康熙二十四年（1685年）四月，都统彭春、郎谈、黑龙江将军萨布素等分率满、蒙、汉等官兵三千余人自黑龙江城和卜魁城，水旱两路向雅克萨进发。五月二十二日，彭春率部抵达雅克萨城下，立即向俄方发出咨文，要求其撤出雅克萨，归还逃人，以雅库为界，遭到俄方拒绝。次日清军列阵，包围雅克萨城。二十五日，一队增援雅克萨的俄军自黑龙江顺流而下，被清军将领林兴珠率福建藤牌兵拦于江西。一场激战，毙伤俄军四十余人。随即，清军架设“神威无敌大将军”炮，向雅克萨城猛烈轰击，同时水陆并进，四面围攻。经过一昼夜激战，俄军伤亡惨重，城内到处起火。二十六日，郎谈命积柴焚城。俄国雅克萨督军托尔布津走投无路，只得出城投降，并发誓不再回雅克萨城。清军准其投降。派人将托尔布津及其手下官兵、眷属等七百余人送到额尔古纳河河口，收复了被俄军侵占达20年的雅克萨城。城中160余名被俄军扣押作人质的中国索伦族、巴尔虎族民众全部获得释放。不久，清军撤回黑龙江城。
清“神威无敌大将军”炮。1676年铸造。铜质，全重1137千克，装药2千克，铁弹4千克，在雅克萨之战中发挥了巨大的威力。
托尔布津等残兵败将回到尼布楚后，仍不死心。正项拜顿率领六百名哥萨克援兵也到达尼布楚，又探得清军全部撤退，并未留兵驻防的消息，遂率领五百余名俄军返回雅克萨，加筑工事，重新盘踞。康熙二十五年（1686年）五月，萨布素、郎谈、班达尔沙等奉命率领清军2100余人会师于查克丹，再次进兵雅克萨。命俄俘鄂克索木果带信入城警告俄军，如不立即撤出，必将其全部歼灭。是时，盘踞城中的俄国侵略军共有800余人，他们凭借充足的火器装备、弹药粮草和坚固的城防工事负隅顽抗，并自城中频繁出击，不让清军炮位和攻城器械逼近城墙。萨布素率领清军将士在当地各族人民的协助下，屡次击败出城挑战的俄军。六月初九日夜，萨布素下令向雅克萨城发起进攻。郎谈领兵自北面用大炮向城内轰击，班达尔沙领步骑从南面猛攻。自夜到晨，重创俄军，数日之内毙敌100余人，托尔布津也中炮毙命，由拜顿继任其职。但是，由于清军除拥有少量大炮外，只有火枪50支，士兵作战主要依靠刀矛弓箭，杀伤力较小，对攻坚战尤为不利，故未能迅速拿下雅克萨城，战事一时陷入僵持状态。萨布素等为避免牺牲过大，停止强攻，于城外东、南、北三面挖掘长壕，修筑堡垒，设置木桩、鹿角，派兵严密把守；又于城西江南布置水师，封锁来自尼布楚方向的援兵航道，对城中俄军进行长期围困。由于城中无井，通常依靠通向黑龙江的水道引来水源。清军经过四昼夜激战，切断了城中水源。数月之后，城中饮水、粮食、弹药皆已告罄，加之疾疫流行，800多名俄军只剩下66人，尼布楚方面也无力派来援军，困守雅克萨的俄国侵略者已经濒临绝境。
尽管清方在军事上取得重大进展，但为求得边界上持久的和平，仍然不断谋求与沙俄进行谈判。康熙二十五年八月，清政府委托即将离京回国的荷兰使臣宾显巴志带信给俄国沙皇，建议两国休兵谈判，和睦相处。以后，又将同样内容的信件交葡萄牙传教士闵明多带往欧洲，设法转递沙皇。此时的俄国，正值彼得一世之姐索菲亚公主执政，统权极不稳固，不可能再派大批军队前来中国，眼看困在雅克萨的俄军将被全歼，遂决定接受清政府的建议，派出以戈洛文为全权代表的谈判使团与清朝进行边界谈判。该年十月，俄国信使文纽科夫和法沃罗夫等到达北京，呈递沙皇给康熙帝的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文一行到达后进行谈判。清政府以礼接待了俄国信使，并在雅克萨城唾手可得的情况下同意了俄国的请求，命令萨布素等撤雅克萨之围，又派太医赴雅克萨为患病俄军治疗，且发粮赈济，保住了坐困城中坐以待毙的俄国人性命。次年七月，清政府闻知戈洛文使团抵达边境，遂命萨布素等率部返回黑龙江、墨尔根等地驻守。至此，历时两年之久的第二次雅克萨之战正式结束。
《尼布楚条约》
第一次雅克萨之战后，沙俄见仅靠武装入侵难以实现其对中国进委侵略扩张的目的，遂改变策略，企图以军事侵略和外交谈判交替使用，迫使清政府就范。康熙二十五年（1686年）正月，沙皇政府任命弗奥多尔·阿列克谢耶维奇·戈洛文为对清谈判使团全权大使，率使团于正月十三日自莫斯科启程来华。整个戈洛文使团共1900余人，包括炮兵、火枪兵、龙骑兵等。行前，沙皇政府授予戈洛文广泛的权力：不但负责与清朝谈判缔约，还可以在必要时调动西伯利亚地区的军队与清朝作战。同时对使团的任务和谈判方案也做了明确规定：其最高大镂孔高圈足铁釜要求为以黑龙江划界，占领整个黑龙江北岸；如达不到这一要求，则谋求以比斯特拉河或结雅河为界，占领黑龙江中游北岸；再达不到，则以雅克萨为界，并在比斯特拉河和结雅河保留中俄两国共同的渔猎场。并训令戈洛文，如清朝不愿根据上述条件缔约，则不惜使用武力。康熙二十六年（1687年）八月，戈洛文一行到达贝加尔湖东岸。此时，俄国因克里米亚战败，兵疲财匮，不得不改变其与清朝谈判的立场，指示戈洛文，如清朝同意不在雅克萨驻军，则可以接受撤出雅克萨的条件，另外其它方面也可以作些让步，力求与清朝达成妥协。
戈洛文一行在贝加尔湖东岸一带停留了两年时间。因此时清军已然撤消雅克萨之围，戈洛文就不急于与清方谈判。他一面窥探清政府的意图；一面竭力鼓动中国喀尔喀蒙古各部脱离清朝，臣服于俄国。遭到喀尔喀蒙古领袖土谢图汗和哲布尊丹巴的坚决拒绝。戈洛文见挑拔离间难以奏效，又企图以武力逼蒙古各部屈服。是年冬，戈洛文诬陷蒙古人民偷盗俄军牛羊马匹，命俄军闯入蒙古牧区进行烧杀抢掠，并扬言“捣毁帐幕，俘虏他们的妻子儿女”。俄国侵略者的暴行遭到喀尔喀蒙古人民的坚决反击。十二月，蒙古军民在楚库柏兴一带打败俄军，迫使戈洛文等躲在城中不敢出来。康熙二十七年（1688年）六月，正当喀尔喀蒙古各部抗俄斗争取得一系列胜利之际，准噶尔部首领噶尔丹以“为弟报仇”为借口大举入侵喀尔喀蒙古。喀尔喀各部相继战败，土谢图汗和哲布尊丹巴等率数十万众南归，要求清政府予以保护。戈洛文见有机可乘，遂与噶尔丹相勾结，派俄军分路出击，逼迫喀尔喀各部归顺俄国。由于喀尔喀蒙古人民的坚决反对，戈洛文一伙的阴谋未能得逞。
清代腰刀康熙二十七年五月，清政府派领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲、尚书阿喇尼、左都御史马齐、护军统领马喇等组成谈判使团，取道蒙古前往楚库柏兴与俄使进行谈判。行前，康熙帝传谕索额图等，尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及“通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于俄罗斯”。索额图等行至蒙古，正值噶尔丹大举入侵，道路受阻，不得不暂时返回北京。康熙二十八年（1689年）四月，索额图等再次启程，谈判地点改在尼布楚。此时，清政府因急于全力镇压噶尔丹叛乱，希望与俄国保持和平，遂重新确定谈判方针。康熙帝表示，为争取达成协议，必要时可将尼布楚让给俄国，以额尔古纳河为界。六月，使团到达尼布楚。随行人员包括水手、仆役、运及官兵近3000人，分为两路：一路由索额图等率领自北京出古北口，经达尔泊、克鲁伦河、温都河而来；一路由萨布素、郎谈等率领自瑷珲溯黑龙江而上。
中国使团到达尼布楚半月有余，仍不见戈洛文等前来，反受到俄国方面无理指责，说中国使团带军队前来违反国际法准则，又诬陷中国士兵途经雅克萨时杀死两名俄国人，还要求中国使团驻地不得离尼布楚城太近，应退往额尔古纳河口等等。对此，索额图等据理予以驳斥，提出：中国使团带来的只是“侍从以及派遣使用之官兵”，并非为打仗而来，一共不到3000人，而尼布楚之俄军也有2600人左右，故中国并无以兵多压人之意；至于雅克萨两俄人被杀，更与中国使团无关；既然双方皆愿以“和好之礼相会议事”，则住于近处，于谈判更为方便，绝无恶意。
七月初五日，戈洛文使团到达尼布楚。初八日，双方进行第一轮会谈。地点定在尼布楚城外200俄丈处的帐篷之中，进入谈判现场的官兵各300人，除刀剑外不得携带武器，另有500名中国士兵乘船泊于会场200俄丈外，以与城中俄军力量取得平衡。谈判一开始，双方即展开了针锋相对的激烈辩论。戈洛文一口咬定黑龙江流域“自古以来”即为俄国领土，却又拿不出确凿的证据，指责中国“突然派兵侵犯”俄国领土，制造流血事件，引起战争，要求清政府赔偿俄国损失，惩办有关人员。索额图对戈洛文的无稽之谈逐条予以驳斥，以大量事实说明，鄂嫩、尼布楚等地皆为中国人民世代居住之地，当地人民一直向中国政府交税，其首领和子孙至今仍在，因俄国侵略而逃到内地。索额图在回顾了俄国侵略黑龙江流域的历史以后指出，当地中国各族人民多年来遭到俄国侵略者的蹂躏，财产被抢，妻子受辱，父兄被杀害，绝不是如戈洛文所言仅仅为“小小纷争”。对此，中国政府曾多次提出抗议、警告，但俄方始终置若罔闻，中国忍无可忍，只得以武力驱逐侵略者。因此，引起战争的正是俄国的侵略和屠杀，如果说要“惩凶”、“赔偿”的话，那么俄国首先应惩办侵略凶手，赔偿中国人民生命财产的损失。最后，索额图表示，中国使团是为争取和平而来，故只谈边界划分，谋求达成协议，并不想要求俄方“惩凶”和“赔偿”。在无可争辨的事实面前，戈洛文等理屈词穷，无话可说，在随后进行的划界谈判中，戈洛文首先提出以黑龙江为中俄两国边界的方案，遭到索额图等断然拒绝。清方提出以勒拿河与贝加尔湖划界，也未被俄方接受。第一天会谈没有结果。
次日举行第二次会谈。开始，戈洛文仍坚持以黑龙江划界，后见中国使团坚决反对，又提出以牛满河为界，仍将黑龙江上、中游北岸划归俄国。时此，中国使团当然不会同意，但索额图等以为俄方已然让步，于是提出以尼布楚为界的新方案。由于中国使团缺乏外交谈判经验，一下子就将事先确定的最后方案拿了出来，因而上了戈洛文等人的当，将尼布楚轻易划给了俄国。戈洛文见清方肯让出尼布楚，不由喜出望外，但为了勒索更多的利益，故意与中国使团继续纠缠，拒绝了这一方案。第二天会谈仍无结果。
索额图等不知戈洛文的真正意途，以为最后方案遭到拒绝，谈判已经破裂，准备返回北京。戈洛文一见，急忙通过在中国使团中充当译员的两名传教士——法国人张诚和葡萄牙人徐日升，劝中国使团留下来继续谈判。七月初十至二十三日，张诚与徐日升频繁往来于中、俄使团驻地，进行会外活动。经过激烈的，中国使团又作出一系列重大让步，有些甚至超出了康熙帝允许的范围。如同意将黑龙江上游水岸的分界线划到距尼布楚以东约四五百里的格尔必齐河，黑龙江上游南岸的分界线划到距尼布楚九百里的额尔古纳河，使大片拥有银矿、盐湖、耕地、牧场的富饶土地划归俄国。戈洛文等见此行目的已基本达到，又赶上大批受俄军残害的中国各族人民听到中国使团到来的消息，纷纷突破俄军封锁，来到尼布楚附近，引起他们的恐慌，于是表示愿意接受中国使团的方案，同意撤出雅克萨。
康熙二十八年（1689年）七月二十四日，中、俄两国正式签订《尼布楚条约》。共六条，内容如下：一、以流入黑龙江的格尔必齐河、外兴安岭直到海边为界，山南归中国，山北归俄罗斯。二、额尔古纳河以南属中国，以北属俄罗斯，其南岸眉勒尔客河口所有俄罗斯房舍均迁往北岸。三、将雅克萨地方俄罗斯所修之城尽行收图拆毁，雅克萨所居俄罗斯人民及诸物尽行撤往察汉汗之地。四、凡猎户人等断不许越界，有越界者即行擒拿，送各地方官惩处。从前一切旧事不议，中国所有俄罗斯之人或俄罗斯所有中国之人均不必遣返。五、今既永相和好，以后一切行旅，有准令往来文票者，许其贸易不禁。六、不得容留对方逃亡者，一经发现即行送还。另外，双方还商定将外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。
《尼布楚条约》是中、俄两国签订的第一个条约，其正式文本为拉丁文本，由双方代表签字盖章，另有满文和俄文副本。《尼布楚条约》是在平等的基础上签订的，其内容也未超出两国政府愿意接受的范围。条约明确划定了中俄两国东段边界，在此后相当长的一段时间时，两国边境相对安定，人民往来和贸易关系皆有所发展。
蒲松龄与《聊斋志异》
