这样，粮草问题可以说解决了，接下来的问题是让左宗棠很头疼的问题——军饷。西征军实际收到的各省协饷为500万两，而实际的军费每年支出约800万两，这么大的缺口，要想一下子补齐，确实不是一件容易的事。因此，左宗棠多次上奏请求各省如数拨解协饷，并主张暂借洋款以补不足。在左宗棠的努力下，西征军饷源匮缺的情况最终受到清廷重视。皇上一道圣旨，所有问题全部解决。筹粮、筹饷已经有了结果，左宗棠又开始研究粮食和军火物资的转运问题。西征军驰骋数千里，筹划转运并非易事，但这也难不倒左宗棠。他主张关内运粮以车运为主，关外则以驼运为主，解决了粮食转运的难题。他还通过上海采办转运局、汉口后路总粮台、西安总粮台等转运军事物资，并由兰州机器局自造枪炮供应前线。
经过各方的努力，做了近一年的筹备工作，各项准备工作就绪，左宗棠于光绪二年（1876年）二月二十一日离开兰州西进，三月十三日抵达肃州，收复新疆的大幕徐徐拉开。
练心练胆练技艺
战场上战斗力的强弱，取决于平时训练的刻苦程度。
光绪四年（1878年），左宗棠督办新疆军务时，对属下说，军队要苦练技艺，以达到以一当十的效果。一支军队，在作战中是否勇敢，在左宗棠看来，取决于平时的训练。对于练兵与打仗，左宗棠给出一个形象的比喻：练兵就像平时在家读书，而打仗就是进考场了，此话一语中的。除了练兵，还要进行“孝悌忠信礼义廉耻”方面的训导，让官兵明白道理，有志气。
这天，左宗棠又一次在练兵场，面对整装待练的兵士说出这些道理时，一个新兵问：“大帅，只要这两样练好了，就能胜利吗？”
左宗棠笑了：“其实，这两样都是基础。真要打起仗来，还是以胆气为贵，素练之卒，不如久战之兵。要练好兵，首先要练心，其次是练胆，最后才是练力气和技艺！”
此时，官兵们明白了：武器在战争中虽然重要，但人的因素也不能忽视，就像原来清军的练兵，平时集合在一起，点名应付完之后，再练几个花架子就算是完成任务了。更有甚者，长时间不训练，连花架子都不会了。还有一些水师，天天住在陆地上，真到打仗的时候，上了大船，除了呕吐就是呕吐，这样的兵怎么能打胜仗？
为了避免同样的事情发生，左宗棠亲自对各营严加训练，身赴校场，校阅战阵，观看连环枪炮等武器的施放，以期达到预期的效果。
这天，又要开始大练兵了。此时，在高台之上站着的左宗棠，看着威风凛凛的士兵方队，暗暗点头。但他还是清清嗓子，大声对官兵们说：“驭军之道，纪律为先。只有整齐队伍，严明纪律，才能练出一支战无不胜的队伍来！当然，这个纪律不仅指行军打仗，还要跟当地的群众搞好关系。不准滥杀，不准奸淫妇女、搜抢财物、烧毁粮食，如明知故犯，军法严惩！因为如果破坏了军民关系，我们将会像走在荆棘丛中，寸步难行！”
官兵们高呼：“一定谨遵左帅教诲，练兵杀敌！”
果然，左宗棠的这种治军方法，在以后的战斗中发挥了作用。尤其是他带兵督剿陕西叛乱时，部队纪律严明，没有违反他定的军规。
除了练兵和加强纪律外，左宗棠还主张大量裁军，把那些没有战斗力的老弱病残清理出队伍。他注重对将士进行勤劳耐苦作风的培养，不打仗时就屯田开荒、兴修水利。
左宗棠以身作则，诚以待下，廉以率属，与将士同甘共苦，鼓舞士气，使整军经武得到可靠的保障。
惩贪奖廉，杜绝侥幸心理
左宗棠所处的年代，正是清朝官场腐败不堪的时期，在官场纵横捭阖的岁月，如何反腐倡廉，是左宗棠长期思考的问题。左宗棠在经过长期思考后，得出的方案主要包括两个方面，一是“必先将义利之辨剖析至精，毫不假借，而后纪纲正而仕风清”，二是严格按法律办事，不让贪污者有侥幸之心。
应该说，这个方案考虑得还是很周全的，用现在的话来说，就是既抓道德建设，又抓法制建设。但是，话说起来容易，要做到却是极难的。不过，好在左宗棠并没有同流合污，他在污浊不堪的晚清官场中，十分难得地保全了自己的清廉。
左宗棠的清廉，其中之一的表现，就是对体银以外的钱分毫不取。
左宗棠任陕甘总督时，地方上设有负责茶马互市的管理长官职位。左宗棠兼任了十余年的茶马使一职。这一职务是有薪俸的，也就是说左宗棠既享有总督的俸银，又有茶马使的食禄。左宗棠兼任十年，这份俸银照收不误，却一分未动。当他要调离兰州时，才叫人打开存银的仓库，共计30万两。他清点后，一文不少地交给新任陕甘总督杨昌浚，说：“国家对我不薄，我既有一份正饷，便不宜领取另一份兼饷。西北建设刚刚开始，需要经费颇多，到了缓急不济时，可以动用此款。”后来建兰州的黄河铁桥，便是用了这笔款子，最早的兰州黄河铁桥也因此被称为“左公桥”。
在左宗棠离开陕甘去北京就任军机大臣之际，管理西征粮台的沈应奎等拟将西征粮台积存的陕甘捐输一等尾数款寄赠与他，他闻讯后，立即复信谢绝说：“近时于别敬，概不敢受，至好新契之例赠者亦概谢之，匪唯介节自将，人已本无二致，亦体外不收果实，义有枚宜。至甘捐尾款，储为关陇不时之需，以公济公，于事为合。”
左宗棠率兵出征新疆期间，军费开支很大，一年需银800多万两，国库只能拨给500多万两。海防之议起，各省、关实解西征之协饷只剩下200多万两。左宗棠只好求借内外债以充军费。因属高利贷，自然不能多借。这样，西北军营因军饷缺乏，兵士忍饥挨饿之事并不鲜见。对此左宗棠在家书中写道：“饷欠四月有余，无法弥补，兼之军疾疫繁兴，需用甚急，日以为忧。幸将士知我无它，不忍迫促，大家忍耐，不肯支领，然我因此更觉过意不去。”
而将士们因为相信他没有克扣军饷，所以忍饥挨饿，都能谅解他。
左宗棠在西北时，严禁当地种鸦片，他的一个亲戚贺升运牵连进“禁种罂粟失察案”内，主审官考虑到贺与左的密切关系，想通融了事，左宗棠却不徇私情，指出贺“咎有应得，岂可以私废公”，贺最终被撤职。左宗棠掌握西北军政大权十多年，坚持不许下属送礼，在进驻肃州后，为杜绝地方官进谒（yè）送礼，他发了一道通令：“其有专差呈送礼物者，尤干例禁，已早饬文武摈弃不收。”
除此之外，兰州城门也是左宗棠自己掏腰包修建的。光绪三年（1877年），左宗棠任陕甘总督期间，在外城的西北创建一座贡院，在院外包筑了一段外城，长二百四十丈。后来，左宗棠又把原有的外城彻底大修。城根深一丈多，宽一丈数尺，城高三丈七尺，顶宽八尺多。又掘城壕，深宽各有二三丈。他还兴修了城外的四墩堡。四墩堡是指四个方形的碉堡，排列在城西龙尾山上。四墩堡基址每边长一丈多，高约二丈。这一工程历时一年，按当时的价格计算，需用银十多万两。但因为是由11个防营合力做成，军工不必计费，事实上只为购买原材料花去了近4000两银子。这样一个便宜的工程，请求报销时，却给工部驳回。工部对于修筑城垣要按他们规定的做法、规定的价格才能报销。因此要求左宗棠补开清册，删改单价，实际上就是逼他伪造一个报告，只要符合工部的惯例，再贵也能报销。左宗棠不肯造假，便自掏近4000两银子，经清政府批准免予报销了案。
左宗棠这种廉洁自守的为官风格在清代官场是极为罕见的，因为曾国藩只是自奉清廉，容忍他人的贪纵，左宗棠则是疾恶如仇，对他人也不稍苟且，他的这一风格给他晚年的官场生活带来了不少麻烦。
1881年，在新疆立有大功的左宗棠班师回京来到崇文门，却在崇文门吃了宦官的闭门羹。北京崇文门是清朝官吏、百姓、货物进入京城缴纳税银的门关，门卫要收入门钱。凡是从地方任职期满后进京的高级官员，都要在城门缴纳一笔银子，优差肥缺的外官有时需纳银十多万两。按左宗棠的情形，需要他缴纳4万两银子。左宗棠却拒绝支付，并称是皇帝叫他到北京来的，如向皇帝报到也需要付钱，那么这笔钱应由朝廷来付。他表示自己一文钱也不给。双方一相持，左宗棠在城外滞留数日，才得获准进城，但最终没付入门费。
进城次日，奉旨召见。刚巧这天慈禧太后生病，由慈安太后接见。
左宗棠因过于激动而流下了眼泪。慈安太后问他为何落泪，他说自己的眼睛本来不好，在长途跋涉中又受到风沙的吹打。慈安问他，有什么防治的办法，他回答通常戴墨镜。慈安要他戴上眼镜，他伸手到口袋里掏摸眼镜，却落到地下打碎了。慈安太后命太监取来咸丰皇帝用过的一副墨镜，赐予左宗棠。
左宗棠得到封赏的消息很快传遍了朝廷上下，有羡慕的，也有趁机勒索的。此次左宗棠入京，即将入值军机，在总理各国事务衙门行走，管理兵部事务，而通常情况下，这样高级官员的任命，在北京照例是由太监来传旨，而接旨之人也要赏给太监一笔可观的银子。当左宗棠接到任命时，赏了传旨太监100两银子，对方嫌少，后又赏了他50两。这次太监又问到咸丰皇帝的眼镜，事实上，这个太监并非真正关心皇帝的眼镜，只是以此为借口勒索银子而已。左宗棠对此十分气愤，没有给他，事后还对曾国藩的儿子曾纪泽说起此事，曾纪泽说左宗棠此事做错了，银子还是要给的。但太监竟要勒索10万两银子，至少也得1万两，还是经恭亲王出面调停说和，最后给了他们8000两银子才算了事。
左宗棠的这种性格当然给他在京当官带来了极大的麻烦。宦官们故意处处刁难他，连该他知道的事情也不告诉他，弄得左宗棠在京为官像瞎子似的，最后只好在一片奚落声中离开了北京官场。由此可见，在几乎人人皆贪的官场中，要做一个清廉的官员是多么的难啊！
改写法国的历史
1883年西征结束后，王德榜请假回原籍省墓。左宗棠以一个杰出政治家的战略眼光，预判到广西边境不宁，他嘱令爱将携带大量军事物资前往广西寄存。左宗棠之所以选中王德榜，是因为王德榜自从1852年跟随他以来，为人英锐，很有胆略，在收复新疆中屡立战功，是左宗棠帐前不可多得的将才之一。左宗棠想好了，如果法国侵略者胆敢入侵，他就派王德榜率军协助边境的军队打击侵略者。到了广西，王德榜将带回的军火寄存好，这才放心地回乡省墓。
果然，法国在侵占越南后，把魔爪伸向了中国。左宗棠立即命人带信给王德榜，让他尽快募集十营人马，取名“恪靖定边军”，抓紧训练，准备开赴广西前线。因为左宗棠的声望和王德榜的威信，队伍很快拉了起来。
这天，王德榜正指挥军队操练，哨兵来报，说有十几个人要见他。王德榜往大营外一看，喜出望外，大步向那几个人走去。
“杨文彪、陈厚顺、谭家振，还有你，龙定太。太好了，我正愁忙不过来呢。”王德榜高兴地和这个握手、和那个拥抱。
“王将军，左帅让我们来的。”杨文彪边说边把其余的十几个将领介绍给王德榜。
“这下好了，你们一来，队伍的训练就可以加快了。广西吃紧，我们不能久等啊。”王德榜带着几个大将来到军前，一一介绍给自己的副将。
1884年1月，一声炮响，“恪靖定边军”开赴广西前线。
在福建的左宗棠无时无刻不在关注着中越边界的情况。他听说法国侵略者于光绪十年十二月二十日（1885年2月4日）向谅山发动进攻的消息后，立即派部将张道军去广西前线，打探最新消息，以便作出新的部署。
4月初，中法签订停战协定。李鸿章代表清政府，签订了一份并不平等的“平等条约”——《中法新约》，公开承认了法国对越南的占领；广西、云南一些边境也被迫开埠通商，中国的南大门敞开了。
4月初，张道军回来了，左宗棠立即把他叫到自己的书房，焦急地问：“广西那边情况怎样？”张道军说：“开始法军进攻时，广西巡抚潘鼎新节节败退，甚至自动放弃谅山和镇南关（今友谊关），一直逃回广西龙州。”
“这个窝囊废！败类！”左宗棠愤愤不平地骂道。
“幸好，两广总督张之洞奏请圣上将潘鼎新革职，又奏荐冯子材任广西关外军务帮办，接掌镇南关前任指挥权。”
“嗯，冯子材我知道，是一员虎将。”说到这里，左宗棠又摇摇头，“冯将军年纪不小了，不知能不能当此重任？”
张道军说：“这冯将军真不含糊，一次又一次打退法军的进攻。不过，王将军带去的‘恪靖定边军’也起了举足轻重的作用，和冯将军的部队一起，杀的法军全线溃退。”
左宗棠听到这里，长舒了一口气。他走到地图前，久久凝视着镇南关，不住地点头。在他让王德榜将大量枪支弹药寄存到广西时，就料到他的这步棋终究会在棋盘上争得一席之地，现在看来，这步棋是不可多得的妙招。
这时，张道军拿出一张纸递给左宗棠。左宗棠一看，上面有一句话：“法二次犯关，非有生力大军，难遽言战；非冯子材创筑长墙，与王孝祺合军死守，则诸军无所依倚。非王德榜截其后路，断其军火，关内外夹攻，则（法军）亦不能如此大溃。法虏自谓入中国以来，未有如此次之受巨创者。”
“这是谁的话？”左宗棠不解地问。
“张之洞大人。”
左宗棠又是频频点头，从张之洞这段话不难看出，他对当年左宗棠派王德榜募“恪靖定边军”赴广西前线的举措是相当肯定的。
而谅山大捷的结果是，法国茹费理政府因此垮台。
也就是说，左宗棠在遥远的东方，参与改写了法国的历史。
