只要把这些太监逮捕审讯，幕后主使人即可现形。万历皇帝考虑得更为复杂，既然牵连到太监，追查下去，便是他们的主子。这无论如何是宫闱丑闻，必须淡化处理。但是，审讯的情况早已流传出去，举朝官员顿时议论纷纷。人们不约而同地把怀疑的目光投向郑贵妃及其兄弟郑国泰身上。但是没有充分的证据，不敢直犯其锋。
五月二十一日，刑部右侍郎张问达与有关衙门官员会审张差。张差招供：太监庞保与刘成商量，叫李守才、马三道对他说：“打上宫去，撞一个，打一个，打小爷（太监称皇太子为小爷），吃也有你的，穿也有你的。”而庞保、刘成恰恰就是郑贵妃宫中的太监，人们不能不怀疑郑贵妃的兄弟郑国泰是幕后主使人。
然而万历皇帝并不想把案情向郑贵妃方向发展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫于外廷大臣的强大压力，他不得不表明态度，一方面说“梃击案”不仅“震惊皇太子”，而且“吓朕恐惧，身心不安”；另一方面仍然坚持给张差定性为“疯癫奸徒，蓄谋叵测”。言外之意，这是一桩疯子闯宫的偶然事件，再三强调“毋得株连无辜”，希望此案不了了之。
五月二十八日，万历皇帝接见太子，并且有意向大臣们表明对皇太子的爱护之情。然后，举起皇太子的手，对下面的群臣说：“此儿极孝，我极爱惜。”
最后，万历皇帝当众宣布：“疯癫奸徒张差闯入东宫，打伤内官，庞保、刘成俱系主使。”为“梃击案”定下调子：凶犯张差是个疯子，主使人只追究到庞保、刘成为止。
明眼人一看便知，关于“梃击案”的处理，已经发生了微妙的变化。皇帝在二十八日召见群臣时，明确宣布：将案犯张差与太监庞保、刘成一并处死。回宫后，突然变卦，要三法司只处决张差一人，庞保、刘成审明以后再拟罪。事实上，即便不抓住幕后的主谋，太子也得到了自己应得的那些：舆论的重视、群臣的关注、百姓的同情。有了这些，万历皇帝也不得不表示太子是自己所喜爱的，通过这种方式，太子的地位稳固了下来，而且已经成了万历皇帝的合法继承人，郑贵妃和她的儿子福王，则成为众矢之的。
釜底抽薪：毒杀与垂帘的连环计
皇太子利用梃击案为自己赚取了大笔的政治支持，于是，在万历皇帝去世之后，他顺理成章地登上了皇位。他用梃击的悲情秀，换取了皇位，这种谋略确非常人所能做到。
然而平静中潜伏着凶险的风波，不愿意看到朱常洛登上皇帝宝座的郑贵妃，面对既成事实，改变策略，向朱常洛进献绝色美女，继而指使亲信太监向身体亏损的朱常洛进奉泻药，致使其病危，然后又有李可灼进奉红色丸药，终于使朱常洛在登上帝位仅仅一个月，就一命呜呼。
郑贵妃原先一直希望由她的儿子福王朱常洵登上皇帝宝座，没有成功；这次又想乘朱常洛之死再一次为朱常洵谋求机会。这一个月，宫廷内部的斗争充满了阴谋与血腥，集中体现在“红丸案”中。
从万历四十八年（1620年）七月二十一日明神宗逝世到八月一日明光宗朱常洛即位的这几天中，朱常洛已经开始行使皇帝职权，致力于扭转万历朝后期的一系列弊政，例如发内帑（宫内财政）犒劳前线军队，以解长期缺饷的燃眉之急；停止矿税太滥的活动；起用因谏言而遭罢免的大臣；指示吏部：用人毋拘资格，要破格提拔才能卓异者。凡此种种，无不显示朱常洛即位伊始，力图有所作为，当一个称职的皇帝。然而这样一个平常的愿望，还是落空了。
朱常洛有他自身的弱点，好不容易册封为太子，又郁郁不得志，便日渐沉迷于女色，以求解脱。
在他即位以后，郑贵妃投其所好，一次就送给他八名绝色美女。他原本是颇有政治头脑的青年，即位后一反父皇怠于临朝的作风，日理万机，不辞辛劳地处理以前遗留下来的问题。他的身体本来就比较虚弱，繁忙的朝政已经难以胜任，何况郑贵妃又送来了八名绝色美女，内外夹攻，身体立时垮了。
八月十日，也就是即位的第十天，他终于病倒了。次日还坚持处理朝政，大臣们见到皇上“圣容顿减”，大为惊讶。三天后便发生了崔文升进药，促使他病情加剧的事件。
崔文升原先是郑贵妃宫中的亲信太监，朱常洛即位后，提升为司礼监秉笔太监，兼御药房太监。
朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌管御药房太监的身份，向皇上进奉大黄，朱常洛服了崔文升送来的药，一昼夜连泻三四十次，支离于床褥之间，顿时趋于衰竭状态，根本无法起床，更遑论处理朝政了。
大臣们急忙赶到宫门问安。朱常洛要太监传话：一连几夜无法入眠，一天吃不下一小碗粥，头眩目晕，身体疲软，不能行动。
皇上服用郑贵妃亲信太监崔文升进奉的药而病情加剧的消息传出，外廷舆论汹涌，纷纷指责崔文升受郑贵妃指使，有加害皇上的阴谋。由此暴露出郑贵妃从送美女到进药，是预先策划的阴谋。
八月二十三日，鸿胪寺官员李可灼来到内阁，说有仙丹要进呈皇上。内阁首辅方从哲鉴于崔文升的先例，以为向皇上进药要十分慎重，便命李可灼离去。
李可灼不肯就此罢休，二十九日一早，他进宫向太监送药，太监不敢自作主张，便向内阁报告：皇上病情加剧，鸿胪寺官员李可灼来思善门进药。内阁官员断然阻止，告诉太监：他自称仙丹，就不敢信他。
就在这一天，朱常洛在乾清宫召见方从哲等十三名大臣，好像要临危托孤。过了一会儿，朱常洛突然提到从太监那里得到的消息，问道：“有鸿胪寺官进药，何在？”
方从哲回答：鸿胪寺丞李可灼自己说是仙丹，臣等不敢相信。朱常洛不甘心等死，对“仙丹”抱有一线希望，直接命太监召见李可灼进宫诊视。
李可灼奉召前来，为皇上诊视病情，说了病源及治法。朱常洛听了很高兴，命他从速进药。方从哲有点不放心，要李可灼与宫内医官商量后再定。大臣们面面相觑，都不敢明说究竟该不该服用此药。
中午时分，李可灼调制好了红色的丸药，送到皇上的御榻前。朱常洛命群臣一起进来，看着他服用李可灼的红丸，高兴地对李可灼说：“忠臣，忠臣。”
看得出来，他虽然已经托付了后事，毕竟心有不甘，希望能够出现奇迹，对李可灼的红丸寄予厚望，丝毫没有怀疑会出什么意外。
群臣退至便殿不久，内侍出来传话：“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”大臣们悬着的心终于放了下来，欢呼雀跃地退出便殿。
到了傍晚，李可灼出宫，来到内阁，对方从哲说：“皇上恐怕药力衰竭，要求再服用一丸。”又说，“在旁的御医都以为不宜再服，但是皇上催促很急，只得遵命再给皇上服用一丸。”
大臣们关切地询问服用后情形如何？李可灼说：“圣躬安适如前，平善如初。”
情况似乎朝着好的方向发展。出乎意料的是，到了第二天，即九月一日凌晨，形势急转直下。朱常洛服用了两粒红色丸药之后，五更时分病情突然恶化，与世长辞。
大臣们听到太监的紧急宣召，急忙赶到宫中，皇上已经“龙驭上宾”了。这是任何人都不曾料到的结果。
对于突如其来的噩耗，人们感到惊愕，联系到皇上登基一个月来出现的种种怪现象，舆论顿时哗然。皇上虽然身体羸弱，但并非病入膏肓，假如没有郑贵妃的八名绝色美女，假如没有崔文升进奉的大黄，假如没有李可灼进奉的红丸，断然不至于短短一个月就一命呜呼。
显然有人对于他登上皇帝宝座有所不满，采取这种方法，把他拉下来。而时间只有一个月，短暂得不同寻常。
一切的怀疑又再次都集中到了郑贵妃身上。
其实朱常洛之死完全是人为安排的三部曲：第一步用八名美女使他身体亏损；第二步用大黄药使他身体虚脱；第三步用红丸加速死期到来。所谓红丸，是红铅金丹，又称三元丹，由红铅、秋石、人乳、辰砂炮制而成。大黄性寒，红铅性热，两者同时用于纵欲过度的身躯，结果只能是一命呜呼。稍懂药理的人决不会采用崔文升、李可灼的药方来治朱常洛的病。
崔文升、李可灼已经暴露在外，人们在寻找幕后策划之人时，不约而同地集中到郑贵妃与方从哲身上。议论蜂起，群情激昂，以为崔文升、李可灼罪责难逃，而方从哲千方百计予以庇护，难免有同党合谋之嫌。
郑贵妃进献美女，又指使崔文升进药，蛛丝马迹暴露无遗，但李可灼是否受她指使，在已有的文献中找不到依据，人们只是猜疑而已。至于方从哲是否合谋，也缺乏直接证据。
郑贵妃在红丸案中所扮演的角色，始终留在人们的怀疑之中。一系列离奇蹊跷之事，接二连三地发生在明神宗死后一个月之中，看起来似乎与她无关，其实不然。
人们透过历史的迷雾，依稀窥见明神宗阴魂不散，郑贵妃正是利用明神宗生前对她宠幸的特殊地位，摆弄着即位仅仅一个月的明光宗朱常洛的命运。因为这种关系，朱常洛虽然登基当了皇帝，仍然未能摆脱笼罩了他几十年的厄运。
对于他而言，当太子固然不易，当皇帝则更难。皇帝的宝座似乎与他无缘，仅仅坐了几天，就一病不起，一个月以后病故，皇帝宝座传给了他的儿子——明熹宗朱由校。
郑贵妃的疑点却由于后来的“移宫案”而愈发明朗。
她在被迫从乾清宫搬往慈宁宫以后，把赌注押在李选侍（明熹宗朱由校的养母）身上。朱由校的生母王才人死后，明神宗命李选侍抚养这位长孙。
李选侍与郑贵妃关系密切，郑力图为李请封皇后，李则为郑请封皇太后此事还未办成，明光宗便驾崩，册封企图落空。
照例，李选侍应该从乾清宫搬出，但是她效法郑贵妃为榜样，赖在乾清宫不走。其意图很明显，迫使朱由校即位后，册封她为皇太后，郑贵妃为太皇太后，由这两个女人实行双重的垂帘听政。
据许熙重《宪章外史续编》记载，朱由校即位后说：“李选侍命太监李进忠（后来改名为魏忠贤）传话说每日奏章，必先奏看过，方与朕览，即要垂帘听政处分。”
为此，郑贵妃与李选侍合谋，把朱由校控制住，目的就是垂帘听政。正如《先拨志始》所说，郑、李二人“欲邀封太后及太皇太后，同处分政事”。由于杨涟等大臣针锋相对的斗争，迫使李选侍移宫，粉碎了她们垂帘听政的阴谋。
这些事情为理解“红丸案”提供了最好的注解。
