回民军撤后十几里。白彦虎主张继续撤退，但他的军官们对他说：必须坚持战斗。也许他们认为官军在渡河时损失惨重，已经无力再战。白彦虎把部队分作两路，向左军进攻。交战的日期没有明确记载，但显然是在10月23日或24日。这是一场惨烈而短促的战斗。一路回民军的头目被杀，此路兵力全部逃走，白彦虎和第二路兵力很快也撤出了战场。刘锦棠追逐了十几里，歼灭几千人。［9］
回民军抵达阿克苏，便分路逃跑，部分通过玛纳巴什奔向叶尔羌，其余跟随白彦虎从喀什路上西奔乌什。刘锦棠于10月25日进入阿克苏。28日他到了乌什，与白彦虎交战。白彦虎此次落败后，把他的所有财宝送去俄国，带着他的余部前往喀什。刘锦棠部已很疲惫，他只追到乌什以西100里处。11月6日，刘锦棠回到阿克苏。
一个回民部落居住在库车以南的沙雅，他们在官军开到时逃入了俄国领土。刘锦棠回到阿克苏以后，得到谍报：这批回民回来了，显然是取道穆扎特关而来，正打算攻击官军。刘锦棠率领2000名骑兵，于11月12日在阿克苏附近出其不意地全歼这股回民军。官军怀疑，甚至确信，这支回民军是受到了俄国人唆使。
阿古柏的儿子回到喀什以后，在汉人叛将何步云的帮助下，草草地当上了该城的统治者。和阗的百姓听说阿古柏已死，立即决定向中国政府示好，他们罢免了旧官吏，赞成回归中国。伯克胡里前往叶尔羌，组建一支军队攻打和阗。他攻占了和阗，杀死了一大批为首的市民，然后回到叶尔羌。喀什的形势混乱不堪，无法理清事情的头绪，但是当白彦虎到达该城时，为首的市民下令关闭城门，不许他入内。
官军迅速推进的消息传到喀什，何步云认为他讨好官军的时候到了。他召集了足够的追随者攻占喀什的所谓“汉城”。伯克胡里听到这个消息，急忙赶回喀什，与白彦虎站在同一阵线。何步云身陷困境。他被包围在喀什的一个区内，长期坚守的希望非常渺茫。他派信使去阿克苏找刘锦棠，把喀什的局势通知他，催促他派兵来占领这座城市。
与此同时，张曜已经抵达阿克苏，刘锦棠正准备向叶尔羌进军，然后再去喀什。当他接到何步云有关喀什事态的告急信时，他改变了主意。他派两支骑兵前往喀什，一支从阿克苏取道玛纳巴什，另一支从乌什直接前往。他们必须于12月18日在喀什会合。这两支骑兵于17日前进到相距不到60里处，一支在喀什以北，另一支在喀什以东。伯克胡里和白彦虎决定放弃城防。他们杀害了大批惊惶逃跑的百姓来满足自己，然后向俄国逃去。他们在喀什以西不远处分道扬镳，阿古柏的儿子及其嗣子走上了西去特雷克大宛关(Terek Dawan Pass)的道路，而白彦虎则带着最后一批回民军向西北方奔去，通过图鲁噶尔特关（Turugart Pass）。余虎恩和黄万鹏的两支骑兵于1877年12月18日进入喀什。
官军将领们立刻开始追逐回民军首领，一支部队追赶伯克胡里，另一支追赶白彦虎。伯克胡里的部队被行李辎重所拖累，在边境以东十几里处被官军追上。根据报告，他们有1500人被杀，但是阿古柏的儿子和嗣子骑着良马，轻装行进，走在卫队之前，平安地进入了俄国。白彦虎也成功地逃进了俄国，在那里被俄国边防部队解除了武装。《年谱》作者说，白彦虎的脱逃是千钧一发，当他被解除武装时，中国官军已经抵达俄国的哨位前。
白彦虎从陕西到俄国边境，一路跟官军作对，10年以来，他的名字一直在左宗棠的黑名单上。左宗棠听说白彦虎漏网，大为失望。
随着喀什易手，新疆战役基本上结束了。刘锦棠在先遣骑兵之后来到玛纳巴什，当他听说喀什已经得手，便前往英吉沙尔。他从这里把董福祥派往叶尔羌与和阗。百姓非常高兴又能跟汉人共处，在这些城市里很少遇到麻烦。刘锦棠于1877年12月25日抵达喀什。沉重的惩罚落在喀什城头上，这里是《年谱》报告的塔里木盆地中受到惩罚的唯一城市。刘锦棠在喀什处决了1166人，他们都与反叛有涉。
从吐鲁番取道叶尔羌前往喀什通常要走49站，也就是49天的行程，而从吐鲁番直接前往喀什节省的时间不会超过5天。快递信使所用的时间会较少，但中国人走过这段旅程通常需要这么长的时间。从刘锦棠离开吐鲁番地区时算起，到他的先遣部队进入喀什为止，总共用了大约95天。考虑到一路的地形状况，考虑到供给的难度，以及沿途的几次激战，在如此短的时间内把一支1.6万人的部队送到这么远的地方，对于任何国家在任何时期的任何军队来说，都是非常不可思议的奇迹。左宗棠花了很长的时间来筹备，但已经得到补偿，他的部队一旦出动，就能迅速推进。不论从规划、筹备、执行还是其他任何方面而言，1876年和1877年的新疆作战行动都是引人注目的。左宗棠打破了中国人的一个古老信条：千里（约330英里）运粮，饥军自溃。
占领喀什的消息传到北京时，朝野一片欢腾。左宗棠立刻成为帝国的大功臣。许多在7年前说他老迈的人如今改变了调子。他取得了自乾隆时代以来中国军队享有的最壮伟的功绩。举国上下都说他是中国最杰出的军人，而他当之无愧。朝廷面临的问题是如何奖赏这样一位将军。有人认为他应该封王，而重要人物的看法，包括恭亲王的看法在内，认为他应该封“公”，也就是公爵。慈禧太后否决了这些提议。她说给予左宗棠以高于曾国藩的封赏是不合适的，不论何人，甚至得到与曾国藩相等的封赏都不合适。于是左宗棠被封为“侯”，或者说侯爵，但属于第二等。而曾国藩是一等侯。［10］
左宗棠对西征的成果极为满意。结果正如他所料，他登上了漫长艰辛的军人生涯的巅峰。他深信这给外国人留下了深刻的印象，表明中国在军事一途确能有所作为。他感到此事提升了中国的国际地位。他在一封信函中引用了于1878年5月出现在欧洲新闻媒体上的一篇文章，那无疑是一份英文报纸。文章赞扬了他的新疆征战，将之与俄国在基法的作战相提并论。左宗棠认为中国已经有了一个好的起步，但必须不惜一切代价来避免与外国交战，直到国家有了更充分的准备为止。［11］
收复伊犁河谷的问题现在摆在了眼前。驻北京的俄国公使通知中国政府：伊犁的归还取决于中国如何解决另一些悬而未决的问题，其本身不会考虑这个问题。这对中国政府简直是一个晴天霹雳。左宗棠特别反感其他官员插手自己职权范围内的事务，同时也能自律，不去干涉其他政府部门的职权，特别是在事关外交关系的时候。他认为伊犁问题是应该由总理衙门来处理的事情。他多次致信总理衙门，就伊犁问题应该如何处理发表看法，但他十分谨慎地防止自己的管辖范围内出现新的问题，以免给外交部与俄国的交涉添乱。他那些在新疆的将领受到胜利的鼓舞，个个跃跃欲试，要与俄国较量。
金顺作为名义上的伊犁巡抚，写信给左宗棠，说现在正是把俄国人赶出伊犁的机会，因为许多俄军已从伊犁地区抽走，投放于俄土战争。左宗棠告诫金顺：第一，现有部队不足；第二，中国要用尽一切和平的手段来收复伊犁，若不成功，才能考虑敌对行动。何况，就算中国军队现在能够以武力收复伊犁，也要记住，俄土战争不会持续很久，然后俄国人将会派出中国无法抵御的兵力。他叫金顺谨慎从事，千万不要公然向伊犁进兵。［12］
刘锦棠想征得俄国人的允许，派兵进入伊犁地区缉拿白彦虎，因为此人已在那里露面。左宗棠劝他打消这个念头。他说，头等重要的大事，就是让俄国人信守承诺，而不给他们提供任何口实，说中国人强行进入他们已经占领的土地。［13］然后他写信给总理衙门，请他们向俄国提出要求：逮捕白彦虎，移交给中国政府。俄国没有理睬这个要求，左宗棠催促总理衙门尽快与俄国谈判，因为俄国人唆使避难的回民军越过边界抢掠，迫使中国边防军不断迎击。如果这种事态继续下去，就很可能出现突发事件。
朝廷认为必须派一名特使前往俄国谈判伊犁问题，他们挑选了满人崇厚来担此重任。此人曾被派往法国为1870年的天津事件致歉。他于1879年4月抵达俄国。此人从抵达俄国的第一天起就开始思乡，俄国人很快就发现了这个情况。他们故意跟他周旋拖延，直到他再也无法忍受待在俄国的日子。他们提出讨论3个条款。第一个是商业条款，第二个是边界勘定条款，第三个是1871年以来维持驻军的费用条款。
俄国人要求开通从汉口通过肃州、哈密、乌鲁木齐和朱古察克的贸易线路；他们还要求在肃州及塔里木盆地的所有主要城市建立领事馆，还要为领事派出卫兵。关于边界堪定，他们坚持要拥有特克斯河谷的上部，使他们能够控制通向南路的穆扎特关和纳拉特关。他们提出的驻军费用为1000万卢布。
崇厚得到的指令并不十分明确，因为他并非训练有素的外交官。何况他急于回家。他不觉得贸易条款有什么大不了，他对该地区的地理也不甚了了，认为特克斯河谷更算不上什么。但是他懂得银子是个好东西，于是就1000万卢布讨价还价。俄国人写下了条约。他们在第一款和第二款的要求得到了满足，于是把驻军费用减少到500万卢布。该条约于夏末在里瓦几亚签字，崇厚没有等到皇帝的批准就匆匆回国，于1880年1月到家。
当里瓦几亚条约的内容传到北京，朝野震惊，举国反对。崇厚回到他深爱的北京，被弹劾罢官，判处斩首。英国政府出面为他求情，判决撤销。中国政府拒绝接受该条约中的任何条款，只愿赔偿驻军费用。［14］
