太平军曾经有过一次著名的北伐。大约在他们朝着北京郊外挺进的同时，一支绿林武装在他们的影响下揭竿而起。这支武装叫做“捻军”。从1853年起，他们的人数与日俱增，他们的抢掠令官府十分难堪。他们一般活动于黄河沿岸，这个地域包括河南、安徽北部、山东、直隶南部。在整个太平天国时期，他们不断地袭击这些省份。由于某种很难说清的原因，他们从来未与太平天国共举大业。造成这种情况的一个原因，也许在于捻军都是华北人。由于多数北方人对南方人从传统上怀有敌意，所以他们受到了影响。太平军几乎全部来自长江以南。曾国藩一直担心捻军加入太平天国。在英法联军于1860年从北京撤出以后，他曾建议朝廷委派著名的蒙古将领僧格林沁亲王对付捻军。僧格林沁跟捻军打了4年多，作战区域为豫南、皖北、鲁西和直隶南部。他在镇压捻军的作战中没有取得显著的进展，于1865年5月在山东曹州附近遭到捻军伏击，并被他们杀死。
捻军的与众不同之处在于他们根本就没打算另立政权，并非专门针对朝廷，也没有试图在任何一个地方巩固自己的势力。他们一律骑马，手持刀矛，几乎没有装备火器。这样一来，他们就无力攻取围城围镇。但他们能够堵塞交通，破坏环境，使乡下人无法忍受。由于骑马，他们的机动性很强。当官军追剿他们时，他们的机动优势足以拖垮官军。在他们将被包围时，他们会化整为零，然后在远处集结。他们的首领很多，其中最著名的一位是张宗禹。
太平军丢失南京之后，许多部队散布在长江以北，投奔捻军。从这时起，捻军使用的火器明显增加。他们很少吃肉，或者完全素食，靠吃核桃大小的面疙瘩维持生命。他们随身携带面疙瘩，食用前用水或肉汤煮熟。他们从不洗澡，替代办法是弄出一身大汗，然后用粗质毛巾擦干。
僧格林沁死后，朝廷命令曾国藩负责剿捻。曾国藩不大愿意挑这副担子，但他只得于1865年6月离开南京，率领9000名湖南士卒和2.2万名安徽士卒前往山东。他的部队共有3.1万人。他被任命为直隶、安徽、山东3省所有部队的最高统帅。［1］在一年半的时间里，他致力于镇压捻军，把往日跟太平军作战的许多老部下召来协助自己。他也没有取得显著的进展，并于1867年初获得批准，返回南京，把战场指挥权交给了李鸿章。
李鸿章得到了一颗剿捻钦差大臣的官印。这样一来，他发布的命令，在他的职权范围之内，就跟皇帝本人发号施令一样。他不仅是钦差大臣，还被任命为湖广总督，不过由其弟在武昌的总督署代行他的权责。
那一年年初，捻军在鄂北吃了败仗，北进河南。不过，他们很快又向西运动，奔向处于回民运动中的陕西。朝廷大为震惊，惟恐他们与回民军携起手来。
当左宗棠从福州起程去上任陕甘总督时，他在江西南昌接到一份上谕，命令他加快行程，因为捻军就要进入陕西了。他于1867年1月31日抵达汉口，跟随他从福建而来的部队晚到1个月。左宗棠意识到，他必须首先镇压了捻军，才能够开始处理回民问题。不过，他似乎认为捻军蹦跶不了多久，特别是因为朝廷启用了帝国的所有大人物来对付他们。他在汉口埋头准备针对回民军的陕甘作战行动。他知道自己面临的任务是长期的，需要几年时间才能完成。在过去几年里他已有足够的经验，体会到战前准备的重要性。他在汉口待了将近两个月，尽可能地集结装备，安排接收和供给。
左宗棠特别需要大炮。他在来到汉口之前就已经着手安排供给了。他早已派人打前站，当他抵达汉口时，许多事情已经安排妥帖。根据他的指令，汉阳的铁工厂已经生产出若干大炮、炮架、臼炮和炮弹。我们无法确定他什么时候获得了首个克虏伯炮队，但很可能他在汉口时就已下令置办了。他对外国的大炮非常欣赏，知道它们在中国是无与伦比的武器，但他坚信中国人能够造出比当时的中国造武器更为适用的装备。他雇用了几名外国机械师当助手。梅斯尼（Mesny）说，他在汉口有一家工厂，其中接了左宗棠的许多订货。他为发射12磅炮弹的大炮制造了若干炮架，还制造了一些散弹、炮弹和臼炮。他还说，左宗棠对他非常满意，要带他一同去甘肃。［2］左宗棠给他提供了一个职位，只是由于英国领事反对，他才没能成行。
左宗棠从他还是一名穷学生的岁月里就对西北深感兴趣。他阅读过所有能够找到的描述甘肃和新疆的书籍。他详细地研究过中国在中亚进行的战争，特别是康熙和乾隆在准格尔与喀什噶尔的战争。据《年谱》作者说，长城末端以外的西部土地，对于童年时代的左宗棠就具有格外的魅力。他从不放过任何机会加深对那里的了解，当他遇到曾在西部服务的人，不论是官员还是流放者，他都会提出有关那个地方的许多问题，例如道路、水流、山脉等等。如果得到了什么新的信息，他会立刻用笔记下。他搜集的有关西北省份和中国中亚地区的信息，对他而言可谓无价之宝。
他在汉口给皇帝写了一份奏章，概述他对局势的初步估计，报告他为平定西北将要采取的措施。该奏章的部分内容如下：
……窃维臣由闽启行，时念旧部分驻两省，得力将领除蒙恩简放实缺外，均已奏委署理要缺镇将，若檄调随征，则闽浙顿觉空虚，殊为可虑。虽各员告请西征，概未敢许。其所携以同行者，仅三千余人。奏请刘典帮办军务，亦仅令选募旧部三千人。初意南人用之西北，本非所宜，只可多挑营官、哨长之才，入秦后，再将陕甘现存各营兵勇分别汰留，而匀拨胆技稍优弁勇充当亲兵护哨，编列成营，以倡勇敢之气。庶臣部行粮可资节省，而陕甘饥军亦可渐有位置，两得之道也。
又，臣军频年转战东南山泽之乡，无须多用马队，每次上口采买，为数本属无多。当由闽拔队之时，以岭峤艰阻，水陆数易，所有战马驱以随行，必形疲乏，故遂留之闽中。原拟抵鄂后派弁上口采购；至鞍（革占）一切，又须在陕西制买。故前此预先陈明抵鄂、抵西安后，均不能无少耽延也。昨抵黄州，接见守令，始知捻逆大入鄂疆，汉、黄、德一带均形震动。复奉寄谕：窜陕捻逆又已扰及南山。传闻贼踪蔓延甚广，万骑纵横，鄂、陕官军均不得手。臣于二十六日相度营地，暂于汉口镇北桥口地方安扎六营。二十八日入驻新营，一面飞催刘典迅速选募成军，来鄂会队。并增调各营，于原拟六千人外再加募六千，合成一万二千人，均限一月到鄂。惟马匹无从购觅，托官文代为搜索，亦仅得马二百八十余匹而已。谕旨敕臣由鄂入秦，先剿陕逆。此时臣军步队仅止三千余，马队尚未习练，双轮、独轮车式尚未动工制造。所拟以制贼者步队、马队、车营，而皆无以应手，仓卒就戎，必贻后悔，臣不敢不慎也。
方今所患者，捻军、回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。谨即一面就地采买口马，练习马队，先造独轮炮车，暂应急需。俟所调各营取齐，由襄樊出荆紫关径商州以赴陕西，即古由武关入秦之道，沿途遇贼即击。比抵陕西，则制造双轮炮车，兼雇买车轮，俟采买口马到陕，增练马队，并习车营。一面开设屯田总局，相度秦、陇紧接要隘有水草可田可牧者开设屯田；一面汰遣陕甘各营，去疲冗，省军食，为久远之规。其愿留屯田者，编入册籍，指地屯牧；不愿留者，资遣散回各本籍，禁其逗留为患。然后军制明而内讧可以免，屯事起而军食可渐裕也。
甘省回多于汉。兰州虽是省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守。驻重兵，则由东分剿各路之兵又以分见单，不克挟全力与俱，一气扫荡。将来臣军入甘，应先分两大枝，由东路廓清各路，分别剿抚，俟大局戡定，然后入驻省城，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后饷道常通，师行无梗，得以壹意进剿，可免牵掣之虞。亦犹之江、皖布置周妥，然后入浙；浙江肃清，然后入闽；闽疆肃清，然后入粤。已复之地，不令再被贼扰。当进战时，即预收善后之效。民志克定，兵力常盈。事前计之虽似迟延，事后观之翻为妥速。
自古边塞战事，屯田最要，臣已屡陈其利矣。汉宣帝时，先（零）羌反，赵充国锐以自任，其所上屯田三疏，皆主持久之义。宣帝屡诏诮责，充国持议如初，卒收底定成效。可知兵事利钝，受其事者固当身任其责，至于进止久速，则非熟审彼己长短之形，饥饱劳逸之势，随机立断不能。此盖未可以臆度而遥决者也。
臣频年转战东南，于西北兵事未曾经历；所部均南方健卒，于捻、回伎俩并无闻见。若不慎之几先，加以迫促，诚恐所事无成，时局亦难设想。明臣孙傅庭催促出关，卒以致败，可为前鉴也。伏恳皇上假臣便宜，宽其岁月，责臣以西陲讨贼之效，不效则治臣之罪，以明军令。臣惟勉竭驽钝，次第规画，以要其成。剿捻、剿回均惟事机所在，若兵力未集，马队未练，屯务未举，车营未成，则无所借手以报君父。臣虽身任咎责，无补时艰。此则耿耿愚忱，有不能不预为披沥者。……
左宗棠在汉口时，家人从长沙赶来看他。《年谱》说，他与妻子的最后诀别是非常凄恻的。妻子竭力装作很快活，左宗棠百感交集，情不自已。二哥也来看他。左宗棠对二哥牵肠挂肚，因为二哥年老体衰，情绪低落。左宗棠分外殷勤，在兄弟二人最后一次共进晚餐时，他吟诵了二哥几首诗作，开怀畅饮。随从们对大帅的行为大感吃惊，显然他们从未见过总督大人如此放纵——沉湎于诗酒。左宗棠此后与妻子和二哥再无重逢之日，在他征战甘肃的日子里，这两位亲人告别了人世。［3］
