6月13日晚上，就爱国学社的独立问题，中国教育会再次召开商议会。随着张继向各位议员分发《爱国学社之主人翁》一文，鸦雀无声的会场里议论声渐起，几个爱国学社的学生代表你争我吵。章太炎反对分离，就与学生辩驳起来。蔡元培一向是沉静而好脾气的人，见这些人这般素质，心里压了一把火。他心想，这些人争吵不是为了学社的未来发展，却是为一点微不足道的利益。这时吴稚晖突然来了一句：“吵什么吵？你们争的不就是这几百块校具吗？”这话真够犀利的，让在场的人都羞愧不已，吵架声骤然停止。同时也给蔡元培内心的愤怒火上浇油。他突然站起来，走到会场正中央，语气坚定地说：“我已决心去德国留学，从现在开始，教育会、爱国学社的所有事情将不再过问，至于我所担任的职务，正好借此机会全部辞去，造成不便，还请诸位见谅。”
说完，蔡元培走出会场，尽管章太炎在身后大喊“我们表决”，亦不能让蔡元培回头。蔡元培最痛恨内部斗争，当初在翰林院，他看透了清廷中的“窝里斗”，看不惯那些官员为自己利益而整天唯唯诺诺。一个团体倘若出现内斗，除了只会伤害自己人，在无用的内耗中堕落和腐败，不会有更好的发展。因此，他宁可牺牲自己的利益，也不愿面和心不合地勉强凑在一起。他对这个团体是失望透顶的，对于一些人不足以当大事的猥琐行径更加愤慨，既然多说无益，不如放弃，这就是蔡元培的性格。
最终，爱国学社在《苏报》上发文宣告独立。中国教育会也在《苏报》上发文祝贺，表示承认其独立。而蔡元培，却与倾注过心血的爱国学社永远脱离了关系。
第四节 革命岁月，暗杀团与光复会
离开爱国学社，蔡元培打算去德国留学，还跟人学习起了德语，但因种种原因没有成行，只好逗留上海。
正巧曾经的山东县令陈镜泉想投身革命，找他一起创办报纸。蔡元培认为，以报纸宣传爱国思想，也是救国的好办法。于是他全力以赴，身兼数职，独自一人撑起报社。根据国内政治形势和舆论主流，蔡元培将日报命名为《俄事警闻》，专门刊登沙俄侵略东北的新闻，暗中倡导革命。随着清政府宣布“局外中立”的局势变化，这份报纸更名为《警钟日报》。
不久，陈镜泉又办了一家书局，将大部分精力和资金都投了进去，最终导致报社资金短缺。为了营生，蔡元培对报纸进行改革，设法扩大广告版面，靠上街敲锣叫卖扩大报纸销量等办法获取经费。可惜效果不佳，蔡元培只好靠筹款维生，惨淡经营。后来，蔡元培再度担任中国教育会会长并兼爱国女学校校长，这才辞去《警钟日报》的编务工作，重回他热衷的教育事业。日后《警钟日报》因内容有强烈革命倾向，很快就被清政府查封。
这接二连三的挫折，让蔡元培有些灰心了，他觉得在这个动荡不安的时代，很难实现教育救国的理想，唯有参加革命，推翻保守的清政府，才能安放得下学子的一张书桌。在办报的过程中，蔡元培深受虚无党的思想影响，非常欣赏俄国虚无党的暗杀手段，他的思想发生了巨大变化。1904年初，杨笃生等人秘密成立了“暗杀团”，蔡元培随即加入。关于这段历史，蔡元培在回忆录中说：“自三十六岁以后，我已决意参加革命工作。觉得革命只有两途，一是暴动，一是暗杀。”
这时的蔡元培变得激进起来，他尽己所能积极参与暗杀团的大小活动。暗杀需要武器，他就在爱国女学开设物理、化学，于课堂中着重讲授炸药的制造；还选拔女生进行培训，打算培养女刺客。当听说催眠术能瓦解敌人的意志，他就通过书籍和拜师学习催眠术，并且还主持了研制毒药、制作炸弹等工作，但均以失败告终。
但是，这些挫折并未动摇蔡元培的革命热情。他以治理学校的思维来运营暗杀团，利用自己的身份做掩护，努力介绍新人入团，极大地壮大了暗杀团的队伍。当年冬天，蔡元培与革命同志商议，征求因《苏报》案而在服刑的章太炎的意见，将暗杀团改成光复会，意为“光复中华”。革命党一致同意推举蔡元培担任会长。作为会长，蔡元培除了拟定章程，还借鉴秘密会党的做法，借用商业词汇，编了一套通信联络暗语。随后，他全力扩大光复会的规模，将弟弟蔡元康和秋瑾等绍兴同乡也吸纳进来，这些人后来都成了革命骨干。
同时，蔡元培坚信革命党只有团结合作，才能有效抵挡清政府的镇压，取得决定性的胜利。于是，蔡元培向浙江革命党的领导人发出邀请，约徐锡麟到爱国女学来协谈，劝说大家联合起来搞革命。从此，浙江的革命党开始联合起来行动，结束了各自为政、单独行动的局面。蔡元培这里，自然而然地成了浙江革命党派相互传达思想、信息的据点。
1904年11月16日，清政府又劳民伤财地为慈禧太后70岁生日做寿。蔡锷刚从日本士官学校毕业，在蔡元培的引荐下也加入了光复会。蔡锷的回国让华兴会会长黄兴为之振奋，他认为这是爆发革命的好机会，打算发起长沙起义，从而将革命推向全国。在行事之前，黄兴向蔡元培知会起义事宜，希望他能跟其他革命党联络，获得浙江革命党的支持。蔡元培赞成他们的思路，连夜联络浙江党人全力响应起义。不料华兴会一名成员无意走漏了风声，清政府连夜派军队查封华兴会，并顺藤摸瓜追杀其他革命党人，起义尚未发动就惨遭失败。11月19日，革命党人万福华在上海英租界用手枪刺杀王之春，由于枪法不准，王之春受轻伤，万福华当场被捕。由此还牵连章士钊等革命党人。
这可急坏了蔡元培。为了营救同志，他大力呼吁海内外革命同志捐款，聘请律师为他们辩护，并且还在报纸上发表《万福华传》的文章，希望通过舆论赢得更多的支持。
解决万福华的事后，蔡元培减少了革命活动，心思转向教育和公益事业上。回想自己一路走过的历程，他对自己的革命活动并不满意，并对那些失败的暗杀自嘲起来。他痛定思痛，重审自己的道路，深刻地认识到自己毕竟是个读书人，根本不擅长革命暗杀活动。尽管孙中山在日本组织同盟会后，委任他为中国同盟会上海分会会长，可蔡元培的思想已发生转变，他决定退出革命圈子，重拾曾放弃过的梦想，出国留学，重新回归教育救国之路。
第五节 好事多磨去德国，留学不忘祖国
要出国，资金成了蔡元培的大问题。筹集不到出国资金时，蔡元培也有过回到绍兴开办一所师范学校的想法，同样也因无人捐助，只得放弃。
1906年8月，北京友人传来好消息，清政府准备派翰林院人员出国留学，叫他赶紧来京登记。这让蔡元培看到希望，他立刻前往北京。不到一个月，家人听闻朝廷已将他列入黑名单的传言，一封电报入京，蔡元培只得离开了北京。
尽管身处危境，蔡元培仍旧想去德国，次年春天又来北京打听留学之事。他这才知道，因政府缺乏经费，学生嫌欧美国家太远，翰林们全部都改去日本留学。蔡元培非德国不去，朝廷保送的渠道走不通了，他四处寻找去德国的机会，听说公使孙宝琦即将去德国，就千方百计托朋友向孙宝琦游说，希望能在驻德大使馆里担任职员，以实现去德国求学的愿望。可是，朋友迟迟没能带来好消息，蔡元培急了，干脆亲自登门拜访，满怀热情地向公使慷慨陈词。孙宝琦被蔡元培的求学精神打动，答应为他向朝廷申请去德国留学的津贴，不必兼任使馆职务，尽量专心求学。
蔡元培要出国留学了，老朋友张元济对此表示祝贺。听闻政府津贴太少，张元济答应再次援助蔡元培，郑重承诺每月从自己开办的商务印书馆中支出稿费100银圆寄往德国，条件是蔡元培利用空余时间为该馆编写书稿。蔡元培却将这些稿费留给国内的妻子做家用。
1907年6月17日，已过不惑之年的蔡元培，顶着清政府驻德公使随员的名誉前往德国柏林，初次登上欧洲的土地。在柏林，孙宝琦给蔡元培提供了不少帮助和支持，并介绍他为唐绍仪的几个在柏林读书的侄子教授国学。这样，每月可获得100马克的生活补助。
一年后，有了一定德语基础的蔡元培前往莱比锡大学，成为该大学为数不多的中国留学生。
在莱比锡大学，蔡元培仿佛进入了西方学术海洋，努力将自己变成一块海绵，尽量吸取更多的知识，整天不知倦怠地奔走于教室和图书馆之间。留学的三年时间里，他尽量多选修课程，哲学、文学、伦理学、心理学、欧洲史、美学等多达20多门，只要上课时间不冲突，他就去听，总是追着教授不停地提问和讨教，给学校的教授们留下了“中国学生勤奋好学”的好印象。
尽管半工半读的生活非常繁忙，蔡元培还是坚持抽出时间去各地考察德国学校的教育状况，吸取德国学校的治学方法，结合中国的情况，先后编写了五册《中学修身教科书》，给商务印书馆作为国内中学教科书出版。
虽然远在德国，蔡元培时刻不忘关注国内形势。他很清楚，没有一个稳定的社会，是无法创办出一流学校的；没有一张安静的书桌，教育只能是空谈。他每天阅读报纸，了解国内的消息。有一天，他无意中看到国内发生武昌起义的消息，兴奋得从椅子上站起来，仿佛提前看到了曙光。接着又收到吴稚晖从英国寄出的信，他建议蔡元培支持武昌起义，设法与留德学生联系，发电报回国，掀起社会舆论，以鼓舞革命军的士气。蔡元培当天就赶往柏林，积极为革命呐喊，每天都设法发电报回国，代表德国留学生声援革命。
武昌起义后，中国政局很快发生变化。不久，国内的革命党人陈英士发来电报，催促蔡元培赶快回国，参加在上海举行的大元帅推选大会。蔡元培没有丝毫犹豫，虽然他很怀念在德国求学的快乐时光，但他认为，此时已到了他学有所用的时候了，如今中国革命党已取得了一定的胜利，只要坚持下去，清政府迟早会被推翻。借此机会，他务必要回去宣传教育救国的思想，给革命政党派植入教育强国的理念。因此，蔡元培用最快的速度踏上了回家的轮船，结束留德之旅。
第六节 教育总长生涯，教育改革初见成效
1912年1月1日，孙中山宣布中华民国临时政府正式成立，任命蔡元培担任临时政府第一任教育总长。
不过，教育总长的第一个任务与教育毫不相干，是代表孙中山去北京当说客。
对于当时中国的政治局势来说，以孙中山为首的临时政府并不受社会主流承认，影响力微乎其微。武昌起义后，南方各地纷纷宣布独立，但天下依旧还是清朝的，而最关键的人物是当时把控北洋势力的袁世凯。孙中山心里很明白，袁世凯不仅有能力劝退清帝，也能用武力将临时政府杀死于襁褓中。最终，孙中山以自己的总统职位为代价，公开向全国发表声明：只要袁世凯能劝退清帝，他愿意让位给袁世凯。
此后，中国的政治局面翻天覆地。1912年2月12日，爱新觉罗？溥仪退位，清朝政府彻底灭亡。次日袁世凯公开发表声明，宣布赞成共和政权。孙中山信守承诺辞职，两天后，临时参议院选举袁世凯为中华民国临时大总统。
可是，袁世凯迟迟不按孙中山的要求来南京政府任职。于是孙中山就派蔡元培担任专使，前往北京迎接袁世凯来南京。
搞政治当然不是蔡元培从德国回来的初衷，但是他清楚教育是国事，没有政府支持，是很难做起来的。如今救党就等于救自己，也是拯救整个国家，蔡元培只好硬着头皮，和汪精卫、宋教仁等30多人前去北京。
袁世凯早就清楚孙中山的意图，意识到去南京就职肯定会受制于革命党，于是用尽各种借口抵赖，不去南京。他与蔡元培打起了迂回战，制造兵乱，以此威胁蔡元培一行。兵乱后，袁世凯态度十分明确：绝不去南京。这时北方各界也发电报来反对袁世凯去南京。孙中山不得已，同意袁世凯在北京就职，北洋政府就此形成。1912年3月10日，北京举办大总统就职典礼，袁世凯就职中华民国总统。
就在蔡元培正要返回上海时，北洋政府新拟定的内阁名单中却有他的名字，他仍旧担任北洋政府的教育总长。蔡元培死活不同意任职，来京的这些日子，他对袁世凯十分反感，决定坚决不在这种总统手下干事。
回到南京后，孙中山找蔡元培谈话，认为他去北京任职，有望稳固大局。这时传来消息，就在蔡元培走后，北洋政府众议院立刻任命范源濂为教育总长，谁知范源濂却悄悄走人了，教育总长一职只好空缺。听闻蔡元培愿意赴任教育总长一职后，参议院并无异议，蔡元培还托人代问范源濂是否愿意与他合作，出任教育部次长。能与一向敬重的老翰林共事，范源濂欣然同意。
担任教育总长期间，蔡元培厚积薄发，以改变当今陈腐的教育方式为己任，制定出适合培育出新型人才的制度。蔡元培认为，“忠君、尊孔”是统治者用来培养傀儡的手段，以此理念培育出的人才，难以符合时代的需求，更别说与世界同步了。他借鉴法国革命时代推崇的“自由、平等、博爱”思想，将“军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美学教育”作为中华民国的教育宗旨，在发表的《对于教育方针之意见》中，蔡元培大力提倡资产阶级民主主义教育方针，资产阶级教育制度和思想体系初步建立。
