番僧中最恶者，当属杨琏真加。忽必烈时代，此人被任命为“江南释教总统”。这位杨琏真加“怙恩横肆，势焰烁人，穷骄极淫，不可具状”。他最大的“功劳”，是在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝。穷刨深掘后，杨琏真加盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，密宗习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。特别是宋理宗尸体，由于传说中他嘴里有大粒夜明珠，被杨琏真加派人倒悬于树上，沥干水银后，遍剖胸腔头部，探找那只大珠子。
除南宋诸帝陵外，杨“总统”连南宋旧臣的坟墓也不放过，共掘坟一百一十一处，彻头彻尾一个“掘坟贼”。杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户（赋税直接交他）……”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，“他所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年杨“总统”的杰作。
对于宗教，忽必烈其实也是一个彻头彻尾的实用主义者，只要对他“有用”。信奉什么都可以，前提是必须为蒙古统治服务。看似开明的宗教政策，实则蕴含勃勃杀机。举例讲，忽必烈对伊斯兰教大力扶持，但当有基督徒告诉他《可兰经》中有“尽杀一切多神教徒”时，他登时青筋暴露，马上找来大都的伊斯兰教士（蒙语译为“答失蛮”）询问此事是否属实。其中一名教士回答说确实有此类记载。忽必烈冷笑：“真主既然命令尔等尽诛异教徒，奈何尔等现在不立时杀尽他们呢？”此教士傻不拉叽回答：“时机未至，吾等尚缺尽诛异教徒的手段。”忽必烈大脸一沉，怒叱道：“我倒有此手段！”立命卫士把回话教士的脑袋卸掉。同时，他对回回人割喉杀羊的习俗和其他饮食习俗也十分不满，表示：“此辈乃我大元奴属，饮食敢不随我朝乎！”同时下令，敢有再以断喉法宰杀羊只的，将被以同种方式处死。
虽如此，由于元朝回回人能经商致富和为蒙古人敛财，仍旧大受信任。特别是阿合马专政二十年，援引同类，回回人的势力更是渗透到帝国各个角落。值得注意的是，阿合马本人似乎并不是虔诚的伊斯兰教徒。
在宗教方面，忽必烈也擅长在各教之间搞制衡。乃颜叛乱失败后，望见战场上狼藉遍地的顶端饰有十字架的乃颜部军旗，元军中的伊斯兰教徒欢呼：“看吧，跟随这种宗教的人，已经被歼灭了！”忽必烈闻言，坐在大象背上顿发雷霆，发表高论，指出乃颜的失败，正是他叛逆之行激怒了上帝，所以才遭严惩。“上帝”是不能被冤屈的，上帝不会站在乃颜这种谋逆之贼的一边。所以，每逢复活节等节日，忽必烈总是装出一脸虔诚，与基督徒们一起举行宗教仪式，像模像样，收买人心。从他对马可·波罗一家的厚待，可以看出忽必烈对基督徒确实有好感。这些人不仅能向他贡献各种异宝奇珍，又能向他讲述各种奇闻佚事和蒙古人未到之地的风土人情。
忽必烈时代，中国的本土宗教道教最为沦落。邱处机死后，全真派随着教长的死亡一蹶不振。特别是二次佛道大辩论，倾向性明显的忽必烈彻查道教徒伪造道经之事，并下令当众剃掉参与辩论的道士头发，迫其为僧，狠狠羞辱了这些“仙风道骨”的道徒。当然，道教中的正一道“天师”张可大由于在忽必烈攻南宋鄂州时献过媚言，说“王爷后二十年当一统天下”，忽必烈记之于心。大元建立后，张可大已死，忽必烈便把其子召至大都封官晋爵，派他主持江南地区的道教事务。所以，忽必烈本人身上“萨满教”的蒙古人心性十分明显，对于谶言、巫术、烧骨、施咒等等怪力乱神最感兴趣，教门义理倒成为次要。除正一派外，北方的太一道因能为皇帝“祠醮”，也一度大受青睐。总体而言，元代社会中，汉人本土宗教道教颓势明显，连遭打击。且一蹶不振。到了清朝，异族入统中原的帝王们与元帝一样崇佛，道教更是被排挤得几无立足之地。
值得一提的是，蒙古人对亚洲特别是中西亚的伊斯兰化，做出了很大的“贡献”。以伊儿汗国为例，旭烈兀与其蒙古、突厥上层统治集团曾到处残杀迫害伊斯兰教徒。但是，到他曾孙合赞汗统治期间，为了能使宝座稳固，合赞汗下令全体上层蒙古统治集团及军队将领、士兵全部皈依伊斯兰教，由此，波斯大地彻头彻尾变成了伊斯兰地区。昔日存在的多种宗教，几乎全为一种宗教所代替。这种局面，如果不是蒙古人的铁血政策，单靠宗教本身的力量，不可能如此快地“立竿见影”。在汉地，忽必烈并未被儒臣说动“以夏变夷”，伊儿汗国和金帐汗国蒙古统治者却被当地征服者同化。同化后，他们靠强力使广大地区泛伊斯兰化。世界历史上最饶有趣味的一个现象是：一个地区一旦伊斯兰化，就会永远伊斯兰化。可悲的是，强力的合赞汗死后，伊儿汗国迅速衰落，军事帝国的弱点很快把汗国带入坟墓。而他推行的伊斯兰化，不过是为他人做嫁衣而已。
虚幻的“大一统”——忽必烈死亡时的政治现实
至元二十四年（公元1287年），东北宗王乃颜造反。乃颜乃是成吉思汗弟弟斡赤斤的后代，其祖父乃著名的塔察儿国王也速不花。忽必烈统治后期，为了抑制东北诸王的势力，罢去北辽东道等宣慰司，在东北置行省进行统治。由于利益受损，乃颜大为不满，便勾结以海都为首的西北诸王，发动叛乱。
“时西北诸王多欲从之，帝以为忧”。由于侍臣出主意，忽必烈对骑墙的西北诸王大加赏赐，暂时分化了乃颜的联合阵营。虽如此，依旧有胜纳合儿、也不干等蒙古宗王与乃颜联兵，共同造反。忽必烈军事方面很有一手，他派伯颜先据和林，割断乃颜与海都等人的联系。然后，年逾古稀的老皇帝御驾亲征，从上都出发，往讨乃颜。
同为“黄金家族”，现在成为敌人。双方对阵，“时将校多乃颜部人，或其亲旧，立马相向语，辄释杖不战。”这种战场情景很滑稽，由于元朝蒙古军中高级将领均与乃颜部有关系，交阵之时，不打不杀，双方倒唠嗑叙旧，真是罕见。知此情状后，忽必烈“深以为忧”。最后，还是汉臣叶李出主意，让汉将李庭（其实是女真人）、董士选两个人统率汉军当前，列“汉阵”首先与乃颜部队开战，“而联大军断其后，以示死斗。彼尝玩我，必不设备，我以大众踣之，无不胜矣！”忽必烈从之。
李、董二人汉军百战之余，与乃颜蒙古人没有任何瓜葛，又有皇帝在身后坐阵，故而勇气百倍，无不以一当十，在火炮掩护下，高声呐喊，杀向遍树十字架的乃颜蒙军（乃颜本人信仰景教，是基督教一个分支）。“乃颜败走，追执之”。
忽必烈处死乃颜的方式很特别，由于这位王爷是皇室血统，不能让这么“高贵”的血胤滴沾于地。所以，元世祖给他安排一种“安乐死”——用毛毡装裹起乃颜，派数名壮士猛摇猛抖，活活把乃颜摇抖至死。此等死法，其实远不如一刀痛快。
至元三十年（1293年），蒙古宗王海都又是侵逼和林。已经快八十岁的忽必烈强拖病躯，又一次亲征。海都乖巧，闻讯退走，大有“逗你玩”之意。
当时蒙古诸汗国，实际上都已经处于事实的独立状态，根本再难重新统一。何者，其他蒙国汗国统治者认为忽必烈违背“国俗”，已经不是草原精神的代表。特别是他在汉地施行的那种“定居”政治，与蒙古人的本性格格不入。名义上，忽必烈是伊儿汗国、察合台汗国、钦察汗国、窝阔台汗国的“共主”，实际上，那些“亲戚”们，早与他貌和神离。
对于汉人来讲，“（元）世祖混一区夏，虽以儒术饰治，然帝师佛子，殊宠绝利”。自南宋灭后，忽必烈觉得对汉儒的利用已经完毕，根本就不再重用汉人，所谓“信用儒术，用能以夏变夷”，实则汉儒的白日梦，忽必烈根本没有“以夏变夷”，没有“因俗治用”，反而使汉人成为辽阔帝国的最低等民众，民族岐视极为严重。
统治方面，忽必烈嗜利黩武，宠用阿合马等人二十多年，流毒天下。元朝追歼南宋，两征日本，两征缅甸，三伐安南，又攻占城，攻爪哇，三十年间，兵事无岁不兴，好大喜功，至死不悔。内用聚敛之臣，视民财如粪土；外兴无名之师，戕民命如草芥。所以，忽必烈能避免亡国丧身的下场，实赖蒙古暴力的余威。
忽必烈的时代“辉煌”，其实是下一个动荡时代的暂时休止期。帝国无数灾祸与动乱的祸根，皆于忽必烈时代深深种下。
至元三十一年（1294年）阴历春正月二十二日，忽必烈崩于上都紫檩殿。在位三十五年，时年八十岁。
无论如何，元朝于中国，其赫赫荣光，不能不令人叹服：
自封建变为郡县，有天下者，汉、隋、唐、宋为盛，然幅员之广，咸不逮元。汉梗于北狄，隋不能服东夷，唐患在西戎，宋患常在西北。若元，则起朔漠，并西域，平西夏，灭女真，臣高丽，定南诏，遂下江南，而天下为一，故其地北逾阴山，西极流沙，东尽辽左，南越海表。盖汉东西九千三百二里，南北一万三千三百六十八里，唐东西九千五百一十一里，南北一万六千九百一十八里，元东南所至不下汉、唐，而西北则过之，有难以里数限者矣。
帝国的荣耀，虽然已是过眼烟尘。但它的光芒，多少个世纪过去，依然让人慨然仰视。
