大约到了明嘉靖二十八年（1549）的夏季，四川、湖南、湖北相继下起了瓢泼大雨，连日不停。长江水位骤升，倒灌入蕲河，大片田地被淹没，房屋被冲塌，许多人流离失所，饥困交迫。大水退后，又逢气候炎热，天空的热气，地上的湿气，湿热交蒸，传染病很快流行，来势凶猛，得病而死去的人不计其数。李时珍见到此种情景，真是悲天悯人。心想：“自己学医是为治病救人，现今有这么多人得病，我岂能袖手旁观。”于是与父亲商议，要过父亲的药箱，走出家门救治病人。
在这之前，李时珍只是在父亲身旁相随，李言闻虽然知道他的医术不差，但总是不放心，不让他单独为病人诊治。现在李时珍是单独行医，诊治疾病特别仔细，丝毫不敢大意。由于他根底扎实，又经过医术高明的李言闻指点，许多病人经他治疗后很快痊愈。众乡亲无不佩服。于是一传十、十传百，方圆近百里都知道李家又出了一个高明的医生。
李时珍虽然有了名气，但他一点儿也不骄傲，他知道自己行医时间还不长，还缺乏实践经验，所以只要有机会，他都会虚心求教。
转眼间，已过了立秋。这周围的传染病稍有减少，但病人仍很多，李时珍仍每天背着药箱外出治病，李言闻也经常被人请去出诊。这一天，天刚蒙蒙亮，便有人来敲门，说家中人病了。李时珍准备前去，但被父亲留住了：“还是我去吧。你去瞧瞧昨天你诊治的几个病家，看是否好些了。”李时珍想：“这倒也是。”待父亲出门，时珍进到里屋来，妻子吴氏便低声告诉他：“婆婆这两天老说胃中不舒服，因见你和公公整天在外，已够累的了，所以也不在你们面前提起。待会儿你替她开些药，我伺候她服下便是了。”时珍整理停当，来到母亲房中，请过安后，便道：“母亲有何不适？让孩儿替你诊治诊治。”李夫人伸过手来，边让时珍切脉，边说：“就总胃中作泛，似饥不饥，似痛不痛。”时珍又瞧了舌头，对站在身旁的妻子说：“母亲这病无甚要紧，脉象舌苔都无多大变化，你随我来拿些药，让母亲用米汤服下。”吴氏夫人便随时珍出来，接过时珍递来的几颗药丸。照时珍的嘱咐让婆婆服了。时珍亦背起药箱外出治病去了。
不想，才过了一个时辰，李夫人说肚子作痛，又接呕吐了几次。这可让吴氏夫人犯急了，心中直埋怨：“这时珍怎么搞的，只治得好别人的病，治不好自己母亲的病。”她只好替婆婆揉肚子，送些热汤给她喝，并无别的办法。
这时，忽听见门外有“滴铃铃”的铃声，这是走方郎中诊病卖药的信号。所谓“走方郎中”，就是走村串户，到处游走的医生，他们总是边走边摇着铃，所以也有叫他们为“铃医”的，近世则称之为“江湖医生”。这些医生中，有的无多大本事，只是混口饭吃吃。有的倒也有些真才实学。此刻时珍的妻子情急，也不管这郎中有没有本事，且请进来给婆婆诊病，自然也不告诉他已服过药了。这郎中诊过病后，拿出些药丸，分别包作两包，说：“光服这包小的，服了之后呕吐、腹痛立刻可以止住。午后再服这包大的，三更时分腹泻一次，病根可除。”并说自己住在江边小客店里，如呕吐腹痛不止，可以去找他。
说来这郎中也确有本事，李夫人把这药服下去后，果真如他所说的那样，呕吐腹痛都止住了，午后睡了一觉醒来，便如常人一般。时珍妻子见这药灵验，就将那包大的药丸让婆婆服了。傍晚时分，时珍归来，先问母亲情况，母亲说：“没事了，”时珍颇有些得意，他还以为是自己治好的呢！吴氏夫人见他这得意的样子，半哂半嗔地说：“这病可不是你治好的！”时珍连忙追问，她一五一十地讲出了真情。
这一夜，时珍可没睡好。他在捉摸母亲的病情：“为什么我这药服了后会呕吐、腹痛呢？这位先生用的是什么药呢？”三更时分，隐隐约约地听见母亲房内有动静，想必是起来解手了，他忙把妻子推醒，仔细问了这位郎中的穿戴和相貌，天刚发亮，就匆匆地来到江边的小客店找这位郎中。店主人告诉他，这位郎中刚走，是搭船往江南去的。李时珍道谢后，急忙向江边跑去。到江边一看，见那条蕲州过江的渡船已驶到江心，他忙挥手雇了一条小船，向那渡船追去。
且说这位郎中为何突然走了呢？原来吴氏夫人为人大方，从他那里得到药丸后，多给了些银子与他，他自然高兴。回到客店后便向店主人打听这家人家。店主人告诉他：“这是蕲州一带的名医李言闻、李时珍的家。”他一听顿时吃了一惊，心想：我这不是班门弄斧吗？旁人不知真情，以为我骗取他家的银子了。三十六计，还是走为上计。所以第二天一大早就离开蕲州，往江南去了。
由于小船轻快，待渡船刚到对岸时，小船也赶到了。李时珍跳下船，望着那渡船上下来的人一个个地端详。凭他印象中穿戴和相貌，认出了这位郎中，便上前施礼，报了自己的名字。这郎中一听是李时珍，吓了一跳，以为是自己下错了药，老夫人出问题了。待李时珍说明是特地前来求教的，才放下心来。两人便在岸边的茶馆里找个地方坐下，互相谦让了一番，这位郎中方说：“老夫人的病是腹中有虫。”
“腹中有虫？何以见得？”时珍问。
“是腹中有虫。”诊此病有五难：“大人比小孩难、饮食正常者难、面色不黄者难、虫子不多者难、肚子不痛者难。”接着又微笑着：“这五难全让李兄遇上了。”李时珍也笑着答道：“先生真是经验之谈呀！”
回到家中，吴氏夫人告诉他，婆婆三更腹泻时排出了两条虫子。时珍仔细地把这一切记录了下来。
过了两天，有一位四川客商找他看病。说这半月多来咳嗽、胸痛，有时痰中夹有血丝。李时珍诊过脉后，开了一张处方：“您先按这处方抓三剂药服了，服完后还得来瞧瞧。”第四天，这客商如约而至。李时珍一见他就觉得不好，暗中思忖：“上回来时我就感到这病难治，果不出所料！三天不见，这脸色竟变得如此憔悴！”待把脉时，只觉得这脉虚软无力，毫无神气。李时珍面露难色，这客商似有觉察，对李时珍说：“想这病大概治不好了吧？先生可以直语。”李时珍默默地点了点头，然后开了一张处方，递给那客商：“您还是立即动身回家吧！路途中按这处方服药，尚可到得了家。”这客商谢过后便走了。
日复一日，秋去冬来，冬去春来。半年后时珍上山采药，在路上遇见一人，觉得面熟，猛然想起，这不是半年前来过这里的那位客商吗？这客商也认出了他。李时珍见他容光焕发，全然是无病的样子，惊奇地问：“先生这病是如何得好的？”这位客商告诉他，上回找李时珍看了病后，第二天就动身回家，一路上病情日渐加重，全靠服用李时珍开的药，才慢慢拖到夷陵州（现今的宜昌）。到夷陵州时，已近傍晚，刚进入一客店，有一年老的樵夫替客店送柴来。这老樵夫见我咳嗽咳个不停，又咯出不少痰血，他便不让我走，说他能治这病，那时我已浑身无力，觉得住下也好，便没再走。这老樵夫每天送柴来时，捎上一大把草药，让店中人煎了让我服下。服了数日，这病真见好。这一住就是一个月，我也整整服了一个月的药，不想这病全好了，身体也强壮了。
李时珍又问，这药是什么样子。客商答道：“我没细瞧，也没问，只是喝那熬好的药汁。”李时珍无奈，只能把那客店的牌号、位置及老樵夫的情况仔细问清楚了。回到家里，把这一切与夫人说了，就打点行装，第二天起了个早，直奔那夷陵州。
好在李时珍打听得明白，到了夷陵州很快就找到了那客店。他也顾不得这几天路途上的辛苦，只在店堂里等着。傍晚时分，这老樵夫又送柴来了。李时珍看得真切，忙上前施礼，说明来意。那樵夫哪里就肯把这秘方说出来？并不答理李时珍，把砍柴的用具收拾好后，径自走了。李时珍急得没法，只能向店主人打听这老樵夫的住处，想到他家中去求教。这店主人却说：“谁也不知道他住哪儿，他送柴来，我给了钱，不就完了？他不来，也没人想去找他。”时珍心想，这倒也是，且住下来再说，待明后天他送柴来时，再好好求他吧。
第二天，还是傍晚时分，老樵夫送柴来了。李时珍早在店门处迎候，但老樵夫如昨日一样，连瞧也不瞧李时珍一眼，把柴送进去后，扁担、绳索往肩上一撂就走了。李时珍这时情急生智，心想：“何不随他前去，也可知道他的住处。”便跟随在后。走了有十来里路，前面是一片农田，田野尽头，有几户人家，见那樵夫往那人家处走去，心中便有了底。
第三天，李时珍便往那人家处去打听。这儿人家不多，一问便有人把这老樵夫的住处告诉了他。而这儿的几家人家都知道这樵夫懂得些草药，能替人治病。时珍来到这樵夫的住处，樵夫早上山打柴去了。但见这屋前晾晒着些草药。李时珍仔细地照瞧了一遍，有的他认识，有的他不认识。心中却有几分高兴：“我真找到个好老师了！”他便把这些草药好好整理一番，并把这屋前屋后打扫了一遍。
那老樵夫回到家时，见李时珍站在那儿，先是吃了一惊，接着他发现这儿有人打扫过了，便问李时珍：“是你打扫的吗？”时珍很有礼貌地作了回答。老樵夫这才把李时珍从上到下地打量了一番，但还是对李时珍说：“我不会治病，只是父亲教我认识了些草，我也没有什么可教你的，你还是走吧。”说罢，进了家门，随李时珍在门外待着。
李时珍当然不死心，每天来到他家门前等候，并替他打扫屋子周围的场地。到了第五天，李时珍像往日一样，来到老樵夫家门前打扫场地。眼看天色黑了下来，突然狂风大作，大雨倾盆而下。李时珍想，这时刻那樵夫一定是在回家的路上，这周围一片田野，他上哪儿避雨呀？想到这里，李时珍向这樵夫的乡邻借了雨具，往这道上去接他。走出不多远，见那樵夫在雨中深一脚浅一脚地走着，李时珍忙赶上前去，送上雨具，老樵夫深为感动。待李时珍把他送到家门，他一把抓住了李时珍的手，把李时珍让进了屋里。他看着李时珍谦虚真诚的样子，便把治那客商病症的药方告诉了他，并答应明日带李时珍上山采药去。时珍这下可乐了，连声道谢。待天放晴后，与老樵夫告辞，回到了客店中。
到了明日，天还没亮，李时珍就起来了，准备好笔墨纸砚，还带上吃的，往老樵夫家来了。到老樵夫家时，天还刚亮，在门前等了有半个时辰，这老樵夫才开门出来。见时珍早在门前等候，笑哈哈地说：“一大早，露水还未干呢，你自己可别得病呀！”李时珍心里一股暖流涌来，感到面前这老樵夫是多么淳朴，多么善良。
待太阳露头时，老樵夫才带着李时珍上山。这山又高又大，草木繁茂，药材真不少，两人边走边挖。每挖一种药材，老樵夫都会把药名、特点、治什么病、怎么用法等说得一清二楚。到得半山腰时，他俩已采了不少草药。老樵夫让李时珍在一棵大树底下歇着，自己进到林子里边去砍柴了。
李时珍在大树底下，把这些草药倒在地上，取出笔墨纸砚，把老樵夫刚才说的一一记在纸上。有的他以前没有见过的，还画下了图形。有的老樵夫说得跟书本上不一样，他记录得更加详细。
就这样，李时珍天天随老樵夫上山，居然在夷陵州待了半个多月，这半个多月里他学到了许多书本上没有的知识，他也体会到这些劳动人民在实践中掌握了许多经验，所以李时珍以后上山采药时经常会向打柴的樵夫或种田的农民请教，为编写《本草纲目》打下了基础。
