康熙像自从宋代以来，黄河下游河道从河南经江苏北部入海，在淮阴附近与淮河运河汇合。明末清初，因战事频繁，黄河没有治理，因此水灾时有发生。顺治至康熙初年，即决堤八十余次。不仅淹没宿迁以东的今江苏淮安七州县，而且危及南北运输的命脉——运河，每年400万漕粮的北运，常因黄河水患而受阻。因此，康熙深知治河的重要性，早在平定三藩之前，就列入国家亟须解决的三件要务，书于宫中柱上。康熙二十三年十月，他第一次南巡到山东泰山，再到宿迁，查访了黄河北堤岸180里。随后到宝应、高邮一带，再由扬州到京口，乘沙船西下，抵苏州而回。在南京，康熙帝亲自祭奠了明太祖陵墓，又赴高家堰检查堤岸工程，最后经泗水回曲阜，拜谒孔林后，由德州返回。康熙二十八年（1689年）正月，康熙帝开始第二次南巡，于二月到达杭州，渡过钱塘江拜谒禹陵，三月由南京起程回北京。康熙三十八年（1699年）二月，康熙与皇太后一同举行第三次南巡，他“亲乘小舟，不避水险，各处周览，”还登上堤岸，用水平仪测量地势水位，命令河道总督于成龙绘出河图。经过实地勘测，康熙帝认识到造成水患的原因，是“黄河逼近清口，黄水倒灌，以致淤垫。”于是洪泽湖的水位低于黄河，下游山阳、高邮等七洲县尽被淹没。针对此弊，他提出要“深浚河身”，加高两岸堤坝，使河水湍急，带走泥沙入海。康熙四十二年（1703年），康熙帝第四次南巡中，又查看了高家堰、徐家湾、翟家坝等处堤岸工程。两年后，康熙帝南巡到济宁，看到黄河情况已与初次南巡泛滥横行时大不一样。初次所见，两岸人烟树木历历在目，船高地低十分明显。二次南巡时，则只见两旁堤岸。至四次南巡中，船已低于河岸不少。显然浚通河岸、加高堤坝已经收到了较大效果。此后，黄河水患得到了较好的控制。康熙帝的最后一次南巡是在康熙四十六年（1707年）正月，他检查溜淮套后来到杭州，住至四月回京。他在谕旨中自称：“朕廑念河防，屡行亲阅，凡自昔河道之源流，治河之得失，按图考绩，靡不周知。”
康熙南巡的另一个目的，是为了查访江南的吏治民情，笼络团结汉族士大夫。江南是明朝的心腹之地，物产丰富，人才荟萃。而自清兵入关以后，在江南扬州、嘉定等地进行了血腥镇压，引起汉族士大夫的普遍抵触情绪。为了改变这种状况，康熙在南巡途中广泛接见当地的名士闻人，屡加慰抚，这些都起到了笼络人心，消除对立情绪的作用。在南巡中，康熙还通过耳闻目睹的了解，对吏治进行考察，发现了一批人才。
康熙在六次南巡中，勤于公事，不讲排场，巡访所需费用及供应物品，大多数出自内务府开销。沿途所设行宫，也比较俭仆。尽管康熙帝的六次南巡不可能做到毫不扰民，在南京、杭州等地由李煦、曹寅安排的行宫也是相当豪华的，但与其前其后的各代皇帝相比，从他南巡的主要目的看，他的六次南巡还是应当作为正面业绩予以肯定。
雅克萨之战
顺治年间，中国军民击毙了沙俄侵略头子斯捷潘诺夫，将沙俄侵略者赶出了黑龙江中下游地区，但他们仍占据着黑龙江上游的尼布楚城（今俄罗斯涅尔琴斯克）等待时机，策划着新的侵略活动。康熙四年（1665年），俄军重占雅克萨城，并建堡筑寨，勒索财物，设置殖民农庄，奴役和镇压当地中国人民。康熙十五至二十一年（1676～1682年）沙俄又利用清廷全力镇压南方“三藩之乱”、无暇北顾之机，派出大量军队入侵黑龙江各支流，并调集大批枪炮、物资到尼布楚、雅克萨等地，加强侵略力量。对此，清朝政府多次提出交涉、抗议，警告他们必须停止对中国的侵略。沙俄侵略者不但置若罔闻，反而变本加厉，公然在中国领土上设立据点，强征贡赋，开采银矿，烧杀抢掠。清政府忍无可忍，遂于“三藩之乱”平定之后，立即集中力量，准备武力驱逐沙俄侵略者。
事先，康熙帝总结了三十多年来与沙俄斗争的经验，进行了周密、细致的准备工作。康熙二十二年（1683年）十月，清廷以萨布索为第一任黑龙江将军，着手扫除俄军在黑龙江中下游设置的侵略据点。与此同时，当地各族人民也纷纷拿起武器，以各种形式打击沙俄侵略军。在各族人民的配合下，清军相继拔除了许多俄军据点。至该年年底，除尼布楚、雅克萨等少数地区外，侵入黑龙江流域的沙俄侵略者基本被肃清。
在加紧军事布署的同时，清政府始终未放弃谋求政治解决的努力，曾通过各种途径表示，只要沙俄停止侵略活动，清朝愿与之保持和平。直到大兵进发雅克萨之前，康熙帝还写信给沙皇，劝其迅速撤回雅克萨之兵，“互相贸易遣使，和睦相处”。但是，沙俄政府将清方的和平努力看成是软弱可欺，不但不予接受，反而继续扩大侵略。他们调整了侵略黑龙江地区的军事指挥机构，任命熟悉当地情况且以骁勇著称的弗拉索夫和托尔布津分别担任尼布楚和雅克萨督军，又增调援军，贮存粮草，加固城防，还派普鲁士军官拜顿在托博尔斯克召募哥萨克来中国助战。至此，清政府已别无选择，只有下决心以武力将侵略者赶出中国。
康熙二十四年（1685年）四月，都统彭春、郎谈、黑龙江将军萨布素等分率满、蒙、汉等官兵三千余人自黑龙江城（今瑗珲）和卜魁城（今齐齐哈尔），水旱两路向雅克萨进发。五月二十二日，彭春率部抵达雅克萨城下，立即向俄方发出咨文，要求其撤出雅克萨，归还逃人，以雅库（今俄罗斯雅库次克）为界，遭到俄方拒绝。次日清军列阵，包围雅克萨城。二十五日，一队增援雅克萨的俄军自黑龙江顺流而下，被清军将领林兴珠率福建藤牌兵拦于江西。一场激战，毙伤俄军四十余人。随即，清军架设“神威无敌大将军”炮，向雅克萨城猛烈轰击，同时水陆并进，四面围攻。经过一昼夜激战，俄军伤亡惨重，城内到处起火。二十六日，郎谈命积柴焚城。俄国雅克萨督军托尔布津走投无路，只得出城投降，并发誓不再回雅克萨城。清军准其投降。派人将托尔布津及其手下官兵、眷属等七百余人送到额尔古纳河河口，收复了被俄军侵占达20年的雅克萨城。不久，清军撤回黑龙江城。
托尔布津等残兵败将回到尼布楚后，仍不死心。正项拜顿率领六百名哥萨克援兵也到达尼布楚，又探得清军全部撤退，并未留兵驻防的消息，遂率领五百余名俄军返回雅克萨，加筑工事，重新盘踞。康熙二十五年（1686年）五月，萨布素、郎谈、班达尔沙等奉命率领清军2100余人会师于查克丹，再次进兵雅克萨。命俄俘鄂克索木果带信入城警告俄军，如不立即撤出，必将其全部歼灭。是时，盘踞城中的俄国侵略军共有800余人，他们凭借充足的火器装备、弹药粮草和坚固的城防工事负隅顽抗，并自城中频繁出击，不让清军炮位和攻城器械逼近城墙。萨布素率领清军将士在当地各族人民的协助下，屡次击败出城挑战的俄军。六月初九日夜，萨布素下令向雅克萨城发起进攻。自夜到晨，重创俄军，数日之内毙敌100余人，托尔布津也中炮毙命，由拜顿继任其职。但是，由于清军除拥有少量大炮外，士兵作战主要依靠刀矛弓箭，杀伤力较小，对攻坚战尤为不利，故未能迅速拿下雅克萨城，战事一时陷入僵持状态。萨布素等为避免牺牲过大，停止强攻，于城外东、南、北三面挖掘长壕，修筑堡垒，又于城西江南布置水师，封锁来自尼布楚方向的援兵航道，对城中俄军进行长期围困。由于城中无井，通常依靠通向黑龙江的水道引来水源。清军经过四昼夜激战，切断了城中水源。数月之后，城中饮水、粮食、弹药皆已告罄，加之疾疫流行，800多名俄军只剩下66人，尼布楚方面也无力派来援军，困守雅克萨的俄国侵略者已经濒临绝境。
尽管清方在军事上取得重大进展，但为求得边界上持久的和平，仍然不断谋求与沙俄进行谈判。此时的俄国，正值彼得一世之姐索菲亚公主执政，统权极不稳固，不可能再派大批军队前来中国，眼看困在雅克萨的俄军将被全歼，遂决定接受清政府的建议，派出以戈洛文为全权代表的谈判使团与清朝进行边界谈判。该年十月，俄国信使文纽科夫和法沃罗夫等到达北京，呈递沙皇给康熙帝的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文一行到达后进行谈判。清政府以礼接待了俄国信使，并在雅克萨城唾手可得的情况下同意了俄国的请求，命令萨布素等撤雅克萨之围，又派太医赴雅克萨为患病俄军治疗，且发粮赈济，保住了坐困城中坐以待毙的俄国人性命。次年七月，清政府闻知戈洛文使团抵达边境，遂命萨布素等率部返回黑龙江、墨尔根（今嫩江）等地驻守。至此，历时两年之久的第二次雅克萨之战正式结束。
《尼布楚条约》
第一次雅克萨之战后，沙俄见仅靠武装入侵难以实现其对中国进委侵略扩张的目的，遂改变策略，企图以军事侵略和外交谈判交替使用，迫使清政府就范。康熙二十五年（1686年）正月，沙皇政府任命戈洛文为对清谈判使团全权大使，率使团于正月十三日自莫斯科启程来华。康熙二十六年（1687年）八月，戈洛文一行到达贝加尔湖东岸。
戈洛文一行在贝加尔湖东岸一带停留了两年时间。因此时清军已然撤消雅克萨之围，戈洛文就不急于与清方谈判。他一面窥探清政府的意图；一面竭力鼓动中国喀尔喀蒙古各部脱离清朝，臣服于俄国。遭到喀尔喀蒙古领袖土谢图汗和哲布尊丹巴的坚决拒绝。戈洛文见挑拔离间难以奏效，又企图以武力逼蒙古各部屈服。是年冬，戈洛文诬陷蒙古人民偷盗俄军牛羊马匹，命俄军闯入蒙古牧区进行烧杀抢掠，俄国侵略者的暴行遭到喀尔喀蒙古人民的坚决反击。十二月，蒙古军民在楚库柏兴（今色楞格斯克）一带打败俄军，迫使戈洛文等躲在城中不敢出来。康熙二十七年（1688年）六月，正当喀尔喀蒙古各部抗俄斗争取得一系列胜利之际，准噶尔部首领噶尔丹以“为弟报仇”为借口大举入侵喀尔喀蒙古。喀尔喀各部相继战败，土谢图汗和哲布尊丹巴等率数十万众南归，要求清政府予以保护。戈洛文见有机可乘，遂与噶尔丹相勾结，派俄军分路出击，逼迫喀尔喀各部归顺俄国。由于喀尔喀蒙古人民的坚决反对，戈洛文一伙的阴谋未能得逞。
康熙二十七年五月，清政府派领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲、尚书阿喇尼、左都御史马齐、护军统领马喇等组成谈判使团，取道蒙古前往楚库柏兴与俄使进行谈判。索额图等行至蒙古，正值噶尔丹大举入侵，道路受阻，不得不暂时返回北京。康熙二十八年（1689年）四月，索额图等再次启程，谈判地点改在尼布梦（今俄罗斯涅尔琴斯克）。六月，使团到达尼布楚。
中国使团到达尼布楚半月有余，仍不见戈洛文等前来，反受到俄国方面无理指责，说中国使团带军队前来违反国际法准则，又诬陷中国士兵途经雅克萨时杀死两名俄国人，还要求中国使团驻地不得离尼布楚城太近，应退往额尔古纳河口等等。对此，索额图等据理予以驳斥。
七月初五日，戈洛文使团到达尼布楚。初八日，双方进行第一轮会谈。谈判一开始，双方即展开了针锋相对的激烈辩论。戈洛文一口咬定黑龙江流域“自古以来”即为俄国领土，却又拿不出确凿的证据，指责中国“突然派兵侵犯”俄国领土，制造流血事件，引起战争，要求清政府赔偿俄国损失，惩办有关人员。索额图对戈洛文的无稽之谈逐条予以驳斥，以大量事实说明，鄂嫩、尼布楚等地皆为中国人民世代居住之地，当地人民一直向中国政府交税，其首领和子孙至今仍在，因俄国侵略而逃到内地。索额图在回顾了俄国侵略黑龙江流域的历史以后指出，当地中国各族人民多年来遭到俄国侵略者的蹂躏，绝不是如戈洛文所言仅仅为“小小纷争”。对此，中国政府曾多次提出抗议、警告，但俄方始终置若罔闻，中国忍无可忍，只得以武力驱逐侵略者。因此，引起战争的正是俄国的侵略和屠杀，如果说要“惩凶”、“赔偿”的话，那么俄国首先应惩办侵略凶手，赔偿中国人民生命财产的损失。最后，索额图表示，中国使团是为争取和平而来，故只谈边界划分，谋求达成协议，并不想要求俄方“惩凶”和“赔偿”。在无可争辨的事实面前，戈洛文等理屈词穷，无话可说，在随后进行的划界谈判中，戈洛文首先提出以黑龙江为中俄两国边界的方案，遭到索额图等断然拒绝。清方提出以勒拿河与贝加尔湖划界，也未被俄方接受。第一天会谈没有结果。
次日举行第二次会谈。开始，戈洛文仍坚持以黑龙江划界，后见中国使团坚决反对，又提出以牛满河为界，仍将黑龙江上、中游北岸划归俄国。时此，中国使团当然不会同意，但索额图等以为俄方已然让步，于是提出以尼布楚为界的新方案。由于中国使团缺乏外交谈判经验，一下子就将事先确定的最后方案拿了出来，因而上了戈洛文等人的当，将尼布楚轻易划给了俄国。戈洛文见清方肯让出尼布楚，不由喜出望外，但为了勒索更多的利益，故意与中国使团继续纠缠，拒绝了这一方案。第二天会谈仍无结果。
索额图等不知戈洛文的真正意途，以为最后方案遭到拒绝，谈判已经破裂，准备返回北京。戈洛文一见，急忙通过在中国使团中充当译员的两名传教士——法国人张诚和葡萄牙人徐日升，劝中国使团留下来继续谈判。七月初十至二十三日，张诚与徐日升频繁往来于中、俄使团驻地，进行会外活动。经过激烈的，中国使团又作出一系列重大让步，有些甚至超出了康熙帝允许的范围。戈洛文等见此行目的已基本达到，又赶上大批受俄军残害的中国各族人民听到中国使团到来的消息，纷纷突破俄军封锁，来到尼布楚附近，引起他们的恐慌，于是表示愿意接受中国使团的方案，同意撤出雅克萨。
康熙二十八年（1689年）七月二十四日，中、俄两国正式签订《尼布楚条约》。共六条，内容如下：一、以流入黑龙江的格尔必齐河、外兴安岭直到海边为界，山南归中国，山北归俄罗斯。二、额尔古纳河以南属中国，以北属俄罗斯，其南岸眉勒尔客河口所有俄罗斯房舍均迁往北岸。三、将雅克萨地方俄罗斯所修之城尽行收图拆毁，雅克萨所居俄罗斯人民及诸物尽行撤往察汉汗之地。四、凡猎户人等断不许越界，有越界者即行擒拿，送各地方官惩处。从前一切旧事不议，中国所有俄罗斯之人或俄罗斯所有中国之人均不必遣返。五、今既永相和好，以后一切行旅，有准令往来文票者，许其贸易不禁。六、不得容留对方逃亡者，一经发现即行送还。另外，双方还商定将外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。
