攻破了城门。而此后的370多年里，尽管耶路撒冷数度易手，但却一直掌握在穆斯林的手中。
接着，势如破竹的阿拉伯人一路东行征服和占领了波斯帝国和拜占庭帝国的美索不达米亚地区，一路则北上进攻亚美尼亚地区，并于640年10月夺取了大亚美尼亚的德温要塞。同时，他们开始发动对埃及的进攻。
在此前对波斯帝国的远征中，希拉克略多次御驾亲征，但面对阿拉伯人，曾骁勇无匹的帝王却似乎丧失了当初的血气。
一开始，希拉克略曾试图坐镇安条克指挥战事，但雅穆克战役失败后，他放弃了收复失地，完全退却了。
这位拜占庭帝国史上最伟大帝王之一的皇帝目睹了自己一生的成就毁于一旦——他历经千辛万苦、浴血奋战从萨珊波斯帝国手中收复的土地拱手让与了阿拉伯人，他曾希望捍卫的基督教世界的圣地也再次落入异教徒之手。
自叙利亚返回后，希拉克略在小亚细亚沿海的伊埃利亚行宫住了一段时间。由于患有看海恐惧症，他一直不敢渡过海峡返回君士坦丁堡。直到首都发生政变，希拉克略才迫使自己克服恐惧，乘船渡过博斯普鲁斯海峡回到君士坦丁堡。
皇帝的晚景亦十分凄惨。
数十年前，希拉克略加冕时，曾与法比亚·尤多西亚成婚。尤多西亚为他生育了一双儿女，其中，儿子就是希拉克略·新君士坦丁。由于患有癫痫症，尤多西亚于612年就过世了。
然而，当一年多后皇帝宣布再婚时，选择的对象却让帝国上下大吃一惊——希拉克略决定娶自己的侄女马提娜为妻，而这类近亲结合显然违反了教会法和国家公共法，因此激起了极大的反对声浪。
希拉克略无视臣民的反对意见，坚决与马提娜成了婚。马提娜后来为皇帝生育了9个孩子，但却有4个早夭，长大的2个儿子则身带残疾。在民众看来，这是天怒人怨的征兆。特别是当马提娜千方百计排挤尤多西亚的儿子欲夺取皇位继承权之时，民众的敌意更是空前高涨。
在这种宫廷内斗之中，年迈皇帝的生活更加痛苦黯淡。641年2月11日，一代英杰希拉克略在病痛中辞世，享年66岁。他去世之后，帝国就被推入到激烈的内讧之中。
大胡子君士坦斯
希拉克略过世后，其帝国留给了两个年长的儿子。老皇帝在遗嘱中明确宣布，尤多西亚时年28岁的儿子新君士坦丁和马提娜年仅15岁的儿子伊拉克罗纳斯共同分享皇帝的权力，享有同等的地位和权力；
同时，马提娜为两个皇帝的“母亲和皇太后”，以确保她一定程度上对国家事务“垂帘听政”的权力。
但帝国臣民们拒绝服从这一遗嘱，他们认为马提娜不能代表罗马帝国，也不能会见外国使者。屈从民意的马提娜并未放弃较量，在外有强敌虎视眈眈之时，帝国宫廷之内也掀起了一场血雨腥风的斗争。
641年5月底，即位不到三个月的新君士坦丁身染重病过世，儿童皇帝伊拉克罗纳斯成了帝国唯一的君主——但事实上，权柄此时已经完全落入了马提娜手中，已故的新君士坦丁的大部分支持者则被驱逐流放。
憎恨马提娜的帝国臣民指责她毒害了君士坦丁，坚决反对其和伊拉克罗纳斯的统治，并要求为君士坦丁的幼子加冕。君士坦丁的支持者之一，亚美尼亚将军瓦伦提努斯·阿撒西都斯甚至为此率军讨伐马提娜和伊拉克罗纳斯。
然而，尽管伊拉克罗纳斯作出让步，将君士坦丁的儿子加冕为共治皇帝，但641年9月，他和马提娜仍然被帝国元老院废黜了。这对母子还被分别割掉了舌头和鼻子——受这一刑法者将再也不能担任公职。随后，他们被囚禁于罗得岛。
就这样，君士坦丁11岁的儿子在元老院的支持下独掌了拜占庭帝国的权柄。这个小皇帝受洗时的教名是希拉克略，加冕时使用的是君士坦丁，而民众们一般称其为“君士坦斯二世”。由于君士坦斯二世成年之后特别喜欢留长而浓密的胡子，他因此得到了一个“大胡子”的绰号。
共治皇帝制度
与所谓“一山不容二虎”相反的是，拜占庭帝国皇权的继承采取的是自罗马帝国继承而来的共治皇帝制度，即由两个或多个皇帝一起执政。
虽然这并未为法律所明确规定，但皇帝们一般都会在其本人生前就提前确定共治皇帝作为其继承人。共治皇帝同样穿皇帝官服，戴皇冠，享有皇帝的称谓，其肖像常常印制在钱币上，与主皇帝比肩而坐。他的名字也常常会在皇帝的法令中出现，而民众则一般在非官方场合称之为“二皇帝”或“小皇帝”。
当主皇帝去世后，共治皇帝继承皇帝的全部权力，并继续保证这种权力能够在皇家内部承续下去。
埃及的背叛
642年9月12日，一支拜占庭军队黯然撤离帝国埃及行省的首府亚历山大城，通过海路退守罗得岛。而17天后，9月29日，阿拉伯将军阿穆尔选择了一个和当年亚历山大大帝一样的日子，意气风发地踏入了这座古老美丽的港口城市……
事情还需从希拉克略皇帝在世之时说起。639年，阿拉伯人的大军在阿穆尔的率领下开始进军埃及，一路势如破竹，直到被跨在尼罗河中罗得洲上的巴比伦堡挡住去势。阿拉伯军无法攻破这座要塞，只好对它采取了围攻策略，而这也把此前赶来支援巴比伦堡的亚历山大主教兼总督西鲁斯生生困在了堡内。
脱困无方的西鲁斯只好派人到罗得洲上与敌人谈判媾和，答应向阿拉伯人贡税。但这一媾和条约遭到了希拉克略皇帝的拒绝，西鲁斯也被判以卖国罪名之后放逐。
然而，不肯求和的拜占庭人终究未能挡住阿拉伯人，被围7个月后，高喊着“真主是最伟大的”阿拉伯军攻入了巴比伦堡，并很快继续推进他们的埃及征服之旅。
而此时，拜占庭帝国内部在经历了一轮皇位争夺战之后，年幼的君士坦斯登基。重新得宠的西鲁斯返回了亚历山大港，他希望脱离与君士坦丁堡的宗主关系，替阿拉伯人管理自己的国家。
641年11月8日，西鲁斯在巴比伦堡与阿穆尔签订条约，接受了对方“每个成年人缴纳两个第纳尔的人丁税和以实物缴纳土地税”的条件，而且同意不让拜占庭的军队重返埃及，或者企图收复失地——年幼的君士坦斯二世接受了这样一个可谓丧权辱国的条约，就此把帝国最为丰饶的行省割让了出去。
644年11月，阿拉伯人的第二任哈里发奥马尔过世，新继任的哈里发奥斯曼召回了阿拉伯军队的常胜将军阿穆尔。趁此机会，君士坦斯二世派遣曼努埃尔率领一支庞大的舰队进攻埃及。
曼努埃尔偷袭并击败了阿拉伯人的巡逻部队，夺回了亚历山大，并将其作为进攻阿拉伯人的军事基地。得知这一消息，哈里发奥斯曼急忙派遣阿穆尔返回埃及，官复原职。拜占庭军队再次败在了阿穆尔手中，并遭到了惨烈的屠杀，曼努埃尔被迫逃回君士坦丁堡。
而在亚历山大一性论主教本杰明的带头下，信奉该派教义的民众自愿归顺阿拉伯人，正式宣布投降——埃及人再度表明了喜欢接受阿拉伯人而非拜占庭人统治的态度。
在亚历山大第二次陷落于阿拉伯人的大军之后，埃及就永远保留在了阿拉伯人的手中，拜占庭帝国也永远丧失了其最为富庶的粮仓。
失败的迁都
在君士坦斯二世的成长期，从埃及到亚美尼亚、小亚细亚、塞浦路斯和北非等地，拜占庭帝国在阿拉伯大军咄咄逼人的攻势之下几乎没有还手之力。655年，面对自海上进逼的阿拉伯人的舰队，忍无可忍的君士坦斯二世亲自率领舰队发动里西地区战役，企图将阿拉伯人赶出海滨。但这次海战最终仍以拜占庭人的失败而告结，皇帝本人好不容易才死里逃生。
转机发生在656年，这一年，阿拉伯帝国之内发生了激烈的内讧。借此机会，拜占庭人与多年的敌人订立了和约，甚至获得了阿拉伯人缴纳的贡金。658年，君士坦斯二世还腾出手来清剿了巴尔干半岛上的斯拉夫人。接着，获得喘息之机的君士坦斯二世在统治拜占庭帝国近20年之后，又作出了一个新的决定——离开君士坦丁堡，将他的行宫迁到西部去。
对于皇帝下定决心西行的动机，后世认为这是其在失去了君士坦丁堡民众的支持之后，与旧首都的一场决裂。决裂的原因之一，是君士坦斯二世在653年派兵逮捕了罗马主教马丁一世和著名的正统信仰派的领袖马克西姆斯。马丁一世被指控在未得到总督同意的情况下就担任罗马主教，且支持了拉文纳前总督奥利皮乌斯的反叛；马克西姆斯则被指控支持北非总督格利高里的叛乱，以及拒绝承认此前皇帝颁布的旨在弥合教会信仰纷争的《信仰模式法令》。随后，马丁一世和马克西姆斯均被流放，在饥饿、贫困和病痛中过世。而决裂的导火索，则是又一场争夺帝国统治权的纷争。按照当时的习俗，皇帝的兄弟拥有被任命为共治皇帝的权力。但君士坦斯二世显然不能容忍这种挑战皇权的想法，660年，他强迫自己的兄弟塞奥多西去当教士，接着又将其杀害。这一举动招致了民众极大的不满和怨恨，他们将其称做另一个该隐（《圣经》人物，亚当之子，以杀弟著称）。
离开君士坦丁堡之后的君士坦斯二世第一站访问了塞萨洛尼基，接着在雅典停留了相当长一段时间。663年，皇帝到达达塔伦顿，并以此城为基地，开始发动打击伦巴底人的战事。然而，由于军事和财政储备不足以支持长期战争，君士坦斯二世虽然取得了一些胜利，但终究未能从伦巴底人手中收复意大利的疆土，只好退守那波利。
随后，君士坦斯二世成为了帝国西部灭亡之后访问罗马的第一位皇帝。新任罗马主教维塔利安率领罗马教士出城以隆重的仪式夹道欢迎皇帝的莅临。君士坦斯二世在罗马仅逗留了12天，663年7月17日，他离开这座永恒的城市前往西西里岛。皇帝在此决定，将西西里岛首府叙拉古作为新首都。皇帝的这一决定不仅遭到了君士坦丁堡民众的强烈反对，同时，因为朝廷和帝国军队随着帝都西迁至叙拉古也将给此地带来极为沉重的税负，所以这一独裁行为也激怒了当地人。
一个阴谋在君士坦斯二世的贴身侍卫中悄然发展——668年9月15日，皇帝被刺杀于浴池之中。这次阴谋牵涉了众多拜占庭和亚美尼亚的名门贵胄，一个来自亚美尼亚的名为美泽兹乌斯的内宫侍卫伯爵很快被军队拥立为皇帝。669年初，在罗马主教的支持下，拉文纳总督镇压了这次叛变，并将篡位者和多名阴谋策划者处以死刑。君士坦斯二世的尸体于随后运回君士坦丁堡，并被埋葬在圣使徒教堂里。
君士坦斯二世死后，其次子君士坦丁四世即位。他的统治开启了一个对世界历史和对拜占庭帝国历史极为重要的阶段。正是在这个时期，阿拉伯人和拜占庭人之间的斗争发生了关键的转折。
