被虐杀的正义
魏忠贤及其党羽给东林党人安上了一个结党营私藐视朝廷的罪名，而且也言之凿凿。皇帝被他们蒙蔽已久，对魏忠贤也是百般安抚，于是下令将三百余位东林党人或免官，或夺回封号，或禁锢终生，剥夺了他们参政议政的权力。之所以没有将他们就地正法，是因为皇帝觉得杨涟等人还算忠臣，而且也听到过一些杨涟等人的事迹，不想草菅人命，加上天启皇帝天生懦弱，怕真的有阴司地狱的报应，所以对杀头的事情能免则免。
天启四年（1624年），被贬官的东林党人杨涟和左光斗离开京城准备回乡。谁知魏忠贤又设下一道奸计，他借熊廷弼事件，想查处东林党人贪污受贿的证据再制造罪名。可是结果令魏忠贤大为失望，杨、左二人离开京城时，行李物品甚少，也没有什么值钱的家当，简直和普通的游人差不多。但魏忠贤岂能善罢甘休，命令手下将已经回乡的左光斗、杨涟、周朝瑞、袁化中、顾大章、魏大中等人逮捕，押解到京城审讯。
这些东林党人被送到北镇抚司审问。北镇抚司向来以酷刑逼供著称，这次接到了魏忠贤的指令，更是对杨涟等人大刑逼供，要求他们供认出自己贪赃枉法收受巨额贿赂的罪行，并责令他们在限期之内交出赃款赃物。这些人都以清廉为世人所称赞，贪污受贿的事情原本就是捏造，但公堂之上是不容争辩的，如果不承认自己有罪，就要严刑拷打，如果承认自己确实贪赃枉法，就要交出一大笔所谓的赃款，也是他们根本交不出的。这几个人就在北镇抚司经受了多日的折磨，审讯中，周朝瑞、袁化中、顾大章几人被棍棒活活打死。
看到奸佞当道、贤良受诬的事实，杨涟悲愤不已，在公堂上对同时被逼供的家人说：“你们回家之后，告诉我的孩子们，不要读书，读书是对谁都没有用处的！”但这番气话救不了他们，东林党人要求释放他们的上疏也被魏忠贤扣下，皇帝并不知晓。
于是杨涟和左光斗、魏大中私下商量：“照现在的情形，如果我们不承认他们所问的罪状，肯定会被打死，那样我们的冤屈也永远不能昭雪了，我们不如先招供，以此作为权宜之计，等到离开这里，将案子交给法司定罪的时候，我们再行翻供，并在公堂上说出魏忠贤对我们严刑逼供、残害忠良、打死我们同僚的事情，法司有我们的好友，一定不会冤枉我们的。”
杨涟的想法，如果是在政治清明的时代，一定是行得通的，因为按照明朝的律法，审讯得出的结果最后都要交给法司定罪发落。而且，他作为御史机构的副长官，对国家的办事程序严格遵守，相信像他们这样二品大员的案子皇帝不会不过问的。左光斗和魏大中听了杨涟的建议，也觉得可行，然后三个人就分别招供了自己“贪污受贿”的罪行。
但是，魏忠贤不会给他们任何的机会翻供。他们招认之后，就要求他们马上交出赃款，可是这三个清廉如水的大臣根本没有那么多钱，于是魏忠贤就指使审讯者严刑逼问三人究竟把赃款藏在哪里或者用到何处了。三人越是说不出，动用的大刑就越残酷，这时他们才知道自己已经没有生还的机会，便傲然领死。
最终，他们被公堂上的棍棒打死，死状惨不忍睹。杨涟死后，用刑者还怕他装死，又用铁钉贯穿了他的耳朵，用沙袋压在他身上，三天之后才上报说杨涟拒不交赃而受刑死去，当时他的尸体已经溃烂流出脓血了。魏大中则在死后六天才从牢中拖出尸体，遗体已经腐烂，蛆虫遍布全身。
魏忠贤用这样残忍的行为向东林党人示威，但东林党并未退缩，而是更猛烈地抨击朝政、揭露他的丑行。他便继续搬弄是非，令天启皇帝相信那些东林党人依旧在攻击皇帝，便拆毁了江南的多处书院，杀害了大批的东林党人。
东林党人的悲剧在于，他们认为士大夫的天职就是惩恶扬善，大臣的天职就是辅助君王“亲贤臣，远小人”，但是丝毫没有想到作为朝中的大臣，他们如果和皇帝所宠信的宦官作对，就难以保全自己的身份，甚至生命。党争，哪怕是自己站在正确的立场上，也需要付出代价，有时候是身家性命。
天启六年（1626年），魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升七人，史称“后七君子”。东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。
曾经掌握朝政的东林党，在短短四年后就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，主要是由于他们在掌握政权的时候坐失良机。作为当权的群体力量，他们没有尽快拿出一套行之有效的治国方案，又对阉党丧失警惕，提出了一个“笼络群阉”的错误政策，姑息养奸，试图劝告魏忠贤不要干政，这显然是没有用处的。
面对着日益强大的阉党，他们不用武力做后盾，在阉党步步进逼的时候，一味息事宁人，妥协退让。所以很快丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭，成为千古冤案。
明崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团。同时昭雪平反东林党人冤案。并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久袁崇焕被捕治罪，东林党人又被迫退出内阁。
从表面上来看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，保证了当权者的权位，是统治者的胜利，但是这对王朝而言与其说是凯歌不如说是挽歌。像东林党人这样不惜一己安危，用自己的信念和道义来扶持王朝，挽救世道，最后却被他们所信任和效忠的统治者所屠杀。一个封建王朝到了靠屠杀忠臣以维持一时的所谓“稳定”时，这个王朝的末日也就来临了。
谁消磨了明朝的元气
很多人认为，明朝的灭亡，在于崇祯杀掉了袁崇焕。不过，只要仔细分析，就可以看出，在明末的党争中，袁崇焕杀掉毛文龙，也是大损明代元气的不智之举。
边防重臣毛文龙
毛文龙，浙江杭州人，年轻时穷困潦倒，学麻衣相术，摆测字摊，替人看相谋生。后来，他浪迹江湖，来到山海关外边塞，度过二十多年行伍生涯；天启元年（1621年）被友人引荐给辽东巡抚千化贞，成为标下游击。
后金攻陷辽阳，他从海道遁回，乘虚占据鸭绿江边的镇江堡，升任副总兵。镇江堡被后金攻陷后，他率部撤往鸭绿江口近海的皮岛，随后晋升为总兵。
皮岛也称东江，东西十五里，南北十里，与鸭绿江口的獐子岛、鹿岛构成三足鼎立之势，地理位置居于辽东、朝鲜、山东登莱二州的中间，号称孔道。
在后金窥视辽东的形势下，这个地区对于明朝是极具战略价值的。毛文龙登岛后，披荆斩棘，筹备器用，召集流民，通行商贾，南货绸布，北货参貂，挂号抽税，不过几年皮岛就称为东江雄镇。
毛文龙军势大增，拥兵十余万，并趁努尔哈赤专注用兵于西线之时，不停地由东线侵袭辽东半岛，先后收复了宣川、定州、龙川、铁山、满浦、三山等十余座城池，使后金的东线受到了巨大的压力，后方无法得到安稳，很多后金大臣都认为“毛文龙之患当速灭耳！文龙一日不灭，则奸叛一日不息，良民一日不宁。”由此可见，东江毛文龙已成为了满金的“腹心之大患”。
天启三年（1623年），毛文龙与部下计议：辽东要地唯金州（即金州卫，今金县）南通旅顺口，北至三年坝，西通广宁，东可收复大地。如果占据此城，陆路可以遏制后金骑兵，水路可以前往登州运粮。使率部将张盘等攻下金州，命张盘驻守金州，自己仍退回皮岛，互为犄角之势。由于此战告捷，朝廷晋升毛文龙为左都督挂将军印，赐尚方剑，确认并扩大他发镇皮岛的事权。
当时朝廷上下都以为毛文龙在海外有牵制努尔哈赤军队的功劳，从《明熹宗实录》可以看到，兵部的估价是：毛文龙灭奴（按：指努尔哈赤）不足，牵奴则有余：工科给事中杨所修的估价更为具体：东方自逆奴狂逞以来，唯一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘掖间撩动而牵制之，奴未出老巢则不时攻掠，以阻其来；奴离窥关则乘机捣袭，以断其后。因此天启皇帝在谕旨中多次称赞他：“多方牵制，使奴狼狈而不敢两顾。”
毛文龙以明朝封疆大吏的身份，在皇太极继位后与之多次联系，相约和好，以维持边界安定。由于他的这种独特地位与作用，崇祯皇帝即位后，继承先帝对他的优容方针。然而朝廷中也有一些大臣以为毛文龙拥兵跋扈，千方百计对他加以掣肘。毛文龙对于自己势处孤立，动遭掣肘，向皇帝表示不满。
崇祯皇帝对他劝慰有加：毛文龙本以义勇简任东江，数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩！
后来，袁崇焕受到重用，而毛文龙也在不知不觉中被冤杀。
忠臣的良将的党争
袁崇焕与毛文龙素有积怨，这是尽人皆知之事，就连后金也了解得一清二楚，《清史稿·太宗本纪》中便说道：“崇焕素弗善毛文龙”。自崇祯起用袁崇焕为蓟辽督帅，毛文龙的处境便日益艰难。
明末的党争是空前惨烈的，言官的攻讧更是无处不在，很不幸的是，毛文龙一开始就站错了地方，他与阉党靠得太近了，后来为报王化贞的知遇之恩一再上疏说项，更招清流所忌。那些言官对毛文龙的弹劾更是从没间断过。他们的一个主要论据，就是说毛文龙浪费了很多的军饷。
毛文龙真的糜饷无数吗？袁崇焕杀毛之时就说道：“每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩”，真是欲加之罪，何患无辞。
谁也不相信毛文龙有十多万军队，那些苦寒的海岛哪里会有那么多士卒？包括袁在内几乎所有的官员都不相信，可是事实恰恰相反，毛文龙一点也没吹牛，他真的有那么多的士兵。
